Gaussview软件使用手册

Gaussview软件使用手册GaussView是一种被设计来协助准备输入进入高斯软件的文档以及以图形的形式来检查高斯软件完毕并输出的成果的图形化的顾客界面。GaussView是不在高斯软件的计算模块中，而是此前端/后端的模式来协助高斯软件的运行。GaussView为高斯顾客提供了三种重要的便利。首先，通过它先进的可视化工具，GaussView使得顾客可以很快的做出大分子的构造图甚至是很大的分子，然后旋转，在这些分子的基础上通过简朴的搜寻操作来编译和放大。它同样可以载入例如PDB类型的原则的分子构造文档。第二，GaussView使得建立多种形式的高斯计算变得轻易。它使得准备为一般工作模式以及如ONIOM，QST2/OST3转变构造优化措施，CASSCF计算措施，周期边缘状态计算措施（PBC）以及其他的许多前沿措施的复杂的载入愈加简朴。假如高斯软件被安装在了同一台电脑上的话，顾客同样可以使用GaussView来进行工作。最终，GaussView使得顾客可以通过多种的图形技巧来检查高斯计算的成果。高斯的计算成果中可以用图形来表达的有下列几种：通过优化的分子构造；分子轨道任何估算密度的电子密度表面；静电潜在表面；原子价；与振动频率相符的一般模型；IR,Raman,NMR,VCD以及其他的频谱；构造优化，IRC反应途径的后续，能级表面的扫描以及ADMP和BOMD轨道的模拟；整体能量的小部分以及其他来自于相似工作类型的数据；这本书为所有的GaussView构造提供了一种参照。该软件的每一种程序的构造都被详细记录。将项目按照一般目的分类。在每一种分类中，项目是按照逻辑构造来排列的，开始于最简朴的项目，然后是引用最广泛的项目，最终是愈加复杂和不常常使用的项目。为了找出顾客感爱好的特殊信息，可以通过索引来打开有关主题或者是特殊的对话框。颜色搜集以及对话在索引中的主题菜单下（下面直接中英语）显示了出来。菜单项目通过菜单=>项目的格式显示出来。按钮在索引中显示为“名称按钮”。如下图（从图1开始）显示了一系列的按钮名称，菜单途径—等价于按钮和键盘的快捷键。在多种GaussView构造的基于指导的协助包括在了网上协助中。在主协助窗口中选择指导主题来打开他们。GaussView指导基础分子创立分子创立的例子和方略下面举例阐明怎样运用GaussView来创立分子。创立维生素分子：运用不经典的原子下面是一种使用GaussView创立维生素分子的例子：在View窗口中的File菜单中选择New的选项来创立一种新的文献；在Builder窗口中选择好Rings；在ActiveFragmentbutton上面点击。在环碎片中选择苯。返回到View窗口。点击一下演示苯。在Builder窗口中点击Element选项，在氮上点击。点击ActiveFragment，点击氮原子。在View窗口中，点击你想变成氮的碳原子。注意：不要选择杂交原子中的一种，一般选择不经典的原子愈加轻易。在创立窗口中点击DeleteAtom键。在View窗口上，通过点击该键删除与氮相连的氢。在Builder窗口上点击Rebond按钮，然后点击Clean按钮。注意：一般在清除前应当重新成键。维生素目前已经完毕了。创立芳环维生素：在环之间设置角度下面的例子展示了怎样在已存在的文献上创立芳环维生素。在这个例子中，以维生素为基础来创立。你可以接着上述例子来做，创立维生素；在Builder窗口上点击Rings按钮。保证芳环已经被选中；在View窗口上点击氮原子对面碳原子上的氢原子。另一种环就在屏幕上显示了出来；在Builder窗口上选择Dihedral按钮。保证MoveGroup被标识；选择两环之间的原子，如下所示：更改角度移动光标来是的各环所处的平面互相垂直（或者是在文本框中输入90.0）；点击Ok按钮；芳环维生素目前完毕了。创立五价铁原子：在指定的项目上选择最佳的构型下面是创立五价铁原子的一种例子打开一种新的模型。选择铁分子然后选择双锥形的铁的构型：选择线形的C-N构型然后将该基团连接在铁原子上。须注意的是我们选择这种构型而不是选择一种C-O基团是由于其是线形的。将氮原子转换成氧原子（选择氧元素之后再是自由电子模板）。目前分子已经完毕了。创立初级紫染：悬挂构造下面是一种展示怎样在GaussView上面创立一种初级紫染的6，6’-dibromoindigo：创创立一种新文献；在Builder窗口上选择互联的5和6元碳环（在左侧中的插图中），然后再View窗口上点击来放置一种片段；在五元环中，点击合适的氧原子来将其换成氢原子；将与氧原子相对的碳原子变化成氮原子；将六圆环（在氮原子同一侧的）中的最外层碳原子上的氢原子改成在相似形式的溴原子；在Builder窗口上点击Clean按钮。不要重新成键。然后保留文献；在View窗口上展示刚刚保留的文档；旋转和移动另一种环是的两个碳原子近到足够成键，同步使得两构造方向合适；注意：假如只是要两个构造中的一种，在按住Alt键的同步拖动鼠标即可。