乳腺癌和肺癌基因检测项目计划书.doc

乳腺癌和肺癌基因检测项目计划书一 项目背景 乳腺癌是女性最常见的癌种，占女性恶性肿瘤的1/3，其发病率约为30/10万，即每年10万女性中有30位会患乳腺癌。男性也可患乳腺癌，但比例很低，男女比例约为1:100。遗传性乳腺癌占全部乳腺癌的10%左右，而在遗传性乳腺癌患者中，有50%左右是由于BRCA1、BRCA2基因突变所引起，30%是由ATM、BARD1、BRIP1、CDH1、CHEK2、MSH6、MRE11A、MUTYH、NBN、NF1、PALB2、PTEN、RAD50、RAD51C、STK11、TP53这16个基因突变所致。BRCA1、BRCA2基因主要功能是参与细胞DNA修复、蛋白降解、调节基因转录、调节细胞周期等，当它们发生突变后，细胞不能进行正常的生理活动而发生恶性增殖，最终导致乳腺癌的发生。BRCA1、BRCA2基因突变的携带者一生患乳腺癌的几率可能高于80%。因此，对有家族史的个体（也包括男性）进行基因检测有助于乳腺癌的早发现，早干预，早治疗。 肺癌是肺部常见的恶性肿瘤，对人类健康和生命威胁最大的恶性肿瘤之一。在男性肿瘤中，肺癌发病率和死亡率均占所有恶性肿瘤的第一位，在女性肿瘤中，肺癌的发病率和死亡率屈居乳腺癌占第二位。 目前研究已发现有数十个基因与肺癌结肠癌的发生密切相关，而其中部分基因的突变又与靶向药物治疗的效果密切相关。如携带EGFR基因敏感突变的肺癌患者，接受吉非替尼（易瑞沙）治疗疗效显著高于化疗药物，但这类敏感人群在欧美仅约10%，在中国也只有不到40%。又如，KRAS基因是肿瘤生长信号通路中的一个关键基因，如果结肠癌患者是KRAS野生型，接受西妥昔单抗治疗后，将近70%左右的患者会有明显获益，但如果患者携带KRAS耐药突变，则获益情况远不如传统化疗。因此，美国NCCN指南明确指出：患者在接受靶向药物治疗前应进行相关基因的检测，据此确定是否适合用药。因此，对潜在风险人群进行基因检测不仅有助于肺癌结肠癌的早发现早干预，对患者的靶向药物治疗也有重要的指导作用。二 市场调查 肿瘤的个性化用药基因检测是国家颁布的精准医疗计划重要的组成的部分，市场前景广阔，在美国这项检查已经纳入医保计划；在中国通过前期一些公司的市场宣传市场接受度高，预计市场规模可以达到百亿的规模。 市面上的主流二代测序公司都开展这项目，比较出名的是华大基因，达安基因，贝瑞和康，诺禾致源，上海伯豪，联川基因等，这些公司基本上采用卖服务的商业模式，自己获取标本，自己测序和分析。三 技术路线1 总技术路线预约取样签订知情同意书，缴费检测前咨询 提取DNA 出具检测报告数据分析 上机测序文库构建 2. 技术细节 目前市场上有多种商业化的乳腺癌和肺癌基因检测试剂盒， 比如：1. 贝瑞和康公司贝瑞和康的 BRCA1/2、PTEN、TP53基因突变检测试剂盒基于目标捕获技术，检测人类样本中BRCA1/2、PTEN、TP53这4个遗传性妇科肿瘤相关基因的全部外显子区域 贝瑞和康cSMART肿瘤基因突变检测试剂盒用于非小细胞肺癌基因突变检测 ，它采用贝瑞和康专利的 cSMART技术，通过对外周血或肿瘤组织样本中的DNA片段进行标记、环化、扩增和高通量测序，并采用独特的生物信息学分析方法，能够准确、定量地分析样本所携带的多种突变，检测灵敏度达3/10000，可协助医生为患者筛选靶向药物。 2 联川生物 联川生物公司的 VariantProTMLung and Colon Cancer Panel试剂盒并结合高通量测序平台，能快速地对肺癌结肠癌22个基因的热点和靶向区域进行检测，覆盖肺癌结肠癌22个基因的热点和靶向区域：KRAS, EGFR, BRAF, PIK3CA, AKT1, ERBB2, PTEN, NRAS, STK11, MAP2K1, ALK, DDR2, CTNNB1, MET, TP53, SMAD4, FBXW7, FGFR3, NOTCH1, ERBB4, FGFR1, FGFR2 联川生物的VariantProTMBRCA1 and BRCA2 Panel试剂盒并结合高通量测序平台，能快速地对BRCA1和BRCA2基因全部突变区域进行检测 从前期技术磨合的考虑，可以购买商业化成熟的试剂盒，减少摸索的时间。 四 项目周期 目前市场上主流的公司项目周期都是15天。 前期样本准备 1天 文库的构建 5天 上机测序 4天 数据分析 4天 解读报告 1天五 项目所需的仪器 实验仪器主要用途制冰机制冰电冰箱试剂的储存高速台式离心机试剂的离心Mini式离心机瞬离试剂旋涡式混合振荡器混匀试剂电子分析天平试剂的称量核酸检测仪核酸纯度和浓度的检测PCR仪PCR电泳仪和水平电泳槽琼脂糖凝胶电泳凝胶成像仪核酸琼脂糖凝胶电泳的检测和分析蒸汽式高压湿热消毒器试剂、实验耗材及用具的消毒电热鼓风干燥箱实验用品的干燥恒温水浴锅提供恒温环境电脑用于数据分析第二代测序仪测序 六 项目成本 本次实验所用到的试剂和耗材的价格表如下：以乳腺癌基因检测为例： 名称单价 规格 做一次实验的用量 每次实验的价格全血基因组提取试剂盒1500元天根公司，200次/盒一个反应 7.5元采血针1元个1个 1元采血费3元次1次 3元琼脂糖粉70元索莱宝公司 10g/瓶1g 7元文库构建试剂盒（12人份）3600元联川生物1个反应 300元1.5mlLEP管50元1袋/500个10个 1元 目前市场上乳腺