《蛋白质组宣传资料》PPT课件.ppt

蛋白质组技术服务,毅新兴业（北京）科技有限公司 技术部 胡晓慧 Email：sheena_ Tel一、公司简介 二、蛋白质组学研究进展 三、蛋白质组学三大主要技术路线和服务案例介绍,一、公司简介,毅新兴业 怡心服务 2005年10月，成立博扬通（北京）和博扬生命（香港）； 2008年1月，引入新的战略投资伙伴，成立毅新兴业（北京）； 技术部下辖三个研究组，分别是蛋白质组，基因组和生物信息组； 公司现有员工30余人，其中80%具有研究生及以上学历； 使命 应用生命科学技术服务于人类的健康事业 为客户提供最好的服务 为客户创造最大的价值 北京市海淀区苏州街18号长远天地大厦A2座1209室 ,二、蛋白质组学研究进展,人类基因组含有 30,00040,000个基因 有1/3基因的功能未知 mRNA与蛋白的总体相关性低于0.5 生命的复杂性基于蛋白质组,从基因组学到蛋白组学,基因数量有限性和基因结构的相对 稳定性 vs 生命现象的复杂性和多变性 （如右图所示）； 对蛋白质的数量、结构、性质、相互 关系和生物学功能进行全面深入的 研究已成为生命科学研究的迫切需要 和重要任务。,蛋白质组,蛋白质组主要研究方向： 表达蛋白质组（compositional proteomics） 差异蛋白质组（comparative proteomics） 蛋白质组研究的主要问题： 基本生物学问题 翻译后修饰（Post-translational modification） 蛋白相互作用（Protein-protein interaction） 临床应用问题 疾病标志物诊断 药物靶治疗,蛋白质组研究的难点和技术特点,蛋白质组研究的难点： 1、蛋白质数目大大超过基因数目。 2、蛋白质随时间和空间而变化。 蛋白质组研究的技术特点： 高通量、高灵敏度、高准确性的研究技术平台是蛋白质组学研究技术的重要特点。,三、蛋白质组研究三大主要技术路线,Patients,Serum,Fractionation,Bioinformatics,Clinical Result,*,*,*,1. Binding,2. Washing,3. Elution,MicroFlex,Pattern Discovery,Cluster Analysis,Normal,Normal,Disease,CLINPROT: Biomarker Profiling,（一）、Clinprot技术路线,Clinprot在蛋白质组学中的优势,灵敏度高，适合在动态响应范围广的样品中发现含量低的生物标志物 重复性好 样品用量少（血清5ul） 操作简便，通量高（手动每天可处理96个样本）,Clinprot在临床医学中的应用,医学研究方向： 差异蛋白的发现和鉴定 利用血清多肽谱建立疾病诊断模型 医院临床应用： 健康预警 术后疗效评价 治疗过程监测 指导治疗方案,ClinProt技术服务优势,1、多种样本类型处理经验（见slides1415） 2、严格的质控，保证实验质量（见slides1617） 3、强大的数据分析平台，为您建立最优模型（见slides17） 4、多选择的差异峰鉴定路线和成功鉴定个案举例（见slides18） 5、服务案例举例（见slides1935）,已做过样品类型： 人血清、混合人血清、血浆、小鼠血清、大鼠血清、细胞裂解液、培养液、细胞上清液、泪液、唾液、尿液、脑脊液、乳脊液、胸水,1、多种样本类型处理经验,1、多种样本类型处理经验,已做过疾病类型： 脑胶质瘤 大三阳、小三阳、肝功异常、乙肝、慢乙肝、肝癌 肾微小病变 胰腺癌 肺癌 白血病 脉络膜黑色素瘤（葡萄球黑色素瘤） 乳腺癌 结膜松驰症（眼泪） 胃癌 心血管 卵巢癌 试管婴儿跟踪 食管癌 风湿病 红斑狼疮 鼻咽癌 结核病,2、严格的质控,标准品自检,作为外标校正的标准品含有11个肽，平均分子量偏差小于100ppm， 每八个样品数据采集前先做外标校正。,2、严格的质控,Sigma serum,每15个样品加入一例标准血清作为质控。CV30%的峰如右表所列。说明实验系统正常。,3、强大的数据分析平台,专业的数据分析团队： 功能强大的bioexploer软件： 使不同质谱仪产生的原始数据能够统一化，不再受仪器类型和型号限制； 实验数据的预处理，标准化，数据优劣的智能判断； 专为双胞胎、小鼠、细胞、药效进程评估等生物配对实验开发的配对检验； 大样本模型的完善； 分析结果的批量处理，自动保存,4、多选择的差异峰鉴定路线,成功鉴定个案举例： 天坛医院1941m/z， Kininogen HMW，高分子量激肽原 摸索实验1465m/z，peptide of human FGA protein（/blast/Blast.cgi） 天津医科1740m/z， FIBA_RAT Score: 620 Fibrinogen alpha chain precursor Contains: Fibrinopeptide A - Rattus norvegicus (Rat),血清多肽谱数据分析报告,博扬生命科技有限公司 年 月 日,5、服务案例举例,目 录,（一）实验信息 （二）实验质控 （三）部分血清多肽指纹图谱 （四）分析结果 （五）结论,（一）实验信息,1.