生物分析和药物筛选软件介绍

1、生物分析和药物筛选软件介绍生物化学分析工具Geneious Prov4.8.5 英文版32位中文名: 生物化学分析工具英文名: Geneious Pro版本: v4.8.5发行时间: 2010年制作发行: Biomatters Ltd地区: 美国语言: 英文版简介: Geneious 为所有分子的生物学家和的生物化学家而设计，分析复杂DNA及蛋白等生物资料的一个应用软件。Geneious是一个功能全面的生物信息学分析工具，适用于分子生物学和生物化学等领域。它使用方便，可以用来对基因序列或蛋白质的三维结构信息进行分析，是分析复杂生物资料的最佳选择。Geneious pro是基因组学和蛋白组学综合

2、研究工具软件，该软件为分子生物学研究人员提供了蛋白、基因序列分析、显示、文献检索、序列比对、进化树分析、ORFs查找、引物设计等多种分析功能。且针对科研单位和学术部门有一个较为优惠的价格。Geneious是一个综合，跨平台的生物资讯软体,包括操纵，发现，分享，并探讨生物数据，例如脱氧核糖核酸或蛋白质序列，phylogenies，三维结构信息，自动更新出版文献等，它的功能包括序列比对和phylogenetic分析，contig assembly，primers和restriction analysis，使用NCBI和EMBL, BLAST,蛋白质结构，自动化NCBI Pubmed搜索，和更多。它

3、甚至包括API因此您可以创造您的生物资讯插件为什么不现在下载Geneious,体验免费的Geneious Pro!您可以在我们的user forum与其他用户讨论Geneious，尝试免费的插件，下载Geneious API来创建您自己的插件或如果您喜欢使用Geneious Pro,购买license您可以永远使用所有的Geneious功能！Popular Geneious Pro use cases这里只是其中的一些Geneious Pro能为您做的日常研究工作例子.序列分析:* 共有序列，DNA与Protein转换和补充complement* 双序列与多重序列分析选择，包括Progress

4、ive 双序列并列分析及 alignment of nucleotide translation* 进化树建设与UPGMA，与NJ with bootstrapping 和 consensus trees* 方便用户插件MrBayes bayesian 贝氏分析* 打印trees,演化分析研究* Find motifs, open reading frames (ORFs) and 更多.序列可视化:* 可定制的图形浏览器和序列编辑器，alignments和annotations说明* 互动phylogenetic进化树查与快速选择源序列alignment* 图形的更新，实时其中包括序列标识，

5、色谱痕迹和蛋白质性质* 三维蛋白质结构观察* Fast, interactive dot plots and 更多.实验室序列分析* 自动整理Contig assembly，装配，色谱编辑* 限制酶* 设计引物与含糊和错配* Test individual primers or search a set of primers for the best matches 更多.组织序列和出版文献数据库* 在一处地方存储和组织您所有的科研材料，* 根据序列相似性搜索和排序，基本和先进的全文检索数据* 广泛的文件输入与输出，包括Endnote，Nexus，Newick,fasta，PDF,ABI,更多

6、!！* 为序列sequences, alignments and trees加入您自己的定制的注释，更多.下载蛋白质序列和基因序列:* 从NCBI （包括基因，基因组，核苷酸，单核苷酸多态性，结构和蛋白质)拖放序列* 与Pfam数据库紧密结合* 保持您的NCBI和EMBL下载自动更新* NCBI BLAST序列* 公共数据下载迅速过滤，更多.生物资讯教学* 利用Geneious创造互动教程与直接联繫的材料* 只需一个按键就可以使用所有的生物资讯工具* 学生能回答问题，做分析，然后使用collaboration提交其结果更多.PubMed搜索:* 自动检索新近发表文章，可以根据您的兴趣自动给新发

7、表文章分类* 存储的摘要和书目信息中文名: 生物化学分析工具英文名: Geneious Pro资源格式: 压缩包版本: v4.8.5发行时间: 2010年制作发行: Biomatters Ltd地区: 美国语言: 英文简介: Geneious 为所有分子的生物学家和的生物化学家而设计，分析复杂DNA及蛋白等生物资料的一个应用软件。Geneious是一个功能全面的生物信息学分析工具，适用于分子生物学和生物化学等领域。它使用方便，可以用来对基因序列或蛋白质的三维结构信息进行分析，是分析复杂生物资料的最佳选择。 Geneious pro是基因组学和蛋

