药物设计学：12分子对接

1、分子对接Molecular docking1计算机辅助药物设计的方法学基于配体的药物设计方法基于受体的药物设计方法基于结构的药物设计2基于受体的药物设计方法通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。“有的放矢”主要方法 分子对接法从头设计3分子对接1.概念2.原理3.一般过程4.分类5.代表性软件6.DOCK软件7.AUTODOCK软件41 分子对接的概念受体和药物分子之间通过空间匹配和能量匹配而相互识别形成分子复合物，并预测复合物结构的操作过程。整体上考虑配体与受体的结合效果，较好地避免局部作用较好、整体结合欠佳的情况。52 分子对接的原理理论基础： “锁和钥匙

2、模型”“诱导契合模型”重要原则：互补性：决定识别过程的选择性预组织性：决定识别过程的结合能力6 分子对接的最初思想起源于Fisher E提出的“锁和钥匙模型”。即受体与配体的相互识别首要条件是空间结构的匹配 配体 受体 复合物 受体配体的锁和钥匙模型 7Oh boy! What a perfect match 这类方法首先要建立大量化合物（例如几十至上百万个化合物）的三维结构数据库，然后将库中的分子逐一与靶标分子进行“对接”（docking），通过不断优化小分子化合物的位置（取向）以及分子内部柔性键的二面角（构象），寻找小分子化合物与靶标大分子作用的最佳构象，计算其相互作用及结合能。在库中所有

3、分子均完成了对接计算之后，即可从中找出与靶标分子结合的最佳分子（前50名或前100名） 83分子对接的基本原理药物与受体的结合强度取决于结合的自由能变化G结合 = H结合 - TS结合 = -RT ln Ki大部分的分子对接法忽略了全部的熵效应，而在焓效应也只考虑配体与受体的相互作用能，即：Einteraction= Evdw + Eelectrostatic + Eh-bond93 分子对接的一般过程找出空穴，定出表面调整受体位点或药物的构象计算对接时受体药物相互作用能量进行分子动力学模拟复合物的全局最优结合构象1011121314154 分子对接的分类刚性对接：研究体系的构象不发生变化。半

4、柔性对接：研究体系尤其是配体的构象允许在一定范围内变化。柔性对接：研究体系的构象是可以自由变化的。163分子对接的基本方法（一） 刚性的分子对接方法 这种方法是最初的分子对接的方法，在对接中，小分子和蛋白质两种都保持刚性。 （1）基于最大团搜索的方法 （Clique-Search Based Approaches） 对接两个刚性分子可以理解为分子在空间的匹配问题，这种匹配可以是一种形状上的互补或相互作用。如氢键受体与氢键给体的互补。搜索在三维空间中有效的条件下的最大匹配 17受体的活性位点 配体 有效匹配的距离图集 受体配体的示意图，字母代表特征部分如氢键等，相应的有效匹配的图集如右，三个环性

5、顶点组织的三角形为这个图集的一个最大团(clique) 18Dock对接程序中刚性对接的算法就是基于这种思想 Dock利用球集来表示受体活性位点和配体的形状 19 一系列的球集填充在受体活性位点的表面，这些球集代表能被配体占据的体积。配体可以用球集表示或者用自己的原子表示，在Dock程序中，四个有效匹配的对应点被考虑，先考虑配体中第一个球集与活性位点的球集的匹配，第二个点则满足d ，其中d为第二个匹配点中配体和受体的球心与第一个点球心的距离，第三个点又必需满足与前两个球心的距离限制，以上过程一直进行到找不到更多匹配点为止。 20（2）基于几何哈希技术“geometric hashing”的方法

6、 第一部分中，几何哈希表从被对接的一个配体或一系列配体中构建 。哈希矩阵含有配体名字和能调整配体在空间方向的参考框架。 第二部分即识别阶段，蛋白质的特征用来识别哈希矩阵，每一次匹配表示蛋白质的特征与哈希矩阵中已定义好方位的配体相匹配，具有大量匹配信息的哈希矩阵代表着具有几个吻合特征的配体和方位 21(3）基于pose clustering的方法 这种方法与几何哈希的方法相类似，也是一种基于模式识别的方法。 在LUDI模型中，如图所示，对每一个作用基团，定义作用中心和作用表面。受体的作用表面近似地用离散的点表示，和对应的配体的中心目标点相匹配。 三个氢键受体的作用表面 Pose clusteri

7、ng 算法中的作用点 22（二）柔性对接的方法（1）构象的系综方法 Flexibase用来储存小分子库中每个分子的一系列不同构象，用距离几何和能量最小化的方法产生构象，每个分子根据rmsd的差异选择25个系列构象。每个构象采用FLOG刚性对接的方法进行对接。 23（2）片段的方法 片断的方法是处理小分子柔性的最通用的方法，配体分割成一些小的片断，这些片断可以认为是刚性构象或一个小的构象系综。一般，有两种方法来处理:第一种方法是把一个片段放入受体的作用位点，然后加上余下的片段，这种方法称为连续构建 “incremental construction”.第二种方法把所有或一部分片段独立地放入受体的

