2023年生物信息学实验报告

生物信息学实验报告姓名：＿_黄栋__＿____学号：＿_＿＿__＿指导老师:_＿_宋晓峰____南京航空航天大学2023年1１月实验一生物信息数据库的检索实验目的：1.了解生物信息学的各大门户网站以及其中的重要资源。２.了解重要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。3.以PｕｂMｅd为例，学会文献数据库的基本查询检索方法。实验内容:(1)国际与国内的生物信息中心国际NＣBI、EBＩ、ExＰＡSｙ，EMBL、SＩB、TIGR以及国内CＢI、ＢｉoSiｎo网站的熟悉及内容的了解。核酸序列数据库：ｇenbank／ＥMＢL-bank/DDBJNCBＩ网址:HYPERＬIＮK""EBI网址：ＨYPERＬＩNK""EMBL网址:ＨYPERLＩＮK""蛋白质序列数据库：SwissＰrｏt、ExPAＳy网址:HＹPERLＩＮK""Ｕｎiｐroｔ网址：HＹPＥRLINK＂"蛋白质结构数据库:PDB网址：ＨＹPERＬINK""（2)检索练习：ThesｐiｋeproｔeinｏfSARS-CorｏnaVirus在NCBI中的核酸记录序列:ﻩLOCUSCS2４4439３８97bpDNAlｉnearPＡT1７-JＵL－2０2３DＥＦINITIONＳequenｃe3fｒoｍPaｔｅntWO．ACＣEＳSIONCS24４439VEＲSIONCS244４39.1GI：８4659１13KEYWORＤS.SOUＲCＥＳARSｃorｏｎaviruｓORGANISMHYPEＲLＩNＫ"＂SＡRＳcoｒonａｖiruｓViruses；ssRNAｐosｉtive-stranｄvirｕseｓ,noＤＮAstａge;Ｎidovirales；Coronａviridａe;Coｒｏｎaviｒiｎae;Ｂetacoronavirus.ＲEＦＥRＥＮCE１AUTHORSAｌtmeyeｒ,Ｒ.,Naｌ-Rogier，B.,Chan，C.,Kien，F.,Kam，Y.W．,Sｉu,Y.L．,Tｓｅ,Ｋ.S.，Ｓｔａropoli，I.andManuｇuｅrra,Ｊ.Ｃ.TITLENucleicaｃiｄs，polypepｔｉｄes,metｈoｄｓofeｘprｅｓsion,ａｎdｉｍｍunｏgｅniccompositionsassｏciateｄwithsａrscｏrｏnavirｕsｓｐikeprｏteinＪOURＮALPatent:WO-Ａ２31５-DEC-２０23；INＳTITUTPＡSTＥＵR(FR);HｏｎｇＫｏngPasteurＲｅseａrcｈCenｔrｅLｉｍiteｄ(CN)FEAＴＵREＳLｏcation／Qｕaｌｉfｉeｒsｓource1..38９7／organiｓm="SＡRSｃｏronavirus"／mol_type＝"ｕnassｉgｎedDNA"/db_xｒef=＂tａxon：HYPEＲLIＮK""2278５9"HYPERLIＮK""CDS4４..3847/ｎoｔe="unnaｍｅdｐｒotｅinpｒodｕct＂/ｃodoｎ＿starｔ＝1/ｐrotｅｉn_id＝＂HＹPERＬINK""CＡJ561８3.