晶体结构的表达

晶体结构的表达第1页，共62页，2023年，2月20日，星期五第六章晶体结构的表达第2页，共62页，2023年，2月20日，星期五第六章晶体结构的表达一、晶胞参数和分子式

晶胞参数是晶体的最基本的信息，这是首先得到的结构信息晶胞中分子或化合物计量式的数量Z、相对分子质量、晶体密度也是晶体的最基本信息之一存在下面的关系式：

dc=(Mr·Z)/(V·NA)

式中：dc为晶体密度Mr为相对分子质量V为晶胞体积NA为阿伏伽德罗常数单晶结构分析为化学工作者提供了大量有意义的信息第3页，共62页，2023年，2月20日，星期五二、分子几何

有了原子坐标就可计算出键长和键角，这些都是程序自动完成的。公式如下：1.键长与键角

结构分析中获得的最主要参数是晶胞中原子的坐标。晶体学中的原子坐标通常用分数坐标(fractionalcoordinates)来表示。即x、y、z分别以a、b、c为单位

式中：第4页，共62页，2023年，2月20日，星期五以上的公式是对称性最低的三斜晶系的，对称性更高的晶系，可进一步简化

晶体结构中最重要的偏差是键长的估计标准偏差（estimatedstandarddeviations)，简称标准偏差标准偏差的计算更为复杂，好在这些计算程序都能自动完成。对于非键原子间的距离和有关夹角的计算也可通过在ins文件中添加“BINDA1A2”指令，令程序完成第5页，共62页，2023年，2月20日，星期五这样的判断常常产生一些问题，这就需要人工判断，把不该成的键断开（FREEA1A2），把该成的键连起来（BINDA3A4），计算分子或原子间的弱作用也是用此法2.键长与原子半径

键合(bonding)或是分子间作用(intermolecularinteractions)，均与原子间的距离有关原子间是否键合，是程序根据原子半径和设定的宽容度（50pm）自动判断的如果作用发生在独立单元中原子和非独立单元中原子之间，则要首先查出对称操作码，然后用如下指令进行计算：EQIV$1对称制作码BINDB1B2-$1第6页，共62页，2023年，2月20日，星期五一些常见有机基团中的键长键型类型键长键型键长

C--C1.53C--Br1.87~1.96C—C(=C)1.51C--Cl1.72~1.85C—C(≡C)1.47C--F1.32~1.43C=C1.32C--I2.13共轭/芳环1.38C--P1.80C≡C1.18~1.20C-S1.82C--N1.47~1.50(C--)NO21.21~1.22C=N共轭1.34~1.38P--O1.56~1.68C—O(H)1.41~1.44S--O1.58C—OC—O(--C)1.42~1.46Cl--O1.40(C=)C--O1.30~1.39C--B1.59C=O1.19~1.23B--O1.48羧酸根1.21~1.23P--F1.58第7页，共62页，2023年，2月20日，星期五3.最佳平面、扭转角与二面角

在晶体结构中，分子或分子中的某些原子是否共面（coplanar)，是比较重要的结构信息研究n个原子之间的共面性，是用最小二乘的方法，计算出所有n个原子偏离值（deviation)(δi)和最小的一个平面，称为最佳平面(bestplane)，也叫最小二乘平面（least-squaresplane)。原子离开该平面的平均标准偏差(meanstandarddeviation)为：它的值越小，共平面性越好第8页，共62页，2023年，2月20日，星期五

二面角也称面间角(interplanarangle，它表示两个平面法线之间的夹角（图中φ，都为正值）在描述分子构象（conformation)时，常用到两种角度参数：二面角（dihedralangle)和扭转角(torsionangle)

扭转角是指依次排列的1、2、3、4四个原子，顺着2-3键投影（Newman），原子1顺时针转动得与原子4重合时，所转动的角度（图中ω，逆时针为负值）可见，φ=180-lωl第9页，共62页，2023年，2月20日，星期五扭转角的计算方法：在ins文件中加CONF

指令，精修后可计算出所有的扭转角在ins文件中加CONF

A1A2A3A3

指令，精修后可计算出依次排列四个原子中间键上的扭转角计算的结果可写入LST、CIF、TEX等文件平面和二面角的计算方法：在ins文件中加MPLAn

A1>An+m

指令，精修后可计算出前n个原子的平面、所有（n+m个）输入原子偏离该平面的距离及与前一平面的二面角计算的结果可写入LST文件第10页，共62页，2023年，2月20日，星期五三、分子间的作用

