PCR技术及其应用

DNA的电泳及PCR分析实验二孔忠新2010.12.06实验目的：学习并掌握DNA的电泳原理与技术学习并通过操作掌握基于DNA的聚合酶链式反应（PCR）基本技术琼脂糖凝胶电泳凝胶的EB染色EB使用时的配制、贮存及使用EB常用水配制成10mg/ml的贮存液，于室温保存在棕色瓶或用铝箔包裹的瓶中，使用终浓度为0.5μg/ml。聚合酶链反应PolymeraseChainReaction,PCR“经过DNA变性，与合适的引物杂交，用DNA聚合酶延伸引物，并不断重复该过程便可克隆tRNA基因”。——Korana于1971年1985年美国PE-Cetus公司人类遗传研究室的Mullis等发明了具有划时代意义的聚合酶链反应。其原理类似于DNA的体内复制，只是在试管中给DNA的体外合成提供以致一种合适的条件：

模板DNA，寡核苷酸引物，DNA聚合酶，合适的缓冲体系，DNA变性、复性及延伸的温度与时间。具有特异、敏感、产率高、快速、简便、重复性好、易自动化等突出优点；能在一个试管内将所要研究的目的基因或某一DNA片段于数小时内扩增至十万乃至百万倍,使肉眼能直接观察和判断；可从一根毛发、一滴血、甚至一个细胞中扩增出足量的DNA供分析研究和检测鉴定。PCR技术是生物、医学等领域中的一项革命性创举和里程碑。PCR技术基本原理类似于DNA的天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。变性--退火--延伸变性：加热至93℃左右一定时间后，模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离为单链，以便它与引物结合，为下轮反应作准备退火(复性)：模板DNA变性成单链后，温度降至55℃左右，引物与模板DNA单链的互补序列配对结合延伸：模板-引物结合物在Taq聚合酶的作用下，以dNTP为反应原料，靶序列为模板，按碱基配对与半保留复制原理，合成一条新的与模板DNA链互补链，这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循环需2～4分钟，2～3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。图PCR扩增DNA原理示意图①变性（95℃）；②退火；③延伸（72℃）PCR标准反应体系DNA模板

0.1～2ug

引物

10～100pmol

反应缓冲液

10uldNTP各200umol/L

耐热聚合酶

2.5u

Mg2+1.5mmol/L

ddH2O加至100ul引物：引物是PCR特异性反应的关键，PCR产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度。设计引物1.引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。2.引物扩增跨度：以200-500bp为宜，特定条件下可扩增长至10kb的片段。3.引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C过多易出现非特异条带。ATGC最好随机分布，避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。4.避免引物内部出现二级结构，避免两条引物间互补，特别是3’端的互补，否则会形成引物二聚体，产生非特异的扩增条带。5.引物3’端的碱基，特别是最末及倒数第二个碱基，应严格要求配对，以避免因末端碱基不配对而导致PCR失败。6.引物中有或能加上合适的酶切位点，被扩增的靶序列最好有适宜的酶切位点，这对酶切分析或分子克隆很有好处。7.引物的特异性：引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性。PCR标准反应体系中量的问题引物量：每条引物的浓度0.1～1umol或10～100pmol，以最低引物量产生所需要的结果为好，引物浓度偏高会引起错配和非特异性扩增，且可增加引物之间形成二聚体的机会。模板的量与纯化程度：是PCR成败与否的关键环节之一。酶及其浓度：催化一典型的PCR反应约需酶量2.5U(指总反应体积为100ul时)。dNTP的质量与浓度：等摩尔配制，遏制错配率，与Mg2＋的浓度比例。Mg2+浓度：浓度过高，反应特异性降低，出现非特异扩增，浓度过低会降低TaqDNA聚合酶的活性，使反应产物减少。PCR反应条件温度、时间和循环次数温度与时间的设置基于PCR原理三步骤设置变性-退火-延伸三个温度点。三温度点法：90～95℃变性再迅速冷却至40～60℃，引物退火并结合到靶序列上快速升温至70～75℃，在TaqDNA聚合酶的作用下，使引物链沿模板延伸。二温度点法对于较短靶基因(长度为100～300bp时)，除变性温度外、退火与延伸温度可合二为一，一般采用94℃变性，65℃左右退火与延伸(此温度TaqDNA酶仍有较高的催化活性)。温度与时间的设置变性温度与时间：变性温度低，解链不完全是导致PCR失败的最主要原因。93℃～94℃lmin足以使模板DNA变性，温度不能过高，高温环境对酶的活性有影响。退火(复性)温度与时间：变性后温度快速冷却至40℃～60℃，可使引物和模板发生结合。由于模板DNA比引物复杂得多，引物和模板之间的碰撞结合机会远远高于模板互补链之间的碰撞。退火温度与时间，取决于引物的长度、碱基组成及其浓度，还有靶基序列的长度。对于20个核苷酸，G+C含量约50%的引物，55℃为选择最适退火温度的起点较为理想。引物的复性温度可通过公式选择：Tm值(解链温度)=4(G+C)＋2(A+T)复性温度=Tm值-(5～10℃)在Tm值允许范围内，选择较高的复性温度可大大减少引物和模板间的非特异性结合，提高PCR反应的特异性。复性时间一般为30～60s，足以使引物与模板之间完全结合。延伸温度：一般在70～75℃之间，常用温度为72℃，过高的延伸温度不利于引物和模板的结合。延伸时间：可根据待扩增片段的长度而定，一般1Kb以内的DNA片段，延伸时间1min足够。3～4kb的靶序列需3～4min；扩增10Kb需延伸至15min。延伸进间过长会导致非特异性扩增带的出现。对低浓度模板的扩增，延伸时间要稍长些。循环次数：决定PCR扩增程度。PCR循环次数主要取决于模板DNA的浓度。一般的循环次数选在30～40次之间，循环次数越多，非特异性产物的量亦随之增多。温度与时间的设置PCR反应的变异反向PCR(reverse

