本科院校-基础医学-生物信息学-第十六章 miRNA与复杂疾病

本科院校-基础医学-生物信息学-第十六章miRNA与复杂疾病

单选题A11.2005年，Lu等人采用哪项技术得到89个人类多种组织样本中的miRNA和mRNA表达谱数据并对癌症样本进行分类答案：(B)A:寡核苷酸技术B:磁珠技术C:PCR技术D:Northern印迹技术

单选题A12.下列miRNA靶基因预测方法中，首次提出l种子匹配的概念的是答案：(B)A:miRandaB:TargetScanC:TargetScansD:RNAhybrid

单选题A13.成熟的miRNA是由下列哪一项对pre-miRNA进行加工形成的答案：(A)A:DicerB:RISCC:ArgonauteD:Drosha

单选题A14.在细胞信号转导过程中，miRNA通过选择性调节信号网络中的蛋白质来完成新信号的响应。这些被调节的蛋白质主要是答案：(C)A:配体B:网络上游的蛋白质C:网络下游的蛋白质D:负向调控模块中的蛋白质

单选题A15.miRNA表达谱检测技术包括Northern印迹、克隆、定量PCR扩增、SAGE技术、磁珠技术和答案：(B)A:CGH技术B:寡核苷酸技术C:ChIp-Chip技术D:SNP技术

单选题A16.同mRNA表达谱检测技术相比较，利用miRNA表达谱数据能够更有效地预测出肿瘤样本中哪种组织类型答案：(B)A:未分化B:低分化C:中分化D:高分化

单选题A17.GenMiR++基于miRNA和mRNA表达数据通过下列哪项对miRNA靶基因进行《br/》预测答案：(C)A:支持向量机B:人工神经网络C:贝叶斯方法D:决策树

单选题A18.癌症相关的miRNA表达谱数据库有ArrayExpress数据库和答案：(C)A:miRBase数据库B:OMIM数据库C:GEO数据库D:TarBase数据库

单选题A19.HOCTAR对miRNA靶基因进行预测是基于miRNA与宿主基因答案：(B)A:序列匹配B:表达正相关C:表达逆相关D:序列相同

单选题A110.下列miRNA靶预测方法中，不需要考虑靶点在物种间的保守性的是答案：(D)A:miRandaB:TargetScanC:TargetScansD:RNAhybrid

单选题A111.miRNA在代谢网络起着重要的作用，其中倾向于被miRNA调控的网络节点是答案：(B)A:上游和下游节点B:hub和CPC:中间节点D:所有节点

单选题A112.miRNA的缺失或下列哪一项改变，会导致其靶基因中某些具有抑癌作用的基因表达升高，从而促进癌症的发生答案：(D)A:表达不变B:表达改变C:上调D:下调

单选题A113.同已有的生物标记例如mRNA相比，片段更小并且表达量更大，使得研究者检测其表达水平更加容易的是答案：(B)A:蛋白质B:miRNAC:SNPD:微卫星

单选题A114.在蛋白质互作网络中，以miRNA簇为单位分析miRNA的转录后调控机制，认为一个miRNA簇调控一个社区需要满足的条件是答案：(D)A:该社区中至多50%的蛋白质被某个miRNA簇调控，且该簇中的任何一个MiRNA最少调控该社区中40%的蛋白质B:该社区中至多40%的蛋白质被某个miRNA簇调控，且该簇中的任阿一个MiRNA最少调控该社区中50%的蛋白质C:该社区中至少40%的蛋白质被某个miRNA簇调控，且该簇中的任何一个MiRNA最多调控该社区中50%的蛋白质D:该社区中至少50%的蛋白质被某个miRNA簇调控，且该簇中的任何一个MiRNA最多调控该社区中40%的蛋白质

单选题A115.第一个利用miRNA宿主基因表达与mRNA表达信息对miRNA靶基因预测的算法是答案：(C)A:HOCTARB:TargetScanC:GenMiR++D:RNAhybrid

单选题A116.基因转录调控网络描述转录因子与编码基因之间的调控关系，全基因组范围内分析miRNA调节基因转录调控网络的策略是答案：(D)A:确定miRNA的启动子区域B:计算转录因子调控的基因数目C:计算miRNA调控的转录因子数目D:计算转录因子在miRNA启动子上的结合位点数目

单选题A117.在蛋白质互作网络中，一个节点的直接互作邻居数目定义为该节点的度。节点的度与miRNA的靶点类型数目呈答案：(A)A:显著正相关B:显著负相关C:不相关D:不确定

