新版PubMed检索

1、精选课件1浙江中医药大学图书馆 刘春金精选课件2uPubMed及NCBI相关数据库uPubMed数据范围u认识新版PubMeduPubMed检索方法uPubMed RSS学科跟踪精选课件3uNCBI(National Center for Biotechnology Information，美国国立生物技术信息中心)uNCBI是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一，其成立的原因是为已故的参议院议员Claude Pepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是National Institutes of Health（NIH）底下的N

2、ational Library of Medicine（NLM）的部门之一。由于NLM具有建立与维护生物医学数据库经验，且因它是NIH的单位，因此可执行计算分子生物计划。NIH目前是全世界最大的生物医学研究单位。 uNCBI成立的主要任务为：u提供生物医学的分析与计算工具，协助研究人员了解生物的语言-DNA在健康与疾病中所扮演的角色u发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程， 包括建立储存与分析分子生物、生化与遗传学知识的自动系统；促 进研究与医学社群使用数据库与软件；协调生物技术信息的传递与 管理；执行以计算机为基础的进阶信息分析过程，用以分析生物重要分子的结构与功能。精选课件4

3、uComputational Biology Branch （CBB）uInformation Engineering Branch（IEB）uInformation Resources Branch（IRB）精选课件5uComputational Biology Branch（CBB）u处理运算、数学及分子生物、生物与遗传学理论问题的基础与应用研究，包括基因体分析、序列比对、序列搜寻方法、巨分子结构、动力学与交互作用、结构/功能预测等。u建立NIH实验室、政府机构、学术单位与产业界之生物学家、化学家、数学家与计算机科学家间的计算分子生物合作研究计划。u提供研究分子生物分析工具的咨询与建议。u

4、与分子生物社群互动，利用计算与理论方法提高实验研究质量。精选课件6uInformation Engineering Branch（IEB）u进行数据表现与分析的应用研究，包括在分子生物、遗传学与生物化学的计算机储存、管理与检索系统。u设计各种呈现分子生物信息的数据库架构与规格书，包括核酸、蛋白质与结构信息。u设计与发展分布式软件系统，提供研究人员本机与远程的计算服务。u协调公开序列、遗传、结构、目录信息，建立管理与整合数据库或连结至外部数据库。u建立NIH内部与外部学术单位的信息学合作研究计划。u提供软件与数据库设计咨询与建议。u发展与提倡数据库、数据交换与生物命名的标准。精选课件7uInfo

5、rmation Resources Branch（IRB）u计划、监督与管理NCBI的计算机技术操作，包含用来研究、发展与存取公开数据库的计算机系统。u提供NCBI人员与外来使用者技术支持。u提供NCBI服务之网络操作指导。u规划使用NCBI资源的教育训练与研讨会。u计划、发展与管理政府合约与合作协议书，已获得支持NCBI信息u功能的设备与服务。u作为基因体计划使用者与服务办事处之联络人。u执行应用研究与发展，提供技术支持与指导，鉴定使用者需求；u管理生物使用社群之问卷调查，以评估NCBI发展的软件使用情形。u协调政府其它办事处与生物信息资源，促进NCBI数据储存的发展。精选课件8uNCBI还

6、有一个跨多学科的基础研究群，组成人员包括计算机科学家、分子生物学家、数学家、生化学家与物理学家，共同致力于计算分子生物的基础与应用研究。他们一起研究利用数学与计算机方法解决分子层面的基本生物医学问题，这些问题包含了基因结构侦测与分析、序列分析、立体结构预测、重复序列类型（Pattern）、建立基因体图谱、HIV感染动力学的数学模型、分析序列错误对数据库搜寻的影响、发展数据库搜寻与多重序列比对的新算法、建立无重复的序列数据库、使用数学模型评估序列相似性在统计学上的重要性、建立文章检索的载体（Vector）模型等。除此之外，这些研究人员尚与NIH的研究单位、学术单位的研究实验室与政府机构的研究实验

7、室间维持合作关系，目前仍有多项研究计划正在进行当中。精选课件9uNCBI目前提供的生物信息资源主要分为u生物数据库u生物信息工具精选课件10u生物数据库u生物数据库是一个永久数据的大的组织体，通常结合计算机软件执行更新、查询与存取数据的功能。对于研究人员而言，数据库必须符合：容易取得信息以及只取得回答特殊生物问题的信息两项功能。uNCBI的数据库搜寻与存取系统-Entrez，可用来获取单一数据库或许多数据库的整合数据。例如Entrez蛋白质数据库除了可查询蛋白质信息，同时亦可连结到生物分类数据库查询生物分类信息。目前，NCBI提供的公开（Open Access）数据库包括如下：精选课件11精选

8、课件12uEntrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列，定位，分类，和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列，蛋白序列，大分子结构，全基因组，和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列，结构和参考文献的能力。PubMed是一个网络搜索界面，可以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问，包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章。 uBLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。B

