医学信息检索课件：第三章 常用医学文献数据库

第三章常用医学文献数据库PubMedWebofScience中国生物医学文献数据库（CBM）中文科技期刊全文数据库（中国知网，万方，维普）PubMed一、概况二、基本检索途径与方法三、检索结果输出四、特色功能一、概况1.收录范围2.检索机制3.检索规则4.字段构成

PubMed是由美国国立医学图书馆（NLM）附属美国生物技术信息中心（NCBI）研制的数据库，是NCBI的Entrez检索系统中的数据库之一。1997年6月26日，前美国副总统戈尔宣布其为免费网站。其网址为：/pubmed（）。目前网上免费检索MEDLINE数据库的网站有30多个，宗旨是为用户在网上提供一个比光盘和联机更简单、直观的检索方法，PubMed是其中使用频率最高的网站，它具有收录范围广(医学及相关学科)、内容全(包括超过2000万文献记录)、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获取全文。1.MEDLINE：收录1966年以来的包含医学、护理、牙科、兽医、健康保健系统等文献1800万余条书目数据。这些数据来源于70多个国家和地区的5500多种生物医学期刊,92%的文献为英文文献，82%的文献有摘要。记录标识为[PubMed—indexedforMEDLINE]2.OLDMEDLINE：包括1946~1965年MEDLINED的大约200万条记录，这部分记录主要是从MEDLINE的印刷版转录过来的，没有更新MeSH和文摘，其显示格式主要取决于其印刷版的显示格式。记录标识为[PubMed—OLDMEDLINEforPre1966]3.PREMEDLINE:收录MEDLINE的中尚未经规范处理的数据，该库中的记录只有简单的书目信息和文摘。该库中的数据每星期经MeSH词表标引后，转入MEDLINE，当进入MEDLINE时就会被标引MeSH词、文献类型及其他数据，然后从PREMEDLINE中删除。记录标识为[PubMed—inprocess]

4.Recordssuppliedbypublisher：由出版商提供的电子文献，这些文献中属于MEDLINE收录范围的，每日将被添加到premedline中去，并被赋于一个MEDLINE的数据标识号UI；不属于MEDLINE收录范围的，则只有PubMed数据识别号PMID，而没有MEDLINEUI。记录标识为[PubMed—assuppliedbypublisher]1.收录范围

PubMed设有AutomaticTermMapping转换功能，对于输入检索框中的检索词，将按一定的词表顺序进行对照，然后进行检索。逐一对照的索引顺序是：MeSHTranslationTable、JournalTranslationTable、Phraselist、AuthorIndex。如果在以上4个表中都找不到相匹配的词，PubMed将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间是逻辑与（AND）关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，各个词之间也是逻辑与关系。2.检索机制MeSHTranslationTable主题词表JournalsTranslationTable期刊刊名表PhraseList词组表AuthorIndex作者索引表NoMapping检索词拆分AND1.如果在短语上加双引号，PubMed将不执行AutomaticTermMapping功能，而将其作为特定的短语进行检索。

例如:“pressurepoint”2.PubMed支持布尔逻辑运算，逻辑符的运行次序是从左至右，括号内的检索式可作为一个单元，优先运行。

例如：检索有关药物治疗哮喘或枯草热的文献，其检索式为：

drugtherapyAND(asthmaORhayfever)3.PubMed支持截词检索，截词符采用*表示。

例如：bacter*

可检出以bacter为词干的单词bacteria,bacterium等，但仅限于600个相同词干的单词。

3.检索规则4.字段构成PubMed的字段限定格式:检索词[字段标识]例如:aspirin[ti]hepatitis[MesH]smith-ab[au]第一节PubMed一、概况※二、基本检索途径与方法三、检索结果输出四、特色功能二、基本检索途径与方法1.基本检索（Search）2.主题词检索（MeSH）3.期刊检索（Journal）4.引文匹配检索（CitationMatcher）5.临床查询（ClinicalQueries）点击此键执行检索检索框1.基本检索——主题#1cancer#2livercancer#3“livercancer”#4leukemiaANDchild#5livercancerORleukemia#6leukemiaNOTchild#7cancer[ti]#8review[pt]#9infection*1.基本检索——作者#1smithab#2smithab[au]

格式：姓+名缩写，如要查找王智彪教授发表的文章，输入格式为：wangzb，系统会自动在作者字段内进行检索。#1cancer[so]#2cancer[ta]1.基本检索——期刊

建议期刊检索使用期刊名称检索字段标识[ta]或者是[so],因为：如果期刊名称正好是一个MeSH中的词，系统会将其作MeSH词进行检索。如果期刊名称是一个单词，系统会在所有字段中进行检索。例：查找近5年有关子宫内膜异位症的综述文献步骤1.在检索框内输入endometriosis，步骤2.在检索结果界面中左侧选择：

在Articletypes中选择review，在PublicationDate中选择5years，

二、基本检索途径与方法1.基本检索（Search）2.主题词检索（MeSH）3.期刊检索（Journal）4.引文匹配检索（CitationMatcher）5.临床查询（ClinicalQueries）2.主题词检索-基本操作

使用该项功能可选择规范化的医学主题词（MeSH词）、副主题词、查看词义注释、浏览树状结构表等，可执行主题词检索，因而可以提高检索效率。点击Pubmed界面左边的MeshDatabase，进入主题词检索界面。在MeshBrower的检索框中，输入检索词，如果不是MeSH词，系统将提供同义或近义MeSH词给予选择，同时显示MeSH树。2.主题词检索单主题词检索多主题词检索主题词/副主题词检索1.输入检索词2.执行浏览3.点按此处可获详细注解2.主题词检索单主题词检索多主题词检索主题词/副主题词检索2.主题词检索单主题词检索多主题词检索主题词/副主题词检索主题词注释可选副主题词限定作为主要主题词检索不进行下位词扩检该主题词所替代的非规范词形式主题词树形结构表选取副主题词点击此处执行检索发送至检索框二、基本检索途径与方法1.基本检索（Search）2.主题词检索（MeSH）3.期刊检索（Journal）4.引文匹配检索（CitationMatcher）5.临床查询（ClinicalQueries）3.期刊检索

