草莓转录组分析报告

分析要 分析流程及结 READ质量预处 READ质量评 序列拼 UNIGENE与公共数据库比 UNIGENE的KEGG注 UNIGENE表达丰 差异表达富集分 结果文件说 参考资 分析流程及结read质量预处理通过SolexaRNA的paired-end，得到了大量的样本数据。鉴于Solexa数据错误率对结果的影响，对原始数据进行质量预处理。（20Raw总Raw总Trim总结论：两个样本数据量满足5Grawdata要求。readRawClean00RawClean00质量预处理前Perbasesequencequality质量预处理后Perbasesequencequality图：质量预处理前Persequencequalityscores图：质量预处理后Persequencequalityscores图：质量预处理前SequenceLengthDistribution图：质量预处理前PerbaseGCcontent图：说明：质量预处理前，read的前10个base的CG含量分布不均匀，这与有关。质量预处理后PerbaseGCcontent图：说明：质量预处理后，read的前10个base的CG含量分布不均匀，这与有关。质量预处理前Perbasesequencecontent图：质量预处理后Perbasesequencecontent图：质量预处理前PersequenceGCcontent图：质量预处理后PersequenceGCcontent合并所有样本的有效reads进行denovo拼接，使用软件Trinity，版本 下最长的转录本作为Unigene（软件的Chrysalisclusters模块得到了98848个Unigene，大小95.5Mb。参数在RNA-Seq项目中仅具有参考价值，不是评估结果好坏的客观标准。UNIGENE 与公共数据库比较似性比对主要基于BLAST算法。BLASTBasicLocalAlignmentSearchTool，即"基于局部取相似度>30，且e<1e-5的注释，合并得到的所有注释详细信息，结果文件见列列描述QueryLengthSbjctLengthQueryAlignmentSbjctAlignment比对结果的E值UNIGENEKOG对unigene进行KOG功能分类预测：共有14267个unigene被注释上25种KOG分类。 TORunigene的KOG注：各字母意义[Z][Y]Nuclear[P]Inorganiciontransportand[N]Cell[L] [K][I]Lipidtransportand[E]AminoacidtransportandUNIGENEKEGG对unigene进行KEGGPathway分析，利用KAAS预测得到对应的KO号，然后利用KO号对应到KEGGpathway上，分析与KEGG中酶注释的关系文件以及映射到pathway通路中去，共得到335张通路图。结果文件在/results/annotation/KEGG/下，包括All-Unigene_kegg.xls、All-Unigene_pathway.xlspathwayhtmljpg格式的unigeneko04141,Proteinprocessinginendosmic ko04075,nthormonesignal UNIGENEGO对得到的进行GO分类，统计在BiologicalProcess,CellularComponent,MolecularFunctionGOtermblastuniprot(swissprottrembl的结果)，利用得到的uniprot号比对GOterm。Ontology的三大类：molecularfunction,cellularcomponent,biologicalprocess的各个层次所占数目，结果分别见/results/annotation/GO/文件夹中的xls以及txt文件。如下图所示，样本的功能在BiologicalProcess分类中主要于cellularprocess和metabolicprocess；在CellularComponent主要于cellpart和cell；在MolecularFunction分类中主要于binding和catalyticactivity。Level2水平下的GO注释的unigene数画图如UNIGENE使用软件bowtie2-2.2.2，使用single-end的map方法将read比对到unigene，允许一个reads比对到多个转录本上，此时每个reads在每个转录本上计1/n。RPKM：ReadsPerKilobaseofexonmodelperMillionmappedreads,isdefinedinthisway:MapAll00001st3rd差异表达富集分析PvalueFDRQvalueUP.CM1.CM2CM2CM1GO/KEGG类别的个数;样本编号DOWN.CM1.CM2CM2CM1GO/KEGG类别P<P<Q<Q< P P Q Q<<<<7455856954547693 /qualitycontr