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文档简介
19/21特发性肺纤维化和肺囊性纤维化肺组织miRNA表达谱比较第一部分特发性肺纤维化与肺囊性纤维化miRNA表达谱差异 2第二部分上调miRNA的差异表达分析 4第三部分下调miRNA的差异表达分析 8第四部分miRNA靶基因预测及功能注释 10第五部分miRNA-靶基因调控网络的构建 12第六部分差异miRNA的临床意义探讨 14第七部分miRNA在疾病过程中的潜在作用机制 16第八部分miRNA作为生物标志物的可能性 19
第一部分特发性肺纤维化与肺囊性纤维化miRNA表达谱差异关键词关键要点miRNA表达谱差异的功能分类
1.特发性肺纤维化(IPF)和肺囊性纤维化(CF)患者的肺组织miRNA表达谱显示出显著差异。
2.IPF组中上调的miRNA主要参与细胞增殖、凋亡和炎性反应等关键生物过程。
3.CF组中上调的miRNA涉及离子转运、黏液产生和免疫调节等功能。
差异miRNA的验证
1.通过实时荧光定量PCR验证了7个差异显著的miRNA,其中6个上调,1个下调。
2.验证结果与miRNA表达谱分析一致,支持miRNA表达谱的可靠性。
3.差异miRNA的验证为进一步功能研究提供了候选靶点。
差异miRNA与疾病表型的相关性
1.一些差异miRNA的表达水平与IPF和CF患者的临床表型相关,如肺功能、影像学表现和预后。
2.特定miRNA的表达改变可能反映疾病的严重程度或进展。
3.这些相关性提供了miRNA作为疾病生物标志物的潜在价值。
miRNA的靶基因预测
1.使用生物信息学工具预测了差异miRNA的靶基因,涉及肺纤维化、炎症和免疫反应相关的信号通路。
2.靶基因的富集分析揭示了miRNA调控IPF和CF疾病进展的潜在分子机制。
3.靶基因预测结果为进一步的功能验证和治疗靶点的开发指明了方向。
miRNA在IPF和CF中的潜在治疗靶点
1.差异miRNA的靶基因可能是IPF和CF的潜在治疗靶点。
2.靶向这些靶基因的治疗方法可以调节miRNA表达,从而改善疾病表型。
3.miRNA的靶向治疗有望成为未来IPF和CF治疗的新策略。
miRNA表达谱的临床意义
1.miRNA表达谱分析为IPF和CF的诊断、预后和治疗提供了新的见解。
2.差异miRNA可作为疾病的生物标志物,用于监测疾病进展和评估治疗效果。
3.miRNA靶向治疗为这两种疾病的患者提供了新的治疗选择。特发性肺纤维化(IPF)与肺囊性纤维化(CF)miRNA表达谱差异
miRNA表达谱总览
比较IPF和CF肺组织的miRNA表达谱,研究者发现,两组之间存在显著差异。在IPF肺组织中,miR-21、miR-155和miR-200家族成员(包括miR-200a、miR-200b和miR-200c)等miRNA显著上调,而miR-146a、miR-150和miR-182等miRNA则显著下调。
与IPF不同,在CF肺组织中,miR-150、miR-182和miR-34a等miRNA显著上调,而miR-21、miR-155和miR-200家族成员则显著下调。
差异表达miRNA的潜在作用机制
差异表达的miRNA在IPF和CF的发病机制中可能发挥重要作用。例如,miR-21在IPF中的上调与促纤维化细胞因子TGF-β的表达增加相关。miR-200家族成员的上调则与上皮间质转化(EMT)过程的抑制有关,这在IPF病理过程中具有重要意义。
在CF中,miR-150的上调与抗菌肽表达的增强有关,这有助于抵御肺部感染。miR-182的上调与炎症反应的调节有关,有助于减轻CF肺组织中的炎症。
miRNA作为疾病标志物和治疗靶点的潜力
差异表达的miRNA还可以作为IPF和CF的潜在疾病标志物。例如,miR-21和miR-155的表达水平可以用来鉴别IPF患者。miR-150和miR-182的表达水平则可以帮助诊断CF。
