RNA互作,靶基因预测,定位以及疾病分析数据库培训资料.ppt

RNA互作 靶基因预测 定位以及疾病分析数据库 1 RNA 互作 定位 疾病数据库 2 互作 定位 疾病 RAID2 0中有这两个数据库的部分数据整合在其中 同时也在更新计划中 有需要可以关注 3 Refernce RAIDv2 0 RNA RNA RNA Protein互作模式 http www rna society org raid RNALocate RNA的亚细胞定位数据库 http www rna society org rnalocate MNDRv2 0 非编码RNA与疾病的数据库 http www rna society org mndr ReferenceRAIDv2 0 anupdatedresourceofRNA associatedinteractionsacrossorganisms NucleicAcidsResearch 2017 45 D1 D115 D118 RNALocate aresourceforRNAsubcellularlocalizations NucleicAcidsResearch 2017 45 D1 D135 D138 MNDRv2 0 anupdatedresourceofncRNA diseaseassociationsinmammals NucleicAcidsResearch 2018 46 D1 D371 D374 4 RAIDv2 0RNA RNA RNA Protein互作http www rna society org raid 5 RAIDv2 0数据展示 RAIDv2 0 anupdatedresourceofRNA associatedinteractionsacrossorganisms NucleicAcidsResearch 2017 45 D1 D115 D118 RAIDv2 0共包含mRNA miRNA lncRNA circRNA tRNA等10余种类型 超过527万条数据 可通过主页上的 Statistics 点击进入查看数据分布情况 6 850倍RNA相关互作 与实验或计算预测证据相结合 基于综合置信度评分进行可靠性评估 物种覆盖率提高到60 RAIDv2 0页面展示 搜索与浏览 侧重点各有不同 我们分别展示 7 可根据note选择搜索关键词 在Download的数据表中会看到简写为S W P 8 以hsa miR 34a 5p为例搜索 精确匹配选项 9 来看看hsa miR 34a 5p的朋友圈 10 再看个与蛋白质互作的 搜索框内输入MALAT1 将打分限定为0 9 1 0后进行搜索 然后 more 一下 11 可查看与蛋白质结合的序列 12 可根据互作类型 检测方法或物种进行浏览 这里以RNA Protein互作为例 13 您能浏览到的 艾玛 请宽恕我越来越小的截屏字体 相信总有一款适合您 14 关于下载 不赘述 后面还有 分体与合体的区别 15 RNALocateRNA的亚细胞定位数据库http www rna society org rnalocate 16 RNALocate是如何构成的 RNALocate aresourceforRNAsubcellularlocalizations NucleicAcidsResearch 2017 45 D1 D135 D138 17 可搜索可浏览 内容丰富 展示直观 可根据定位 组织和RNA类型浏览 18 以定位浏览为例 左右均可以点选 直达NCBI链接 19 搜索功能都能获得什么 序列展示与浏览功能类似 同源展示 可进一步追踪 一步邻居 两步邻居 请选择您的网络展示形式 看不清 任性调 20 本站数据有三种基础下载形式可选 怕不怕 21 MNDRv2 0非编码RNA与疾病的数据库http www rna society org mndr 22 MNDRv2 0看得到的有什么 如果您有目标RNA 想知道它和什么疾病相关 如果您研究某种疾病 想知道有哪些RNA与之有关 23 MNDRv2 0看不到的有什么 MNDRv2 0 anupdatedresourceofncRNA diseaseassociationsinmammals NucleicAcidsResearch 2018 46 D1 D371 D374 24 MNDRv2 0中您更关心什么 MNDRv2 0 anupdatedresourceofncRNA diseaseassociationsinmammals NucleicAcidsResearch 2018 46 D1 D371 D374 25 如何使用MNDRv2 0搜索 1 2 3 4 5 6 7 8 26 搜索结果展示 27 搜索结果 more 细节展示 28 如何使用MNDRv2 0浏览 查询非编码RNA和疾病的关系 可根据疾病 非编码RNA和物种浏览 29 点击想要浏览的疾病 可以直接看到相关的非编码RNA 30 也可下载后查看 31 关于Download 下载后的文件以 TXT 记事本形式存在 直接查看不方便 可以转到excel表格中 上一页浏览到的43条信息 均在下载的数据表中 S 强验证 W 弱验证 32 当然还有整体的Download 33 关于Statistics 哈哈哈哈哈 请原谅我的不成熟 这几个饼图我玩了至