包括氢键（hydrogenbond）、π-π堆积作用（stackinginteraction)与范德华作用1.氢键氢原子与一个电负性较大的原子较近时，就能形成有几种类型：由N、O作为给体和受体的氢键键长（R）为300pm或更短些，远了作用弱；C—H键有时也能与N、O、F等形成氢键，键长较长，为320~400pm；有时还能形成三中心键

A=NOF第11页，共62页，2023年，2月20日，星期五晶体学中，考察氢键最重要的数据应该是D和A间的距离，这是由于用单晶X-射线衍射法研究氢键时具有如下问题：由于H的电子云密度很低，故不能精确确定其位置由于D—H键的电子密度明显偏向于D，所以X射线法确定的D—H的键长与真实值有一定偏差，较短

还有，大多情况下，H被强制性地限定在特定位置上，故其位置在很大程度上是主观的氢键的计算方法：先在ins文件中加HTAB2

指令，精修一次再从lst文件中查出计算出的氢键及受体原子的对称操作码第12页，共62页，2023年，2月20日，星期五2.π-π堆积作用主要是芳环间的，强度在1~50kJ·mol-1的范围内，且多数在10

kJ·mol-1左右或以下。分错位面对面（offsetface-toface)和边对面edge-toface)堆积两种，距离均在330~370pm的范围

对于C-H键形成的H键需用ENVI.查找EQIV$1对称制作码HTABB1B2-$1HTABA1A2计算的结果写入lst文件中，如果计算了扭转角（CONF指令），则同时写入cif和tex文件然后，再在ins文件中用加如下指令，并精修第13页，共62页，2023年，2月20日，星期五错位面对面边对面正位面对面对于面对面的，计算两苯环中心的连线与环所在的平面的夹角θ值有助于说明π-π作用的强度第14页，共62页，2023年，2月20日，星期五*π-π堆积作用的计算要在XP程序中完成四、结构图

除了晶体结构数据外，单晶结构分析还提供了另一强有力的表达方式，即各式各样的结构图常用的有：分子结构图（椭球图）、晶胞图、堆积图及表明特性作用或结构的图Shelxtl中的XP程序具有强大的图形功能，可以通过多个指令的灵活配合，画出各种不同的图第15页，共62页，2023年，2月20日，星期五XP的常用指令(字母大小写通用)指令含义ARAD0.301.52A1指定原子半径CELL显示晶胞参数CENT/xAtomnames计算并显示指定原子的中心DRAWfilename打印结构图或转换图形文件ENVIn

A1显示指定原子的环境EXAM显示该通道中所有的文件EXIT退出XPFILEfilenames存储XP中产生的文件FMOL/n读入数据FUSE删除所有对称操作产生的原子GROW长出完整的分子填充球半径成键半径原子名(或$A)指定显示的范围加/x同时给中心点X1A第16页，共62页，2023年，2月20日，星期五指令含义INFO(A1)显示一个或所有原子的结构信息ISOTAtomnames将指定原子转换成各向同性JOINn

Atompairs改变原子间的键连方式KILLAtomnames删除指定的原子（或Q）LABLcodesize定义如何标注原子和标签的大小LINEAtompair计算两原子间的连线LINKn

Atompair改变原子间的键连方式MATRn指定所显示图形的取向MPLNAtomnames

计算指定原子的平面和二面角NAMEX1A1重新命名原子NEXT读出SAVE指令保存的文件PACK产生晶体堆积图指定键的类型，n=1：立体实线；2：空地实线；3：立体虚线；4：空地虚线；5：实线；6：虚线；缺省值为1指定标签的类型，0：不标；1：没括号不标H；2：带括号不标H；3：没括号标H；4：带括号标H指定标签的大小，缺省值600，常用值300--500将前者改为后者，也可用通用符，如??A??表示观看或投影图形的取向，1：沿a

