R语言入门-经典.ppt

1、a、1、语言入门、a、2、报告内容、1r简档2函数和对象3创建脚本4r绘图5创建函数6数据保存、a、3、1r简档、a、4、r语言的由来、r语言从s语言进化而来。 s语言产生于20世纪70年代的贝尔实验室，由Rick Becker、John Chambers、Allan Wilks开发。 基于s语言化学基开发的商业软件Splus，简单制作了函数，建立了模型，具有很好的可扩展性，取得了很大的成功。 1995年，新吉兰特Auckland高等院校统计系的Robert Gentleman和Ross Ihaka制作了能执行s语言的软件，并公开了该软件的所有原代码。 这就是r软件，其指令统称为r语言。a、5

2、、r软件概要，r为开源软件，查询密码全部公开，对所有人免费。 r可以在Windows、苹果操作系统、多个Linux、UNIX等多种执行操作系统上运行。 r需要输入命令，可以编写函数和脚本进行批处理运算，语法简单灵活。 目前，r网站约有2100个包装，复盖基础统计学、社会学、经济学、生态学、地理学、医学统计学、生物信息学等多个方面。a、6、r、thecomprerhensiverarchivenetwork简称CRAN，提供下载的安装程序和相应的软件包。 r主页/Windows版本的下载地址之一： http:/FTP./mirrors

3、/cran/bin/windows/base/r-2.9 如果继续喀呖声“下一步”，则每个选项都将奥尔特为“缺省”。a、7、图1 R软件主页/、a、8、图2 R计程仪界面(Windows版)路径：所有项目群R 2.9.2、菜单栏、快捷按钮、其他端口图3 R Gui的菜单介绍、a、1.0、练习1 :下载并安装r软件下载并安装r菜单、a、1.1、r软件包的原因特定的分析功能必须在适当的软件包中实现。 例如，在系统发育分析中，多使用ape包装、群落生态学vegan包装等。 包装是什么？ r软件包是具有详细说明和示例的多个函数的集合。 窗口下的r软件包是编

4、译的zip软件包。 每个软件包包括r函数、数据、帮助文件、描述文件等。 a、1.2、 一般的r包base- R基础功能包stats- R统计学包nlme-线性和非线性混合效应模型Graphics-图形晶格-栅格图ape-系统发育和进化分析apTreeshape-进化树分析seqinr- DNA序列分析ade4-欧几里得法a 13， 常用r包cluster-聚类分析ecodist-生态学数据异性分析mefa-生态学和生物地理学多元数据处理mgcv-广义附加模型关联mvpart-多元分解nlme-线性和非线性混合效应模型ouch-系统发育比较bidiversityr-RCC 分析vegan-植物和

5、植物群落的顺序、生物多样性计算、a、1.4、常用r软件包、maptools-空间对象的读取和处理sp-空间数据处理spatstat-空间点结构性分析、模型拟合和验证splancs-空间和时空点结构性分析picante-群落系统开发1.5图4 CRAN任务视图：软件包分类介绍，a，1.6，图5 vegan软件包页面，a，1.7，r软件包，在CRAN中与软件包原代码编译的苹果操作系统，窗口下的软件包以vegan软件包为例，cran 软件包源3360 vegan _1. 15-3.tar.gzmacosxabinary : vegan _1. 15-3.tgzwindowsbinary : vega

6、n _1. 15-3.zipreferencema 对于a、1.8、r软件包的安装、单个网络，在函数install.packages ()中选择镜像后，pump计程仪程序将自动下载并安装软件包。 例如，打开RGui，然后在其他端口中键入install.packages(“ape) 2以安装本地zip包的路径。 选择packsinstallpacksforlocalfiles磁盘，或者选择包含zip包的本地磁盘上的文件夹。在a、1.9和软件包使用其他端口中键入以下命令： library(vegan) library(ade4)调用软件包中的函数与r内置的函数调用方法相同，是library (ve

7、gan )。this is vegan1. 15-3 warning message : package vege 安装软件包如何从本地zip文件中查看软件包酷斯拉库(vegan ) (ape )、a、2.1和帮助文件，以了解ape软件包内部的函数最常见的方法是： 1菜单帮助查看Html帮助pdf帮助文档(从软件包下载页面下载)，查看a，2.2，帮助文件，1 help(t.test) 2？ 5 rguihelphtmlhelp6r软件包pdf手册，a， 2.3，帮助文件的内容以lm函数为例，lm(stats) #函数名称和软件包Fitting Linear Models #说明#函数说明Usa

8、ge #默认奥尔特选项Arguments #参数Details #详细auto 作者References #参考文献查看Examples #例、a、2.4、练习3帮助文件，打开ape包的帮助文件library(ape )，查找ape包的plot.phylo函数的帮助输入？ plot.phylo将这些个的Example文件粘贴到其他端口中，确认执行结果。 a，2.5，格拉夫快速接口之一： R Commander，图6 R commander接口库(rcmdr )，接口操作查询密码，结果输出，a，2.6，为什么要学习计程仪编程？ 界面的操作直观上容易学习，但操作的过程难以保存，数据处理不灵活，制作