单选题A118.miRNA特有的性质使得检测miRNA表达谱受到很大限制，其特有性质包括：片段小、低丰度、发育阶段特异性、疾病状态特异性和答案：(C)A:时间特异性B:空间特异性C:组织特异性D:功能特异性

单选题A119.下列数据库中，哪项不是存储miRNA及其靶基因信息的数据库答案：(B)A:TarBaseB:Swiss-protC:miRGenD:miRNAMap

单选题A120.下列数据库中，分析基因3'UTR上的SNP对miRNA与靶点结合关系影响的数据库是答案：(B)A:dbSNPB:dbSMRC:miRGenD:miRNAMap

单选题A121.调控网络中存在miR-20a抑制靶基因E2F1的表达，同时这两个基因都被转录因子c-Myc激活，类似于这种结构被称为答案：(C)A:模块B:簇C:模体D:主题

简答题22.简述miRNA的起源过程。答案：(编码miRNA的基因首先在细胞核内产生长度在几百至几万nt的初始miRNA(pri-miRNA)。pri-miRNA被一种称为微处理器的多蛋白质复合物剪切为长度在70～90nt间并具有发夹结构的单链前体miRNA(pre-miRNA)。pre-miRNA通过转运蛋白质Exportin-5被转运至细胞质中，经过Dicer酶及其辅因子TRBP共同加工形成长度在19～24nt的miRNA以及miRNA*。随后，细胞中的TRBP募集Argonaute蛋白质与Dicer酶形成三聚体复合物进而启动RISC的装配。miRNA链通过5'端互补被整合进RISC的同时，miRNA*链被特异地降解掉。miRNA一旦被整合进RISC，就会通过碱基配对引导RISC到达其靶mRNA从而行使功能。)

简答题23.简述基于序列的miRNA靶预测方法所基于的原则。答案：(当前基于序列的miRNA靶基因预测算法虽然各不相同，但通常遵循以下几个原则：①miRNA的l种子区与mRNA的3'UTR序列碱基互补；②靶点在多物种间的序列保守性；③miRNA与mRNA形成双链结构的热力学稳定性；④靶基因二级结构和靶点外的序列对靶基因预测的影响。)

简答题24.简述基于miRNA表达谱对复杂疾病分析流程。答案：(首先，与mRNA芯片数据的分析过程类似，需要对所获取的miRNA表达谱数据进行标准化。然而，许多用于mRNA表达谱数据标准化的方法并不能简单地移植到miRNA表达谱数据。由于目前并没有统一有效的方法用于miRNA表达谱数据的标准化，大多数研究都只是将miRNA基因表达数据进行中值化处理。随后，通过比较癌症样本和正常样本中miRNA的表达数据，利用常用的差异表达检测算法(如《em》t《/em》检验等)，寻找出显著差异表达的miRNA。对于这些表达异常的miRNA，需要后期生物学实验进一步证实。这些异常miRNA通过调节大量靶基因的转录变化，导致某些生物学功能失调从而诱导癌症的发生。虽然目前还没有针对miRNA功能注释的数据库资源，但是编码蛋白质的基因注释信息却非常丰富，如GO，KEGG等。因此，通过靶mRNA的功能来推测miRNA的功能是可行并且合理的。利用本章第二节中介绍的miRNA靶基因预测算法：Targetscan、miRanda．PicTar等，获取癌组织中异常表达miRNA的靶基因集合，对靶基因进行GO功能注释以及KEGG通路分析，得到靶基因集合显著富集的生物学过程。由此可推测异常miRNA正是通过调节这些生物学过程而参与癌症发生。)

简答题25.位于miRNA基因内影响miRNA形成和功能的多态可以分为几类，并做简要介绍。答案：(①位于miRNA的5'种子区域：根据Saunders等人的研究结果发现，位于miRNA种子区域的SNP不足1%。而目前的研究发现，位于miRNA种子区域的多态会影响miRNA的表达以及与靶基因的结合。位于miR-125a种子区域的多态显著地抑制了pri/pre-miRNA过程，导致miRNA表达的减少。miR-206调控ERalpha;的表达，miR-206存在两个与ERalpha;结合的靶点。位于miR-206种子区域的多态导致两个靶点都失活，消除了与原来靶的结合。由于miRNA调控成百上千的mRNA，那么理论上认为位于miRNA种子区域的多态会影响成百上千的基因的表达，但是这需要进一步的实验证实。②位于miRNA的3'容错区域(3'MTR)：3'MTR区域不同