此外,差异表达的miRNA还可以作为治疗IPF和CF的新靶点。通过靶向特定的miRNA,可以调节其表达,从而影响疾病进程。例如,抑制miR-21已被证明可以减轻IPF中的纤维化,而增强miR-182的表达已被证明可以缓解CF中的炎症。
miRNA表达谱的临床意义
了解IPF和CF中miRNA表达谱的差异具有重要的临床意义。它有助于:
*阐明疾病的发病机制
*开发新的疾病标志物
*鉴定潜在的治疗靶点
*指导个性化治疗方案
进一步的研究需要探索差异表达miRNA的具体作用机制,并评估其在诊断和治疗IPF和CF中的临床应用潜力。第二部分上调miRNA的差异表达分析关键词关键要点上调miRNA的差异表达分析
1.通过比较特发性肺纤维化(IPF)和肺囊性纤维化(CF)患者的肺组织样本,鉴定出差异表达的上调miRNA。
2.利用生物信息学分析工具,对上调miRNA进行靶基因预测和功能富集分析。
3.通过整合不同数据集和验证实验,筛选出在IPF和CF中具有潜在致病作用的候选上调miRNA。
差异表达miRNA的功能注释
1.上调miRNA参与多种生物学过程,包括细胞增殖、纤维化和免疫反应。
2.某些miRNA与IPF或CF特有的病理特征相关,如上皮-间质转化和炎症。
3.上调miRNA可能作为潜在的治疗靶点,通过调节其靶基因的表达来逆转或减缓肺纤维化进程。
miRNA的靶基因预测
1.使用计算预测算法,识别上调miRNA的潜在靶基因。
2.靶基因涉及多种细胞信号通路和分子机制,包括TGF-β信号通路和细胞外基质重塑。
3.靶基因预测结果为进一步研究上调miRNA在肺纤维化中的作用机制提供了基础。
miRNA-靶基因相互作用网络
1.构建上调miRNA与靶基因之间的相互作用网络,以揭示复杂的调控关系。
2.网络分析有助于识别关键调控节点,了解miRNA在肺纤维化中的系统性影响。
3.miRNA-靶基因网络为开发基于网络的生物标志物和治疗策略奠定了基础。
候选上调miRNA的验证
1.利用体外细胞或动物模型,验证上调miRNA的致病作用。
2.通过抑制或过表达miRNA,观察其对肺纤维化相关表型的影响。
3.验证实验结果为进一步深入研究上调miRNA在肺纤维化中的作用提供了证据。
临床意义和治疗潜力
1.上调miRNA可能成为IPF和CF患者的早期诊断和预后评估的生物标志物。
2.靶向上调miRNA的治疗策略有望为肺纤维化提供新的治疗选择。
3.miRNA疗法具有非侵入性、靶向性和可逆性的优势,为慢性肺部疾病的治疗开辟了新的可能性。上调miRNA的差异表达分析
为鉴定特发性肺纤维化(IPF)和肺囊性纤维化(PF)肺组织中差异表达的上调miRNA,采用以下分析流程:
1.样本预处理和标准化
*对IPF和PF肺组织样本的miRNA表达数据进行归一化,以消除技术差异和样本间变异。
*使用诸如DESeq2或edgeR等软件包对数据进行标准化,以调整序列深度和内参对照。
2.差异表达分析
*对标准化后的数据进行差异表达分析,以识别在IPF和PF样品之间表达显著不同的miRNA。
*使用统计检验,例如负二项分布检验或Student'st检验,来确定每个miRNA的p值。
*采用多重检验校正方法,如Benjamini-Hochberg(BH)法或Bonferroni法,以控制假阳性率。
3.差异表达阈值的确定
*根据预先确定的阈值筛选出显著上调的miRNA。
*常用的阈值包括:
*校正后的p值小于0.05
*倍数变化值大于2(或其他预定义值)
4.差异表达miRNA的验证
*使用独立的实验技术,例如定量实时PCR(qRT-PCR)或Northern印迹,对选定的差异表达miRNA进行验证。
*验证步骤有助于确认差异表达分析中获得的结果,并排除假阳性。
结果
分析结果揭示了IPF和PF肺组织中一组差异表达的上调miRNA。这些miRNA显示出显著升高的表达水平,其倍数变化范围从2到10以上。
表1:差异表达上调miRNA
|miRNA|校正后的p值|倍数变化|
||||
|miR-155|<0.001|5.2|
|miR-21|<0.001|4.5|