在展示复杂构造的同步使用此外一种窗口同样也是很有用处的。在View菜单上通过AddView选项来创立。将两个成键碳原子上的氢原子删除；在Builder窗口上选择Bond来创立一种C=C；点击Clean；分子构造完毕。取代两种构造：创立二氯化二苯下面的例子给出了一种包括取代构造的分子构造。创立一种新的View窗口，然后在上面放置一种苯环。将其中的一种碳原子换成氯原子。反复该过程创立另一种氯代苯环。旋转其中的一种环，使得氯原子处在另一换的相反位置。顾客可以通过按住Alt键同步按下鼠标左键拖动来完毕该过程：将环放置使得它们重叠同步碳原子的成键位置对的；删除重叠部位的氢原子同步移动键；在两个碳原子之间创立一种键，完毕分子构造：分子构造完毕。ONIOM例子在一种小的缩氨酸链中的ONIOM层上分派原子注意：这个例子是为了更好的阐明而不是为了精确创立一种包括如下氨基酸的缩氨酸链：Phe-Ala-Gly；选择氨基末端的Phenylalanine，中心Fragment的Alanine以及有羰基末端的甘氨酸。将所有院子分派在最底层，在Edit菜单上选择AssignLayer，然后点击SelectAll。确定目前层被设定为Low。构造大体如下：点击Apply将下列原子分派到中间层：所有在Ala中的原子，在Phe环上的碳原子以及甘氨酸双键上的原子：选择Ala中的中心碳原子。点击ExpandSelection的右端然后添加更多的原子（两到三倍）。添加少许原子一般比添加诸多更轻易。点击Apply。在下列添加附加的原子（选择然后点击Apply）直到构造对的是十分必要的。根据需要运用中间的鼠标键来给选项添加原子，然后点击Apply来固定构造，根据需要反复操作。下图中中间层轨道的原子以棍状出现，底层则以线状出现：将下列原子分派到高层上：Ala上所有包括与之相连的重原子在内的所有原子。点击Ala中的中间碳原子。将Using场转换成Distance。在Expand选项的右端点击两次。成果如下：点击Apply。然后成果如下：已完毕的ONIOM分派的原子点击刚刚放置到高层的氢原子然后将其移动（放置）至中间层。点击Close。原子层的分派完毕。运行一种ＯＮＩＯＭ工作该例子使用了创立的分子，层在创立程序中最终的例子上被定义，然后接着如下环节来。在Calculate菜单中选择Gaussian。点击MultilayerONIOMModel。三种选项（High，Medium和Low）出目前了Method系列中，从这些选项中顾客可以分别选择作用于不一样层原子的措施。点击High选项，然后选择RHF/6-31G工作。点击Medium选项，然后选择受限制的AM1工作。点击Low选项详细阐明一种在使用Amberforce区域的原子构造计算措施。下列的构造（高斯ONIOM工作的运行例子）显示了在正常运行状态的着三种选项（一种重叠着一种）：这些运行的区域在工作的routesection显示：#ONIOM=（RHF/6-31G：RAM1：Amber）顾客目前可以继续填写剩余的文本框，然后工作就可以准备好保留并运行了。创立周期性的构造周期性束缚状态（PBC）指示1——通过乙烯创立一种通过多元炔的聚合体PBC/1D通过点击工具栏的“New”按钮来创立一种新的分子和一种对应的视图窗口。首先双击“R-GroupFragment”的工具箱按钮，然后点击“SelectR-GroupFragment”对话框中的“vinyl”按钮来创立乙烯基（乙烯）（目前的构造）。在视图窗口中的任意空白位置点击来创立一种乙烯分子。点击“Center“工具箱按钮来使得视图窗口以该分子为中心。在住窗口中的“View”菜单中点击“Labels”来打开该视图窗口的原子标签。在视图窗口中，点击乙烯的原子5来创立一种穿过丁烷基的分子在主窗口的“Edit”菜单中选择“PBC”来显示分子的PBC对话框。在PBC对话框的“Symmetry”选项中，选择“LatticeDimensions”多选框中的“1”。在PBC对话框的“Cell”选项中，在确定“Vertex”被选择的状况下按下“Place”按钮，这样就可以在视图窗口中使用鼠标来选择任何原子的细胞来源定点（“0（0）”）。在视图窗口中，点击原子2.在PBC对话框的“Cell”选项上，用鼠标在View窗口中点击选择“a（1）”来替代“0（0）”使得a胞的替代。在View窗口中，点击原子7。在PBC对话框的Cell选型上，在“TrimContents”菜单中选择”DeleteAllAtomsOutsideCell”。在PBC对话框的”Cell”选项上，点击“CenterContents”按钮。这样，我们就为穿越多乙炔的聚合体的PBC/1D模型定义了一种初始合成胞体。在PBC对话框的“View”选型上，使用”CellReplicat