供查询PubMed和Entrez其他数据库收录期刊的信息。刊名检索的检索词有：刊名全称、Medline刊名缩写、期刊的ISSN、NLM刊号、国际标准刊名缩写（ISOAbbreviation）和刊名中含有的词。该数据库的主要用途是进行刊名缩写和刊名全称转换的查询，还可以获得PubMed等收录的期刊一览（Entrezjournals）以及PubMed收录全文电子期刊网站链接一览（thelistofjournalswithlinkstofull-textwebsites）。关于AIDS的期刊3.期刊检索

除此之外，还可通过如下途径查询某一期刊上的文献：（1）直接在基本检索中直接输入：刊名[so]或刊名[ta]

例如：jama[ta]

（2）在单一引文匹配器中，期刊一栏输入刊名，若查某一卷某一期，则再输入卷和期的信息即可。

例如：Journal:jama二、基本检索途径与方法1.基本检索（Search）2.主题词检索（MeSH）3.期刊检索（Journal）4.引文匹配检索（CitationMatcher）5.临床查询（ClinicalQueries）4.引文匹配检索

用残缺不全的题录信息为线索来查特定记录的工具。当投稿稿件的参考文献信息不完整时，可利用引文匹配器来核对补充信息。引文匹配器分以下两种：

单一引文匹配器（SingleCitationMatcher）：查找特定一篇文献；

组引文匹配（BatchCitationMatcher）:查找一组特定的文献。得出其他著者单一引文匹配virusgenes|1992|6|393||p27423-1|yeast|1992|8|253|sasnausk|p24813-1|

组引文匹配二、基本检索途径与方法1.基本检索（Search）2.主题词检索（MeSH）3.期刊检索（Journal）4.引文匹配检索（CitationMatcher）5.临床查询（ClinicalQueries）5.临床查询

是一个专门为临床医生和临床试验工作者设计的检索服务，有以下三个方面的检索：研究类别查询：治疗、诊断、病因及预后系统评价查询医学遗传学查询：诊断、临床描述、管理、基因、分子遗传学、基因测试等内容。第一节PubMed一、概况二、基本检索途径与方法三、检索结果显示与输出四、特色功能三、检索结果的显示与输出1.结果显示2.结果输出3.相关链接1.结果显示显示记录格式：PubMed检索结果的默认显示格式是Summary，即题录格式，包括作者、标题、出处和PMID号。在Display下拉菜单中，还有多种显示格式可选择。常用的显示格式有：（1）Summary：包括著者、篇名、出处、语种（非英语时列出）、出版物类型（只有当是综述文献时列出）、PMID、记录状态等；（2）Brief：著者、篇名前30个字母、PMID；（3）Abstract：Summary格式中的所有字段加上摘要、著者单位和地址、人名主题；（4）Citation：Abstract格式中的所有字段加上MeSH、化学物质名称、基金号等字段；若要查看MeSH字段，首选Citation格式；（5）Medline：全字段显示，所有的字段都以字段标识符开头。若要将检索结果输出到ReferenceManager之类的文献管理软件中，应选用Medline格式。每屏显示数量：限定每屏显示的篇数，选项包括每屏5、10、20、50、100、200至500条。由于打印或存盘以每屏为单位进行，因此根据检索结果的数量，可选择适宜的每屏显示数值。显示特定记录：PubMed设有不同选项，可显示特定的记录。点击Display按钮，可浏览所有的记录；点击题录前的方框，对所需文献进行标记，然后再点击“Display”，则显示标记的记录；点击某一感兴趣记录的著者名，仅显示该条记录。排序：对当前显示的记录可按出版时间、第一作者、最后作者、期刊和标题进行排序。没有文摘有文摘有免费全文2.结果输出保存：检索结果显示页上的sendto提供了多种保存方式。保存操作时，可先用鼠标对记录左边的复选框打标记，从Display下拉菜单中选择欲保存的记录格式，然后选用下列主要操作：（1）选Sendto下拉菜单中的Text，点击Sendto，屏幕按文本格式显示当前页面上的记录（或选定的记录），然后通过浏览器中的保存功能保存所见页面。（2）选File，点击Sendto，直接将所有检出的记录（或选定的记录）按文本格式进行保存，最大保存记录数为1万条。（3）选Clipboard，点击Sendto，将所有记录（或选定的记录）添加到临时的粘贴板中。用Clipboard适用于将多个检索式查到的文献记录集中保存到一个文件中。（4）选E-mail，点击Sendto，将检索结果发送到指定的电子信箱中。（5）选Order为原文订购，此项服务不对中国国内用户开放。打印：（1）选Sendto中的Text，然后通过浏览器中的打印功能进行打印（文本格式）。（2）直接使用浏览器中的打印功能打印所见的页面（html格式）。（3）直接选Sendto下拉菜单中的Printer进行检索显示检索结果的打印。3.相关链接

PubMed在详细记录格式（即Abstract、Citation和MEDLINE）每条记录间建立了相关链接，该链接可链至相关的文献记录，可链至Entrez其他分子生物数据库中的相关信息，还可链至文献的全文。操作方法是点击记录右侧的“RelatedArticles”获得相关记录；点击