PCR)RACENestedPCR（巢式PCR）半定量PCR实时荧光定量PCR原位PCR……用反向的互补引物来扩增两引物以外的未知序列的片段。反向PCR的目的在于扩增一段已知序列旁侧的DNA，也就是说这一反应体系不是在一对引物之间而是在引物外侧合成DNA。反向PCR(reverse

PCR)适用于T-DNA、转座子和已知序列DNA旁侧病毒整合位点分析等研究。不足：限制酶、PCR产物的特异性NestedPCR（巢式PCR）巢式PCR是一种变异PCR，使用两对PCR引物扩增完整的片段。第一对PCR引物扩增片段和普通PCR相似。第二对引物称为巢式引物（因为他们在第一次PCR扩增片段的内部）结合在第一次PCR产物内部，使得第二次PCR扩增片断短于第一次扩增。巢式PCR反应：巢式PCR通过两轮PCR反应，使用两套引物扩增特异性的DNA片断。第二对引物的功能是特异性的扩增位于首轮PCR产物内的一段DNA片断。巢式PCR的优点，如果第一次扩增产生了错误片断，则第二次能在错误片段上进行引物配对并扩增的概率极低。因此，巢式PCR的扩增非常特异。

图

巢式PCR的实验流程RT-PCRRT-PCR将以RNA为模板的cDNA合成同PCR结合在一起，是一种分析基因表达的快速灵敏的方法。对表达信息进行检测或定量检测基因表达差异克隆cDNA（不必构建cDNA文库）RT-PCR比其他包括Northern印迹、RNase保护分析、原位杂交及S1核酸酶分析在内的RNA分析技术，更灵敏，更易于操作。
RT-PCR的模板可以为总RNA或poly(A)选择性RNA。逆转录反应可以使用反转录酶，以随机引物、oligo(dT)或基因特异性的引物（GSP）起始。RT-PCR可以一步法或两步法的形式进行。在两步法RT-PCR中，每一步都在最佳条件下进行。cDNA的合成首先在逆转录缓冲液中进行，然后取出1/10的反应产物进行PCR。在一步法RT-PCR中，逆转录和PCR在同时为逆转录和PCR优化的条件下，在一只管中顺次进行。RT-PCR一步法或两步法的形式荧光定量PCR基本原理实时荧光定量PCR技术是在PCR反应体系中加入荧光试剂，利用荧光信号实时检测PCR进程，最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。实时荧光定量PCR能够专一、灵敏、快速、高重复性地精确定量起始模板浓度。初始模板浓度定量初始DNA量越多,荧光达到某一值（域值）时所需要的循环数越少。Log浓度与循数呈关系，根据样品扩增达到域的循环数就可计算出样品中所含的模板量。本实验中PCR反应体