轴；2：沿b

轴；3：沿c

轴如果计算了多个平面，则还给出了此平面与前几个平面的二面角；如果改用MPLN/n，则可计算出重叠较少，较清楚的图形取向第17页，共62页，2023年，2月20日，星期五指令含义PBOXwdxcyczc定义格子宽度、深度和中心坐标PROJcell显示旋转目标图形PUSHdxdydz

sign移动原子坐标SAVEfilename保存文件SGENs

Atomnames根据对称操作码产生新原子SYMM显示该结构的所有对称操作码TELPspbdkeywords画、保存图形文件（plt文件）UNDOAtompair删除指定原子间的键连UNIQAtomnames独立出指定原子所在的单元VIEWfilename显示TELP指令保存的文件通常为缺省值0.5、0.5、0.5宽度，通常上下为左右的0.75以cm为单位的点距，缺省值为50观察晶胞或堆积图加之坐标变量标识码，必须为+1或-1

也类似于MOVE，在XP中代替INVI对称操作码，由ENVI指令得到用度表示的立体视角，常用0：为一维图画热椭球的probability,

负值为热椭球键线的宽度，缺省值为0.05深度特定关键词cell，可在图上加上单元晶胞，画晶胞和堆积图时前几项可省略注：Atomnames等可用通用符“？”来表示一个字符；或用CmtoCn来表示连续排列的Cm到Cn；或用$C、$Q、$H等表示同一类原子第18页，共62页，2023年，2月20日，星期五XP的使用：XP程序的进入：点XP菜单FMOL/n[ent]加/n省略原子表画分子图：KILL$Q$HA1A???BA21toA28[ent]

GROW

[ent]JOINA1A3

[ent]LINKA2A3

[ent]UNDOA1A2

[ent]UNIQA1

[ent]INFOA1[ent]ARAD0.252.07

A1[ent]UNIQ

[ent]ENVIA1

2[ent]SGEN1564atomname

[ent]第19页，共62页，2023年，2月20日，星期五DRAWMO

[ent]

MPLN/n[ent]

PROJ[ent]

LABL1400[ent]

TELP0-300.04[ent]

调为原子重叠最少、最清楚的取向按程序要求输入图形文件名（如：MO），标记要标记的原子SAVEMO

[ent]

连续三个[ent]，便打印图形，也可转换成其它的文件，例如:a-[ent]-文件名-[ent][ent]—PS文件画晶胞或堆积图或其它图形：NEXTMO

[ent]

FUSE

[ent]

KILL$H（Ai）[ent]

UNIQA1

[ent]

ENVIA1

[ent]

SGEN3465A1A2….

[ent]

第20页，共62页，2023年，2月20日，星期五CELL[ent]

MATR1[ent]

PBOX159[ent]

PACK[ent]

TELPCELL

[ent]

DRAWCE

[ent]

显示晶胞参数，如:11.2315.7617.3890.095.290.0堆积图，可不参阅晶胞参数，一般采用数值为20至30按程序要求输入图形文件名（如：CE、PA），一般只标记要标记晶胞原点和轴计算直线和直线间的夹角：LINEC1C2[ent]

LINEC5O8[ent]

LINEC1C12[ent]

显示直线的单位矢量和线间夹角画晶胞图时常需删去一些分子，空格键为保留，输入键为删除PROJCELL

[ent]

JOIN(LINK

UNDO)A1A2

[ent]

第21页，共62页，2023年，2月20日，星期五计算平面和二面角：MPLNC1C2O4N3N4[ent]

MPLNC5TOO8[ent]

MPLNC1TOC12[ent]

显示平面方程、原子到平面的距离、二面角、直线和平面间的夹角等信息

计算π-π堆积作用：CENT/XC1TOC6[ent]

ENVIX1A

2

[ent]

SGEN2564C1TOC6[ent]

CENT/XC1ATOC6A[ent]

LINEX1AX1B[ent]

MPLNC1TOC6[ent]

MPLNC1ATOC6A[ent]

产生苯环（C1-C6）的中心X1A显示X1A周围δ为2距离内的原子及其操作码产生新的原子C1A-C6A可获得苯环的平面方程、中心到平面的距离、环上C到另一环平面的距离、二面角、中心连线与平面的夹角中心间的距离等ENVIX1A

2

[ent]

第22页，共62页，2023年，2月20日，星期五画π-π堆积作用图：CENT/XC1TOC6[ent]

ENVIX1A2

[ent]

SGEN2564C1TOC6[ent]

CENT/XC1ATOC6A[ent]

LINKX1AX1B[ent]

TELP[ent]

DRAWPai[ent]

