DNA star 简介及其主要功能

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许义2023.5.8

DNAStar是一款基于Windows和Macintosh平台的序列分析软件，特点是操作简单，功能强大试验室必备软件，功能主要有：序列的格式转换，序列拼接和重叠克隆群的处理；基因寻觅；蛋白质结构域的查找；多重序列的比较和两两序列比较；寡核苷酸设计(PCR引物，测序引物，探针)。

DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件，可见其功能强大。

1.EditSeq2.GeneQuest3.MapDraw4.MegAlign5.PrimerSelect6.Protean7.SeqManII

用来将DNA或蛋白质序列的数据输入计算机的工具，同时还具有编辑已有序列的功能。开启已有序列寻觅开放读框DNA序列翻译遗传密码选择使用遗传密码修改序列的反向互补及反向转换BLAST检索序列信息查看序列校读序列的保存与输出

帮助查找和解释DNA序列中的基因和其他特征序列，包括ORFs,剪接位点，转录因子结合位点，重复序列和酶切位点等。开启已有分析文件GeneQuest的DNA分析方法用分析方法操作方法参数改变结果展示优化Feature解释BLAST检索EntrezDatabase检索GeneQuest的其他特点保存分析文件

酶切图谱分析，克隆试验设计，分析及处理试验结果等。同时还具有绘制质粒图谱的功能。新酶切图制作过泸器类型应用频率过泸器应用手动过泸器使用过泸器一览表使用MustCutHere/Don’tCutHere调色板工具酶信息显示环形展示ORF图显示择选保存，退出

对DNA或蛋白质序列进行同源比较，有六种不同的对准算法供用户选择。在同源比较的同时，能很快输出进化树和进化距离等数据。创立队列文件序列设置PairwiseAlignment使用DotPlotMethod多序列比较PhylogeneticTree查看查看队列报告Decorations/ConsensiMegAlign文件保存

设计PCR引物、测序引物和探针。创立PrimerSelect文件定义引物特点查找引物对浏览其他的引物信息按特征对引物分类引物长度改变在引物中引入突变设计新引物使用寡核苷酸订购表格保存PrimerSelect文件

分析和预计蛋白质结构，提供各种分析方法并以图形的格式输出结果，显示蛋白质分子的各种理化特性以及例如抗原决定族等功能区的预计功能。

创立蛋白质分析文件Protean’s蛋白质分析方法应用分析方法方法参数改变优化结果显示使用蛋白酶消化与SDSPAGEFeature解释BLAST检索二级结构模拟展示滴定曲线保存分析文件

多序列拼接。最多支持64000条序列的同时拼接。在拼接前可以对序列

进行修正，对自动测序的序列结果可除去污染序列或载体序列。整个拼装过程即时显示，并提醒可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。输入序列片段Pre-AssemblyOptions操作检查修整的数据序列装配查看范围和构建结果去除矛盾碱基和缺口手动修改序列末端文件保存与序列输出

从SEARCHMENU找到ORF,点击开启会出现右边的对话框。单击FindNext寻觅第一个ORF的位置。继续点击FindNext直到你把ORF的位置选定在所需位置。ORF的坐标会出现在EditSeq窗口的顶端附近。

任何序列中的读框内部分都可以用下面的方法进行翻译。假使你的选择是在三联码的读框内，三联码指示棒显示为实心黑线(如下图箭头)。假使你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp,以使所选序列成为三的倍数。选定ORF,从GOODIESMENU菜单中选择翻译(Translate)。翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命名窗口中(如右图)。它是使用标准的遗传密码翻译的。

从GOODIESMENU菜单，选反向互补序列(ReverseComplement),或者把序列颠倒过来(ReverseSequence)命令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。

我们以寻觅能够切割组氨酸DNA序列的酶切位点为例。从文件菜单项选择择New开启对话框。开启“DemoSequences.〞文件夹。双击开启TETHIS21(见下)。

过滤器类型过泸器(filter)是你定义的可以使用的酶切位点的集合。在你自定义过泸器之前，所有酶切位点都会用于序列分析。你可以用和/或来组合过泸器。MapDraw内置的过泸器如下：Overhang过泸器频率(Frequency)过泸器种类和繁杂性过泸器(ClassComplexity)手动选择过泸器MustCutHere/Don’tCutHere调色板工具。

频率过泸器应用频率过泸器删除任何可以两次切割我们序列的酶。从ENZYMEMENU,选NewFilter,然后Frequency开启参数对话框。在Min和Max对应的框中输入数字1和2,其他的参数不变。这个设定将我们序列中切割多于两次的位点自动删除。在过泸器名字框中，输入“Two-cuts-max.〞。单击Apply将过泸器用于序列分析——然后OK退出参数对话框。在图上酶切位点的数目将会大大地减少了。

应用手动过泸器虽然减少了大约3分之2的位点，但是还有100以上的酶存在。我们还可以设定一些更严紧的命令进行限制。譬如是否能整齐地用来切割TETHIS21序列的编码区。从MAPMENU选LinearMinimap。开启的窗口显示每个限制酶切割位点的位置。滚动窗口，直到你看到大的向右的箭头，上写“h

istone〞。“Histone〞是在最初的Genbank入口被解释的序列特点。当我们开启它的时候，这个特点和序列一起输入。单击选定它。在屏幕的左上单击种类调色板工具(Sort),接着选择SortbyCutsClosetoSelection。酶切位点即刻分类，这样，距特点最近而且超出选定范围的酶切位点将会排在最上面。滚动到窗口的最顶端。你将注意到，在histone基因的左和右有2酶切位点：AcsI和ApoI。

从MapDocument,单击过泸器调色板工具

PrimerSelect创立PrimerSelect文件我们将以克隆载体pBR322为模板DNA序列。我们选择引物，用来扩增位于2023-2169位的H-strandY