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文档简介
第三章蛋白质化学蛋白质是所有生物中非常重要的结构分子和功能分子,几乎所有的生命现象和生物功能都是蛋白质作用的结果,因此,蛋白质是现代生物技术,尤其是基因工程,蛋白质工程、酶工程等研究的重点和归宿点。
蛋白质-“Protein”——第一重要.
生老病死,万物轮回(蛋白质层次)生(诞生、生长):在蛋白质(酶)控制(催化)下的老细胞计划性凋亡和新细胞的再生(细胞新陈代谢)、活细胞物质的代谢。老?蛋白质功能的普遍衰退(?)。病——个别蛋白质的功能障碍。死?蛋白质功能的全部停止,分解。蛋白质——生物功能分子3.1蛋白质的重要性和一般组成蛋白质的功能与分布单细胞生物胞外酶鞭毛-蛋白质(运动器官)细胞壁-糖、脂、肽细胞膜-载运蛋白、酶蛋白细胞质-酶蛋白(催化物质代谢)细胞核-酶蛋白(催化遗传)多细胞动物个体层次毛发、皮肤-角蛋白骨骼牙齿-钙+胶原蛋白食道(口、胃、肠)-消化酶(细胞外)血管中-免疫蛋白(Antibody)
激素蛋白器官层次巨噬细胞细胞水平提问:为什么人体细胞会有不同的形状呢?细胞内有支撑体?细胞内丝网状骨架蛋白(决定细胞形状及运动);地衣细胞带有绿色荧光的骨架蛋白质食物-酵母细胞细胞粘连物质-胶原蛋白结构蛋白,均为纤维状;功能蛋白,大多为球状;细胞膜—载体蛋白(物质、信号)、酶细胞质(包括细胞器)—酶(物质代谢)、信号传递细胞核—酶(遗传)、结构蛋白(染色体骨架)细胞质(包括细胞器)—酶(物质代谢)、信号传递蛋白质的功能(1)酶:生物系统中几乎所有的化学反应都是在酶的催化下进行的。而生物系统中所有的酶都是蛋白质。(2)物质运输(血红蛋白、Na+-K+-ATPase、葡萄糖运输载体、电子传递体)(3)贮藏(卵清蛋白、种子蛋白、酪蛋白)(4)细胞运动(肌肉收缩的肌球蛋白、肌动蛋白、微生物表面纤毛鞭毛)(5)防御(抗体、皮肤的角蛋白、血凝蛋白)(6)接受、传递信息(受体蛋白,味觉蛋白)
光受体蛋白:存在于视网膜视杆细胞中,感受光信号刺激(7)调节蛋白:激素(胰岛素、甲状腺激素)(8)毒素蛋白:蛇毒、蝎毒。(9)调节、控制细胞生长、分化、和遗传信息的表达(组蛋白、阻遏蛋白)(10)机械支持:骨骼和皮肤有较高的拉力强度正是由于其存在。胶原蛋白、腱、结缔组织。结构成分(结缔组织的胶原蛋白、血管和皮肤的弹性蛋白、膜蛋白)
蛋白质的一般组成元素组成蛋白质是一类含氮有机化合物,除含有碳、氢、氧外,还有氮和少量的硫。某些蛋白质还含有其他一些元素,主要是磷、铁、碘、碘、锌和铜等。这些元素在蛋白质中的组成百分比约为:
碳53%氢7%氧23%
氮16%
硫1%其他微量蛋白质的含氮量蛋白氮占生物组织中所有含氮物质的绝大部分。因此,可以将生物组织的含氮量近似地看作蛋白质的含氮量。由于大多数蛋白质的含氮量接近于16%,所以,可以根据生物样品中的含氮量来计算蛋白质的大概含量:蛋白质含量=每克生物样品中含氮的克数
6.25【凯氏定氮】样品与浓硫酸共热。含氮有机物即分解产生氨(消化),氨又与硫酸作用,变成硫酸铵。经强碱碱化使之分解放出氨,借蒸汽将氨蒸至酸液中,根据此酸液被中和的程度可计算得样品之氮含量。3.2、氨基酸组成蛋白质的氨基酸中除脯氨酸外,其他均具有如下结构通式。一氨基酸的结构和分类各种氨基酸的区别在于侧链R基的不同。20种基本氨基酸按R的极性可分为非极性氨基酸、极性氨基酸、酸性氨基酸和碱性氨基酸。-氨基酸可变部分不变部分Aminoacid地球上天然形成的氨基酸有300种以上,但是构成蛋白质的氨基酸只有20种,且都是α-氨基酸(可能还存在更多的)。什么是α-氨基酸?----C-C-C-C-COOH