9、LAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从HTTP或FTP来获得。精选课件13uBooks 出版社提供之数字生医图书与医生参考书籍数据库uCancer Chromosomes 美国国立癌症研究所的Mitelman Database of Chromosome Aberrations in Cancer数据库里已经整合好的cytogenetic、临床与文献相关数据uConserved Domain Databa

10、se（CDD），蛋白质功能区块保留序列数据库u3D Domains，蛋白质功能区块立体结构数据uGene，包含许多物种的基因数据库uGenome，包含超过800种物种的基因组数据库uGENSAT，小鼠中枢神经系统基因表现图谱uGEO Datasets，基因表现实验与生物芯片数值结果数据uGEO Profiles，基因表现图谱uHomoloGene，同源基因批注数据库uJournals，期刊文献（包含PubMed）uMeSH，医学主题词数据库uNCBI Web Site，所有NCBI网页uNLM Catalog，美国国立医学图书馆馆藏书目、期刊、视听数据目录uNucleotide sequenc

11、e database，核酸序列数据库（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列数据库）精选课件14uOnline Mendelian Inheritance in Man (OMIM)，人类遗传疾病相关文献数据库uPopSet，族群演化分析相关研究资料uProtein sequence database，蛋白质序列数据库（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等数据库与从GenBank、RefSeq核酸序列转译之蛋白质序列资料）uPubChem BioAssay，化学成分之生物活性筛选资料uPubChem Compound，小分子化学物质结构uPubChem Substan

12、ce，具生物活性之化学物质筛选数据uPubMed，科学文献报导数据库uPubMed Central，科学文献数字全文数据库uSite Search，可搜寻NCBI的网页与FTPuSNP，单点核酸多样性数据库(dbSNP)uStructure，分子模型数据(MMDB) uTaxonomy，以核酸或蛋白质为基础的分类学信息uUniGene，人类unique基因序列数据库uUniSTS，unique序列卷标地址数据库精选课件15u数据类型：期刊论文、综述以及与其他数据资源链接。u特点：u免费提供题录和文摘u提供与原文的网址链接(部分免费获取） u提供检索词自动转换匹配u操作简便、快捷精选课件16uM

13、EDLINEu4800余种生物医学期刊，内容涉及医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统、前临床医学等学科。这些期刊来源于美国和世界上70多个国家和地区。u文献量达1千2百多万条记录，并回溯到1966年。u记录中用PubMed-indexed for MEDLINE标记表示注 截止2006年3月15日PubMed公布的数据精选课件17uIn process citationu提供MEDLINE尚未经规范处理的数据。u获MeSH词后，再加入MEDLINE。u记录中用PubMed-in process标记表示。精选课件18uPublisher Supplied Citationsu出版商直接向PubM

14、ed提供电子记录u包括MEDLINE未收录的部分记录u记录中用PubMed-as supplied by publisher标记表示。精选课件19uOldMedlineu1950-1965年间发表的200多万篇文献u没有MeSH字段和摘要u记录中用PubMed-OLDMEDLINE for Pre1966标记表示。精选课件20uPubMed not MedlineuPubMed收录Medline不收录的文献。u记录中用PubMed标记表示。精选课件21精选课件22u收录范围广：uMEDLINE收录的部分生命科学相关文章的非医学专业期刊（物理、天文、化学等）u收录记录新：u在MEDLINE数据标

15、引前的最新题录u文献类型全：u提供电子原文链接（部分免费）精选课件23uPubMed首页uPubMed检索结果页uPubMed结果显示uPubMed摘要显示精选课件24新版PubMed特色：简洁、清新检索速度较快精选课件25精选课件26精选课件27精选课件28精选课件29精选课件30精选课件31精选课件32uPubMed基本检索uPubMed高级检索uPubMed限定检索uPubMed主题检索u临床查询检索uPubMed全文获取精选课件33u在检索框中键入一个或多个英文单词（大写或小写均可），点击GO按钮，PubMed系统会自动在主题词表，期刊名表，短语表及作者索引中查询与输入的词相匹配的形式

16、，这就是它特有的“自动词汇匹配功能”。u例如：检索肿瘤 (cancer)方面的文章。u在检索框中输入：“cancer”，再点击“Go”按钮。 PubMed将自动地利用它的“自动词汇匹配”功能将重要的词语结合在一起，并将不规范的词语转换成MeSH词表中规范的用词进行检索，比如，检索“cancer” 将自动转换为：neoplasmsMeSH Terms OR neoplasmsAll Fields OR cancerAll Fields精选课件34u自动转换匹配：自动转换匹配： PubMed对对输入检索框中的检索输入检索框中的检索词进行智能化地校对，词进行智能化地校对，将其逐步地与其数据将其逐步地

