CMap使用PPT课件

1、1,CMap详细使用说明,2,3,点击Map选项卡，根据需要选择查阅的物种和数据库（序列、基因组、QTL等）,4,选择多重比较图谱，点击Draw Selected Maps,5,鼠标悬于此处可查看名称和位置，点击此处获取详细信息。,点击箭头可查看其他位置图,6,点击AQZ007，可获取详细信息。,1查看AQZ007图谱,2别名及其详细信息,3查看性状类型的相关信息,4查看详细图谱,Feature detail,7,map detail,点击map detail，即可看到性状用高亮标出。,点击查看不同类型位点,8,option,图谱下面是想关选项，点击改变选项的设置可显示出不同的特征信息。+号扩

2、展菜单。,9,在左侧或右测添加图谱类型,如果显示多重图谱，点击可由上至下显示。,如果知道所处染色体的具体位置，可以输入，此处可以自定义根据需要调节长度。,点击此处生成新的比对图谱。,10,输入一种特征名称，使其在图谱中高亮显示。,通过选择合适的选项确定显示何种类型的特征。,选择是否将特征在一张图上重叠显示，推荐使用YES,点击增加其他选项,11,限制其对应的类型。,12,图片大小 字体大小 图片格式 点击增加选项,13,确定图像是根据各自的大小情况显示（NO），还是都画同样长度（YES）,图像是否可点击，USE ALL：所有都可点击；Omit Features：特征和特征标签不可点击，使图像显

3、示更快速；Omit all Buttons：生成可供发表的最终图像。 如果特征太多将会造成浏览障碍，如果选择check将使其全部可选。,比对图谱显示的顺序，根据输入比对图谱显示的顺序，根据输入顺序还是对应数量排序。,14,即为生成的图谱,15,点击插入 新的比对图谱,选择比对图谱的类型,显示对应的数量,点击redraw，显示比对结果,16,图示即为Sequence:Oryza Sativa Gramene IRGSP.aSSM 2005（1号染色体） 与QTL:Barley-Tadmor/Er Apm RI RF LP/AFLP/SSR 1(ALL 1H2,2)的比对图谱。,17,点击改变图谱

4、类型 点击可增添所需显示的feature,18,Map Search,选项按顺序依次为： 选择比对的物种 选择比对的数据库（根据你所选择物种会自动更换） 必须与数据库中的名称相匹配 相关图谱的最小值。,19,图示即为所得结果，点击蓝色超链接，可以按顺序排列相应图谱。,20,Feature Search,输入特征名称 选择物种（任选） 选择特征类型 搜索名称或seccssion ID,21,特征名称 特征类型 物种 图谱数据库 位置 查看细节,22,Matrix,通过先选择参考数据库的类型和物种名称进行比对，然后点击submit。,23,表示这两个图谱数据库的16个图谱中有14个对应。,点击图谱对应的数字，可查看详细相应结果,24,点击后显示的详细对应图谱位置。 点击数字可查看图谱。,25,此即为详细比对图谱结果。,26,Map set,map set 是根据自己所需的物种和图谱类别挑选所需要的图谱信息。,27,feature type,feature type可选择所需特征（供46个）对单个进行详细显示，点击“search for all feature of this type”可查看这一类的所有特征图谱。,28,Map type,这一选项可查看此类图谱的所有图谱数据库信息。,29,evidence t