γβα----C-C-C-C(NH2)-COOHα-氨基酸----C-C-C(NH2)-C-COOHβ-氨基酸----C-C(NH2)-C-C-COOHγ-氨基酸氨基酸的结构
甘氨酸
Glycine
脂肪族氨基酸按R基化学结构分类氨基酸的结构
脂肪族氨基酸甘氨酸
Glycine丙氨酸
Alanine氨基酸的结构
甘氨酸
Glycine丙氨酸
Alanine缬氨酸
Valine
脂肪族氨基酸氨基酸的结构
甘氨酸
Glycine丙氨酸
Alanine缬氨酸
Valine亮氨酸
Leucine
脂肪族氨基酸氨基酸的结构
甘氨酸
Glycine丙氨酸
Alanine缬氨酸
Valine亮氨酸
Leucine异亮氨酸
Ileucine
脂肪族氨基酸氨基酸的结构
丝氨酸
Serine
含羟基氨基酸氨基酸的结构
丝氨酸
Serine苏氨酸
Threonine
含羟基氨基酸氨基酸的结构
甲硫氨酸
Methionine
含硫氨基酸氨基酸的结构
甲硫氨酸
Methionine半胱氨酸
Cysteine含硫氨基酸氨基酸的结构
天冬氨酸
Aspartate
酸性氨基酸氨基酸的结构
天冬氨酸Aspartate谷氨酸
Glutamate
酸性氨基酸氨基酸的结构
天冬酰胺Asparagine
含酰胺氨基酸氨基酸的结构
天冬酰胺Asparagine谷氨酰胺
Glutamine
含酰胺氨基酸氨基酸的结构
碱性氨基酸精氨酸
Arginine氨基酸的结构
碱性氨基酸精氨酸
Arginine赖氨酸
Lysine氨基酸的结构
碱性氨基酸精氨酸
Arginine赖氨酸
Lysine组氨酸
Histidine氨基酸的结构
芳香族氨基酸苯丙氨酸Phenylalanine氨基酸的结构
芳香族氨基酸苯丙氨酸Phenylalanine酪氨酸Tyrosine氨基酸的结构
芳香族氨基酸苯丙氨酸Phenylalanine酪氨酸Tyrosine色氨酸Trytophan氨基酸的结构
脯氨酸
Proline
亚氨基酸按照R基的极性分类(1)非极性氨基酸9种,包括:甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异氨酸、苯丙氨酸、色氨酸、甲硫氨酸氨酸、脯氨酸。这类氨基酸的R基都是疏水性的,在维持蛋白质的三维结构中起着重要作用。(2)不带电荷的极性氨基酸6种,丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、半胱氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺。这类氨基酸的侧链都能与水形成氢键,因此很容易溶于水。
酪氨酸的-OH磷酸化是一个十分普遍的调控机制,Ser和Thr的-OH往往与糖链相连,Asn和Gln的-NH2很容易形成氢键,因此能增加蛋白质的稳定性。(3)带负电荷的aa(酸性aa)2种,Glu、Asp在pH6~7时,谷氨酸和天冬氨酸的第二个羧基解离,因此,带负电荷。
(4)带正电荷的aa(碱性aa)3种,Arg、Lys、His。在pH=7时带净正电荷。非编码的蛋白质氨基酸也称修饰氨基酸,是在蛋白质合成后,由基本氨基酸修饰而来。Prothrombin(凝血酶原)中含有δ-羧基谷氨酸,能结合Ca2+。结缔组织中最丰富的蛋白质胶原蛋白含有大量4-羟脯氨酸和5-羟赖氨酸。(1)4-羟脯氨酸(2)5-羟赖氨酸(3)6-N-甲基赖氨酸(存在于肌球蛋白中)(4)γ-羧基谷氨酸。(5)Tyr的衍生物:3.5-二碘酪氨酸、甲状腺素(6)锁链素:由4个Lys组成(弹性蛋白中)。
非蛋白质氨基酸生物体内存在大量的氨基酸中间代谢产物,它们不是蛋白质的结构单元,但在生物体内具有很多生物学功能,如尿素循环中的L-瓜氨酸和L-鸟氨酸。
(1)L-型α–氨基酸的衍生物:L-瓜氨酸L-鸟氨酸