KILL无关的原子[ent](或用uniq、fuse等指令）Pai.pltX1AX1BC1A—C6A第23页，共62页，2023年，2月20日，星期五无心转换为有心（p1p-1）：FMOL/n[ent]

KILL$Q[ent]

CENTA1A2[ent]

PUSH-xi–yi-zi

[ent]

SYMM-X-Y-Z[ent]

FUSE[ent]

FILEfilename[ent]

EXIT[ent]

xi、yi、zi

为CENT指令产生的原子A1和A2中心的坐标退出XP后，先修改ins文件：首行中p1p-1；LATT-11，再用XL精修，然后按常规精修即可

第24页，共62页，2023年，2月20日，星期五五、结果数据表----*.tex文件和*.cif文件

包括重要的晶体学参数、原子坐标表、温度因子表、分子几何数据表（及这些数据相应的标准偏差）等

有关键长和键角的数据，必须注意几个问题：

等效的不重复列出

涉及到独立单元以外的原子，必须注明对称操作码

重要的弱键或弱作用也可在此表中列出

所有的数据要注明标准偏差数据

常用的结构数据表主要有*.tex文件和*.cif文件

第25页，共62页，2023年，2月20日，星期五1.TEX文件

基本结构：

Table1.Crystaldataandstructurerefinementfor020908a.

Identificationcode020908aEmpiricalformulaC18H14CoN3O7Formulaweight443.25Temperature298(2)KWavelength0.71073ACrystalsystem,spacegroupMonoclinic,c2/cUnitcelldimensionsa=29.654(18)Aalpha=90deg.b=8.530(5)Abeta=95.829(10)deg.c=13.801(8)Agamma=90deg.Volume3473(4)A^3Z,Calculateddensity8,1.696Mg/m^3Absorptioncoefficient1.039mm^-1F(000)1808晶体数据和结构精修结果第26页，共62页，2023年，2月20日，星期五

Crystalsize0.28x0.25x0.18mmThetarangefordatacollection1.38to26.47deg.Limitingindices-25<=h<=37,-10<=k<=10,-14<=l<=17Reflectionscollected/unique9671/3589[R(int)=0.0587]Completenesstotheta=26.4799.8%AbsorptioncorrectionSemi-empiricalfromequivalentsMax.andmin.transmission0.8350and0.7596RefinementmethodFull-matrixleast-squaresonF^2Data/restraints/parameters3589/3/315Goodness-of-fitonF^20.952FinalRindices[I>2sigma(I)]R1=0.0500,wR2=0.0596Rindices(alldata)R1=0.0966,wR2=0.0655Largestdiff.peakandhole0.758and-0.488e.A^-3Absolutestructureparameter-0.03(7)第27页，共62页，2023年，2月20日，星期五

Table2.Atomiccoordinates(x10^4)andequivalentisotropicdisplacementparameters(A^2x10^3)for020908a.U(eq)isdefinedasonethirdofthetraceoftheorthogonalizedUijtensor.____________________________________________________xyzU(eq)______________________________________________________Co(1)3875(1)2187(1)8733(1)35(1)N(1)3836(1)2424(3)10104(2)31(1)N(2)3346(1)898(3)8503(2)33(1)N(3)4435(1)3284(3)8801(2)34(1)O(1)3497(1)3952(3)8609(2)39(1)O(2)3026(1)5311(3)9447(2)61(1)…………….C(16)5290(2)4446(6)8730(3)49(1)C(17)4930(2)5447(6)8752(3)47(1)C(18)4504(2)4825(5)8784(3)44(1)________________________________________________________原子坐标和等效各向同性位移参数

为了节省篇幅，不少刊物用“等效各向同性位移参数”（equivalentisotropicdisplacementparameters)Ueq来报道原子的位移参数第28页，共62页，2023年，2月20日，星期五

Table3.Bondlengths[A]andangles[deg]for020908a.

____________________________________________________

Co(1)-O(1)1.873(2)Co(1)-O(5)1.877(2)………………….C(17)-C(18)1.374(5)C(17)-H(11)0.91(3)C(18)-H(12)0.91(3)

O(1)-Co(1)-O(5)178.84(11)O(1)-Co(1)-O(3)88.14(10)…………N(3)-C(18)-H(12)111(2)C(17)-C(18)-H(12)127(2)_____________________________________________________

Symmetrytransformationsusedtogenerateequivalentatoms:键长和键角第29页，共62页，2023年，2月20日，星期五Table4.Anisotropicdisplacementparameters(A^2x10^3)for020908a.

