pubmed外文摘要信息获取

外文摘要信息获取南方医科大学医学情报学教研室张政宝Tel/p>

E-mail:newinfoman@163.com一、常用外文摘要数据库二、认识PubMed文献三、PubMed检索特点（重点）四、PubMed基本检索功能（重点）五、PubMed高级检索功能（重点）六、PubMed检索结果的处理七、PubMed主题词检索八、MyNCBI个性化服务

外文摘要信息获取一、常用外文摘要数据库常用外文摘要数据库PubMedEMBaseEngineeringVillage2WebofScienceScopusBIOSISPreviewSciFinderScholar

PubMed概况网址：http://(com;org;net)由美国国立医学图书馆（NationalLibraryofMedicine-

NLM）国家生物技术信息中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation-NCBI）向因特网用户提供免费MEDLINE检索服务(自1997-6-26起)收录80多个国家5000多种生物医学期刊的题录与文摘，是世界上最权威的医学数据库。现有1865年以来的2000多万篇文献的记录(其中MEDLINE记录1830多万条)最近3年平均每年增加80余万条文献记录在全部记录中有78%的文献为英文；在2000年以来的记录中90%的文献为英文；收录中文刊60余种（我校学报被收录）。

PubMed概况PubMed的外部链接功能

提供NCBI开发的分子生物学数据库的链接，如Nucleotide、Protein、Genome、OMIN、Structure、Taxonomy等。提供美国国立医学图书馆多种资源的链接提供相关文献（RELATEDARTICLES）的链接提供其它外部资源的链接，如生物医学期刊网站全文链接、NCBI资源。外部链接外部链接二、认识PubMed文献检索练习与演示问题：砒霜是什么？有什么特点与作用？砒霜（三氧化二砷，白砷）：arsenictrioxide,whitearsenic，As2O3利用PubMed数据库检索有关砒霜的文献作者AU题名TI来源SOPubMed记录类型（状态）

PubMed题录

PubMed记录类型（状态）PubMed除了1966年以前的OldMedline，其余文献记录按处理过程分4种类型（或状态）PubMed-assuppliedbypublisherPubMed-inprocessPubMedPubMed-indexedforMEDLINE

属于Medline收录范围，建立ti、au、ab等基本书目信息。不属于Medline收录范围，但也建立ti、au、ab等基本书目信息。赋予MeSH、PT等字段并被index。三、PubMed检索特点

PubMed检索特点检索运算符AND、NOT、OR必须大写。(vitamincORzinc)ANDcommoncold支持截词检索（*），但对词组无效。如bacter*,可以检出以bacter为词干的单词bacteria、bacterium等最多600个单词。截词检索时，系统的自动词语匹配功能和MeSH自动扩展功能将不再被执行，如：heartattack*将不映射到MeSH

词MyocardialInfarction。PubMed检索特点强制检索：双引号""或限定字段

"endocrinedisruption"

endocrinedisruption注意：所有的"

"

、*、()、-都必须是英文状态下输入。PubMed常用字段Affiliation[AD]（机构地址）Author[AU]（作者）：姚开泰（yao

kaitai-->yao

kt,yao

kaitai-->yaok）；

tan

j[au]与"tanj"[au]不同

Language[LA]（文献语种）：chinese[la]或chi[la]（前3个字母）MeSHTerms[MH]（主题词）：自动扩展下位主题词；如需关闭该功能，使用[mh:noexp]

PubMed常用字段PublicationDate[DP]

（出版日期）：1998/03[dp];1998[dp];1996:1998[dp];1998/01:1998/04[dp]PublicationType[PT]（文献类型）：review[pt]Title[TI]

（文献题名）TextWords[TW]（文本词）

：包括Title,Abstract,MeSHTerms,MeSHSubheadings,ChemicalSubstanceNames,PersonalNameasSubject等字段Title/Abstract[TIAB]

（题名与摘要）检索练习检索珠江医院医护人员发表的论文（zhujianghospital;zhu

jianghospital

）检索珠江医院肝胆外科方驰华教授发表的论文检索珠江医院医护人员2005年以来发表的英文论文四、PubMed基本检索功能检索练习与演示2000年10月4日美国食品药物管理局（FDA）批准以砒霜（三氧化二砷）治疗某种类型的白血病用砒霜治疗的白血病名称是：acutepromyelocyticleukemia（APL，急性早幼粒细胞白血病）砒霜(三氧化二砷，白砷)：arsenictrioxide,whitearsenic，As2O3利用PubMed数据库检索有关砒霜治疗白血病的文献自由词检索在检索框中键入一到多个单词，如键入：vitamincANDcommoncoldhepatitisbAND(diagnosisORtherapy)

