细菌的系统发育分析与基因组注释

AcinetobacterbaumaniiACICU

的系统发育分析与全基因组注释Contents：123基于ACICU16srRNA基因的系统发育树的构建基于ACICU全基因组的系统发育树构建ACICU全基因组的基因注释MEGA6.06CVTree3.0RAST2.0系统发育树的介绍：

系统发育树也称系统进化树(phylogenetictree),它是用类似树状分支的图来表示各种(类)生物之间的亲缘关系,通过对生物序列的研究来推测物种的进化历史。主要是通过DNA序列,蛋白质序列,蛋白质结构等来构建系统发育树,或者通过蛋白质结构比较包括刚体结构叠合和多结构特征比较等方法建立结构进化树。系统发育树的介绍：系统发育树主要是它的拓扑结构和分支长度。根据拓扑结构的不同系统发育树可以分为有根树和无根树。有根树有一个根节点，代表所有其它节点的共同祖先，从根节点只有唯一路径经进化到达其他任何节点；无根树只表明了节点之间的关系，没有进化方向，但是通过引入外群（outgroup）或外部参考物种可以在无根树中指派根节点。

系统发育树构建一般过程：序列比对提供一种衡量核酸或蛋白质序列之间相关性的度量方法。将两条或多条序列写成两行或多行，使尽可能多的相同字符出现在同一列中，将不同序列中的每一位点进行逐一比对，构建一个打分矩阵来表示序列间的相似性或同源性。

评估的目的是对已经得出的系统发育树的置信度进行评估，常用的方法是自举检验法（bootstrap

methods）。

即将所有的序列组用某种算法生成多个新的进化树。将生成的许多进化树进行比较，把所有新的树中相同拓扑结构最多的树认为是最真实的树，树中分支位置的数值表示该种结构占所有树中的百分比值，该值小于75通常都认为是置信度较低的分支。

.fasta格式系统发育树的构建方法以及种类：系统发育树基于离散特征的方法

基于距离的方法

最大简约法（maximumparsimony）

最大似然法（maximumlikelihood）

贝叶斯法（Bayesian）

非加权组平均（UPGMA）

邻接法（neighbor-joining）

16SrRNA是所有原核生物蛋白质合成必需的1种核糖体RNA，其具有以下特点：

1.多拷贝。每个细菌含5～1O个16SrRNA拷贝，这使得检测敏感性较高。2.多信息。16SrRNA基因内部结构由可变区和保守区组成。保守区为所有细菌所共有，可变区在不同细菌之间存在不同程度的差异，具有属或种的特异性，可变区与保守区交错排列。3.长度适中。16SrRNA编码基因长度1500bp，包含大约5O个功能域。

1.基于16srRNA基因的系统发育树的构建

邻接法（neighbor-joining）:Kidd&Sgaramelh-Zonta（1971）最早提出基于距离数据的系统发育树重构算法，从所有可能的进化树中选择进化分支长度总和最小的那棵树。距离法通常不能找到精确的最小进化树，只能找到近似的最小进化树，但是它的计算速度非常快，而且准确率较高，因此被广泛应用于系统发育分析。

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AcinetobacterbaumanniiNava-81AcinetobacterbaumanniiMDR-TJAcinetobacterbaumanniiACICUAcinetobactervenetianusstrainATCC31012AcinetobacterjuniistrainATCC17908AcinetobacteroleivoransDR19677791000.005AcinetobacterbaumanniistrainATCC19606AcinetobacterbaumanniiNava-81AcinetobacterbaumanniiMDR-TJAcinetobacterbaumanniiACICUAcinetobactervenetianusstrainATCC31012AcinetobacterjuniistrainATCC17908AcinetobacteroleivoransDR1951007775利用MEGA6构建系统发育树：最大简约法（maximumparsimonymethod）最大简约法首先是由Camin&Sokal（1965）提出来的，经过Hein（1990，1993）的研究发展使得用最大简约法来建立进化树得到极大的发展及应用。最大简约法是基于奥卡姆剃刀原则（Occam‘srazor）而发展起来的一种进化树重构的方法，即突变越少的进化关系就越有可能是物种