Blast结果的详细解析

Blast结果的详细解

析-CAL-FENGHAI.-(YICAI)-CompanyOnelBlast结果的详细解析Postedon2009年7月9日byboyun要使用程序对blast结果进行解析、分析，就必须对BLAST的结果形式有深入的了解，本篇文章将向你详细说明Blast结果的数据结构，供参考。这里的指的是blast默认的结果，也是我们应用最多的结果。3.14.1・结果文件的结构一个BLAST的结果文件，大致结构如下：每个blast结果文件都以固定的header开头，里面包含了BLAST程序名称，版本与Referenee信息。接下来包含一个或多个Query，每个query包含以下内容：QueryinformationSequencesproducingsignificantalignmentsSubjectsQueryinformation是对一个query序列的基本信息描述，Sequencesproducingsignificantalignments是对所有subjects的简要list。每个subjects是query序列在数据库中比对上的一条序列。HEADER每个blast结果文件都以固定的header开头，里面包含了BLAST程序名称，版本与Referenee信息。BLASTN込*2.16［脈-聖0笫］Refeience:Altaclial,StephenF.3ThomasL.Madden^AlejandroA.5chaffei,JinghuiZhangjZliengZhangjWebbMillerjandDavidLipman(1997)s：G-appedBLASTand.PSI-BLAST：ane屮genexaizionofproteinda'tabaseseaxchprogTajns^NucleicAcidsRes；.25t5389-'34O2.blast结果解读-headerQUERY每个blast结果文件包含一个或多个Query，每个query包含以下内容：QueryinformationSequencesproducingsignificantalignmentsSubjectsQuaxy^g.i1501174311gt-：AAFYO1O28135.11Metsgenomesequence序列口称AG201S600,'.luliolegenome-EequenjCE'(162Letters)长度壬Database'/espor12/^rs_,root/bla.stdb/neb1/blast/db^FAS；'A/env_nt5jOGlj419-:se(iueiices;53OOS/^S^S76totalLetters数据库Seaichjug・・・i*・・i・・i*・・i・・・b*・i・；•・b**：i・：、-*・」ii.>■・i・：、■匚■・done團左的信丿息blast结果解读-QueryQUERYINFORMATIONQueryinformation是对一个query序列的基本信息描述。该部分包括Name：Fasta序列对于序列描述的部分(见本文档部分说明)Accession：接收号，或者locationDescription：序列描述Length：序列的长度Database:用户使用的数据库信息SEQUENCESPRODUCINGSIGNIFICANTALIGNMENTS该处的信息是所有subjects的简要list。ScoreE^querLcesproducingsignificantalignments：ValueTOC\o"1-5"\h\zgb|AAFT?)1028133.11MetagenamequinceAGZO19600.g2j^halegenam...3^1le_85Sb|AAGA^100225Qh11sequence3G3d50Q_fasta.sereen.Cont...2SQ4e-73-gb|AAFYD10^0890.11MetageiicinesequenceAGEO19600.ufholegenoin...1964e_48gtIAAF301001565.1!Meta-genonesequence3G34299_fa^ta.screen.'Cont..k.1S42e_44gtiAACYD20294238.1|Marineme-tageiione1096626825914.?^liolegenoBL..400^58blast结果解读-subjectslistSUBJECTS每个subjects是query序列在数据库中比对上的一条序列。每个subject部分包括Subject序列信息一个或多个alignmentSUBJECT序列信息Subject序列信息包括该序列的：Name：Fasta序列对于序列描述的部分Accession：接收号，或者locationDescription：序列描述Length：序列的长度/■gt|AAFYO1028133.1|Metageiiomesequence^33019600.g2jwholegename序列名称Accession辱止倍息Length—.162氏度BLAST-subjectsALIGNMENT一个query序列和一个subject序列的比对结果，可能是一个或多个alignment,每个alignment包括如下信息，其中strand,frame和positives三项，随着所用blast程序的不同而有变动：Score：281Expect：2e-54Percent_identityIdentitiesbits:110LengthMismatches=Length-IdentitiesGaps:为空时，Gaps=0Strand(blastn)Frame(blastx，tblastn,tblastx)Positives(blastp,blastx，tblastn,tblastx)Query_startQuery_endSubject_startSubject_endScots=1889bi-ts(953^1；Ixpect=■0.0score?bits?Expec七Identities二1005/1031(97%)Gaps二S/1031(1%)-亠「，identity(1005^Length.(1031?j'.Peicent_id.entity(97),Gaps(6)S"tTand=Fliis-fFlii^'Q|MHstrand(3uezystazPQueiy：LlbS^'Caagatgltatcgactat七@：匚玄匚1:言1:匚巨玄1:1:^匚2匚七1;玄1：221:1:匡玄€€1：2玄匚玄1:匚1：€1:匚玄1:1212llllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllllSbjet：1573caagatgt+atcgactat七呂c七匚呂a/t土百匚a匚七土3七：&呂七七呂：宝呂百七方3匚：且七匚七呂土匚：日七1632Sutijectst：artQueTy已匸lcIQuezy：2173paattcra+ct2183lllllllllllSb：2593^!gaattcga-tct刃皺寻BSubjectendSccxe=1S18bits(ElSijExpect=下一''1^^lignmen-tIdentities可S3&/S46血8切Stiand=PIlisXPlus'Queiy：210gcatagcattaatttgcattattaccga七童童1：21:包§：1:童1:匚1:1:1:匚]111111]11111^11)!1玄1:1:童匚1:260iiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiiuiimmSbjet:630gcata.gc^-ttaatttgcatta/ttauega七农^七玄弋1§：七黑七(;弋弋*匚七七亡亡弋弋亡七七七玄七弋誉匚七689BLAST-subjects3・14.9・数据结构总结比对结