１"／db_xｒef="GI：8４659114"/trａnｓｌation=＂MFIFLＬFＬTLＴSＧSＤLＤRCＴTFDDVＱAPNYTQHＴＳＳＭＲGVＹYPDＥＩFＲSDＴLＹＬTQDLFLPFＹＳNVTGFＨTＩNHTFＧNPＶIPFKDＧＩYFAＡＴＥKSNＶVRGWVＦGSＴＭNNＫＳQSVＩIINNSＴNVVIRAＣNFELＣDNPFFAVSKPMGTQTHTMＩFDNAFＮCＴFEＹＩＳDＡFSＬDVSEKＳＧNFKHLＲEＦVFKＮＫDＧFLYVＹＫＧYQPIDVVRDLPＳGＦNTLKPIFKＬPLＧINITNFRAIＬTAFSＰＡQDＩWGTSＡAAYFVGYLKPＴTＦMＬＫYDENGTITDＡＶDCＳQNＰLAＥＬＫCＳＶKＳFＥIＤＫGIＹQTSNFRVVPＳGＤＶＶRＦPNITNLＣＰFGEVFNATKFPSVＹＡＷEＲKKＩSNCVＡＤＹSＶLYＮSTFFＳTＦＫCYGVSATKLNＤLＣFＳNVYＡDSＦVVKGDＤVRQＩAPGQＴＧVIADYNYKLPＤDＦＭGＣVLＡWＮTRＮＩDAＴSTGNYNYKYRＹLＲＨGKＬＲＰFERＤIＳNVＰFSPＤGKＰCＴPPALNCYWＰLNＤYGFYTＴTGＩGYQPＹRVVVＬSＦELLＮAPATVＣGPKLSTDLIKNQCVNＦNＦNＧＬTGTGＶLTＰSSKRFQPFQQFGRDVSＤＦTDＳVRDＰKＴＳEＩLDISPCSFＧGＶSVITＰGTNAＳSEVAVＬＹQＤVNＣTＤVSTAＩＨADQLＴＰAＷＲIＹSTＧNNVFQTＱＡＧＣLIGAEHVDＴＳYEＣDIPIGAGＩCＡSＹＨTVSLLRSTSQKSIVＡＹTMSLGＡＤＳＳIＡYSNＮTIAIPTNFSISIＴＴEVMＰＶSＭAＫTSＶDCＮMYＩＣGＤSＴECANLＬLQYGSFCTＱLNRALSGＩAAEQDＲNTREVFAQＶKQMＹKTＰTLKYFGGFNＦSQILPDPLKPＴKＲＳFIEDLＬFＮＫＶTLＡDAGFＭKQYＧECLGDＩNARDＬＩCAＱＫFＮGLTＶLPPＬLＴDＤMＩAAＹTＡAＬVSＧＴATAGWＴFＧAGAAＬQIPＦAMQＭAＹRＦNＧIGVTQNＶLYENＱKQIＡＮQＦNKAISQIQESLTTTＳTALGKLQＤVＶNＱNAQALNＴLVKQLSSNFＧAIＳSVLNDＩLSRLDKVEAＥVQIDRLITＧＲLQSＬＱＴＹＶTＱＱLＩRAAＥIＲASANLAATＫＭSECＶLGQSKRＶＤＦCGKGYＨLＭSＦPＱAAPHGVVFLHVＴＹＶPSQEＲNFＴＴAPAＩＣHＥGKAYFPREＧVFＶＦNＧTＳWFIＴＱRNFFＳPＱＩＩTＴDNTＦVＳＧNCDVＶＩGIINNＴVYDＰLQPＥLＤＳFKEＥLDKＹFＫNHTSＰＤVDLGＤIＳGINAＳＶVＮIQＫＥIDRLＮＥVAKNLNESLＩDLQEＬＧKYEQYIKWPWYVWLGFIAGLＩAIVMVTILLCＣMＴSCＣSCLKGACＳCＧSＣＣKFDEDDSEPVLＫGＶKLHYTGPＧＧDYKDＤDDK＂ＯRIＧIN1ｃtaｔagggｃgaattgggtａccgcｔagcggatccgcgcgcｃacｃatgtｔｔaｔtttｃctｇcｔ6１gｔｔtcｔｇaｃtctgａｃcaｇcｇgcａgｔgａcctｇgacｃggtgcacｃａcttttgatgaｔｇtgcａ121ggctcｃｔaaｔtaｃａcｔcagcatacｔtcｃｔctatgaｇgggｃgｔgtactatｃctｇatgａaａt１81ttttagａtccgacaｃｔcｔｇtａｔｃtgactcａggatctgtｔｔcｔgccａttctattctaatgt24１ｇacagｇcｔttcａtactaｔｔaａtcataccttｔggcaaｃcctgtｇatcccｔttｔａaｇgａｔgg3０1cａtｃtattttgcｔｇccacａgａgaａgtccaａｔｇｔggｔgcggggatgｇgtgttｃgｇctｃtaｃ36１catgaaｃａacaagtccｃagtccｇtgaｔtattatｔａacaaｔｔctactaatｇtggtgatｃｃg42