8、白组学综合研究工具软件，该软件为分子生物学研究人员提供了蛋白、基因序列分析、显示、文献检索、序列比对、进化树分析、ORFs查找、引物设计等多种分析功能。且针对科研单位和学术部门有一个较为优惠的价格。Geneious是一个综合，跨平台的生物资讯软体,包括操纵，发现，分享，并探讨生物数据，例如脱氧核糖核酸或蛋白质序列，phylogenies，三维结构信息，自动更新出版文献等，它的功能包括序列比对和phylogenetic分析，contig assembly，primers和restriction analysis，使用NCBI和EMBL, BLAST,蛋白质结构，自动化NCBI Pubmed搜索，

9、和更多。它甚至包括API因此您可以创造您的生物资讯插件* 共有序列，DNA与Protein转换和补充complement* 双序列与多重序列分析选择，包括Progressive 双序列并列分析及 alignment of nucleotide translation* 进化树建设与UPGMA，与NJ with bootstrapping 和 consensus trees* 方便用户插件MrBayes bayesian 贝氏分析* 打印trees,演化分析研究* Find motifs, open reading frames (ORFs) and 更多.序列可视化:* 可定制的图形浏览器和序

10、列编辑器，alignments和annotations说明* 互动phylogenetic进化树查与快速选择源序列alignment* 图形的更新，实时其中包括序列标识，色谱痕迹和蛋白质性质* 三维蛋白质结构观察* Fast, interactive dot plots and 更多.实验室序列分析* 自动整理Contig assembly，装配，色谱编辑* 限制酶* 设计引物与含糊和错配* Test individual primers or search a set of primers for the best matches 更多.组织序列和出版文献数据库* 在一处地方存储和组织您所有

11、的科研材料，* 根据序列相似性搜索和排序，基本和先进的全文检索数据* 广泛的文件输入与输出，包括Endnote，Nexus，Newick,fasta，PDF,ABI,更多!！* 为序列sequences, alignments and trees加入您自己的定制的注释，更多.下载蛋白质序列和基因序列:* 从NCBI （包括基因，基因组，核苷酸，单核苷酸多态性，结构和蛋白质)拖放序列* 与Pfam数据库紧密结合* 保持您的NCBI和EMBL下载自动更新* NCBI BLAST序列* 公共数据下载迅速过滤，更多.生物资讯教学* 利用Geneious创造互动教程与直接联繫的材料* 只需一个按键就可以

12、使用所有的生物资讯工具* 学生能回答问题，做分析，然后使用collaboration提交其结果更多.PubMed搜索:* 自动检索新近发表文章，可以根据您的兴趣自动给新发表文章分类* 存储的摘要和书目信息* Quick links to find original articles and citation record online. 更多.Geneious combines all the leading DNA and protein sequence analysis tools into one revolutionary software solution! Its ease of

13、 use makes bioinformatics accessible to any biologist. It runs on all major operating systems and is very affordable.Geneious Pro 4.8 is the second release in a three phase release strategy for Next-Gen sequencing support and now imports SOLiD and Solexa sequences as well as 454 sequences. The new,

14、fast de novo assembler is capable of assembling a 5 mb bacterial genome for half a million sequences generated by the Sanger and 454 high-throughput methods in under 30 minutes while maintaining the most user-friendly environment available for research in the life sciences.Other new features in Gene

15、ious Pro 4.8 include:* Ultra-fast de novo assembler* Primer extension support* Primer design on alignments and assemblies* Map primer to sequence* Trim by primers* Batch export* Import FastQ, CsFasta, Qual file formats* Add, remove and combine enzymes from lists* Find in translated sequence* Quality