Theanisotropicdisplacementfactorexponenttakestheform:-2pi^2[h^2a*^2U11+...+2hka*b*U12]_________________________________________________________U11U22U33U23U13U12_________________________________________________________Co(1)30(1)42(1)32(1)0(1)3(1)0(1)N(1)23(2)40(2)30(2)3(1)0(1)-2(2)N(2)28(2)42(2)28(2)4(1)4(2)-1(2)N(3)40(2)36(2)25(2)0(1)1(1)-6(2)O(1)36(2)47(2)33(2)2(1)4(1)5(1)………………..C(14)27(2)48(3)29(2)-4(2)1(2)-1(2)C(15)39(3)51(3)44(2)-1(2)5(2)6(3)C(16)36(3)66(4)47(3)-3(2)7(2)-17(3)C(17)53(3)51(3)37(2)0(2)4(2)-15(3)C(18)48(3)48(3)36(2)0(2)3(2)1(2)__________________________________________________________各向异性位移参数第30页，共62页，2023年，2月20日，星期五

Table5.Hydrogencoordinates(x10^4)andisotropicdisplacementparameters(A^2x10^3)for020908a.

________________________________________________xyzU(eq)________________________________________________H(1)3284(10)4670(30)11320(20)33(11)H(2)3611(10)3300(30)12620(20)36(10)H(3)4144(10)1330(30)12310(20)34(10)H(4)4270(10)870(30)10651(19)33(10)H(5)2744(10)-20(30)6620(20)22(10)H(6)2311(11)-1190(40)7620(20)41(11)H(7)2578(12)-1230(40)9380(20)64(12)H(8)3234(10)220(30)9800(20)34(10)H(11)4935(11)6510(30)8730(20)43(12)H(12)4242(12)5360(40)8810(20)65H(13)3731(10)2380(40)4939(18)65H(14)4061(11)1690(30)4370(20)65____________________________________________________H坐标和等效各向同性位移参数第31页，共62页，2023年，2月20日，星期五

Table6.Torsionangles[deg]for020908a.

_____________________________________________________

C(8)-N(2)-N(3)-C(14)-91.7(3)O(5)-Co(1)-N(1)-C(2)-173.3(2)O(1)-Co(1)-O(3)-C(7)-77.9(3)_____________________________________________________

Symmetrytransformationsusedtogenerateequivalentatoms:扭转角第32页，共62页，2023年，2月20日，星期五

Table7.Hydrogenbondsfor020908a[Aanddeg.]._________________________________________________________D-H...Ad(D-H)d(H...A)d(D...A)<(DHA)C(4)-H(2)...O(1)#10.95(3)2.75(3)3.453(5)132(2)C(4)-H(2)...O(7)#20.95(3)2.67(3)3.444(6)139(2)C(6)-H(4)...O(6)#30.97(3)2.39(3)3.116(5)131(2)C(9)-H(5)...O(2)#40.84(3)2.60(3)3.233(5)133(2)C(11)-H(7)...O(2)#51.02(3)2.66(3)3.425(5)132(2)C(12)-H(8)...O(4)#60.97(3)2.37(3)3.122(5)133(2)C(15)-H(9)...O(3)#70.89(3)2.68(3)3.296(5)128(2)C(18)-H(12)...O(7)#10.91(3)2.27(3)3.062(5)146(3)O(7)-H(14)...O(5)#80.887(10)2.009(16)2.862(4)161(4)O(7)-H(13)...O(4)0.888(10)1.965(12)2.844(4)171(3)________________________________________________________

Symmetrytransformationsusedtogenerateequivalentatoms:#1x,-y+1,z+1/2#2x,y,z+1#3-x+1,-y,-z+2#4-x+1/2,y-1/2,-z+3/2#5-x+1/2,-y+1/2,-z+2#6x,-y,z+1/2#7-x+1,y,-z+3/2#8x,-y,z-1/2氢键第33页，共62页，2023年，2月20日，星期五2.CIF文件

