生物信息学序列分析

1、1 Bioinformatics REVIEWS REVIEWS http:/www.bio- http:/www.bio- 以SRZ1基因序列为例 / Motif Scan: http:/hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCAN http:/hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCAN http:/smart.embl-heidelberg.de/ http:/ Softberry的不足：不能给出信号肽的（裂解）位置和核定位的不足：不能给出信号肽的（裂解）位置和核定位 信号等序列的特征信号等序列的特征 因此：

2、我们还采用因此：我们还采用SignalP和和Predict NLS等程序进行预测等程序进行预测 http:/genome.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 查找核定位信号：查找核定位信号：NLS TSSATGTATA promoter 方法一方法一: 用用FGENESH预测预测. TTATAAAAAGGATTGACATTTGTATTCCATTGTTA http:/ 方法二方法二: 用用Fruitfly网站的网站的promoter预测程序预测预测程序预测. 方法二方法二: 用用Fruitfly网站的网站的promoter预测程序预测预测程序预测. 方法三方法三: 用全长用

3、全长cDNA比对预测比对预测. (搜索搜索nr数据库数据库) ggctgcacgc ctttccgcga 与与fruitfly网站的预测结果非常接近网站的预测结果非常接近! 方法四方法四: 搜索搜索dbEST 方法四方法四: 搜索搜索dbESTWe care? 方法四方法四: 搜索搜索dbEST atcgctgcacgcctttccgcgatttcgtca 与与fruitfly的结果几乎一致的结果几乎一致. 因此因此,我们初步认为我们初步认为ATC.为为TSS 确定确定TSS后的实验验证也是很重要的后的实验验证也是很重要的. 可以选择推测的可以选择推测的TSS之前之前, 之后的序列设计引物之后

4、的序列设计引物, 进行进行RT- PCR扩增扩增, 初步确定初步确定TSS. (该步骤也可以不做该步骤也可以不做) 下一步下一步: 选择选择TSS(or ATG)之前的之前的2000bp左右的序列左右的序列, 通过通过 MatInspector程序进行分析程序进行分析. 1、BLAST检索NR或基因组数据库， 打开检索结果，选取基 因起始部分拷贝至BioXM软件，手工查找； 2、自动搜索：适合于水稻等基因组公布的作物,而且一般只 限定于查找ATG上游序列。 Select more than 2000bp sequence and copy it into BioXM 注意是否需要将序列反向互补

5、？ 查找SRZ1基因的起始序列 蓝色部分即为启动子序列 可以直接将结果放在论文里发表可以直接将结果放在论文里发表. EMBOSS 6.3.1: tfscan 1. Search for rice ZFP252 protein sequence, predict the MW and pI(BioXM); 2. Subcellular localization prediction for ZFP252(ProtCOMP); 3. Motif(Motif Scan) prediction for ZFP252; 4. Extract the ZFP252 promoter sequence(1800bp upstream sequence)(BLAS