16、 statistics on chromatograms* Statistics: read length and chromatogram quality* Bundled EMBOSS Tools专业分子模拟平台 TRIPOS SYBYL V2.0 英文版中文名: 专业分子模拟平台英文名: TRIPOS SYBYL版本: V2.0 英文版 /Windows版发行时间: 2013年制作发行: Tripos地区: 美国语言: 英文版简介: SYBYL套装软体，Tripos出品的专业分子模拟平台，涵盖了分子模拟与显示、定量构效关係和ADME、药效团模型、生物资讯学、基於结构的药物设计、化学资讯学

17、和数据库、组合化学和分子多样性、NMR数据处理、化合物实体提供等多种与药物研究和开发相关的方向，为用户提供全面的药物设计和生物化学研究的解决方案。Sybyl是Tripos公司专门为药物小分子与生物大分子科学领域研究者所设计分子模拟软体。模拟的内容包括了药物小分子的建模、构象分析、三维定量构效关係研究、药效团建模、虚拟筛选、生物大分子的同源模建、活性位点分析、数据库搜索等。SYBYL-X2.0的新亮点有：1、在分子操作方面：点击与重原子连接的、处于隐藏状态下的氢原子时，该氢原子也会被选择，在之后的相关操作中此氢原子也会受到影响；典型的使用方案包括：查看蛋白质的结合位点并着色；删除配体或把它提取到

18、另一个分子显示区域；单独显示配体为球棍状模型；标注特定的原子；为配体创建一个表面。2、在数据库方面：配体数据库和生物高分子词典参考RCSB库重新生成。新的文件包含了12975个条目，极大地改进了配体中的原子和键的类型并且修改了PDB文件中不合理的氨基酸残基。3、在使用说明方面：可以在bookshelf中找到制作好的一些介绍SYBYL工作流的视频。4、在大规模并行计算方面：支持安装有Surflex-Dock和Surflex-Sim的 商业队列系统。  6、新增Molecular Data Explorer(MDE) 分子数据分析工具：SYBYL-X2.0 引进了分子数 据分析

19、工具，它可以用来分析数据集、计算并且以图形表示分子性质，此外它还引入了一个重新设计的菜单栏和一个新的工具栏。分子数据分析工具包含了同步浏览器，主要内容有：一个与SYBYL主窗口显示功能类似的3D显示器，可以浏览小分子的结构和叠合构象以及显示UNITY提问结构、配体或者相关的蛋白质活性口袋；2D结构的网络视图；右键点击自定义绘图机制，包括：散点图、柱形统计图和结构相似地图等。 图1、Molecular Data Explorer(MDE) 分子数据分析工具，增加了一个工具栏，二维结构显示列，工具栏中包含3D显示器、网格显示器、散点图按钮、柱状图按钮、过滤器等全新的功能。7、更新过的MD

20、E具体包含的功能有：通过整合各种格式的公开数据集和文件导入数据以及化合物信息；一次性的计算出多个属性；定义并应用筛选规则；打印任何一个视图或保存它的图像；重新打开保存好的MDE并加载各种组件。 图2、分子表单以及与之相关联的图像性质显示窗口，点击表单中任意一行，就可以在下面的数据图中高亮显示与之对应的点，结构或者柱状图等，反之亦然。 图3、点击工具栏上的计算器按钮，可以用来计算化合物的各种性质和分子描述符。 图4、整合并支持各种格式的数据，例如结构文件的SDF格式、数据格式的CSV格式，结合之后可以输出整合好的SDF文件。 图5、过滤器功能，用户可以自定

21、义相应性质的数据范围，从而达到筛选数据的目的。  图6、新增打印功能，用户通过点击打印机按钮直接打印数据，分享科研成果。8、更新了QSAR任务管理器：CoMSIA和EVA 方法已经加入到了性质列表中，用于计算化合物的相关描述符并创建模型。 执行其他相关的生命科学实验，如蛋白质结构建模，SYBYL-X解决方案将你的发现研究向前。 随着能力的小分子建模和仿真，大分子建模和模拟，化学信息学，鉴定Ledd，Ledd优化，都包裹在一个易于使用，成本效益的接口，SYBYL-X的工具和功能，你所需要的分子设计。此外，科学SYBYL-X提供提供独特的，有竞争力的优势，在为今天的成