上世纪90年代初，为了方便晶体常数通过计算机和网络传输和存取，国际晶体学会建立了一套晶体学信息文件（crystallographicinformationfile，简称cif）标准*CIF格式简介：cif为ASCII码文件，只允许使用普通键盘上的字符其它字符必须用特定的代码表示，每行要小于80字符不需使用斜体、粗体、下划线等，如果需要，它能自动识别转换，如空间群等指定单位的数据，不需加单位WORD等文字处理软件的文件须存为纯文体文件第34页，共62页，2023年，2月20日，星期五cif文件的术语：textstring数据串，由空格、引号或分号为起止符dataname数据串名称，以下划线“_”开头dataitem数据项，不以“_”开头、紧接名称的数据串dataloop数据环，若干数据名称，前冠以“loop_”,

后跟多行的数据表datablock数据块，数据名称、项(也可为环)的集合cif格式的性质：A.在数据环中，名称及项的次序并不重要，块亦然B.每个数据名称必跟数据项，如没有应加“？”第35页，共62页，2023年，2月20日，星期五C.在CIF中，可增加一些需要的数据，书写格式为：由空格限定的数据串中间不能有空格。如：_diffrn_ambient_temperature293

(2)_diffrn_radiation_wavelength0.71073_diffrn_radiation_typeMoK\a由单引号限定的数据串中可有空格，但不能超过一行_computing_structure_solution'SHELXS-97(Sheldrick,1990)'

_computing_structure_refinement'SHELXL-97(Sheldrick,1997)'由分号限定的数据串中可有空格，也可超过一行_refine_ls_weighting_details

'calcw=1/[\s^2^(Fo^2^)+(0.0745P)^2^+0.0000P]'第36页，共62页，2023年，2月20日，星期五_refine_special_details;RefinementofF^2^againstALLreflections.TheweightedR-factorwRandgoodnessoffitSarebasedonF^2^,conven-tionalR-factorsRarebasedonF,withFsettozerofornega-tiveF^2^.ThethresholdexpressionofF^2^>2sigma(F^2^)isusedonlyforcalculatingR-factors(gt)etc.andisnotrelevanttothechoiceofreflectionsforrefinement.R-factorsbasedonF^2^arestatisticallyabouttwiceaslargeasthosebasedonF,andR-factorsbasedonALLdatawillbeevenlarger.;特殊的格式或符号有特定的书写规定：~3~和^3^分别表示3是上下标\%A=A,\%=°,\s=σ,\p=π,\m=μ,\q=θ,\w=ω,\f=φ……°第37页，共62页，2023年，2月20日，星期五计算机能把cif文件完全机械化地译成规定的格式，但有细微的错误也会表现出来。因此写好的cif文件，一定要用检查程序做检查。可直接登录下面网站，进行检查。http:///services/cif/checkcif.html*CIF文件实例：data_020910c

_audit_creation_methodSHELXL-97_chemical_name_systematic;?;产生cif文件程序名称第38页，共62页，2023年，2月20日，星期五_chemical_name_common?_chemical_melting_point?_chemical_formula_moiety?_chemical_formula_sum'C14H41Cu2FeN14O4.50'_chemical_formula_weight660.54loop__atom_type_symbol_atom_type_description_atom_type_scat_dispersion_real_atom_type_scat_dispersion_imag_atom_type_scat_source'C''C'0.00330.0016'InternationalTablesVolCTablesand''H''H'0.00000.0000………………._symmetry_cell_settingmonoclinic_symmetry_space_group_name_H-Mc2/c晶系名称空间群名称散射因子的来源的数据环第39页，共62页，2023年，2月20日，星期五loop__symmetry_equiv_pos_as_xyz'x,y,z''-x,y,-z+1/2''x+1/2,y+1/2,z''-x+1/2,y+1/2,-z+1/2''-x,-y,-z''x,-y,z-1/2''-x+1/2,-y+1/2,-z''x+1/2,-y+1/2,z-1/2'

用坐标xyz表示的对称操作码的数据环第40页，共62页，2023年，2月20日，星期五

_cell_length_a13.481(7)_cell_length_b13.497(7)_cell_length_c31.069(15)_cell_angle_alpha90.00_cell_angle_beta93.547(8)_cell_angle_gamma90.00_cell_volume5642(5)_cell_formula_units_Z8_cell_measurement_temperature298(2)_cell_measurement_reflns_used1697_cell_measurement_theta_min2.264_cell_measurement_theta_max20.187