(2)D-型氨基酸:D-Glu、D-Ala(肽聚糖中)、D-Phe(短杆菌肽S)
(3)β-、γ-、δ-氨基酸。β-Ala(泛素的前体)、γ-氨基丁酸(神经递质)。氨基酸的旋光性除甘氨酸外,氨基酸均含有一个手性-碳原子,因此都具有旋光性。比旋光度是氨基酸的重要物理常数之一,是鉴别各种氨基酸的重要依据。氨基酸的溶解性P75表3-7。
氨基酸的光吸收构成蛋白质的20种氨基酸在可见光区都没有光吸收,但在远紫外区(<220nm)均有光吸收。在近紫外区(220-300nm)只有酪氨酸、苯丙氨酸和色氨酸有吸收光的能力。酪氨酸的max=275nm;苯丙氨酸的max=257nm;色氨酸的max=280nm;【两性离子】同一a.a.分子上带有能放出质子的-NH3+正离子和能接受质子的-COO-负离子,故称~。【等电点】调节溶液的pH值使得其中a.a.分子的氨基和羧基的解离度完全相等时,即氨基酸溶液所带静电荷为0,在电场中即不向阳极移动也不向阴极移动这时溶液pH值称为氨基酸的等电点pI。二氨基酸的离解性质氨基酸在结晶形态或在水溶液中,并不是以游离的羧基或氨基形式存在,而是离解成两性离子。在两性离子中,氨基是以质子化(-NH3+)形式存在,羧基是以离解状态(-COO-)存在。在不同的pH条件下,两性离子的状态也随之发生变化。PH1710净电荷+10-1正离子两性离子负离子
等电点PIpI是氨基酸的重要常数之一,物质在pI的溶解度最小,这是分离纯化物质的重要手段。氨基酸在等电点状态下,溶解度最小。pH>pI时,氨基酸带负电荷,-COOH解离成-COO-,电场中向正极移动。
pH=pI时,氨基酸净电荷为零。pH<pI时,氨基酸带正电荷,-NH2加氢成-NH3+,电场中向负极移动。现以Ala为例介绍如何计算pI
K1和K2为解离常数
等电点时,aa的净电荷为0。也就是[Ala-]=[Ala+]
推导得:[H]2=K1·K2等电点时氢离子浓度用I表示。I2=K1·K2
pI=1/2(pK1+pK2)氨基酸的等电点侧链不含离解基团的中性氨基酸,其等电点是它的pK’1和pK’2的算术平均值.pI=(pK’1+pK’2)/2对于侧链含有可解离基团的氨基酸,其pI值也决定于两性离子两边的pK’值的算术平均值。
酸性氨基酸:pI=(pK’1+pK’R-COO-
)/2
碱性氨基酸:pI=(pK’2+pK’R-NH2)/2
对于R基不解离的氨基酸而言,计算起来非常简单:
pI=(pK1+pK2)/2若是R基解离的,氨基酸就有了多级解离,这种情况按下面的步骤来计算:
a由pK’值判断解离顺序。总是pK1<pK2<pK3<…,即谁pK’值小,谁先解离。
b按照解离顺序正确写出解离方程式:简式,注意解离基团的正确写法。
c找出呈电中性的物质,其左右pK值的平均值就是氨基酸的等电点:
pI=(pK左+pK右)/2四
氨基酸的化学性质1.-氨基参与的反应(1)与甲醛发生羟甲基化反应用途:可以用来直接测定氨基酸的浓度。四
氨基酸的化学性质1.-氨基参与的反应(2)与亚硝酸反应用途:范斯来克法定量测定氨基酸的基本反应。四,氨基酸的化学性质1.-氨基参与的反应(3)酰化反应用途:用于保护氨基以及肽链的氨基端测定等。四
氨基酸的化学性质1.-氨基参与的反应(4)烃基化反应用途:是鉴定多肽N-端氨基酸的重要方法。二硝基复苯四
氨基酸的化学性质1.-氨基参与的反应(4)烃基化反应用途:是鉴定多肽N-端氨基酸的重要方法。苯异硫氰酸四,氨基酸的化学性质1.-氨基参与的反应(5)生成西佛碱的反应用途:是多种酶促反应的中间过程。氮原子与碳原子用双键连结形成的一类化合物四,氨基酸的化学性质1.-氨基参与的反应(6)脱氨基和转氨基反应用途:酶催化的反应。四,氨基酸的化学性质
氨基酸与碱作用生成相应的盐。氨基酸的碱金属盐能溶于水,而重金属盐则不溶于水。2.