22、功探索研究了一些重要的领域：3D-QSAR：使用业界领先的一种新的方式来产生新的想法，R基团的CoMFA的力量-预测水平的生物活性或效力结构活动数据的基础上，不只是有/没有活动预测基于配体的虚拟筛选的化合物过夜-寻找百万，千万不要错过安打，因为你只筛选你的数据库的子集部分化学信息：生产高度集中的查询，避免误报，使用一套丰富的3D查询;上飞的构象搜索意味着你只存储一个单一的分子构象，保持数据库大小的小，非常的运输对接：定制和微调对接使用像特区的信息到特定的受体部位，或称为对提高配体排序小分子建模与仿真SYBYL-X提供了关键的小分子建模和仿真，包括构效关系建模，药效产生假设，分子排列，构象搜索，

23、ADME预测多的能力。高分子建模与仿真SYBYL-X提供了关键大分子建模与仿真，同源建模，序列比对，需要了解和模拟的静态和动态的蛋白质和其他生物大分子的三维结构性能和其他关键任务的能力。化学信息学SYBYL-X使用户能够从今天的研究方法所产生的数据量提取有意义的信息。 SYBYL-X核心科学和综合应用，以解决关键任务，如数据挖掘和结构表示，用户可以方便地探索化学和生物药物发现计划的成功是关键的数据。Ledd鉴定SYBYL-X使研究人员能够执行关键任务，如发现Ledd命中和扩建Ledd，Ledd和骨架迁越，和虚拟筛选，以及考虑重要的分子特征，或在发现过程中的早期预测ADME和物理性能。 构效关系

24、建模，产生药效假说，分子排列，主要基于配体的设计任务，如包含在SYBYL-X，以及基于结构的虚拟筛选，以找出有前途的领先候选人与利益受体。先导化合物的优化使用SYBYL-X，研究人员可以开发基于配体和/或结构为基础的模型，解决多个标准，必须考虑优化Ledd。 用户可以预测他的生物活性或效力基于结构 - 活性数据，轻松的模型多个生物端点，理解和理顺药物的相互作用及其受体识别潜在的新的具有约束力的相互作用，将提供“一步跳”的效力的水平，并远以上。中文名: DNA序列分析软件英文名: MiraiBio DNASIS MAX资源格式: 安装包版本: v3.0 发行时间: 2010年制作发行:

25、 Hitachi Software Engineering America, Ltd.地区: 美国语言: 英文简介:   软件介绍MiraiBio公司是日立（HITACHI）公司在美国的下属分公司，专注于满足生命科学研究的需要。日立的品质、高端的产品、广阔的知识面、丰富的经验以及驾御市场能力的有机结合，是MiraiBio制胜的法宝。主要产品有：芯片点样仪、芯片扫描仪、荧光成像仪、分光光度计、Luminex液相芯片系统和配套试剂盒、生物信息学分析软件等。MiraiBio DNASIS MAX 是一款综合性低级结构分析软件，包括DNA、RNA 和 蛋白质分析。DNAS

26、IS MAX bioinformatics software helps life scientists edit, annotate and analyze DNA, RNA and amino acid sequences. It includes a comprehensive set of analytical tools and can be expanded with optional homology search, multiple alignment and base calling and sequence assembly (Phred/Phrap) modules.&#

27、160;What's new in v3.0* Exon Primer tool added for alternate splicing analysis* Primer Design, Multiple Alignment and Blast tools have also been updated for better accuracy* Improved Custom Database Management Custom Database Management* Windows 7 Compatibility使用注记：一、文件说明“MiraiBio.DNASIS.MAX.v3.