晶胞参数用于确定晶胞参数的衍射点的数量用于确定晶胞参数的衍射点的最大和最小θ值第41页，共62页，2023年，2月20日，星期五_exptl_crystal_description?_exptl_crystal_colour?_exptl_crystal_size_max0.25_exptl_crystal_size_mid0.15_exptl_crystal_size_min0.09_exptl_crystal_density_meas?_exptl_crystal_density_diffrn1.555_exptl_crystal_density_method'notmeasured'_exptl_crystal_F_0002744_exptl_absorpt_coefficient_mu2.050_exptl_absorpt_correction_typemulti-scan_exptl_absorpt_correction_T_min0.6282_exptl_absorpt_correction_T_max0.8370_exptl_absorpt_process_details'SADABS(Sheldrick,1996)‘_exptl_special_details;?;衍射用晶体的形状衍射用晶体的颜色衍射用晶体的尺寸计算密度单胞中电子数线性吸收系数吸收校正方法最小透过率最大透过率吸收校正的程序第42页，共62页，2023年，2月20日，星期五_diffrn_ambient_temperature298(2)_diffrn_radiation_wavelength0.71073_diffrn_radiation_typeMoK\a_diffrn_radiation_source'fine-focussealedtube'_diffrn_radiation_monochromatorgraphite_diffrn_measurement_device_type'CCDareadetector'_diffrn_measurement_method‘/f(ψ)and/w(ω)scans'_diffrn_detector_area_resol_mean?_diffrn_standards_number?_diffrn_standards_interval_count?_diffrn_standards_interval_time?_diffrn_standards_decay_%?_diffrn_reflns_number14631_diffrn_reflns_av_R_equivalents0.0744_diffrn_reflns_av_sigmaI/netI0.1145温度波长射线类型光源单色器CCD可以不填衍射点总数等效点平均标准偏差平均背景与平均衍射强度比衍射仪名称扫描方式第43页，共62页，2023年，2月20日，星期五_diffrn_reflns_limit_h_min-16_diffrn_reflns_limit_h_max16_diffrn_reflns_limit_k_min-11_diffrn_reflns_limit_k_max16_diffrn_reflns_limit_l_min-32_diffrn_reflns_limit_l_max36_diffrn_reflns_theta_min1.31_diffrn_reflns_theta_max25.03_reflns_number_total4993_reflns_number_gt2395_reflns_threshold_expression>2sigma(I)

_computing_data_collection'SMART(Siemens,1996)'_computing_cell_refinement'SMART'_computing_data_reduction'SAINT(Siemens,1996)'_computing_structure_solution'SHELXS-97(Sheldrick,1997a)'最小与最大衍射指标最小与最大θ角参加精修的衍射数目强度大于2σ的衍射数目采用的程序第44页，共62页，2023年，2月20日，星期五_computing_structure_refinement'SHELXL-97(Sheldrick,1997a)'_computing_molecular_graphics'SHELXTL(Sheldrick,1997b)'_computing_publication_material'SHELXTL'

_refine_special_details;RefinementofF^2^againstALLreflections.TheweightedR-factorwRandgoodnessoffitSarebasedonF^2^,conventionalR-factorsRarebasedonF,withFsettozerofornegativeF^2^.ThethresholdexpressionofF^2^>2sigma(F^2^)isusedonlyforcalculatingR-factors(gt)etc.andisnotrelevanttothechoiceofreflectionsforrefinement.R-factorsbasedonF^2^arestatisticallyabouttwiceaslargeasthosebasedonF,andR-factorsbasedonALLdatawillbeevenlarger.;

采用的程序精修中需要说明的问题第45页，共62页，2023年，2月20日，星期五_refine_ls_structure_factor_coefFsqd_refine_ls_matrix_typefull_refine_ls_weighting_schemecalc_refine_ls_weighting_details