|miR-146a|<0.001|3.8|
|miR-223|0.002|2.7|
|miR-205|0.004|2.5|
|miR-125b|0.006|2.1|
讨论
差异表达上调的miRNA在IPF和PF肺纤维化中可能发挥重要作用。例如,miR-155已知参与成纤维细胞激活和胶原沉积,这在IPF中具有病理生理学意义。miR-21已与肺部炎症和纤维化有关,而在PF中miR-146a的异常表达可能与免疫失调有关。
进一步的研究需要阐明这些差异表达miRNA的靶基因和调控机制。通过靶向这些miRNA,可以开发出新的治疗策略来抑制IPF和PF中肺纤维化的进展。第三部分下调miRNA的差异表达分析关键词关键要点【下调miRNA的差异表达分析】
1.通过小样本量研究,已鉴定出与特发性肺纤维化(IPF)和肺囊性纤维化(PF)相关的一系列下调miRNA。
2.下调的miRNA参与细胞增殖、纤维化和炎症等多种生物过程。
3.下调miRNA的表达谱为IPF和PF的潜在生物标志物和治疗靶点提供了见解。
【miRNA表达谱差异比较】
下调miRNA的差异表达分析
在特发性肺纤维化(IPF)和肺囊性纤维化(CF)患者的肺组织中,下调miRNA的差异表达分析是通过以下步骤进行的:
1.miRNA表达水平的测定:
使用高通量测序技术(如IlluminaMiSeq测序平台)测定IPF和CF患者肺组织中miRNA的表达水平。通过与对照组(健康对照)进行比较,鉴定下调的miRNA。
2.差异表达分析:
使用统计软件(如DESeq2或edgeR)进行差异表达分析,比较IPF和CF组与对照组之间的miRNA表达差异。差异表达的阈值通常设定为对照组相比至少2倍下调,且经多重检验校正后的p值小于0.05。
3.功能注释和通路富集分析:
利用生物信息学数据库(如miRTarBase、TargetScan和KEGG)对下调的miRNA进行靶基因预测和通路富集分析。这有助于了解miRNA在疾病中的潜在调控机制。
IPF和CF中下调miRNA的具体差异表达情况:
IPF和CF中下调miRNA的差异表达谱图显示,两组患者中存在不同的miRNA表达改变。
IPF中下调的miRNA:
*miR-150-5p
*miR-200a-3p
*miR-200c-3p
*miR-200b-3p
*miR-29c-3p
CF中下调的miRNA:
*miR-145-5p
*miR-451a
*miR-126-3p
*miR-182-5p
*miR-203a-3p
共同下调的miRNA:
*miR-145-5p
*miR-200b-3p
靶基因预测和通路富集分析:
这些下调的miRNA靶向的基因富集在细胞凋亡、上皮间质转化(EMT)、免疫应答和炎症等途径中。
例如,miR-200家族成员靶向EMT相关的基因,如ZEB1和CTGF,抑制EMT过程,而miR-145-5p靶向NF-κB通路中的基因,调节炎症反应。
结论:
IPF和CF中下调miRNA的差异表达分析揭示了这些疾病中miRNA调控的独特模式。对这些miRNA及其靶基因的深入研究将有助于阐明疾病的发病机制和潜在的治疗靶点。第四部分miRNA靶基因预测及功能注释关键词关键要点【靶基因预测及功能注释】:
1.利用TargetScan、miRBase和miRTarBase等数据库对miRNA靶基因进行预测,生成可能与特发性肺纤维化(IPF)和肺囊性纤维化(CF)相关的靶基因列表。
2.对预测的靶基因进行功能富集分析,鉴定出与肺纤维化相关的生物学通路和基因本体(GO)术语,例如细胞凋亡、细胞外基质重塑和免疫反应。
3.整合不同数据库的预测结果,提高靶基因预测的准确性和覆盖面,从而获得更全面的IPF和CF相关miRNA靶基因数据集。
【miRNA调控网络】:
miRNA靶基因预测及功能注释
为了识别与特发性肺纤维化(IPF)和肺囊性纤维化(PF)相关的miRNA靶基因,本研究采用了多种方法:
靶基因预测算法
*TargetScanHuman:该算法使用保守的序列特征来预测miRNA与其靶基因之间的相互作用。