样品类型：人血清 2.样品分组信息： Normal：30例 Cancer：30例 Test Normal：40例 Test Cancer：47例,（一）实验信息,3.磁 珠：WCX 4.实验时间：2008 5.质 谱 仪：autoflex 6.分析软件：FlexAnalysis3.0；ClinProTools2.1 7.实验人员：王岚 张永婵 8.分析人员：殷汝雷,（二）实验质控,标准品自检,作为外标校正的标准品含有11个肽，平均分子量偏差小于100ppm， 每八个样品数据采集前先做外标校正。,标准品列举,（二） 实验质控,标准血清自检实验操作系统,CV,Sigma serum4例，Cv小于30的有15个峰，说明实验系统正常。,（三）Normal组部分血清多肽指纹图谱,示Normal组组内相似性,（三）Cancer组部分血清多肽指纹图谱,示Cancer组组内相似性,（四）分析结果,Normal组与Cancer组统计差异最显著的1862.88Da（X轴）和1776.02Da （Y轴）样品分布图（坐标值代表相应蛋白丰度）,正常组,肿瘤组,正常组与肿瘤组样品分布无重叠区域,（四）分析结果,Normal组与Cancer组建立遗传算法模型,模型的识别率为98.33%，预测能力为95.69%。详见normal vs cancer _model show。,（四）分析结果,Normal组与Cancer组模型选用峰,利用遗传算法，用Normal组和Cancer组各30例建立正常与疾病的诊断模型， 其中如上所列用来区分两组的5个峰，下页示母离子为1941.19m/z的TOF/TOF图谱。,血清指纹图谱示模型选用峰1941m/z,血清指纹图谱示模型选用峰1941m/z,For TOF-TOF,TOF-TOF鉴定差异蛋白1941m/z的图谱,鉴定结果为：Kininogen HMW。高分子量激肽原是血浆中一种多功能的糖蛋白,与血液 凝固的启动、补体反应及炎症发生等有密切关系.新近的研究显示,活化型高分子量激肽原 具有潜在的抗肿瘤作用。,模型验证,模型的验证 将已知信息的Test Normal组40例，和Test Cancer组47例分别代入已建立的Normal与Cancer分组模型，验证结果如下： Test Normal组 正确率85% （详见validate Normal.xls） Cancer组 正确率87.2%（详见 validate cancer.xls）,（二）2DE技术路线,Tissues Cells Body Fluids,样品,IEF, ,PH3,PH10,SDSPAGE,PI,MW,差异分析,差异蛋白,酶解,多肽,MALDI-TOF/TOF,LC-MS/MS,数据库检索,蛋白鉴定,2DE在蛋白质组学的优势,较高分辨率的蛋白质分离工具 不同样品的比较可视化 提供蛋白质丰度的相关信息 允许 HT 平行走样,2DE 应用范围,细胞、组织、血清差异蛋白质组分析 细胞差异性分析（如正义转染vs空载、目标基因RNAi vs空载） 疾病标志检测（肿瘤标志物，如无血清培养后的分泌蛋白质组） 治疗检测（术前组织vs术后组织） 药物开发（给药细胞vs对照细胞） 癌症研究（原位肿瘤细胞系vs转移） 纯度检测（原核表达获得的蛋白） 微量蛋白纯化（多克隆抗体制备）。,双向电泳差异分析示例,通过软件分析，实验组中共有970个蛋白质点，对照组中有918个蛋白质点， 差异分析结果：实验组中表达量显著上调的有11个，表达量下调的有9个。,MALDI-TOF/TOF蛋白鉴定举例,蛋白鉴定结果为 PPIA_HUMAN 检索分值223,LC-MS/MS蛋白鉴定举例,608.785 (2+)denovo解析出 氨基酸序列BQYMVGSYGPK 数据库检索位于前三的蛋白： 1. gi|72166219|ref|XP_781627.1| PREDICTED: Length = 200 Total Score: 183 2. gi|52345598|ref|NP_001004847.1| Rho GDP :Length = 204 Total Score: 176 3. gi|49119602|gb|AAH73126.1| Arhgdia protein Xenopus laevis:Length = 204 Total Score: 169,（三）2D-HPLC技术路线（shotgun）,SCX,RP,2D-HPLC在蛋白组学