'calcw=1/[\s^2^(Fo^2^)+(0.0000P)^2^+0.0000P]whereP=(Fo^2^+2Fc^2^)/3'_atom_sites_solution_primarydirect_atom_sites_solution_secondarydifmap_atom_sites_solution_hydrogensgeom_refine_ls_hydrogen_treatmentmixed_refine_ls_extinction_methodSHELXL_refine_ls_extinction_coef0.0020(3)_refine_ls_extinction_expression'Fc^*^=kFc[1+0.001xFc^2^\l^3^/sin(2\q)]^-1/4^‘_refine_ls_number_reflns4993_refine_ls_number_parameters348_refine_ls_number_restraints15_refine_ls_R_factor_all0.1208基于F2的精修精修的矩阵类型权重方案权重的详细资料解结构的方法进一步解结构的方法加氢方法精修H的方法精修消光的方法消光校正系数消光校正方案参加精修的衍射点的数目参加精修的参数的数目限制参数的数目对于全部衍射点的R1值第46页，共62页，2023年，2月20日，星期五_refine_ls_R_factor_gt0.0465_refine_ls_wR_factor_ref0.0698_refine_ls_wR_factor_gt0.0621_refine_ls_goodness_of_fit_ref1.001_refine_ls_restrained_S_all1.002_refine_ls_shift/su_max0.001_refine_ls_shift/su_mean0.000

loop__atom_site_label_atom_site_type_symbol_atom_site_fract_x_atom_site_fract_y_atom_site_fract_z_atom_site_U_iso_or_equiv_atom_site_adp_type_atom_site_occupancy_atom_site_symmetry_multiplicity对于可观测衍射点的R1值对于全部衍射点的wR2值对于可观测衍射点的wR2值对于可观测衍射点的S值对于全部衍射点的S值最后精修过程中的最大移动值最后精修过程中的平均移动值原子坐标、各向同性位移参数、原子占有率等的数据环第47页，共62页，2023年，2月20日，星期五_atom_site_calc_flag

_atom_site_refinement_flags_atom_site_disorder_assembly_atom_site_disorder_groupCu1Cu0.14883(5)0.38885(6)0.37321(2)0.0446(2)Uani11d...Cu2Cu0.63210(5)0.39053(6)0.38794(2)0.0494(2)Uani11d...Fe1Fe0.38981(6)0.64597(6)0.37999(3)0.0328(2)Uani11d...N1N0.1742(3)0.2994(4)0.32332(16)0.0728(17)Uani11d...H1AH0.22530.25840.33050.087Uiso11calcR..H1BH0.12000.26240.31640.087Uiso11calcR..………………..H8H0.387(3)0.173(5)0.4315(12)0.080Uiso11dD..H9H0.369(4)0.145(5)0.3890(9)0.080Uiso11dD..

loop__atom_site_aniso_label_atom_site_aniso_U_11_atom_site_aniso_U_22第48页，共62页，2023年，2月20日，星期五_atom_site_aniso_U_33_atom_site_aniso_U_23_atom_site_aniso_U_13_atom_site_aniso_U_12Cu10.0491(5)0.0375(5)0.0478(5)-0.0004(4)0.0080(4)-0.0015(4)………………..C140.027(4)0.043(4)0.058(4)0.004(4)0.014(3)-0.007(3)

_geom_special_details;Allesds(excepttheesdinthedihedralanglebetweentwol.s.planes)areestimatedusingthefullcovariancematrix.Thecellesdsaretakenintoaccountindividuallyintheestimationofesdsindistances,anglesandtorsionangles;correlationsbetweenesdsincellparame-tersareonlyusedwhentheyaredefinedbycrystalsymmetry.Anapproximate(isotropic)treatmentofcellesdsisusedforestimatingesdsinvolvingl.s.planes.;各向异性位移参数及有关详细资料等的数据环分子几何中需要说明的问题第49页，共62页，2023年，2月20日，星期五loop__geom_bond_atom_site_label_1_geom_bond_atom_site_label_2_geom_bond_distance_geom_bond_site_symmetry_2_geom_bond_publ_flagCu1N41.996(4).?Cu1N12.011(5).?……………………..C1C21.474(8).?C1H1C0.9700.?C1H1D0.9700.?loop__geom_angle_atom_site_label_1_geom_angle_atom_site_label_2_geom_angle_atom_site_label_3_geom_angle键长等的数据环，以下数据如将“？”改为：“yes”表示要列入精选表，预以发表键角等的数据环第50页，共62页，2023年，2月20日，星期五

_geom_angle_site_symmetry_1_geom_angle_site_symmetry_3_geom_angle_publ_flagN4Cu1N1172.59(19)..?N4Cu1N384.34(19)..?N1Cu1N396.0(2)..?N4Cu1N295.6(2)..?………………N13C13Fe1178.0(5).