-羧基参与的反应(1)成盐反应用途:四,氨基酸的化学性质1.-氨基参与的反应(2)形成酯的反应用途:合成氨基酸酰基衍生物的重要中间体。2.
-羧基参与的反应四,氨基酸的化学性质(3)形成酰氯的反应用途:这是使氨基酸羧基活化的一个重要反应。用于合成肽。2.
-羧基参与的反应四,氨基酸的化学性质(4)叠氮化反应用途:常作为多肽合成活性中间体。2.
-羧基参与的反应四,氨基酸的化学性质(5)脱羧反应用途:酶催化的反应。2.
-羧基参与的反应四,氨基酸的化学性质(1)与茚三酮反应用途:常用于氨基酸的定性或定量分析。3.-氨基和羧基共同参与的反应茚三酮水合茚三酮四,氨基酸的化学性质(2)成肽反应用途:是多肽和蛋白质生物合成的基本反应。3.-氨基和羧基共同参与的反应4.侧链基团的化学性质(1)巯基(-SH)的性质作用:这些反应可用于巯基的保护。4.侧链基团的化学性质(1)巯基(-SH)的性质作用:与金属离子的螯合性质可用于体内解毒。4.侧链基团的化学性质(1)巯基(-SH)的性质作用:氧化还原反应可使蛋白质分子中二硫键形成或端裂。胱氨酸4.侧链基团的化学性质(1)巯基(-SH)的性质作用:可用于比色法定量测定半胱氨酸的含量。硝基苯甲酸二硫化合物(DTNB)4.侧链基团的化学性质(2)羟基的性质作用:可用于修饰蛋白质。二异丙基氟磷酸酯4.侧链基团的化学性质(3)咪唑基的性质组氨酸含有咪唑基,它的pK2值为6.0,在生理条件下具有缓冲作用。组氨酸中的咪唑基能够发生多种化学反应。可以与ATP发生磷酰化反应,形成磷酸组氨酸,从而使酶活化。组氨酸的咪唑基也能发生烷基化反应。生成烷基咪唑衍生物,并引起酶活性的降低或丧失氨基酸的合成目前氨基酸的合成方法有5种:(1)直接发酵法;(2)添加前体发酵法;(3)酶法;(4)化学合成法;(5)蛋白质水解提取法。通常将直接发酵法和添加前体发酵法统称为发酵法。合成方法氨基酸的合成通过对菌株的诱变处理,产生的新微生物某代谢物在体内积累,从而达到生产的目的。直接发酵法以葡萄糖,氨等为原料。应用直接发酵法生产氨基酸产量最大的是谷氨酸,其次是赖氨酸,其余可以生产的品种有苏氨酸、异亮氨酸、结氨酸、精氨酸。组氨酸、脯氨酸、鸟氨酸、瓜氨酸等。1.直接发酵法氨基酸的化学合成又称为微生物转化法。这种方法使用葡萄糖作为发酵碳源、能源,再添加特异的前体物质,以避免氨基酸合成途径的反馈抑制作用,经微生物作用将其有效地转化为目的氨基酸。目前成功地用邻氨基苯甲酸作为前体,工业生产色氨酸;用甘氨酸作为前体工业化生产丝氨酸。2.添加前体发酵法氨基酸的化学合成用微生物产生的酶作催化剂,直接使底物转化为目标氨基酸。具有工艺简单,周期短、耗能低、专一性强、收率高等特点。3、酶法氨基酸的化学合成反丁烯二酸+NH3--L-天冬氨酸
3、酶法天冬氨酸酶氨基酸的化学合成L-天冬氨酸+H2O--L-丙氨酸+CO2
3、酶法天冬氨酸--脱羧酶氨基酸的化学合成
-氯-L-丙氨酸+H2S--L-半胱氨酸+HCl3、酶法半胱氨酸脱硫基酶氨基酸的化学合成甘氨酸+甲醛---L-丝氨酸3、酶法丝氨酸转羟甲基酶氨基酸的化学合成
甘氨酸+乙醛--L-苏氨酸