9、进行大量步骤的数据处理工作非常费事的模型，或者用自各儿制作函数也是困难的。 这些个的困难可以通过计程仪编程来解决。 学习r计程仪编程，首先需要知道r的函数、对象及其操作。 可将a、2.7、二r函数和对象、a、2.8、数据表的行和列、行名Row names字符串、列名Column names、列视为已命名的向量，以及表1中的数据表、数据表和向量、字符串r的函数，r是说明语言，首先不需要编译成exe文件，可以输入直接执行。 函数形式function (对象，选项=)平均mean ()线性回归lm(yx，data=test) R处理的所有数据、变量、函数和结果都存储为对象。a、3.0、r和各函数执行

10、特定的功能，括号之后跟有。 例如，除基本运算之外，平均mean ()和sum ()绘图plot ()排序sort ()还可以将r的函数划分成高级函数和低级函数，在高级函数的内部嵌套有复杂的低级函数，例如，plot ()或高级绘图函数，并且函数本身可以是数据的类型分类函数，分类函数，分类函数，分类函数，分类函数，分类函数，分类函数，分类函数y ) t.test () lm (yx ) wilcox.test () kruskal.test ()， 统计检定lm (yfx ) lm (yfx ) lm (yfx2x3) bartlett.testbin om.test fisher.testchi

11、sq.test glm (yfx1x2x 3，二进制) Friedman.test.a 3.2，图7的箱线图修饰前后(左：差动奥尔特值右：变更了职业腻子粉后) box plot (计数spray，data=insectsprays ) box plot (计数spray，data=insects prays，col=red )。 r函数调用及其选项、函数调用方法、函数名称() ，如plot ()、lm ()，将对象括在括号中，=设置残奥参数。 例如，box plot (日期类型，数据=BAC，颜色=“红色”，xlab=“视图”，ylb=“日期”)日期类型以type为横轴，以day为纵轴描绘箱线

12、图。 data=bac数据源BACLC=“red”框线图为红色的xlab=“Virus”横轴名为Virus ylab=“days”纵轴名为days，a，3.4，练习4 :查询函数帮助查看boxplot的帮助文件boxplot最后的e盒子打印(计数打印，数据=检查打印，col=光栅)选项盒子打印(计数打印，数据=检查打印，col=红色，xlab=打印) 在a 35、代入和注释、其他端口中输入以下命令2a代替b-2 c-a b c #注释，代入符号、a、3.6、对象名、r区分大小写，a和a不同。 对象名称不能以数字开头，但数字可以位于中间或末尾。 “推荐用”作为间隔，例如是anova.result

13、1。 例如，矢量a包含四个元素，其中a-c (1.0、1.5、2.1、1.8 )为数值类型，长度为4。 预约名(给对象命名使其不与预约名网络冲突):NA，NaN，pi，LETTERS，LETTERS，month.abb，，a，3.7，对象类型，数字型Numeric为100， 0 -4.335字符类型Character表示“China”逻辑类型Logical为TRUE，FALSE因子类型Factor表示不同类的多类型complex:23i、a、3.8、对象类、向量(vector )的一系列元素的组合因子是诸如“a”、“a”、“a”、“a”、“b”、“b”、“c”和“c”之类的

14、分类变量。 矩阵是阵列的特性，并且维数k=2。 数据信息帧由一个或多个向量和/或系数组成，长度必须相等，但可以是不同的数据类型。 “列表”(list )列表可以包含任何类型的对象。 (Paradis，2005 )、a、3.9、运算符、数学运算后的数值结果、- * /、比较运算后的判别结果(TRUE FALSE )、=、=、=逻辑运算and、or、not！ intake.prec (3，5，7 ) v-c (3，5，7 ) intake.prev intake.pre 133605； intake.pre-c (3，5，7 )，a，6.4，参照数据框的要素，d - data.frame(inta

15、ke.pre，intake.post) $参照d$intake.pre，方括号参照d，1； 与d5、a、6.5、数据框中的元素网站数据库，并直接调用数据框中的列向量attatch() detatch ()，以在函数中正确调整数据with () subset () within () transform () a、6.6、条件过滤器、条件过滤器然后按逻辑值对向量中的元素进行过滤。 intake.pre 70001 falsefalsefalsefalsefalsetrueintake.pre 7000 intake.pre 7000 result-sqrt (z )结果； 调用函数：给出rcal (3，4，4 )、a，100、练习1.2函数、一个函数、两个数，然后直接给出这两个数的平方和。 sq测试函数(x，y) z1=x2； z2=y2； z3=z1 z2； z3，a，101，6储存资料，如果有a，102，sink()unlink()LaTeX的基础，可以使用Sweave ()函数将指令集、堆计程仪程式说明和运算结果直接储存在. tex档案中，然后在latex中编译成pdf档案。数据保存、a、1