寻找启动子区域和预测转录因子结合位点演示文稿

寻找启动子区域和预测转录因子结合位点PPT演示文稿当前1页，总共18页。优选寻找启动子区域和预测转录因子结合位点PPT当前2页，总共18页。寻找promoter区域用NCBI：用UCSC：用Ensembl：用公司信息（只包含公司拥有promoterclones的信息）：/当前3页，总共18页。寻找promoter区域NCBI选择Gene,输入ankh,点击search选择第一项，人类Homosapiens的ANKHChromosome5location14704909-14871887,complement(反义链)即-14871887到-14704909为基因范围此例中选取-14873887到-14871887约2000bp核苷酸序列作为启动子区域当前4页，总共18页。寻找promoter区域图形显示FASTA格式显示的核苷酸序列输入序列可以查询染色体位置ANKHgene在反义链上，所以用负数表示可以查询具体核苷酸序列点击GraphicsToolsSequeceTextView当前5页，总共18页。寻找promoter区域点击GoToPosition,输入-14873887，点击PrevPage找到具体位置复制白底黑色区域即为promoter区域。白底黑字为启动子区域紫底黑字为基因区域粉底黑字为编码区，ATG为启示密码子当前6页，总共18页。寻找promoter区域在前两张幻灯片中选择FASTA在右边Changeregionshown输入14871887到14873887Displayoptions选择Showreversecomplement可以直接得到FASTA格式的promoter核苷酸序列（似乎有一个bp的差距，可以输入14871887到14873886）当前7页，总共18页。寻找promoter区域

选择genomes在clade选择Mammal，genome选择Human，assmebly选择最新的数据库，gene中输入ANKH点击Tables在track中选择RefSeqGenes，在outputformat中选择sequence点击getoutput。选择genomic。当前8页，总共18页。寻找promoter区域选择Promoter/Upstreamby2000basesExonsinuppercase,everythingelseinlowercase外显子大写，其他小写当前9页，总共18页。寻找promoter区域选择Promoter/Upstreamby2000basesExonsinuppercase,everythingelseinlowercase外显子大写，其他小写当前10页，总共18页。寻找promoter区域小写字母为promoter区域大写字母为基因区域，与NCBI结果相同ATG为CDS区起始密码子当前11页，总共18页。寻找promoter区域

选择human输入ankh选择Gene，点击GeneIDENSG00000154122点击左边的Exportdata当前12页，总共18页。寻找promoter区域5Flankingsequence输入2000OptionsforFASTAsequence中Genomic选5Flankingsequence，deselectall点击Next当前13页，总共18页。寻找promoter区域得到2000

bases的核苷酸序列当前14页，总共18页。寻找promoter区域点击searchproduct，选择promoterclones，因为没有ANKH的信息，此处输入FIBRONECTIN选择目的基因当前15页，总共18页。寻找promoter区域点击clickheretoviewthepromotersequence得到promoter信息当前16页，总共18页。预测Transcriptionfactorbindingsite用Jaspar用PROMO用TFSEARCH（据说用的是TRANSFAC很旧的数据库）

用商业数据库TRANSFAC（要付费）当前17页，总共18页。预测Transcriptionfactorbindingsite

点击JASPARCOREvetebrata左边转录因子选择MA0061.1

NF-kappaB，右边输入ANKH启动