3、酶法苏氨酸醛缩酶氨基酸的化学合成醛与氢氰酸和氨反应得到氰氨化物,经水解得到外消旋的氨基酸。4.化学合成法(1)Strecker合成法氨基酸的化学合成-酮酸与氨作用,生成亚胺,再还原成外消旋的氨基酸。
4.化学合成法(2)还原氨化法氨基酸的化学合成此法是先制得-溴代羧酸,再在封管内或高压釜内和氨气反应得到外消旋氨基酸。
4.化学合成法(3)-溴代羧酸氨化法氨基酸的化学合成丙二酸酯经亚硝化、催化氢化得到乙酰氨基丙二酸酯。在不同反应条件下,可以进一步得到各种氨基酸
4.化学合成法(4)丙二酸酯合成法a.乙酰氨基丙二酸酯合成氨基酸的化学合成丙二酸酯溴化后与邻苯二甲酰亚胺钾反应得到邻苯二甲酰亚胺基丙二酸酯。它作为中间体,可以进一步与多种试剂发生反应制得不同的氨基酸4.化学合成法(4)丙二酸酯合成法b.溴代丙二酸酯合成法氨基酸的化学合成通常可以使消旋体与一个具有光学活性的化合物反应得到非对映体,然后利用二者的物理或化学性质的不同进行分离。常用的光学活性化合物有生物碱(如马钱子碱)或有机酸(如酒石酸)等。L-氨基酸+纯手性碱(或酸)L-氨基酸盐分离D-氨基酸D-氨基酸盐5.外消旋氨基酸的拆分(1)化学法氨基酸的化学合成5.外消旋氨基酸的拆分(2)酶解法氨基酸的化学合成不对称加成途径通过加成试剂(一般是加氢)的选择性加成而实现的合成途径,例如Corey法合成手性纯氨基酸6.氨基酸的不对称合成(1)应用不对称前体合成法氨基酸的化学合成不对称取代途径通过试剂(一般是烷基化)的选择性取代而实现的合成途径6.氨基酸的不对称合成(1)应用不对称前体合成法氨基酸的化学合成此法的关键是制备一种具有特殊空间结构的加氢催化剂,这种催化剂能够识别底物分子的潜手性面,使氢原子只能从一个方向进行加成,得到光学纯异构体。6.氨基酸的不对称合成
(2)应用不对称催化剂合成法氨基酸的化学合成反应基本过程6.氨基酸的不对称合成
(2)应用不对称催化剂合成法氨基酸的应用1,医药工业
氨基酸输液
必需氨基酸:苏氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、赖氨酸、色氨酸、苯丙氨酸、蛋氨酸半必需氨基酸:精氨酸、组氨酸是幼儿所必需的。治疗药剂1.Arg:对治疗高氨血症、肝机能障碍等疾病颇有效果;2.Asp:钾镁盐可用于恢复疲劳;治疗低钾症心脏病、肝病、糖尿病等。3.Cys:能促进毛发的生长,可用于治疗秃发症;甲酯盐酸盐可用于治疗支气管炎等;4.His:可扩张血管,降低血压,用于心绞痛,心功能不全等疾病的治疗。2.化学工业维生素B6:可采用Ala或Asp为原料合成。叶酸:需要用Glu为原料合成。氨基酸表面活性剂:酰基谷氨酸钠、十六烷基-L-赖氨酰-L-赖氨酸甲酯二盐酸、月桂酰-L-精氨酸乙酯盐酸等具有较强的抗菌杀菌活性,且无刺激性。聚合氨基酸:聚谷氨酸甲酯可用于作为合成皮革的表面处理剂;聚天冬氨酸或聚谷氨酸的二烷基酯与磷酸高级烷基酯结合得到化合物可作为可塑剂,稳定剂等。