肿瘤研究分子生物学数据库资源

一篇论文的题目ZhuF,ZykovaTA,KangBS,WangZ,EbelingMC,AbeY,MaWY,BodeAM,DongZ.BidirectionalsignalstransducedbyTOPK-ERKinteractionincreasetumorigenesisofHCT116colorectalcancercells.Gastroenterology.2007;133(1):219-31.第一页，共93页。主要内容NCBI的相关数据库资源肿瘤学和血液学的细胞遗传学ExPASy的数据库资源和工具第二页，共93页。NCBI的相关资源NationalCenterforBiotechnologyInformation第三页，共93页。第四页，共93页。第五页，共93页。Genesanddisease单基因遗传病的站点介绍多个系统的遗传病，可下载PDF文件。图示遗传病相关基因在染色体的定位与相关数据库相互链接第六页，共93页。Genesanddisease页面第七页，共93页。染色体的图谱第八页，共93页。SKY—SpectralKaryotyping多色标记的探针与染色体杂交M-FISH—MultiplexFluorescenceInSituHybridizationCGH—ComparativeGenomicHybridization肿瘤和对照细胞的基因组DNA标记不同颜色荧光探针等量混合后分别与肿瘤和对照细胞的染色体杂交。第九页，共93页。SKY的原理第十页，共93页。第十一页，共93页。CGH的原理第十二页，共93页。CGH比较工具输入染色体片段和得失，如：7[gain]或3p[loss].第十三页，共93页。比较工具第十四页，共93页。比较结果第十五页，共93页。CGH图示第十六页，共93页。大规模分析基因表达的方法对某一组mRNA中基因表达定量检测

一群mRNA中的每一个mRNA的同一位置取9-10bp的一段序列，（从统计学上说这样的序列可以代表95%的人类基因），每一种9-10bp的序列的拷贝数则代表基因表达的拷贝数，也就可以说明基因表达活性的高低。第十七页，共93页。方法RNA反转录为cDNA，同时用生物素标记cDNA末端随后用一种限制性内切酶（NlaIII(CATG)）切割cDNA分离酶切位点3‘端的序列另一种酶再切割cDNA片段，去除带生物素的3’端用PCR扩增每一个标签片段，将30-50个不同的标签片段连成一个单一的DNA分子最后克隆并测序这些分子酶切位点3'端的序列出现的拷贝数就代表了基因表达活性的高低第十八页，共93页。

流程图选择细胞磁珠分离RNA并合成cDNA锚定内切酶（NlaIII）酶切NlaIII3’端序列为标签，再用BsmF1酶切后释放标签将标签相互连接并连入质粒载体测序并计算标签的拷贝数计算机分析第十九页，共93页。查询方式...bytag...bysequence...bylibrary...bygenename第二十页，共93页。输入序列先查询序列中的Tag根据Tag来查询在SAGE文库中出现的频率第二十一页，共93页。输入GenBank号或序列进行查询第二十二页，共93页。查询结果第二十三页，共93页。查询结果第二十四页，共93页。CancerGenomeAnatomyProject

(/)由NationalCancerInstitute（NCI）管理

目的是研究肿瘤细胞的分子改变第二十五页，共93页。CGAP主页第二十六页，共93页。Genes第二十七页，共93页。每个基因————一个Geneinfo页面UniGene、LocusLink、OMIM、DTPsearch、cDNALibraries、ClusterAssemblies、和SNPs等数据库的链接

细胞遗传学定位和Mitelman断裂点信息

蛋白相似性人类和小鼠的同源组IMAGE（IntegratedMolecularAnalysisofGenomesandtheirExpression）协议来源的序列链接全长MGC（MammalianGeneCollection）克隆链接GeneOntology功能分类

第二十八页，共93页。Genes工具列表

Genefinder：按照特定标准查找单个或多个基因的工具GeneOntologyBrowser：通过分子功能、生物学过程和细胞组分对人和小鼠的基因分类NucleotideBLAST：通过CGAP界面，查找给定核苷酸序列的代表基因ListsofCandidate,Validated,andConfirmedSNPs：包含单核苷酸多态性的基因信息CGAPSNPIndex：通过基因名称、符号和GenBank序列号查找代表SNPsSNPGeneViewer：将人类SNPs定位于参考序列和MGC序列，预测蛋白编码的变化