8、作用位点，再重新连接至到构成一个完整的配体分子，这种策略称为“放置&加” “place & join” 24 第一个连续构建的算法是Kuntz发展的Dock程序，首先，一个单独的锚碎片通过手工选择对接进受体的活性结合位点，并且考虑了氢键的作用。其次这个锚的优势位置主要包含有有大量匹配氢键对，高打分值，和低相似性。接着，一种回溯的算法（backtracking algorithm）用来搜索整个配体在结合位点的非重叠放置空间，在当前位置加上一个碎片后，优化的方法用来减少立体的张力和改善氢键的几何构型。最后的位置通过过滤，优化和基于力场的方法来打分评价。FlexX也是一个基于连续构建算法的对接程序

9、25（3） 遗传算法和进化规划 遗传算法开始应用到分子对接技术，其特点为 ：第一步，一个称为染色体的线性表示符能够描述构型的所有自由度，找到这个染色体描述符是算法中最困难的一步。第二步，确定一个一个类似如打分函数的目标函数。 著名的GOLD软件包括了这种算法 26（4）基于分子模拟的方法 模拟退火的方法，Autodock程序就采用了这种方法 分子动力学的方法 Monte Carlo模拟，一种统计力学的方法，这种算法中最重要的两部分是自由度的描述和能量的评价，合适的自由度描述可以避免较高能量的构象，用键角、扭曲角等内座标来描述配体的柔性比用笛卡儿空间的三维座标描述要强，同样，能量的评价也是最耗时

10、，这一步时间必须足够的长。 27分子对接的主要问题如何找到最佳的结合位置 遗传算法模拟退火如何评价对接分子之间的结合强度非键作用能基于分子表面的溶剂化计算半经验的自由能计算285 代表性对接软件名称 构象搜索方法 结合评价方法 速度Flex X (Sybyl)片段生长法半经验自由能快LigandFit(Cerius2)蒙地卡罗模拟 半经验自由能快Glide (薛定谔软件)系统搜索 半经验自由能一般Gold 遗传算法半经验自由能快Affinity（InsightII)蒙地卡罗/MM/MD分子力场慢AutoDock 遗传算法半经验自由能一般Dock 片段生长法分子力场 快ICM-Dock 随机全局

11、优化半经验自由能快Fred (openeye)系统搜索半经验自由能快29Flex X对接软件商业软件模块（Sybyl)对接过程 确定核心结构片段采用形态聚类算法，放置核心结构采用树形搜索算法，其他部分片段依次生长连接在核心结构上30LigandFit对接软件商业软件模块（Cerius2)对接过程 发现活性位点进行配体分子的构象搜索进行分子对接计算评分31Dock对接软件学术用户免费软件http:/ 对接过程准备蛋白质和配体分子计算MS表面积进行活性位点特征描述建立评分格点对接计算评分函数基于AMBER力场的分子间能量评分（范德华静电）、接触评分32AutoDock对接软件免费软件http:/只

12、能进行一个分子与蛋白质的对接计算，不能进行数据库对接，没有平行化功能。不需要预先知道活性位点。33DOCK软件自动地模拟配体分子在受体活性位点地作用情况，并把理论预测最佳地相互作用方式记录下来。自动搜索配体的三维结构数据库。34Dock软件步骤1.分子的准备工作2.活性位点的确定3.格点对接4.柔性对接35分子的准备工作在Chimera软件中进行 加氢原子加电荷得到的文件：1）rec_charged.mol22）rec_noH.pdb3）lig_charged.mol236活性位点的确定填充受体分子表面口袋或凹槽的球集每个负像代表一个可能的活性位点聚类分析37负像个数的简化原则只考虑半径最小的

13、负像仅保留夹角小于90度的负像（位于口袋浅表）与负像相切的表面点必须间隔4个残基去掉半径大于5埃的负像38程序命令生产分子表面点 dms input_file -n -w 1.4 o output_file例如：dms rec_noH.pdb-n -w 1.4 o rec.ms得到文件：rec.ms39不含氢原子的受体文件形成负像文件名程序命令产生负像文件 sphgen 默认的参数文件：INSPH默认输入文件为rec.mc默认得到负像文件为rec.sph默认得到一个计算过程描述文件：OUTSPH4041格点计算依据受体表面的这些结合点与配体分子的距离匹配原则，将配体分子投映到受体分子表面保留仅

