版权说明:本文档由用户提供并上传,收益归属内容提供方,若内容存在侵权,请进行举报或认领
文档简介
1、miRBase-microRNA序列数据库目录 microRNA简介 miRBase简介 miRBase的主要功能:1.miRNA注册2.miRNA搜索3.特定miRNA具体信息4.miRNA靶标预测5. 数据下载microRNA简介microRNA(miRNA)是一类长约22个核苷酸的非编码小RNA分子,最早在线虫中发现,并广泛存在于许多真核生物和细胞中,包括植物、动物、单细胞藻类、病毒等。miRNA主要通过与靶mRNA的结合,在转录后水平介导mRNA降解(多见于植物)或翻译抑制(多见于动物)来调控基因表达。研究表明miRNA在动植物生长发育、动物细胞凋亡、癌症发生以及植物应答胁迫等方面发挥
2、重要作用。microRNA的命名规则:1. 将物种缩写置于miRNA之前,成熟miRNA用miR表示,miRNA的基因或初级转录本中预测的茎环结构则用mir表示;2. miRNA简写成miR,再根据其被克隆的先后顺序加上阿拉伯数字,并且编号是连续的;3. 不同物种中同源的miRNA最好用同一个名字,同一物种中高度同源的miRNA在数字后加上英文小写字母;4. 由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同miRNA成熟序列而premiRNA序列不同的miRNA,则在后面加上阿拉伯数字以区分;5. 如果一个前体的2个臂分别加工产生miRNA,则根据克隆试验,看看哪个是主要的成熟产物,次要的在后
3、面加“*”号。miRBase18226 hairpin precursor miRNAs21643 mature miRNAs 168 speciesmiRBase miRBase序列数据库是一个提供包括miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一;库中所有数据都可以从首页Download page或直接进入FTP站点下载。 miRBase主要由三部分组成:miRBase database、miRBase Registry和miRBase Targets database。 而miRBase Targets database则已经更名为
4、microcosm,并托管于EBI。miRNA注册提交所用的格式为Fasta格式。最终,提交的序列将会加入到miRBase Sequence Database中。miRNA搜索miRNA搜索miRNA搜索miRNA搜索hsa-let-7a-1 MI0000060 hsa-let-7a-1 MI0000060 UGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAUACAAUCUACUGUCUUUCCUA UGGGAUGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUUUUAGGGUCACACCCACCACUGGGAGAUAACUAUACAA
5、UCUACUGUCUUUCCUA miRNA搜索miRNA搜索特定miRNA具体信息 信息主要包括三部分:茎环结构,成熟序列(包括miRNA*)和参考文献。茎环结构和成熟序列的序列信息都可以通过“Get sequence”得到相应FASTA格式的序列。 茎环结构部分除Accession、ID、Description、Stemloop信息之外,还包括Deep sequencing数据、Genome context、该基因相关的Database links、基因所属Gene family。 成熟序列部分也包括Accession、ID、sequence和Deep sequencing信息,但还有试验
6、证明(包括克隆、Northern以及Solexa测序等)和通过不同软件预测的靶标,并可通过链接查看。 References部分列的主要是Pubmed中有关该miRNA文献的链接,这有利于用户对该miRNA进行全面了解。特定miRNA具体信息茎环序列Deepsequencing信息特定miRNA具体信息成熟序列Deep sequencing信息特定miRNA具体信息参考文献miRNA靶标预测 miRNA预测靶标的查询由Targets database负责,它主要针对动物miRNA靶标的查询。目前Targets database已更名为microCosm并托管于EBI。它运用的是miRanda算法,从多种物种基因组3UTR信息中找出潜在的miRNA靶标。 用户可以通过主页链接或直接进入MicroCosm(http:wwwebiacukenright-srv
温馨提示
- 1. 本站所有资源如无特殊说明,都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
- 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等,如果需要附件,请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
- 3. 本站RAR压缩包中若带图纸,网页内容里面会有图纸预览,若没有图纸预览就没有图纸。
- 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
- 5. 人人文库网仅提供信息存储空间,仅对用户上传内容的表现方式做保护处理,对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑,并不能对任何下载内容负责。
- 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容,请与我们联系,我们立即纠正。
- 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。
最新文档
- GB/T 44454-2024荧光材料光致发光量子效率绝对测量通用检测方法
- 梦想演讲稿集合四篇
- 个人低保申请书范文
- 株洲市芦淞区事业单位招聘考试试卷及答案
- 三明市卫生健康委员会招聘考试试卷及答案
- 《傲慢与偏见》读后感6篇
- 端午节日记集合6篇
- 学生的实习报告合集七篇
- 2024年员工培养报告
- 基础设施投融资行业2024年三季度政策回顾及展望:增量政策持续加码近年最大化债利好释放更加突出化债和发展的平衡退平台进程提速产业转型最终落地效果仍待关注 -中诚信
- DB22T 370-2014 建筑逃生缓降器设置技术规范
- 新概念英语入门级AUnit3课件
- 2023届湖南省长沙市麓山国际实验学校高三上学期入学考试数学试题(解析版)
- 初一年级建队仪式校领导讲话稿
- 生物钟基因图解
- 《养成良好习惯-铸就精彩人生》-主题班会
- 大学生国防教育教案第四章 现代战争
- 石油工人岗位讲述
- 中考语文二轮专题复习:议论类微写作(共27张PPT)
- 2023学年甘肃省兰州市西北师范大学附属中学物理高二第一学期期中调研试题含解析
- 老年抑郁与焦虑诊断与治疗教学课件
评论
0/150
提交评论