3,食品工业营养强化剂;谷氨酸钠-味精;天冬氨酸钠:可用于清凉饮料,能增加清凉感并使香味浓厚爽口;天冬氨酰苯丙氨酸甲酯:-甜味素APM4,农业杀虫剂:刀豆氨酸、5-羟色氨酸可使南方毛虫拒食而死;半胱氨酸可杀死黄瓜蝇;甘氨酸乙酯衍生的二硫代磷酸盐具有较强的杀蚜虫和杀螨效果;杀菌剂:N-月桂酰缬氨酸可作为治疗稻瘟病;-1,4环己二烯丙氨酸能抑制黑穗病毒、稻瘟病等;除草剂:如N-3,4二氮丙氨酸,硫代氨基酸酯等;5,化妆品工业氨基酸能调节皮肤pH的变动,对细菌的防护作用,也可作为皮肤、毛发的营养成分,增加皮肤、毛发的光泽。防止皮肤干燥的自然保湿因子的主要成分是甘氨酸、羟基丁氨酸、丙氨酸、天冬氨酸、丝氨酸等游离氨基酸。在化妆品中添加天冬氨酸或其衍生物以及一些维生素,可防止皮肤老化。3.3多肽一个氨基酸的氨基与另一个氨基酸的羧基之间失水形成的酰胺键称为肽键,所形成的化合物称为肽。一、多肽的结构由两个氨基酸组成的肽称为二肽,由多个氨基酸组成的肽则称为多肽。组成多肽的氨基酸单元称为氨基酸残基。在多肽链中,氨基酸残基按一定的顺序排列,这种排列顺序称为氨基酸顺序通常在多肽链的一端含有一个游离的-氨基,称为氨基端或N-端;在另一端含有一个游离的-羧基,称为羧基端或C-端。氨基酸的顺序是从N-端的氨基酸残基开始,以C-端氨基酸残基为终点的排列顺序。如上述五肽可表示为:Ser-Val-Tyr-Asp-Gln二、肽键肽键的特点是氮原子上的孤对电子与羰基具有明显的共轭作用。组成肽键的原子处于同一平面。肽键肽键中的C-N键具有部分双键性质,不能自由旋转。在大多数情况下,以反式结构存在。肽的结构三多肽的性质1、旋光性一般短肽的旋光度等于其各个氨基酸的旋光度的总和。蛋白质水解得到的各种短肽,只要不发生消旋作用,也具有旋光性。
2、肽的酸碱性质在pH0~14范围内,肽键中的亚氨基不解离,因此肽的酸碱性质主要取决于N端α-NH2和C端α-COOH以及侧链R上可解离的基团。在长肽或蛋白质中,可解离基团主要是侧链基团。肽中的末端α-COOHpK值比游离a.a中的大一些,而末端α-NH3+的pK值比游离氨基酸中的小一些,R基变化不大。
多肽的等电点,随着肽链内酸性氨基酸残基数的增加而下降,随着肽链内碱性氨基酸残基数的增加而上升。3、肽的化学反应和游离氨基酸一样,肽的α-羧基,α-氨基和侧链R基上的活性基团都能发生与游离氨基酸相似的反应。四,天然存在的重要多肽在生物体中,多肽最重要的存在形式是作为蛋白质的亚单位。但是,也有许多分子量比较小的多肽以游离状态存在。这类多肽通常都具有特殊的生理功能,常称为活性肽。如:脑啡肽;激素类多肽;抗生素类多肽;谷胱甘肽;蛇毒多肽等。谷胱甘肽γ-GluCysGly还原型谷胱甘肽氧化型谷胱甘肽γ-肽键GSSG氧化型谷胱甘肽谷胱甘肽γ-Glu—Cys—Gly广泛存在于动、植、微生物细胞内,在细胞内参与氧化还原过程,清除内源性过氧化物和自由基,维护蛋白质活性中心的巯基处于还原状态。
+H3N-Tyr-Gly-Gly-Phe-Met-COO-
Met-脑啡肽+H3N-Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu-COO-Leu-脑啡肽具有镇痛作用。1982年,中科院上海生化所用蛋白质工程技术合成了Leu---脑啡肽.
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