14、是与受体有个的特征值命令 showbox box.in输出文件：rec_box.pdb424344454647AutoDock对接软件准备蛋白质和配体蛋白质：加电荷和溶剂化，存为pdbqs格式配体：加电荷，定义搜索的二面角和根片段格点对接：保留探针原子和受体之间的相互作用能对接计算：遗传算法评价函数：半经验的自由能计算 范德华相互作用氢键相互作用静电相互作用溶剂化作用488 分子对接计算的注意点小分子问题 起始构象对对接结果有一定影响对接时应以代谢物的结构进行对分子进行加电荷和加氢处理蛋白质问题如何选择合理的蛋白质活性位点对接问题搜索结合模式的正确性、对接的效率、评分的正确性采用多个软件进行评

15、价，减少结合模式搜索误差定量指标，需要结合分子动力学进一步评价49评价：打分函数 每一个对接的算术都会采用平衡了时效和精确度的简单自由能预测方法，现在的打分函数主要包括三种：基于经验的回归参数的方法；基于分子力场的方法和基于知识的方法、基于知识的打分函数 。 50（1）基于力场的方法 只考虑热焓对能量的贡献，不考虑熵的影响，一般情况下，采用标准力场的非键作用能如真空静电和范德华作用能用作打分函数，如DOCK程序中采用AMBER的能量函数：51（2） 基于经验的打分函数 基于经验的打分函数用多元回归的方法拟合各种物理参数对结合自由能的贡献，如FlexX程序中采用下列函数，所采用的方程包括，配体旋

16、转键的个数、氢键、离子键，疏水和芳香环的堆积作用，以及亲水作用。这种方法能快速直接地估算结合自由能， 52（3）基于知识的打分函数 最初应用于蛋白质结构预测，打分函数用统计力学的方法得自蛋白质配体的复合物结构，结合自由能用函数为分子间距离的平均能的加和来计算。基于知识的打分函数是一种比较有前途的方法 53虚拟筛选的具体流程54包括4个步骤：受体模型的建立；小分子库的产生；计算机筛选和命中化合物的后处理。 第一步，受体模型的建立： 蛋白质结构的准备是虚拟筛选的重要一步。虚拟筛选的蛋白靶标的结构可以从PDB库(http:/pdb/index.html)中直接下载使用 也可以通过和家族中同源蛋白的序

17、列、结构信息比较，同源模建而得 1）大分子结构获取552）接着是结合位点的描述，选择合适的配体结合口袋对分子对接至关重要 一种是直接从配体受体复合物结构中抽出；选择口袋有两种方式：如果没有复合物结构，则需要根据生物功能如结合、突变等实验信息来手动选择结合部位 56第二步，建立小分子数据库 二维结构用结构转换程序如CORINA、CONCORD实现三维结构的转化。 建好的三维结构加氢加电荷后，便可以用于对接程序。 57第三步，对接和打分，这一步是虚拟筛选的核心步骤。 对接操作就是把每个小分子放到受体蛋白的配体结合位点，优化配体构像和位置，使之与受体有最佳的结合作用，给最佳结合构象打分，对所有化合物

18、根据打分排序，然后从化合物库中挑出打分最高的小分子。 58最后一步是命中化合物的后处理 通过计算分子的类药性质ADME/T (吸收absorption、器官分布distribution、体内代谢metabolism、排泄excretion 和毒性toxicity)性质的估算，排除那些不具有类药性质的分子。 可以利用一些经验规则如“五规则” 等，快速排除那些不适合进一步药物开发的分子。 59通过以上四步处理，大部分分子从化合物库中剔除，形成一个合理大小的化合物库，仅对这些适合成药的化合物或购买、或合成、或分离得到，然后再进行实际的生物测试。 60对接方法尚需解决的问题：分子的柔性溶剂化效应打分函

19、数61分子对接的应用靶 标靶标分类靶标结构小分子库大小所用方法抑制剂活性M实验数据AmpC -lactamseHydrolaseX-ray200kNWU DOCK26X-ray复合物BCRABLKinaseX-ray200kDOCK25细胞的抑制活性实验Anthrax EFAdenylyl cyclaseX-ray200kNWU DOCK20酶动力学实验IMPDHDehydrogrnaseX-ray3500kFlexX30酶动力学实验Casein kinase IIKinaseHomology400kDOCK0.08抑制活性、构效关系K 通道Ion channelHomology50kDOCK

20、10细胞的抑制活性实验Thyroid homone receptorNuclear receptorHomology250kICM075抑制活性实验CDK2KinaseX-ray50kLIDAEUS2X-ray复合物TGFRKKinaseX-ray200kCatalyst0005X-ray复合物cyclophilinImmunophilinX-rayUnity/FlexX6细胞的抑制活性实验tRNA guanine transglycoslaseX-ray800kUnity/FlexX0.25酶动力学实验PfDHFRReductaseHomology230kCatalyst/DOCK0.9酶动力学实验-AmylaseHydrolaseX-ray200kUnity/FlexXNMR,SPR,层析62（一） 配体对CDK2，CDK4激酶选择性的研究细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶（cyclin-dependent kinases, CDKs）是一类Ser/Thr 蛋白激酶，直接参与调控细胞分裂周期，顾名思义，CDK只在周期蛋白Cyclin活化下