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CodingNon-codingSmallnon-codingLongnon-codingSmallSmallRNASmallRNA通过多种途径（包括mRNA降解、翻译抑制、 aa干扰RNAs(nat-

KnownmiRNAPredict

OthersiRNA KnownpiRNAPredictMappedSeqMappedSeqBase

KnownandKnownand Base Base Diffexpress mirdeep(miRNA MarcRFriedländeretal.(2008).DiscoveringmicroRNAsfromdeepsequencingdatausingmiRDeep.NATUREBIOTECHNOLOGYVOLUME26NUMBER4APRIL2008TheRNAmoleculefoldsonThebasepairingisas

UULOOP GAUCUUGAU

MorethanonestructurecanbeRNAfoldpredictionbasedonMultiplemiRDeep2useRNAfoldbyCaenorhabditiseleganslet-7stem- 大部分的siRNA、ntmiRNA以及少部分的动物 SoftwareDIANA-microSoftwareDIANA-micromicroTwebHyeyongMinetal.Griffiths-Jonesetal.Enrightetal.,2003Kiriakidouetal.,2004Grunetal.,2005Kreketal.,XinbinDaietal,Kerteszetal.Lewisetal.,2003,MarcRehmsmeieretal.ThanasisVergoulisetal.NephewKPetal.miRNATargetmRNAta-siRNA(transactingsiRNA(transactingsiRNAs)ta-siRNA是在植物 Providingadancedgenomic ToexaminehowsiRNAsaredistributed,weassignedaclusteredsiRNAlocustoagenomicregionthatcontainsoverlap orcloselylinkedsiRNAs(<=250bp)withtwoormoreIGV浏览siRNAcluster WhenapiRNAoverlappedwithanotherpiRNA,thesewererecognizedasasingle .piRNAslocatedwithin300-bpwitheachotherwerefurthe

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