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生物信息学实验课件邢晋祎生命科学学院Copyright实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式实验目的1.了解ncbi所提供的在线entrez检索方法。2.了解EBI所提供的SRS检索方法。3.熟悉查询swiss-prot蛋白质序列数据库的查询。4.详细了解三大核酸序列数据库之一的GenBank数据库平面文件Flatfile。5.详细了解蛋白质结构数据库PDB数据库中的pdb文件。实验材料计算机，网络。实验过程1.Entrez检索方法NCBIAlldatabaseEntrezAlldatabase查询某一关键词（eg.Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）依次点击各个数据库查看实验过程GenPept文件下载平面文件获得查询某一条核酸序列获得平面文件保存或者下载用写字板（记事本）打开实验过程2.SRS检索方法。EBISRS@EBIchoicedatabase查询某一关键词（eg.Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）实验过程3.Swiss-prot查询方法。Swiss-protSRS@EBIchoicedatabase查询某一关键词（eg.Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）4.G三enB三ank三fl三atf三ile三（GB三FF）三内容。是Ge三nBa三nk数三据库的三基本信三息单位三，也是三最广泛三地用以三表示生三物序列三的格式三之一。Gen三Pep三t文件GBF三F可以三分成三三个部分三，头部三包含关三于整个三记录的三信息（三描述符三）。第二部三分包含三了注释三这一记三录的特三性，第三部三分是核三苷酸序三列自身三。所有的三核苷酸三数据库三记录（三DDB三J/三EMB三L/三Gen三Ban三k）都三在最后三一行以三//三结尾三。实验过三程5.三PDB三文件三的获得进入P三DB数三据库查询某三蛋白质三的结构三（eg三：1d三3y）下载结三构到本三地电脑用写字三板（记三事本）三打开源自P三DB结三构记录三的内容PDB三记录包三括两个三序列信三息备份三：隐性三序列和三显性序三列。显性序三列在P三DB文三件中以三关键词三SEQ三RES三打头逐三行存储三。隐性序三列蕴涵三在由P三DB文三件中的三ATO三M记录三及相应三（X，三Y，Z三）位置三坐标构三成的化三学立体三结构中三。实践中三，许多三PDB三文件浏三览器，三如Ra三smo三l，仅三用隐性三序列重三构PD三B记录三蛋白质三的化学三图象，三而忽略三由SE三QRE三S引导三的显性三序列信三息。文件头三部显性序三列隐性序三列作业：三格式同三实验一1.写三出Ge三nba三nk三

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