１aｇcctgtaａｃｔttｇaactgtgtgacaａcｃｃａｔｔctttgｃtｇtgtctａaｇｃccａtggｇｃac481acagacacatａctatgaｔctｔcgataａｔgcｃtｔtaａtｔgcaｃｔｔtcgagtａｃatｃtctga5４1ｔgccttｔtｃcctggａtgｔｇtｃcｇaaaａｇtｃcgｇｃaａctttaａgｃaccｔgｃgagagｔｔtgt６01ｇｔttａaｇaataaggａｔgｇｃtttctgtａtgｔｇtataaｇggctatcａgcctatcgaｃgtgｇｔ661ｇcｇcgaｔctgccｔtctｇgctttａａcａctctgaagcｃtaｔtttｔaagｃtｇｃｃtctgｇｇcaｔ7２1ｔaaｃaｔtacaaａtｔｔtcgggｃcattｃtgaｃａgｃctttaｇccｃtｇｃｔcaggａcaｔｔtgggｇ78１cacctcｔｇctgccｇｃctatｔttgtｇｇｇctatｃｔgaagccaactaｃctttatgctｇaagta８4１ｔgａｔgａaaaｔggｃａｃaatcａcagatgctｇtggａｔtgttｃtcagaａtccacｔggｃｔgaａct９0１gaaｇtgcｔｃtgｔgaaｇagcttｔgagａttgacaagｇｇａａtｃtaccagacctcｔaatttcｃg961cgtggtgccctctggａgatｇtｇgtgagattccctaatａttacaaacctgｔｇtcｃtｔttｇg1021agaagｔｇtttaatｇcｔａｃtaａgttcccttcｔgtgtａtgｃctgｇgaｇａgaaagaagatttｃ1081taatｔｇtgtggctgattactctgtgctｇtacaaｃtccacaｔtｔttｔaｇcａcctttaａgtg1１41ｃtatggcｇtgtctgcｃａctaagctgａatgatcｔgｔgｃttctｃcaａtgｔgｔatｇccgattc12０1ttttgtggtgaagｇgagatgatgtgaｇaｃaｇatcgccｃcagｇａcaｇactｇgｃgtgａttgc1２61tgａtｔａcaattaｔａagctgｃcagａtgattｔcatgｇｇctgｔgtｇcｔggcttggaatactag132１gａacattgaｔgctａcttcｃactggcａａttaｔaaｔtaｃａagtａtｃgｇtatctgagacａｔgg138１caagctgａgｇccctttgagaｇａgacatctｃtaaｃgtｇcctｔtcａgccctｇaｔgｇcaaｇcｃ1441ttｇcacccｃacctgctctｇａatｔｇttaｔtgｇｃｃａctgaatgａttatｇgｃtｔttacaccac15０1taｃｔggcａｔtggｃtaccaｇccｔｔacagａgｔｇgｔggtgcｔgtcttttgaacｔｇｃtgaatgc1561ｃcctｇccacａｇtgtｇtggaccaaaｇctgtcｃaｃｔｇaｃctgattaagaａｃcaｇtgｔgtgaa1６21cttｔaactttaatggactgａctggcactggcgtｇctgａctccｔtcｔａgcaagagatttca168１gcｃaｔｔtcaｇｃａｇtttggccgggatgtｇtctgaｔtｔcaｃtgaｔtcｃgtgcｇagatccｔaa1741gaｃatｃtgaａatｃctggaｃatttccｃcttgctctｔttggcｇgcｇtgagｃgｔgattａcａｃc1801tggａacaａatｇcｔｔｃctｃtgaagtggｃtｇｔgctｇｔａtcaｇgａｔgtgaａctｇcactgatgt1861gtctacagｃｃatccatgccgａtcａｇctgaｃaｃcａgcｔtggcgcaｔctａtｔｃtａctｇgaaa192１ｃaatgtgｔtｃcagａctｃａｇgccｇgctgtctgatcggaｇｃtgagcａtgtｇgａcａcttｃｔta1981tgagtgｃgacaｔtcｃtａttggagcｔgｇcaｔｔtgtｇctａgｔｔａｃｃatacａｇtgｔｃｔctgｃｔ2０４1gcggagtactagｃcaｇａａｇｔcｔatｔgtggcｔtatａｃtaｔgtｃｔctgｇｇｃgctgatagttc21０1catｔgcｔtａctｃtaａｔaaｃacｃattgｃtａtcｃctａctaaｃtｔtｔccaｔtａgcattactaｃ2161ａgａaｇtgatｇccｔgtｇｔctatgｇctaagacｃtccgtggaｔtgｔaatatgtaｃaｔｃｔgcｇg2２２１agattｃtaccｇaatgｔgcｔaatcｔgｃtｇctｇc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oEdiｔ软件对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成、和疏水性等基本性质分析。分子质量与氨基酸组成：疏水性分析：使用PSIPＲＥDｗｅbsｅrver(ＨＹPERLIＮK""）对水通道蛋白质序列进行二级结构预测。同时上uｎiproｔ数据库查看水通道蛋白质二级结构，并做对比。在线分析：Uｎｉpｒｏt与ＰDB数据库:预测结果与数据库结果基本一致。实验规定:提交使用上述软件对人水通道蛋白质序列进行基本性质分析、结构分析以及二级结构和三维结构的分析结果；见上图。实验四核酸序列分析一.实验目的掌握已知或未知序列接受号的核酸序列检索的基本环节；掌握使用BiｏＥｄｉt软件进行核酸序列的基本分析；熟悉共有序列lｏgo图的使用；熟悉RNＡｆolｄ软件的使用；三.实验内容1、使用Enｔrez或ＳRＳ信息查询系统检索人瘦素(leｐｔin）的mＲNＡ、基因组DＮA、外显子等核酸序列,连接提取该序列内容，阅读序列格式的解释,理解其含义；２、使用ＢioEdiｔ软件对上述核酸序列进行分子质量、碱基组成、碱基分布、序列变换等基本分析,并从ＢiｏEｄiｔ软件的“heｌp”栏了解该软件的其它功能；3.使用weｂlｏgｏ方法(HYPERLＩNK＂＂)对多序列比对结果构建共有序列进行可视化表达。4.使用RNAfold（HYPＥＲLIＮK＂"）,对miｃｒoRNA前体的二级结构进行预测。四.实验方法１、调用Intｅrnet浏览器，并在其地址栏输入Eｎtreｚ网址:HYPEＲLIＮK＂＂\ｔ"_parenｔ"；2、在输入栏输入ｈｏｍosaｐｉｅnsｌeptiｎ;将检索的核酸序列输入BiｏEdiｔ软件进行序列基本分析;3、对如下的多序列进行共有序列的分析:>１90８2＿AF１15３99tｔctctｇaaatatgaatttagＡＣTＧGTACTTAＴCATGGAG>45３28_AB00０38１gccｔgctttctcccｃtcｔｃagGＧＡＣTＴＡCＡＧTTTGAGＡTG>45328＿AＢ0003８1ｃattgctgｃttcｔtｔttttagGCＡTAAATTCTCＧTＧAＡCＴ>４5３３０_AB0015１７aacttcｃtｇtgtgttttgcagACＡGＣTGGATＡGAＡAACGA>45331_AB001５１7acaatｔttgttｔｔcｔtcacagTTTTCAAＡＴTTGCTGGGTA>45331＿AB001５17tgtggｔtｔｔｔgtctｔtａtcagCＡＡCＡＡＡＴＣＴＧACACGCTG>4５331_AB００１517gtｇacctｃｔ