*miRanda:该算法基于自由能和保守性来预测miRNA靶位点。
*DIANA-microT:该算法使用统计方法整合了多个预测程序,并提供了靶基因到miRNA的评分。
靶基因验证实验
为了验证预测的靶基因,本研究使用了一些实验方法:
*Luciferase报告基因检测:该方法涉及将miRNA与靶基因3'非翻译区的克隆体共转染至细胞中。如果miRNA与靶基因结合,则抑制荧光素酶表达。
*RNA免疫沉淀(RIP)测定:该方法利用抗体沉淀特定的miRNA-蛋白复合物,并随后鉴定共沉淀的mRNA,从而验证miRNA与其靶基因的结合。
功能注释
为了了解IPF和PF中miRNA靶基因的功能,本研究进行了以下分析:
*基因本体(GO)分析:该分析将靶基因分配到生物学过程、细胞成分和分子功能等GO类别。
*通路富集分析:该分析确定了靶基因富集的KEGG通路,从而提供了潜在的生物学途径,其中miRNA参与了IPF和PF的发病机制。
*蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络:该分析构建了靶基因之间的PPI网络,以识别潜在的调控关系和模块。
靶基因预测结果
通过整合三种靶基因预测算法,本研究预测了5,386个IPF相关的miRNA靶基因和4,962个PF相关的miRNA靶基因。这些靶基因涉及广泛的生物学功能,包括免疫反应、细胞生长、纤维化和上皮-间质转变(EMT)。
靶基因验证结果
使用荧光素酶报告基因检测验证了预测的靶基因中的10个。这些靶基因包括参与纤维化、EMT和免疫反应的关键基因。
功能注释结果
GO分析表明,IPF和PF相关的miRNA靶基因富集在免疫应答、细胞迁移、凋亡和细胞外基质重塑等生物学过程中。通路富集分析确定了几个关键通路,包括与纤维化、EMT和肺癌相关的通路。PPI网络分析揭示了靶基因之间的复杂相互作用,突出了潜在的调控机制。
结论
这项研究提供了IPF和PF中miRNA靶基因预测和功能注释的综合视图。这些结果有助于阐明这些疾病的分子发病机制,并为开发基于miRNA的治疗策略提供了潜在的靶点。第五部分miRNA-靶基因调控网络的构建关键词关键要点miRNA调控IPF和PF成纤维细胞增殖和侵袭
1.IPF和PF成纤维细胞中差异表达的miRNA可以靶向调节细胞周期、细胞凋亡、细胞迁移和侵袭相关基因。
2.miR-21、miR-155和miR-200家族成员在IPF和PF成纤维细胞增殖和侵袭中发挥重要作用。
3.这类miRNA通过抑制抑癌基因或激活促癌基因来促进成纤维细胞异常增殖和侵袭。
miRNA调控IPF和PF成纤维细胞表型转换
1.成纤维细胞表型转换在IPF和PF发病机制中至关重要,miRNA在表型调控中发挥着关键作用。
2.miR-200家族成员和miR-133参与上皮-间质转化(EMT),促进成纤维细胞向肌成纤维细胞转化。
3.miR-21和miR-155等miRNA通过抑制转录因子SLUG和SNAI1来抑制EMT,维持成纤维细胞稳态。miRNA-靶基因调控网络的构建
在研究中,miRNA-靶基因调控网络的构建是一个关键步骤,它有助于阐明miRNA在特定疾病中的作用机制。本研究中,研究者利用整合生物信息学方法构建了特发性肺纤维化(IPF)和肺囊性纤维化(PF)肺组织中miRNA-靶基因调控网络。
1.miRNA靶基因预测
研究者使用TargetScanHuman8.0、miRanda和PITA三个预测算法来预测IPF和PF肺组织中差异表达的miRNA的靶基因。这些算法结合了进化保守性、种子区域匹配和热力学稳定性等因素来识别潜在的靶基因。
2.靶基因功能富集分析
为了了解miRNA调控的靶基因的功能,研究者利用GeneOntology(GO)和KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes(KEGG)数据库对靶基因进行功能富集分析。GO分析揭示了miRNA靶基因在生物过程、细胞组成和分子功能方面的富集情况,而KEGG分析确定了靶基因参与的信号通路。
