2013年生物信息学课件引物设计

2进展有一个基本的了解查阅实验相关进展有一个基本的了解从而确定自己的实验策略，同时，方 结果 、管理申报工作。常用软件 查找Internet上的各种文献数据库，将查找到的 ReferenceManager（可以 化。医学文献王（智能化网上检索、专业化文献管理和自动化嵌文献三大特点，特长在中文 的系统化，也支持外文文献数据库3DN、4大多软件只对线性序列进行分析,那么cNNNNN…NNNgaatt环EcoRI位点找出来VectorNTISuite亦是不错的5引物设 Primer Oligo6（引物评价）6 服务6NCBI的BlastClustalXGeneDoc3.27质粒绘 s 89Omiga2.0、Construction& 凝胶分析n0TotalLab2.0：一个全智能化的凝胶分析软件，对DNA、蛋DNASIS2.5tRNAOmiga2.0ORFDNAStar之Protean对氨基酸的亲疏水性分析：helical图 s2.6Atheprot5.0 DNASIS DNASIS 对蛋白编码区的预测(ORF GeneQuest预测DNASIS Cn3D RasMol2.7显示1EQFAERPEI文献编辑软件EndNote引物设计实例分PCR技术又称聚合酶链反应（PolyeraseChainReaction）技 温变性、低温退火、中温延伸三）。PCR技术的特异性取决于引物与模板结合的PrimerannealingPrimerextensionPCR引物引物设计有3 DNA聚合反引物长度（primerlength）产物长度（productlength）序列值eltingtemperatureΔinternalstability引物二聚体及发夹结构（duplexformationandhairpin）引物及产物含量（composition），有时还要错 位点（falsepr引物及产物含量（composition），有时还要引物设计要，不超过碱基随机分布:引物中四种碱基的分布最好是随机的，不要有聚嘌呤或聚嘧啶的存在。尤其3′端不应超过个连续的或，因这样会使引物在富集序列区错误引引物3端的碱基一般不用，因为在错误位点的引发效率相对比较高，而其它三种碱基的错误效率相5’端与中间段的Δ值应较高，而3’端Δ值影响聚合酶对模板的解链，过高则不利于这一步骤。∆G值是指A双链形成所需的自由能，该值反映了引物与模板结合的强弱程一个要的引评价指标般情下，在lio5.0软件的Δ值窗口中，引物的Δ值最好呈正弦曲线形，即5’端和间部分Δ值较高，而3’端Δ值相对较且不要超5’端与中间段的Δ值应较高，而3’端Δ值影响聚合酶对模板的解链，过高则不利于这一步骤。引物与非特异扩增序列的同源性不要超过个互补碱基同源。4.5kcal引物的延伸是从3开始的，不能进行任何修饰，也不能有形成因此，可以被修饰而不影响扩增的特异性。引物5′端修饰包如扩增编码区域，引物3′端不要位于终止 DNA/mRNA引物的区

DNA5’

AAAAAA

mRNA搜搜输入待名目目组、 广西医学科学实验中心xy 45 13.12.11广西13.12.11广西医学科学实验中心 47rei13.12. 广西医学科学实验中心xy 813.12. 广西医学科学实验中心xy 413.12. 广西医学科学实验中心xy 013.12. 广西医学科学实验中心xy 513.12. 广西医学科学实验中心xy 213.12. 广西医学科学实验中心xy 513.12. 广西医学科学实验中心xy 413.12. 广西医学科学实验中心xy 13.12. 广西医学科学实验中心xy 513.12. 广西医学科学实验中心xy 713.12. 广西医学科学实验中心xy 513.12. 广西医学科学实验中心xy 913.12. 广西医学科学实验中心xy 613.12. 广西医学科学实验中心xy 113.12. 广西医学科学实验中心xy 613.12. 广西医学科学实验中心xy 313.12. 广西医学科学实验中心xy 613.12. 广西医学科学实验中心xy 5数氨基酸的遗传不只一数氨基酸的遗传不只一File菜单中的Parameter命令可以对系统参数，PCR 13.12. 广西医学科学实验中心xy 713.12. 广西医学科学实验中心xy 613.12.11广西13.12.11广西医学科学实验中心 69rir（tif）往往仍然无法弄清相应的蛋白序列是什么。这是因为在没有其它信息的前提下，DNA序列可以按六种框架阅读和翻译（每条链三种，对应三种 子）。阅读框的次序（+1,+2,+3,-1,-2,-313.12. 广西医学科学实验中心xy 72

Tm值、GC％

索的引物的类型，包括PCR引 引物和杂交探针以PCR产物的长度和引物的长度13.12.11广西13.12.11广西医学科学实验中心 75点击点击search点击参数设GC33末端稳定性：引物稳定性影响它的错配效率，一条理想的引应该有一个稳定性较强的5’末端和相对稳定性较弱的3’末端。如果3’末端稳定性强，有可能在即使5’末端不配对的情况下造成配，形成非特异性扩增条带13.12 广西医学科学实验中心xy7Degneac3引物的延伸。的打分（rating）和上下游引物的起的相对稳定性。应当选用3’端△G值较低（绝对值不超过9），而5’物的3’端△G值过高，容易在错配位点形成双链结构 聚合总的来说，Primer设计引物的经1、引物取分值2、两个引物的七十度；3、引物之间的距离20- 0比较常见4、减去5度为退火温度5、