基因组学作业 - Copy课件

小肠结肠炎耶尔森氏菌外膜蛋白Ail的生物信息学分析专业：遗传学基因组学作业-Copy主要内容外膜蛋白OMP研究目的、意义及进展Y.enterocolitica

Ail核酸序列的简单分析Y.enterocolitica

Ail编码蛋白序列的简单分析基因组学作业-Copy一、OMP研究目的、意义及进展研究意义及进展：1、随着抗生素在水产养殖中的滥用，细菌的耐药性日趋严重，相比之下对高效疫苗的研发也就越发重要。2、目前，已有学者对耶尔森氏菌属外膜蛋白Ail进行了致病性、作用靶位点及在免疫中的防护作用等研究。3、Ail作为耶尔森氏菌属一种特定的外膜蛋白，对其结构信息尚报道较少。基因组学作业-Copy

目的：本次以小肠结肠炎耶尔森氏菌外膜蛋白Ail基因序列为基础，对此进行一系列生物信息学分析，期望能对该蛋白的特性和功能有一定了解。为进一步对疫苗的研制提供理论依据。基因组学作业-Copy二、Y.enterocoliticaAil核酸序列的简单分析

1序列拼接

序列拼接常用软件：（1）Biolign（2）CAP（3）Seqman（4）ContigExpress基因组学作业-Copy以ContigExpress为例：载入目的序列、进行拼接、导出拼接后序列。基因组学作业-Copy2核酸序列的同源性分析基于NCBI/Blast软件的序列同源性分析比对结果基因组学作业-Copy3核酸序列组成分析（1）基于Biolign软件四种碱基类型的统计基因组学作业-CopyAorC基因组学作业-Copy基因组学作业-Copy（2）核酸序列的限制性酶切图谱（部分）基因组学作业-Copy（3）核酸序列的开放阅读框架分析基于NCBI/ORFfinder的ORF分析

基因组学作业-Copy（4）核酸序列翻译成蛋白质序列结合GENESCAN工具与BioEdit软件将核酸序列翻译成蛋白质基因组学作业-Copy①

利用GENESCAN工具分析基因组学作业-Copy核酸翻译结果基因组学作业-Copy②利用BioEdit软件对核酸进行分析结果翻译后氨基酸数量基因组学作业-Copy小结1、该基因序列中A+T含量较高。2、该基因序列存在多个酶切位点。3、在384-320之间的序列存在能翻译成178个氨基酸。基因组学作业-Copy三、Y.enterocoliticaOMP编码蛋白序列的简单分析1编码蛋白质基本性质（1）蛋白质的理化性质分析结合EXPASY/ProtParam及BioEdit软件分析氨基酸及原子组成、等电点、消光系数等。/基因组学作业-Copy基因组学作业-Copy基因组学作业-Copy基因组学作业-Copy（2）编码蛋白酶切位点分析基于Expasy/PeptideCutter软件

基因组学作业-Copy（3）亲疏水性分析基因组学作业-Copy平均疏水性值为-0.111，整个蛋白表现为亲水性。基因组学作业-Copy（4）编码蛋白跨膜区分析结合TMHMM与HMMTOP工具对膜区进行分析/

http://基因组学作业-Copy预测结果表明该蛋白于6~24区域预存在一个跨膜螺旋基因组学作业-Copy（5）编码蛋白信号肽预测分析基于SignalP4.0软件对信号肽进行预测该编码蛋白存在信号肽，剪切位点位于23~24之间MeanS=0.806>0.5基因组学作业-Copy2蛋白质二级结构预测（1）基于PredictProtein软件α螺旋，β折叠，β转角，无规则卷曲（coils）以及模序（motif）等局部结构组件构成了蛋质基本的二级结构。基因组学作业-Copy（1）PROF二级结构预测结果

螺旋占11.8%，折叠占50%，环占38.2%基因组学作业-Copy

二硫键位子预测

（2）二硫键位子预测基因组学作业-Copy（3）模体搜索结果基因组学作业-Copy（2）蛋白质结构域预测基于InterPro

数据库分析蛋白序列的功能、结构和进化单元http:///基因组学作业-Copy（1）保守区分析基因组学作业-Copy保守区位置基因组学作业-Copy（2）蛋白家族信息基因组学作业-Copy结构链接基因组学作业-Copy在其他物种中的分布基因组学作业-Copy4

蛋白质三维结构预测SWISS-MODEL预测结果基因组学作业-Copy小结1、