关于激光共聚焦显微镜拍照后图像的处理

1、 Huangs lab ZEN图象处理教程选取与微调整选取与微调整2016.5.1唐浚博前言本教程以一张共聚焦显微镜照片（20160120_crb-HA_HA-aPKC_st11-1Az_40X）为例，讲解如何选取感兴趣区域并加以处理。本教程仅对最基础最简单的功能进行说明。欢迎大家批评指正和完善。一、版本ZEN lite软件分为blue edition和black edition版本更迭：Zen 2009 Zen2010 Zen2011 Zen2012 zen2 zen2.1 此后仍有更新，但版本号无变化。2012与2此两个版本适用的显微镜不同，所以市面上均有存在，但图片处理相互兼容。Zen

2、lite为免费软件，与zessi激光共聚焦扫描显微镜一同食用效果更佳。http:/ edition和black edition的区别blue edition处理功能更丰富；black edition的导出选项更丰富。二者互补。理论上两个版本都应安装，安装时请注意系统位数二、1.文件格式Zen Lite Blue Edition默认打开“.czi”格式文件。 在拍摄好图像后，保存的图象格式可选很多种，其中本实验室大部分为“.lsm”格式。注：建议在拍摄时就直接保存为“.czi”格式以简化后续操作。2.格式转换(1)默认使用black edition打开.lsm格式文件需要说明的是，格式转换不是必

3、须的，但转换后可方便之后随时对文件修改。点击左上角file-save as图片格式选择第一个czi保存保存后的图片即可用blue edition 打开2.格式转换(2)此方法无需转换格式。同时打开blue edition和black editionFliesend to ZEN2-blue edition注意：必须同时打开两个版本此选项才能被选中3.用ZEN blue edition 打开图片打开后可以看到处理功能更加丰富（若安装的是实验通用的版本则为中文版）三、图象旋转点击左侧任务栏中的：处理-几何可通过两种方式旋转图象点击Rotate 2D，在参数中调整夹角度数（正值为顺时针旋转角度），点

4、击应用点击旋转，在参数中调整夹角Z度数（正值为顺时针旋转角度），点击应用OR用两种方式旋转45后的效果相同应用后可以发现并非在原图基础上修改而是新建了一张处理过的图象每一次应用一种新的效果都会在当前图象上进行处理，并新建一张新的图象四、选取感兴趣区域（ROI）当旋转到合适的角度后，即可圈选出所需区域在下方工具栏中点击标注-选择感兴趣区域ROI通过调整下方工具栏中的尺寸，可精确调整所选区域大小及位移，保证多张图片所选区域一致。本操作在2D模式下进行即是对所有通道同时进行操作，若需要单独对某一通道进行操作，请在拆分模式下进行。右键单击框选的区域-设置一个感兴趣的图集设置后选中区域在3个通道中都被裁

5、切。五、图象色彩调整单击自动或最佳可有效改善图象色调，单击重设可还原。其他调整效果请自行尝试。注：若gamma值不为1可能导致不同显示器显示效果差异六、导出若要导出为多通道拼合的图片，则需要使用black edition同时打开blue edition和black edition在blue edition中：文件-图象转移至ZEN-black版本在black edition中：fileexport输出选项中选择full resolution自动输出为tif格式若要直接从blue edition版本导出，则文件导出/导入导出值得一提的是若图象具有时间条则可以导出为videoZ-位置可以提取某个时间点的图象导出后的文件此时的图象依然不是最终图象，还要通过ps调整分辨率等七