第二十九页，共93页。Geneinfo第三十页，共93页。第三十一页，共93页。Chromosomes

第三十二页，共93页。MitelmanDatabaseofChromosomeAberrationsinCancer（肿瘤染色体畸变数据库）RecurrentChromosomeAberrationsSearcher用来查找重复出现的染色体畸变SNP500CancerDatabase用于查找SNP的工具可以通过基因名称、SNP号、染色体和基因功能查询第三十三页，共93页。查找肿瘤重复出现的染色体畸变第三十四页，共93页。Tissues

来源于组织的基因表达信息

LibraryFinder工具可以帮助查找组织特异性的文库。GeneLibrarySummarizer（GLS）：在特定的cDNA文库中查找所有基因。cDNAxProfiler：用于在两个cDNA文库之间比较基因表达。DifferentialGeneExpressionDisplayer（DGED）：用于在两个cDNA文库之间比较基因表达的统计学差异。

SAGEmapxProfiler：xProfiler程序比较一个cDNA在不同cDNA文库中的表达情况。SAGEmapVirtualNorthern：以图形形式显示一个基因在不同cDNA文库中出现的频率，代表其表达丰度。

第三十五页，共93页。第三十六页，共93页。cDNAxProfiler第三十七页，共93页。SAGE第三十八页，共93页。SAGEAnatomicViewer第三十九页，共93页。查询结果第四十页，共93页。Tissueonly查询结果第四十一页，共93页。SAGE的数据第四十二页，共93页。RNAi第四十三页，共93页。第四十四页，共93页。第四十五页，共93页。第四十六页，共93页。PATHWAYS第四十七页，共93页。BioCarta公司信号转导途径图谱

KEGG代谢途径和信号转导途径图谱

PathwaySearcher第四十八页，共93页。第四十九页，共93页。第五十页，共93页。CGAP基因表达分析工具的汇总

Tools第五十一页，共93页。第五十二页，共93页。肿瘤学和血液学的细胞遗传学

第五十三页，共93页。收集了各种在肿瘤中具有染色体异常的基因，包括其基因名称、产物、在肿瘤中的异常情况，以及与各种数据库的链接收集了白血病、实体瘤、癌前病变的细胞遗传学数据以染色体来分类描述各种肿瘤中的染色体异常包括了许多高水平的综述(DeepInsight)和病例报告第五十四页，共93页。22号染色体第五十五页，共93页。t(9;22)(q34;q11)第五十六页，共93页。第五十七页，共93页。第五十八页，共93页。t(2;8)(p12;q24)t(8;22)(q24;q11)IGKChr2IGLChr22t(8;14)(q24;q32)MYCChr8IGHChr14BurkittLymphoma第五十九页，共93页。PromoterCodingsequencesPromoterCodingsequencesPromoterCodingsequencesDeregulatedgeneConsequencesofBalancedChromosomeRearrangementsIGH,IGK,IGL

MYC

Deregulatedtranscription第六十页，共93页。ETV6/NTRK346FusionGenesinBenignandMalignantSoftTissueTumors

19921993199419951996199719981999EWSR1/ATF1FUS/DDIT3PAX3/FOXO1AEWSR1/ERGEWSR1/WT1PAX7/FOXO1ASS18/SSX2EWSR1/NR4A3HMGA2/LPPSS18/SSX1EWSR1/DDIT3EWSR1/ETV4COL1A1/PDGFBEWSR1/FEVEWSR1/FLI1