检索词可出现于PubMed各记录中的标题、摘要等全部可检索字段。自由词检索自由词检索检索细节（SearchDetails）转换后的检索式可进行修改作者检索检索时姓用全称，名用首字母。2002年以来的文献可以用姓名全拼形式查找。作者姓名书写格式1.西方人姓名书写格式：Firstname、MiddleName、Lastname。美国肯尼迪总统名为：JohnFrankKenedy，Kenedy为Lastname（姓）。Frank为Middlename，比较少看到，多看到JohnF.Kenedy，中间名缩写了。如果看到姓名中间有逗号，则逗号前一定是姓。如：Kenedy,JohnF.作者检索作者姓名书写格式2.中国人姓名格式：Lastname、Firstname。如：钟世镇，就有如下拼写形式可供检索：Shi-zhen

Zhong；Shizhen

ZhongZhongshi-zhen；Zhong，shizhenZhong，shi-zhen

→zhong

szShizhen

Zhong，zhong

shizhen→zhongs期刊检索检索时可输入期刊全名，如：molecularbiologyofthecell，系统自动转换为”molbiolcell”[JournalName]；也可输入期刊标准缩写形式（如：molbiolcell）或期刊的ISSN（国际标准出版物编号，如：1059-1524）。如果期刊名是一个单词或恰好是MeSH词表中的词，如GeneTherapy、Science、Cell等，则必须在刊名后加[ta]（期刊名称字段标识符），也可使用[so]。期刊检索如果杂志全名中包括括弧或方括号，键入时应该予以取消，例如杂志名为：JHandSurg[Am]，检索时应转成：JHandSurgAm。中文期刊，用汉语拼音：Nanfangyi

ke

da

xue

xue

baoBeijingda

xue

xue

baoZhonghua

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zhi限定检索（Limits）文献类型（TypeofArticle）、语种（Languages）、文献子集限定（Subsets）研究对象：物种（Species）、性别（Sex）、年龄（Ages）全文链接（FullText或FreeFullText）、有摘要（Abstracts）以上各种限定可以单独或组合进行。限定检索界面五、PubMed高级检索功能检索举例姚开泰院士2001年以前发表的有关鼻咽癌（nasopharyngealcancer）方面的文献分析姚开泰，2001年以前，nasopharyngealcancer点击“Limits”后显示限定检索框各检索式之间可以进行逻辑组配，可以#n代替检索式。注意：限定检索结束后，点击“Change”修改或“Remove”取消限定项。为了验证检索结果是否正确，需通过Abstract格式查看作者所在的机构名称。六、PubMed检索结果的处理检索结果的处理显示格式(DisplaySettings)结果排序(DisplaySettings-Sortby)保存为本地文件（最多10000篇）(Sendto–File)临时存放至剪贴板(Sendto–Clipboard)保存为个人资料集(Sendto–Collections)发送至电子邮箱(Sendto–E-mail)（一）显示格式设置（DisplaySettings）题录格式：作者、题名、出处显示格式——Summary格式（默认）显示格式——Abstract格式显示格式——MEDLINE格式导入NoteExpress的必选格式（二）将检索结果保存为本地文件（三）检索结果临时存放至剪贴板（Clipboard）将每次选中的检索结果暂时保存至此最后集中处理（下载存盘或发E-mail）最多500条记录断开连接后仍可保存8小时选取记录，将记录发送到Clipboard记录保存到Clipboard后有提示信息在Clipboard中查看保存的记录在检索历史中显示Clipboard操作历史（四）将检索结果发送到邮箱七、PubMed主题词检索MeSH(MedicalSubjectHeadings)

PubMed记录中的医学主题词(MeSH)是由标引员为PubMed中的Medline文献所人工指定的词。例：ascorbicacid是MeSHTerms，而vitaminc则不是。标引员使用能恰当描述文章内容的最相关MeSH词。通常一篇文章可有多个MeSH词。PubMed能自动地为输入的检索词寻找相应的MeSH词用户利用一个MeSH词能找出所有有关该主题的文献

不同拼写：leukemia(s),leukaemia(s)→leukemia同义词：tumor(s),tumour(s),cancer(s),neoplasm(s)→neoplasmsMeSH(MedicalSubjectHeadings)

MeSH词独有特征主要MeSH词(MAJORTOPIC):MeSHtermasmainsubjectofthearticle(*)次要MeSH词扩展(EXPLODE)：chosenMeSHtermandallmorespecificunderlyingMeSHterms副主题词(SUBHEADINGS)SubHeadings

副主题词对一个主题词的多个方面进行修饰限定的词，又称限定词。目前有83个副主题词并非每个主题词都能和83个副主题词组配。主题词等级排列，检索时可以将包含其下位词的文献都检索出来。一个主题词可以同时处在不同类目下。可选用的副主题词检索有关糖尿病（Diabetes）流行病学方面的文献。第一步：输入