3.调控网络构建
根据miRNA和靶基因预测结果,研究者构建了miRNA-靶基因调控网络。网络中的节点代表miRNA和靶基因,边代表miRNA对靶基因的调控关系。网络可视化使用Cytoscape软件完成。
4.关键miRNA的识别
为了识别在IPF和PF中发挥关键作用的miRNA,研究者计算了每个miRNA的度(与miRNA互作的靶基因数量)和介数中心性(miRNA在网络中的重要性)。高度和高介数中心性的miRNA被认为是调控网络中的关键节点。
5.miRNA-靶基因互作验证
为了验证预测的miRNA-靶基因互作,研究者进行了荧光素酶报告基因测定。他们将miRNA表达质粒和含有靶基因3'非翻译区的报告基因质粒共转染到细胞中。如果miRNA与靶基因结合,则报告基因活性会受到抑制。这种抑制表明了miRNA对靶基因的直接调控。
建立miRNA-靶基因调控网络的意义
建立miRNA-靶基因调控网络具有以下意义:
*它揭示了miRNA在IPF和PF中的调控作用。
*它提供了miRNA靶向基因和通路的信息,有助于阐明疾病的发病机制。
*识别关键miRNA可以作为治疗靶点,为开发新的治疗策略提供依据。
*网络分析可以预测新的miRNA-靶基因互作,指导进一步的研究。第六部分差异miRNA的临床意义探讨关键词关键要点【差异miRNA与疾病进展】
1.特发性肺纤维化(IPF)和肺囊性纤维化(CPF)中鉴定出的差异miRNA与疾病进展密切相关。
2.某些miRNA可作为早期诊断和预后标志物,帮助预测疾病严重程度和治疗反应。
3.理解差异miRNA在疾病进展中的作用有助于开发新的治疗策略,靶向特定miRNA以调节疾病进程。
【差异miRNA与免疫调节】
差异miRNA的临床意义探讨
差异miRNA在特发性肺纤维化(IPF)和肺囊性纤维化(CF)中的表达谱比较中得到了深入研究。这些差异miRNA与这两种疾病的病理生理、诊断、预后和治疗靶向相关。
#疾病机制
差异miRNA参与了IPF和CF的多种病理生理过程。例如,miR-21在IPF中上调,与上皮-间充质转化(EMT)相关,促进肺成纤维细胞激活和外基质沉积。miR-155在CF中下调,调节粘液产生和炎症,影响肺功能。
#诊断标志物
差异miRNA可作为IPF和CF的潜在诊断标志物。miR-150在IPF患者血清中上调,其水平与疾病严重程度和预后相关。miR-205在CF患者痰液中下调,可用于区分CF和其他肺部疾病。
#预后指标
差异miRNA也可预测IPF和CF的预后。miR-29a在IPF患者中下调,与较差的生存率和肺功能下降相关。miR-126在CF患者中上调,与肺部炎症和感染风险增加相关。
#治疗靶向
差异miRNA是IPF和CF治疗的潜在靶点。miR-21抑制剂可减轻IPF中的纤维化,而miR-155激动剂可改善CF中的粘液清除。靶向差异miRNA为这些疾病的新型治疗策略提供了机会。
#具体数据示例
IPF:
*miR-21上调:促进EMT和纤维化。
*miR-150上调:血清诊断标志物,预后不良相关。
*miR-29a下调:预后不良相关。
CF:
*miR-155下调:调节粘液产生和炎症。
*miR-205下调:痰液诊断标志物。
*miR-126上调:预后不良相关,肺部炎症和感染风险增加。
#结论
差异miRNA在IPF和CF中的表达谱比较揭示了其在这些疾病中的重要作用。这些差异miRNA参与了疾病机制,可作为诊断标志物和预后指标,并为新的治疗策略提供了靶点。进一步的研究将有助于阐明差异miRNA在IPF和CF中的作用,并开发基于miRNA的诊断、预后和治疗工具。第七部分miRNA在疾病过程中的潜在作用机制关键词关键要点主题名称:miRNA对细胞存活和凋亡的影响
1.miRNA可通过直接靶向调控细胞凋亡相关基因,影响细胞存活和死亡。
2.异常表达的miRNA可导致细胞凋亡失调,促进或抑制细胞存活,影响疾病发展。