20002001200220032004200520062007HMGA2/LHFPSS18/SSX4TAF15/NR4A3COL1A2/PLAG1EWSR1/ZNF278FUS/ATF1HAS2/PLAG1TCF12/NR4A3TPM3/ALKTPM4/ALKASPSCR1/TFE3CLTC/ALKLPP/C12ORF9CARS/ALKHMGA2/CMKOR1ATIC/ALKFUS/CREB3L2FUS/ERGRANBP2/ALKSS18L1/SSX1ACTB/GLITGF/NR4A3PAX3/NCOA1FUS/CREB3L1CIC/DUX4COL6A3/CSF1EWSR1/CREB1HMGA2/EBFSEC31A/ALKEWSR1/SP3第六十一页，共93页。19921993199419951997199820002001200320042006EwingtumorAlveolarRMS,Clearcellsarcomaofsofttissue,MyxoidliposarcomaDesmoplasticsmallroundcelltumor,SynovialsarcomaExtraskeletalmyxoidchondrosarcoma,LipomaDermatofibrosarcomaprotuberansInfantilefibrosarcomaAFH,Lipoblastoma,InflammatorymyofibroblastictumorAlveolarsoftpartsarcomaLowgradefibromyxoidsarcoma,SofttissuechondromaPericytomaTenosynovialgiantcelltumorSoftTissueTumorswithSpecificGeneFusions第六十二页，共93页。FrequenciesoffusiongenesinAMLt(8;21)(q22;q22) RUNX1/RUNX1T1 4.3%t(15:17)(q22;q21) PML/RARA 4.1%der(11)(q23) MLLrearrangement 2.4% inv(16)(p13q22) CBFB/MYH11 2.3%t(9;22)(q34;q11) BCR/ABL1 0.7%inv(3)(q21q26) RPN1/EVI1 0.6%t(6;9)(p22;q34) DEK/NUP214 0.3%t(1;22)(p13;q13) RBM15/MKL1 0.2%t(8;16)(p11;p13) MYST3/CREBBP 0.1%t(7;11)(p15;p15) NUP98/HOXAgenes

<0.1%第六十三页，共93页。DeepInsight第六十四页，共93页。ExPASy(ExpertProteinAnalysisSy综合的蛋白质分析工具网站大量、使用的蛋白质分析工具链接第六十五页，共93页。第六十六页，共93页。Databases本地服务器维护的数据库与其他大型数据库的链接ToolsandsoftwarepackagesProteomicsandsequenceanalysistools综合了大量的蛋白质分析软件Melanie4——二维电泳的分析软件（商业）RocheAppliedScience'sBiochemicalPathways精美的代谢途径和细胞分子处理过程第六十七页，共93页。EducationandservicesExPASy的FTP服务和日内瓦大学提供的蛋白组学方法培训DocumentationLinkstolistsofmolecularbiologyresourcesLinkstosomemajormolecularbiologyservers第六十八页，共93页。SWISS-2DPAGE查询SWISS-2DPAGE的数据第六十九页，共93页。Humanlymphocyte第七十页，共93页。PROSITEDatabaseofproteinfamiliesanddomainsEnzymeEnzymenomenclatureCD40LbaseCD40liganddefectsCD40配体缺陷与X连锁的IgM增多第七十一页，共93页。ExPASyProteomicstoolsProteinidentificationandcharacterization多种蛋白质分析软件，主要计算蛋白质的等电点、分子量、氨基酸组成、序列标签、可能的蛋白酶切割位点、可能的糖基化位点、可能的翻译后修饰等信息。大部分通过输入氨基酸序列可实现。第七十二页，共93页。DNA->Protein从DNA序列翻译成蛋白序列从蛋白质序列翻译成核酸序列蛋白序列与基因组序列比较内含子和读框的错误Similaritysearches序列相似性比较工具主要有BLAST和FASTA第七十三页，共93页。Patternandprofilesearches查找蛋白序列中基序、结构域等的工具主要查找Prosite和Pfam数据库多种查找工具Post-translationalmodificationprediction翻译后修饰的预测工具预测蛋白质糖基化、线粒体锚定位点、信号肽切割位点、磷酸化位点等第七十四页，共93页。Dif14蛋白的prosite分析（ScanProsite）第七十五页，共93页。Topologyprediction蛋白质定位预测工具包括了预测蛋白质的定位（细胞膜、浆、核等）跨膜区预测第七十六页，共93页。Dif14蛋白的跨膜区预测（SOSUI）第七十七页，共93页。跨膜螺旋的组成第七十八页，共93页。预测的跨膜结构第七十九页，共93页。Dif14蛋白的跨膜区预测（TMpred）第八十页，共93页。Primarystructureanalysis预测蛋白质的物理化学参数：如氨基酸组成、等电点、分子量等Paircoil：预测螺旋区结构PESTfind：蛋白质的半衰期预测，富于Proline(P),glutamicacid(E),serine(S)and