17、与其数据库中的各类术语匹配库中的各类术语匹配的原则。的原则。MeSH Translation Table主题词注释表主题词注释表Journals Translation Table期刊注释表期刊注释表Common Phrase List常用词组表常用词组表Author Index作者索引表作者索引表检索词拆分检索词拆分AND精选课件35精选课件36A BA B A B精选课件37 精选课件38精选课件39精选课件40精选课件41精选课件42精选课件43期刊数据库（journal database)期刊数据库的作用：1、可以查看期刊的详细信息，包括出版国家，出版社，出版语言，期刊类目等等；2、可

18、以根据期刊的主题分类，查看medline收录的各学科的期刊，比如查看medline收录的关于麻醉学(Anesthesiology)方面的期刊；2、方便检索某本期刊上被PubMed收录的所有文章。比如：我们想知道期刊Acad Pediatr的全称以及具体的出版社，以方便投稿，如何查？操作方法：点击导航栏上的Journal database，打开期刊数据库检索界面，在检索框中输入Acad Pediatr，再点击Go按钮即可。精选课件44精选课件45精选课件46精选课件47精选课件48精选课件49截词检索截词检索的作用：扩大检索范围，提高查全率。截词符：用*表示，代表多个字符，将*加在检索词后可以表

19、示对所有以该词开头的词进行检索。如：bacter*，可以检出bacter，bacteria， bacteriophage ，bacterium，等最多600个单词。精选课件50精选课件51精选课件52 精选课件53常用检索字段描述和标识Titleti：篇名字段Abstractab：摘要字段Affiliation ad：著者地址字段。Author nameau：文章的作者，检索格式：姓+名。如：smith jaauJournal titleta：期刊名称。如：celltaLanguagela：论文出版语种。语种检索时可只输入前3个字母，如：chila=chinesela；Englishlang=

20、engla比如：检索文章题目中含有高血压的中文文献检索式:hypertensionti AND chila精选课件54精选课件55常用检索字段描述和标识Publication datedp:出版日期指论文所在期刊的出版日期日期检索的形式为：YYYY/MM/DDDP要检索一段时期内的文章，日期之间可以加冒号，如：1993/01:1995/06DPPublication typept:出版类型。有综述，新闻，传记，临床试验等。如：reviewptMeSH termsmh：主题词字段。如：hypertensionmhSubheadingssh:副主题词。与主题词组配检索.比如：检索1995年到199

21、6年出版的关于高血压方面的综述性文献。hypertensionmh AND 1995/01:1996/12DP AND reviewpt精选课件56精选课件57强制检索功能PubMed允许使用双引号来强制系统进行短语检索。如：在PubMed主页的检索提问框中键入“single cell”，并用双引号引起来。点击“GO”按钮，系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。如果不使用双引号进行强制检索，系统就会将其分成2个词：single和cell检索，其检索表达式为：single AND cell. 很明显这样的检索结果是不符号要求的。精选课件58精选课件59精选课件60精选课件

22、61精选课件62医学主题词表数据库(MeSH Database) 医学主题词表是对生物医学文献进行主题分析、标引和检索的权威性词表，它的作用是使医学文献的主题标引和检索达到统一和一致，并指导用户高质量地检索医学文献。它可以指导用户从同义词发现主题词，告诉用户主题词如何使用，显示主题词之间的相互关系。精选课件63医学主题词表数据库(MeSH Database)利用主题词进行检索方法:1、点击主页右下角的MeSH Database进入主题词检索界面；2、输入检索词后，点击go按钮，系统将显示与该词有关主题词；3、点击该主题词进一步显示该主题词的定义、树状结构、组配的副主题词；4、选择合适的主题词与

23、副主题词后，点击send to按钮，进入检索表达式浏览窗口；5、点击Search PubMed将显示检索结果。精选课件64精选课件65精选课件66精选课件67精选课件68精选课件69精选课件70精选课件71文摘文摘第一著者单位地址第一著者单位地址出版商提供文献识别号出版商提供文献识别号著者群著者群版权说明版权说明参考评论文献参考评论文献合著者合著者文献参考评论文献参考评论定稿版定稿版校样版校样版输入日期输入日期输入完成日期输入完成日期电子出版日期电子出版日期精选课件72电子出版日期电子出版日期文献出版日期文献出版日期数据加入数据加入PubMed日期日期文献勘误文献勘误参考文献勘误参考文献勘误全

24、部著者姓名全部著者姓名全部调研者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称作为文章主题的著者全称文献相关注释文献相关注释基金编号基金编号基因符号基因符号期编号期编号资助调研者资助调研者资助调研单位资助调研单位国际标准期刊号国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号美国立医学图书馆识别号期刊全称期刊全称精选课件73最后修订日期最后修订日期规范词表词规范词表词规范词确立日期规范词确立日期系统组织的文摘系统组织的文摘版权拥有者版权拥有者题录提供机构的识别号题录提供机构的识别号病史相关与原始记录病史相关与原始记录其他关键词其他关键词提供其他关键词的机构提供其他关键词的机构数据提供者机构数据提供者机构文章总页数文章总页数出版商提供数据时间出版商提供数据时间期刊出版国期刊