蛋白质结构与功能实验课

蛋白质结构与功能实验课第一页，共四十六页，编辑于2023年，星期五

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点击UniPro第二页，共四十六页，编辑于2023年，星期五

GFAP第三页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第四页，共四十六页，编辑于2023年，星期五命名与起源蛋白质属性注释

OMIM第五页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第六页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第七页，共四十六页，编辑于2023年，星期五ISOFORM比对信息第八页，共四十六页，编辑于2023年，星期五序列注释（特征）多态性，SNP位点第九页，共四十六页，编辑于2023年，星期五全序列比对第十页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第十一页，共四十六页，编辑于2023年，星期五三维结构分析第十二页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第十三页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第十四页，共四十六页，编辑于2023年，星期五蛋白与蛋白相互作用数据库第十五页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第十六页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第十七页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第十八页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第十九页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第二十页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第二十一页，共四十六页，编辑于2023年，星期五功能预测及家族注释第二十二页，共四十六页，编辑于2023年，星期五Protsite数据库是基于对蛋白质家族中同源序列多重序列比对得到的保守性区域，这样区域通常与生物学功能有关，例如酶的活性位点、配体或金属结合位点等。因此，Prosite数据库实际上是蛋白质序列功能位点数据库。通过对Prosite数据库的搜索，可判断该序列包含什么样的功能位点，从而推测其可能属于哪一个蛋白质家族。Prosite数据库实际上包括两个数据库文件，一个为数据文件即Prosite，该文件给出了能进行匹配的序列及序列的详细信息。另一个为说明文件PrositeDoc，PrositeDoc说明文件中给出该序列模式的生物学功能及其文献资料来源。Prosite数据库使用正则表达式来表示序列模式，例如：[GSK]-F-x(2)-[LIVMF]-x(4)-[RKEQA]-x(2)-[RST]-x-[GA]-x-[KN]-P-x-T.这里，方括号中为可选残基，如第一个方括号[GSK]中3个残基中甘氨酸G、丝氨酸S和赖氨酸L中的任意一个均可出现。x(2)表示可以有两个任意残基。{}中列出不许出现的氨基酸。因此，序列片段GFxxLxxxxRxxRxGxKPxT是其中一种可能的模式。如何根据蛋白质位点和序列模式(二次数据库）来鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族？第二十三页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第二十四页，共四十六页，编辑于2023年，星期五肽指纹图谱分析第二十五页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第二十六页，共四十六页，编辑于2023年，星期五蛋白质基本参数，包括分子量、等电点、氨基酸残基组成、疏水性等第二十七页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第二十八页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第二十九页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第三十页，共四十六页，编辑于2023年，星期五蛋白质的疏水性预测通常根据gravy值来预测。GRAVY值的范围在2于-2之间，正值表明此蛋白为疏水性蛋白，负值表明为亲水蛋白。疏水性信息可被用于跨膜螺旋的预测，

第三十一页，共四十六页，编辑于2023年，星期五

序列比对，得到同源蛋白第三十二页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第三十三页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第三十四页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第三十五页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第三十六页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第三十七页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第三十八页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第三十九页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第四十页，共四十六页，编辑于2023年，星期五

跨膜区预测第四十一页，共四十六页，编辑于2023年，星期五第四十二页，共四十六页，编辑于2023年，星期五C-erBb2蛋白的跨膜区预测第四十三页，共四十六页，编辑于2023年，星期五

总结：GFAP为一中等分子量的酸性蛋白，分子中含有较多的Glu，每个分子大约带9个负电荷。该蛋白无跨膜区域，并且亲水，不是膜蛋白。GFAP是一种结构蛋白，属于IF家族，主要参与中间纤维的构成，在神经元内环境的维持和血脑屏障中起着重要作用。到目前为止，该蛋白的空间结构尚未解析出来，有待于进一步研究。第四十四页，共四十六页，编辑于2023年，星期五作业

MELAALCRWGLLLALLPPGAASTQVCTGTDMKLRLPASPETHLDMLRHLYQGCQVVQGNLELTYLPTNASLSFLQDIQEVQGYVLIAHNQVRQVPLQRLRIVRGTQLFEDNYALAVLDNGDPLNNTTPVTGASPGGLRELQLRSLTEILKGGVLIQRNPQLCYQDTILWKDIFHKNNQLALTLIDTNRSRACHPCSPMCKGSRCWGESSEDCQSLTRTVCAGGCARCKGPLPTDCCHEQCAAGCTGPKHSDCLACLHFNHSGICELHCPALVTYNTDTFESMPNPEGRYTFGASCVTACPYNYLSTDVGSCTLVCPLHNQEVTAEDGTQRCEKCSKPCARVCYGLGMEHLREVRAVTSANIQEFAGCKKIFGSLAFLPESFDGDPASNTAPLQPEQLQVFETLEEITGYLYISAWPDSLPDLSVFQNLQVIRGRILHNGAYSLTLQGLGISWLGLRSLRELGSGLALIHHNTHLCFVHTVPWDQLFRNPHQALLHTANRPEDECVGEGLACHQLCARGHCWGPGPTQCVNCSQFLRGQECVEECRVLQGLPREYVNARHCLPCHPECQPQNGSVTCFGPEADQCVACAHYKDPPFCVARCPSGVKPDLSYMPIWKFPDEEGACQPCPINCTHSCVDLDDKGCPAEQRASPLTSIISAVVGILLVVVLGVVFGILIKRRQQKIRKYTMRRLLQETELVEPLTPSGAMPNQAQMRILKETELRKVKVLGSGAFGTVYKGIWIPDGENVKIPVAIKVLRENTSPKANKEILDEAYVMAGVGSPYVSRLLGICLTSTVQLVTQLMPYGCLLDHVRENRGRLGSQDLLNWCMQIAKGMSYLEDVRLVHRDLAARNVLVKSPNHVKITDFGLARLLDIDETEYHADGGKVPIKWMALESILRRRFTHQSDVWSYGVTVWELMTFGAKPYDGIPAREIPDLLEKGERLPQPPICTIDVYMIMVKCWMIDSECRPRFRELVSEFSRMARDPQRFVVIQNEDLGPASPLDSTFYRSLLEDDDMGDLVDAEEYLVPQQGFFCPDPAPGAGGMVHHRHRSSSTRSGGGDLTLGLEPSEEEAPRSPLAPSEGAGSDVFDGDLGMGAAKGLQSLPTHDPSPLQRYSEDPTVPLPSETDGYVAPLTCSPQPEYVNQPDVRPQPPSPREGPLPAARPAGATLERPKTLSPGKNGVVKDVFAFGGAVENPEYLTPQGGAAPQPHPPPAFSPAFDNLYYWDQDPPERGAPPSTFKGTPTAENPEYLGLDVPV第四十五页，共四十六页，编辑于2023年，星期五

1、对该段序列进行同源性搜索

2、对该段序列进