28、0.zip”为软件的安装版程序压缩包。喜欢安装版的朋友请下载此文件（激活方法见下文）。“MiraiBio.DNASIS.MAX.v3.0.(Win32.云端版).exe”为软件的云端版本，下载运行解压后即可直接使用（激活方法见下文）。云端版本在用完不想用了时可以很彻底地从系统中删除，适合于喜欢软件尝鲜的驴友使用。有关什么是云端，云端版的技术特点是什么，请看这里：http:/www.VeryCD.com/groups/daruanjian/790044.topic。二、激活说明1、软件运行所需环境或组件 需要 Microsoft .NET Framework 2.0 版本以上的运行环境支持。为获

29、得更好的运行速度及兼容性，我们强烈建议您在本地安装以上所需环境，在安装之前请退出云端或隐藏云端中的所有软件。  相关下载(微软官方)：Microsoft .NET Framework 2.0 Service Pack 22、关于激活 首次使用，请先运行压缩包或云端快捷方式中的 "RegisterDNAISKey" 程序 1) 选择 DNASIS MAX V3.0 ，再点击右边的 Unlock ，再点 OK 解锁（KEY不用填）。 2) 选择 PhredPhrap V2.0 ，再点击右边的 Unlock ，再点 OK 解锁（KEY不用填）。 再点 OK 关闭这个解锁

30、程序，软件便可以开始使用了。软件类型: 行业软件-健康医药软件性质: 无插件绿色软件 / 共享软件应用平台: Windows XP / Vista / Windows 7DNA序列分析软件 MiraiBio DNASIS MAX v3.0中文名: DNA序列分析软件英文名: MiraiBio DNASIS MAX版本: v3.0发行时间: 2010年制作发行: Hitachi Software Engineering America, Ltd.地区: 美国语言: 英文版简介: 软件介绍MiraiBio公司是日立（HITACHI）公司在美国的下属分公司，专注于满足生命科学研究的需要。日

31、立的品质、高端的产品、广阔的知识面、丰富的经验以及驾御市场能力的有机结合，是MiraiBio制胜的法宝。主要产品有：芯片点样仪、芯片扫描仪、荧光成像仪、分光光度计、Luminex液相芯片系统和配套试剂盒、生物信息学分析软件等。MiraiBio DNASIS MAX 是一款综合性低级结构分析软件，包括DNA、RNA 和 蛋白质分析。Bitplane Imaris 快速、精确且简单易用的三维细胞结构生物显微影像分析处理软件。可输出普通的TIFF格式、QuickTime和AVI格式。Bitplane的Imaris系列模块是生命科学领域中的显微图像分析中，多维图像处理和分析的主导软件。它由多个模块组成

32、，主要包括Imaris基础软件ImarisMeasurementPro测量软件ImarisTrack追踪软件ImarisColoc共定位分析软件FilamentTracer丝状体追踪软件ImarisXT:可自我编程的软件模块等Imaris 7.2版软件包中新增功能包括：与图像处理程序ImageJ/Fiji对接ImageJ/Fiji 图像处理软件为Imaris用户提供了强大的过滤器和为众多生物医学成像应用而开发的宏。现在，用户可以在Imaris中分析观察实验，然后通过各种过滤器及个别3D/4D图像的转换对图像进行更深一步的分析。Xuv tools生物医学领域中高度自动化的3D无缝拼接软件可靠的多

33、图像3D水平拼接是实验数据观察分析环节中最重要的一步。进行3D图像拼接中最具挑战性的是将具有多重叠区域及具有部分重叠区域的多张3D图片还原为细胞或组织。通过Xuv tools即可将共聚焦图像获得的多个图像拼接成为一张完整的大视野图像，并传入Imaris软件中进行多维观察及分析。iQ图像阅读器-图像读取与Imaris无缝整合现在，Imaris软件可Andor iQ多维图像。读取的iQ文件包含了图像参数，缩略图，图像文件名称筛选等多种分类指标，在众多的实验图像中进行查找变得简单直观。Imaris7.2软件包中包含了更多特性：点，面，丝状体，细胞操作中，新增撤销功能面分析中新增双阈值筛选功能在64位系统中，新增QuickTime等众多动画输出方式加强丝状体追逐模块的分析功能（可追踪其生长轨迹）细胞及丝状体追踪分析中新增漂移矫正功能细胞及丝状体分析过程中可选择填补空腔功能安装说明：执行Imaris7_2_3w.exe进行软件的安装，安装完成之后不要运行软件，复制crack文件夹中所有的文件到程序安装目录X:Program FilesBitplaneI