生物信息学课件 3、数据库2

核酸、蛋白质在线数据库资源俞海

Biological

Databases一．核酸序列数据库二．蛋白质序列数据库三．结构数据库四．基因组数据库二.蛋白质序列数据库SWISS-PROT蛋白质序列数据库http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.htmlPIR蛋白质序列信息资源库/PROSITE蛋白特征序列字典/prosite/UniprotEuropeanBioinformaticsInstitute(EBI)SwissInstituteofBioinformatics(SIB)ProteinInformationResource(PIR)TheUniversalProteinResource/UniProt是将3个蛋白质数据库（即PIR、SWISS-PROT和TrEMBL）统一起来的一个蛋白质数据仓库。其包含3个部分：UniprotUniProtKnowledgebase（UniProtKB），这是蛋白质序列、功能、分类、交叉引用等信息存取中心；UniProtNon-redundantReference（UniRef）数据库，该数据库将密切相关的蛋白质序列组合到一条记录中，以便提高搜索速度；UniProtArchive（UniParc），是一个资源库，记录所有蛋白质序列的历史。UniProtKB(UniProt

Knowledgebase)1.

UniProtKB/Swiss-Prot（原Swiss-Prot数据库）•有详细注释的序列，数据来源于实验•与40个数据库相互参照（cross-reference）2.

UniProtKB/TrEMBL（原TrEMBL数据库）•提交到EMBL

核苷酸数据库中所有CDS

的氨基酸序列•数据来源于自动翻译（非实验）Q2WCN3Search

for:

Q2WCN3PROSITE(Motif/Pattern

Recognition)PROSITE

is

a

database

of

protein

families

and

domains.收集了生物学上有显著意义的蛋白质功能位点和序列模式，据此可快速可靠地鉴别一个未知功能的蛋白质序列所属蛋白质家族。当某个蛋白质与已知功能蛋白质的整体序列相似性很低，但由于功能

的需要保留了与功能密切相关的序列模式，可通过PROSITE搜索找到

隐含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。序列模式：酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等；除了序列模式之外，PROSITE还包括由多序列比对构建的profile，能

更敏感地发现序列与profile的相似性。PROSITE的主页上提供各种相

关检索服务。一部宏大的motif字典PROSITEBiological

Databases一．核酸序列数据库二．蛋白质序列数据库三．结构数据库四．基因组数据库三.结构数据库PDB蛋白质数据仓库（Protein

Data

Bank）/SCOP蛋白质结构分类数据库（Structuralclassificationofproteins）http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/PDBThePDBarchivecontainsinformationaboutexperimentally-determined

structures

ofproteins,nucleicacids,andcomplexassemblies.TheRCSBPDBalsoprovidesavarietyoftoolsandresources.Userscanperformsimpleandadvancedsearchesbasedonannotationsrelatingtosequence,structureandfunction.Thesemoleculesarevisualized,downloaded,andanalyzedbyuserswhorangefromstudentstospecializedscientists.PDB/Case

Studysearch

for:

3ggqBiological

Databases一．核酸序列数据库二．蛋白质序列数据库三．结构数据库四．基因组数据库四、基因组数据库基因本体数据库（GeneOntology,GO）目的：建立基因及其产物知识的标准词汇体系，涵盖了基因的细胞组分、分子功能和生物学过程。收录了国际上主要的动物、植物和微生物基因组数据库。Other

DatabasesPubMedA

service

of

the

National

Library

of

Medicinethat

provides

access

to

over

more

than

20million

citations

for

biomedical

literaturefrom

MEDLINE,

life

science

journals,

andonline

books.

Citations

may

include

links

tofull-text

content

from

PubMed

Central

andpublisher

websitesPubmed/pubmed/高级搜索连接词AND,

OR,

NOT必须大写。从左到右进

行布尔运算rice

AND

enzymerice

AND

enzyme

NOT

kinaseretrotransposon

OR

retroelementPubMed系统默认的空格为“AND”。用引号将两个单词组成一个词组•“disease

resistance”disease

resistance

=

disease

AND

resistance“*”放在单词后使检索范围扩大，但专一性降低Pubmed检索规则与语法For

example:search

forHEV（hepatitisEvirus）WebofKnowledgehttp:///中国知网http:///上机操作访问UniProt网站在Knowledgebase数据库中搜索HPVL1（记录数）在uniParc中搜索HPVL1在uniRef中搜索HPVL1在UniParc中搜索P03101访问ProSite网站搜索zincfingerScanProsite:MSTQDERQINTEYAVSLLEQLKLFYEQQLFTDIVLIVEGTEFPCHKMVLATCSSYFRAMFMSGLSESKQTHVHLRNVDAATLQIIITYAYTGNLAMNDSTVEQLYETACFLQVEDVLQRCREYLIKKINAENCVRLLSFADLFSCEELKQSAKRMVEHKFTAVYHQDAFMQLSHDLLIDILSSDNLNVEKEETVREAAMLWLEYNTESRSQYLSSVLSQIRIDALSEVTQRAWFQGLPPNDKSVVVQGLYKSMPKFFKPRLGMTKEEMMIFIEASSENPCSLYSSVCYSPQAEKVYKLCSPPADLHKVGTVVTPDNDIYIAGGQVPLKNTKTNHSKTSKLQTAFRTVNCFYWFDAQQNTWFPKTPMLFVRIKPSLVCCEGYIYAIGGDSVGGELNRRTVERYDTEKDEWTMVSPLPCAWQWSAAVVVHDCIYVMTLNLMYCYFPRSDSWVEMAMRQTSRSFASAAAFGDKIFYIGGLHIATNSGIRLPSGTVDGSSVTVEIYDVNKNEWKMAANIPAKRYSDPCVRAVVISNSLCVFMRETHLNERAKYVTYQYDLELDRWSLRQHISERVLWDLGRDFRCTVGKLYPSCLEESPWKPPTYLFSTDGTEEFELDGEMVALPPV上机操作打开基因本体数据库页面搜索基因growfactor搜索术语MAPK访问PubMed数据库，搜索戊肝相关文献访问ISI数据库，搜索戊肝相关文献访问cnki数据库，搜索戊肝相关文献Homework访问UniProt网站，搜索你感兴趣的一个蛋白质，比较UniProtKB、