序列比对的目的教学课件

ZC基因组数据注释和功能分析ZCN1通过序列比对工具BLAST学习,了解蛋白编码基因的功能注释原理2介绍多序列联配工具C|ustalX3.分子进化分析软件MEGA4的基本知识,掌握系统发生树绘制的基本方法ZC序列比对的进化基础什么是序列比对:将两个或多个序列按照最佳匹配方式排列在一起对应的相同或相似的符号排列在同一列上错配与突变相应,空位与插入或缺失对应。序列比对的目的从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点和不同点,以推测他们的结构、功能以及进化上的联系通过判断两个序列之间的相似性来判定两者是否具有同源性相似性:可以被数量化,如:序列之间相似部分的百分比同源性:质的判断,两个基因在进化上是否曾有共同祖先的推断ZCBLAST基本局部比对搜索工具(BasicLocalAlignmentSearchTool)NcB|上BLAST服务的网址/blast/NcB上blast程序的下载ftpncbi.nlm.blast/executables/release/NcB的BLAST数据库下载网址ftp://ftpncbi.nlm.nih.gov/blast/中,凶忘在日白Mm,m国mMkNHBLAST四Ag图,P?C制Am飞Hl6T32.)T+exceLASTAch,orlistallmenemBLASdntalaves.Oryzauniv选择物种tndR由aLasusBasicBLASTin,meg*lat,dwcumglnitereybleolinteinbasoy/nstaste.psitlast,Pi.blast选择blast程序hanstednucleotidecalabsseusingspreteinlassSoachwantednuclebaaauaineetranslatednudeottooSpecializedBLASTinamsinparcnthoc)YthPriner.BLASIZCQuerySequenAminoacidSequenceDNASequenceBLASTtBLASTnBLASTnLASTXtBLASTXTranslatedProteinNucleotideNucleotideProteinNucleotideDatabaseDatabaseDatabaseDatabaseDatabase程序名搜索序列数据库内容blastProteinProtein|比较氨基哦序列与蛋白使用取代矩阵寻找较质数据库远的关系,进行SEG过滤blastnNucleotideNucleotide比较核酸序列与核酸数寻找较高分值的匹配据库对较远的关系不太适blastxNucleotidProtein比较核酸序列理论上的用于新的DNA序列和六个读码框的所有转换ESTs的分析,可转结果和蛋白质数据库译搜索序列tblastnProteinNucleotide比较蛋白质序列和核酸用于寻找数据库中没序列数据库,动态转换有标注的编码区,可为六个读码框的结果转译数据库序列tblaNucleotideNucleotide比较核酸序列和核酸序转译搜索序列与数据列数据库,经过两次动库序列态转换为六个读码框的结果以Bas为例:ZCN目标序列为ATGAGTACCGCTAAATTAGTTAAATCAAAAGCGACCAATCTGCTTTATACCCGC6个读码框翻译5端到3端第一位起始ATGAGTACCGCTAAATTAGTTAAATCAAAAGCGACCAATCTGCTTTATACCCGCTGAGTACCGCTAAATTAGTTAAATCAAAAGCGACCAATCTGCTTTATACCCGC第三位起始GAGTACCGCTAAATTAGTTAAATCAAAAGCGACCAATCTGCTTTATACCCGC3端到5端第一位起始GCGGGTATAAAGCAGATTGGTCGCTTTTGATTTAACTAATTTAGCGGTACTCATCGGGTATAAAGCAGATTGGTCGCTTTTGATTTAACTAATTTAGCGGTACTCAT第三位起始GGGTATAAAGCAGATTGGTCGCTTTTGATTTAACTAATTTAGCGGTACTCATZCN+3E工玉Q日A工R.工CP工日5-AⅣA的ACCGCIAA乎AAATCAAAAGCEACCAATCIGCTTTATACCCGcTcC中T欧TTAACAA中AG平r中GGTTAGACGAAATA宁L点“T五DPT>ClreflYP68833211GDNAstarvation/stationaryphaseprotectionproteinDps[shigella5str.84019b|ABE030271globalregulator,starvationconditions[shigellaflexneri5Length=208DNAstarvation/statiochaseprotectionproteinDpsstr,401](10E●wex1三nksscore=37.4bits(85),Expect=0.36/18(1008),Positives=16/18(100%),Gaps=0/1(08)Query1MSTAKLVKSKATNLLYTR54sbict42MSTAKIVKSKATNLLYTR59与核酸相关的数据库nBank+EMBL+DDFEB列,除了EsT、sT、s和,2江部分2胖母的全基因组序列由三非绪构库来的核酸序列kabat3b的免度学相关序列车EPBASE中A重复序列翻译而来,用来遮查询序列中的重复片段g:基国测序列(:mesur