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文档简介

.系统发育树构建赵慧.16SrRNA片段获取DNA提取基因组DNAPCR扩增16SrRNA细菌培养液测序.序列比对1.使用DNAstar中的SeqMan对未知菌测序得到的两条序列进行组装连接SeqMan使用方法：1.打开软件如图.2.点击Add Sequence 然后选择侧得的序列（带有图的）.3.点击 Assemble 得到如下图，然后双击Contig1.4.得到下图，减掉两端不好的序列，点击Contig，再点击save consensus ，保存。.NCBI比对5.将得到的序列输入到NCBI上进行比对.6.Blast DAN.7.输入组装的DNA序列.8.选择相似的菌种.9.下载FASTA格式.10.MEGA7比对1.打开软件点击Align-Edit/Build Alignment然后 OK-DNA 再然后是Edit -insert sequence from file-选择序列（相似菌和目的菌，fasta格式）-选中序列-点击Alignment -Align by clustalW-保存（mas格式）.构建发育树再点击phylogency-construct/test neighbor- jioning tree-然后选择上述保存的文件.mas然后参数选择Bootstrap method

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