讲义数据库检索生物医学

1、第四章第四章 数据库检索数据库检索The CUCKOO WorkgroupNCBI数据资源 Nucleotide: 核酸序列数据库 PubMed: 生物医学科学文摘数据库 GEO：基因表达谱数据库。收集存储微阵列基因表达数据 Protein: 蛋白质序列数据库 SNP: 单核苷酸多态性数据库 Taxonomy: 物种分类学数据库 Gene: 基因数据库。提供序列及基因描述信息 Structure: 大分子三维结构数据库 3D Domains: 特定功能域的三维结构数据库 UniGene: GenBank分离的非冗余基因簇。包含已确定基因和EST。每个簇包含唯一的非冗余的基因序列、表达的组织类型

2、和基因图谱位点。 UniSTS: 序列标签位点数据库，用于作图位点 PopSet: 人口研究数据库 Books: 在线生物医学图书数据库 OMIM: 在线人类孟德尔遗传目录数据库 Conserved Domains: 保守结构域数据库 Cancer Chromosomes: 癌症染色体数据库 Homologene: 基因同源物数据库 Journals: 杂志及出版社信息数据库 Genome: 基因组数据库，提供完成的基因组/染色体图形 GDS: GEO的基因表达实验与生物芯片数值结果数据库Entrez检索规则 逻辑运算符（大写）： AND ，OR，NOT 运算过程由左至右，（）部分优先 空格分

3、隔默认逻辑关系为 AND 多个单词短语加双引号 模糊检索使用 * 用 限定字段，如限定基因名称为ATG1的检索 ：ATG1GENE数据库使用实例序列数据查询实例 某天，Prof. Gene发现人的Hela细胞中，有丝分裂期间有异常情况：细胞不再分裂，而是开始凋亡(表型，phenotype)，通过实验的方法(例如，酵母双杂交)，发现了与有丝分裂期间某个蛋白可能相互作用的一个基因，测序结果如下(genotype)：CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGA

4、TGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTCAAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGC

5、TGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC问题一：这是哪个基因？NCBI: BLASTnucleotide blastMegablast: 找基因序列输入序列提交序列NM_001168.2Gene info：基因信息BIRC5(survivin)Gene info: 17号染色体功能注释：Gene Ontology结论一 1. 该基因为人的BIRC5(survivin)基因，染色体定位：17号染色体，73721872-73733311；基因标识符：NM_001168.2; 2. 初步的功能分析：细胞周期，caspase酶的抑制因子，等等。问题二：编码的蛋白质序列是怎样的？NM_00

6、1168.2获取蛋白质的序列信息NP_001159.2：142aa结论二 人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸，序列标识符为：NP_001159.2问题三：有没有保守的功能结构域 (domain)？获取FASTA序列FASTA格式的序列find conserved domains填入蛋白质的FASTA序列BIR domain结论三 Survivin具有保守的功能结构域BIR问题四：它的功能是怎样的？UniProt: 蛋白质数据库在人中做BLAST搜索O15392BIRC5的蛋白质信息功能注释结论四：功能分析 1. 在瘤形成过程中可能起一定作用； 2. 阻碍G2/M期的细胞编程性凋亡；

7、3. Chromosomal passenger complex (CPC)的成员之一。 细胞亚定位：胞质，核。 问题五：它在真核生物中保守吗？ExPASy Blast在酵母中进行序列比对酵母BIR1: P47134酵母BIR1的信息结论五： 人的Survivin在酵母中的同源物可能是BIR1。问题六：有没有三级结构信息？PDB：三级结构数据库PDB的三级结构信息用Jmol显示三级结构PDB的三级结构信息Raswin: 三级结构显示总结 现在，Prof. Gene知道了： 1. 该基因为人的Survivin基因，染色体定位：17号染色体，73721872-73733311；基因标识符：NM_0

8、01168.2; 2. 人的Survivin蛋白质包含142个氨基酸，序列标识符为：NP_001159.2 3. Survivin具有保守的功能结构域BIR 4. Survivin的细胞亚定位：胞质，核，其功能有： (1) 在瘤形成过程中可能起一定作用； (2) 阻碍G2/M期的细胞编程性凋亡； (3) Chromosomal passenger complex (CPC)的成员之一。等等。 5. 人的Survivin在酵母中的同源物可能是BIR1。 6. Survivin的三级结构已知，在PDB中的标识符为1E31。作业 某天，Prof. Gene在小鼠(Mus musculus)中又发现了

9、一个与有丝分裂相关的基因,通过DNA测序，得到部分序列：GATGAGCTGCTTATCCTACAACGAGAAGTCGGACATCTGGTCCTTGGGCTGCCTGCTGTATGAGCTGTGTGCACTAATGCCTCCCTTTACAGCTTTCAACCAAAAAGAGCTAGCTGGGAAAATCAGGGAAGGGAGGTTCAGGCGCATCCCCTACCGCTACTCTGATGGCTTGAATGACCTCATCACTCGGATGCTGAATTTAAAGGACTACCATCGACCTTCAGTGGAAGAAATTCTGGAGAGCCCTTTGATAGCAGACTTGGTTGCAGAAG

10、AGCAAAGGAGAAATCTGGAGAGGAGAGGACGGCGCTCAGGCGAGCCTTCGAAGCTGCCGGACTCCAGCCCTGTGCTGAGCGAGCTCAAGTTGAAGGAAAGGCAACTGCAGGATCGAGAGCAAGCACTCAGAGCTCGGGAGGACATCCT 问题： 1. 这个基因在小鼠中是哪个基因？基因的标识符是什么？这个基因的在基因组上的定位是怎样的？ 2. 这个基因在人中的同源物是哪一个？标识符是什么？ 3. 在人中，这个基因编码的蛋白质是什么？具有什么样的功能？细胞亚定位在何处？这个基因是一个酶吗，什么酶？具有什么样的功能结构域？ 4. 这个基因在酵母中保守吗？如果保守，哪个基因是人中的同源物？ 5. 这个基因在人中的同源物，编码的蛋白质有3级结构的信息吗？如果有，给出在PDB中的标识符。作业要求 发信至 信件名称：学号+姓名 答题内容使用文本文件（TXT），不要使用Word文件或其他格式。 文件名：学号+姓名.TXTNCBI数据资源