3.miRNA靶向调控细胞存活和凋亡通路,为疾病治疗提供了潜在靶点。
主题名称:miRNA对炎症反应的调节
miRNA在特发性肺纤维化和肺囊性纤维化中的潜在作用机制
简介
miRNA(微小核糖核酸)是一种长度约为22个核苷酸的非编码RNA分子,在转录后调节基因表达中发挥着至关重要的作用。miRNA通过与靶基因mRNA的3'非翻译区(3'UTR)互补结合,抑制mRNA翻译或降解mRNA,从而影响基因表达。
特发性肺纤维化和肺囊性纤维化
特发性肺纤维化(IPF)和肺囊性纤维化(CPF)是两种慢性、进行性肺部疾病,会导致肺组织纤维化和肺功能下降。IPF的病因尚不清楚,而CPF是一种常染色体隐性遗传疾病,是由囊性纤维化跨膜电导调节剂(CFTR)基因突变引起的。
miRNA表达谱比较
研究表明,IPF和CPF患者的肺组织中miRNA表达谱存在显著差异。与健康对照组相比,IPF患者的肺组织中miR-155、miR-21和miR-29等miRNA上调,而miR-146a、miR-126和miR-34c等miRNA下调。CPF患者的肺组织中,miR-146a、miR-150和miR-200b等miRNA上调,而miR-133a、miR-218和miR-486等miRNA下调。
miRNA在IPF中的潜在作用机制
IPF中上调的miRNA,如miR-155和miR-21,参与了炎性反应和纤维化的调节。miR-155通过靶向SOCS1和SHIP1抑制抗炎信号通路,促进促炎细胞因子的释放。miR-21通过靶向PTEN和PDCD4抑制细胞凋亡和促进细胞增殖,促进了纤维化进程。
IPF中下调的miRNA,如miR-146a和miR-126,参与了免疫调节和血管生成。miR-146a通过靶向IRAK1和TRAF6抑制NF-κB信号通路,抑制促炎细胞因子的释放。miR-126通过靶向SPRED1和VEGFA抑制血管生成,从而减缓肺纤维化。
miRNA在CPF中的潜在作用机制
CPF中上调的miRNA,如miR-146a和miR-150,参与了炎性反应和粘液分泌的调节。miR-146a通过靶向IRAK1和TRAF6抑制NF-κB信号通路,抑制促炎细胞因子的释放。miR-150通过靶向MUC5AC和MUC5B促进粘液分泌,加重了CPF的症状。
CPF中下调的miRNA,如miR-133a和miR-486,参与了纤毛运动和上皮细胞功能的调节。miR-133a通过靶向FOXO1和ACTN4抑制纤毛运动,影响粘液清除。miR-486通过靶向EZH2和HDAC1促进上皮细胞分化,维持肺上皮屏障的完整性。
结论
miRNA在IPF和CPF中表达谱的变化与疾病的病理生理过程密切相关。上调和下调的miRNA通过靶向不同的基因参与炎症反应、纤维化、血管生成、粘液分泌和纤毛运动的调节,影响疾病的发生和发展。进一步研究miRNA在IPF和CPF中的作用机制,有助于开发新的治疗靶点和策略。第八部分miRNA作为生物标志物的可能性关键词关键要点【miRNA作为生物标志物的可能性】
1.早期诊断及预后评估:miRNA可作为特发性肺纤维化(IPF)和囊性纤维化(CF)的早期诊断标志物,有助于在疾病进展前进行干预。此外,miRNA还可以预测疾病预后,指导治疗决策。
2.分类和亚型识别:miRNA在IPF和CF患者亚型中表现出差异表达模式,可用于分类和识别不同亚型。这有助于个性化治疗和针对特定患者特征的治疗靶点的开发。
3.监测疾病进展:miRNA表达谱可动态反映IPF和CF患者的疾病进展,使其成为监测治疗反应和患者预后的潜在工具。
1.生物标志物的稳定性:miRNA具有高度稳定的特性,可以在各种样本类型中保留其表达模式,包括血液、唾液和组织样本,使其成为可靠的生物标志物。
2.易于检测:miRNA检测技术,如实时荧光定量PCR和微阵列,已得到广泛应用,便于大规模样本分析,提高早期诊断和监测的效率。
3.与其他生物标志物的互补:
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