同步辐射技术及应用同学-xafs课程2-athena软件介绍

ATHENA软件在XAFS

数据分析中的应用闫文盛中国科大国家同步辐射实验室

2011年3月27日上海基本内容ATHENA简介EXAFS数据处理在ATHENA的作图EXAFS数据预处理简单应用

ATHENA简介

ATHENA简介雅典娜是一个处理EXAFS数据的专用工具

具有互动、即时图形显示特点雅典娜可以直接处理在一些常用的光束线上采集的实验数据雅典娜可以处理单组数据也可以同时处理多组数据

精确控制数据处理、绘图ATHENA简介将原始数据转换成µ(E)曲线同时处理单个和多组数据校准能量平滑µ(E)数据自动背底扣除（AUTOBK）线形拟合XANES和EXAFS数据对XANES的边前峰进行初步分峰拟合具有工程文件-----------------

ATHENA简介基本功能

图1:athena主窗口

ATHENA简介图2:输入了数据的athena主窗口

ATHENA简介XAFS数据处理求-E曲线归一化背底扣除

E→k转换求(k)及加权和加窗快速Fourier变换Fourier滤波-E曲线

透射

荧光数据输入图3在Athena中读入实验数据数据输入数据输入数据输入数据输入-E曲线归一化的原因：由于设备、数据采集模式、入射光强度、样品厚度等等的不同，一系列的原始数据的吸收谱记录下来的吸收强度会有所不同，不具有可比性。为了对这些数据进行比较，需要将它们归一化，统一成可比数据。归一化的目的：是研究一组数据的区别和联系，单独对某一数据的归一化并无实际意义。归一化的方案：不唯一，例如可以在边后选取两点，其连线与吸收边的交点定为1，或者取边后两点，计算这一段数据围成的面积（以该段数据最低点作x轴平行线为该图形的底），然后找到将这个图形面积一分为二的横线，定其纵坐标为1。归一化扣除本底的方法很多，例如迭代低次多项式、傅立叶变换过滤法、外推法等等。一般使用外推法，应用维克多林公式（μ(λ)=Cλ3-Dλ4）拟合吸收边前的吸收曲线，将它延长到吸收边以后，作为本底部分扣除。当然也可以使用多项式法分别拟合边前边后两部分数据，作为本底扣除。归一化物理基础是：

物质的总吸收系数的变化在吸收边前是单调平滑的。在吸收边处，某一电子的吸收发生突变。到了吸收边后，该电子的吸收波动产生了EXAFS,而其它吸收因素的吸收仍然按照原规律变化，因而可以找到其变化规律，将其作为本底吸收。当然，这只是一种近似，因为吸收边后的背景吸收不该包含造成吸收边的电子的吸收，而边前的吸收中总是包含这个电子的吸收的。还有，探测器和电子学仪器的相应差别，高次谐波、弹性吸收和多电子激发等的影响也有不同，使得探测到的I0只是实际I0的一部分。归一化和本底扣除对于一般的测量数据来说，通过程序中缺省的参数都可以进行很好的归一化和本底扣除对于信噪比较差、白线峰较高以及出现了邻近的另一个吸收边的数据，需要我们改变程序中相应的参数来进行合理的归一化和本底扣除归一化在ATHENA中：归一化

图4:在athena中归一化的参数图5:(左)具有边前和边后延长线的Cufoil吸收曲线µ(E)(右)归一化的Cufoil的吸收曲线µ(E)归一化边后归一化范围选择不当带来的影响：归一化

图6:(左)归一化范围选择不当的BaTiO3

谱(右)相应的归一化BaTiO3

谱TiKedgeBaL3edgeBaTiO3图7:(左)在水合铀的吸收谱中选择了不同的归一化范围(右)归一化后吸收谱之间的比较归一化UL3edge42eV75eV影响对U化学价的判断硫醇树枝状大分子弱相互作用得到电子强相互作用失去电子归一化AuAu图8:含有铀和钇的沉淀物归一化YKedgeUL3edge边前范围的不当选取扭曲台阶高度和XAFS信号背底扣除背底扣除背底扣除背底扣除图9:输入了fe.300数据的athena界面Rbkg参数的影响背底扣除图10:(左)fe.300的吸收谱和背底函数

(右)fe.300的χ(k)曲线.(下)

fe.300的χ(R)曲线背底扣除图11:利用不同Rbkg（0.2和1）获得的χ(R)和χ(k)的比较红色Rbkg=0.2蓝色Rbkg=1Rbkg=0.2背底扣除红色Rbkg=2.5蓝色Rbkg=1

图12:利用不同Rbkg（1和2.5）获得的χ(R)的比较Rbkg通常选择为第一近邻配位壳层的一半为好！Rbkg=2.5叠加了一个低频信号背底扣除K-weight对背底扣除的影响对信噪比较好的数据：K=2，3较好对信噪比较差的数据：K=1较好

图13:在背底扣除中k-weight参数图14:在噪音较大的数据中，当k-weight为3时获得的背底函数背底扣除背底扣除

图15:在背底扣除中K的不同取值范围对Aufoil的χ(k)曲线的影响图16:显示了额外背底参数的athena主窗口背底扣除E至k空间转换图17:E至k空间转换得到χ(k)之后，还要对其进行加权变换。公式中的散射振幅Fj（k）在高k部分基本上反比于k2，由此可以看出，EXAFS信号的振幅随着k的增加衰减的很快，这对高k部分的数据处理非常不利。高k部分的振荡包含了极多的结构信息，为了补偿这一损失，常用kn去乘χ(k)，kn是一个权重因子，随着k的增加，权重因子以指数形式增长。E至k空间转换n取1，2，或3，它不仅与吸收原子、散射原子种类有关，而且与具体体系有关，与原始数据信噪比有关，要依据knχ(k)－k曲线的情形来判断。通常可以依据吸收原子的原子序数来定。1979年，Lee等人提出一个建议：在原子序数Z<36，36<Z<57及Z>57三种情况下，n分别取3，2，1。公式中本身就还有1/k因子，由有Fj（k）对k的影响，乘上k3后就基本消灭了这两个使振幅随k增大而变小的因素，使EXAFS信号的振荡比较均匀。此外，EXAFS受化学效果的影响主要表现在低k部分，加权可以很大程度上抹去这种影响的效果E至k空间转换快速Fourier变换图18:Fourier变换的参数选择可以看出，χ(k)是由不同Rj处各配位层对散射波的共同调制叠加形成的，从公式可以看出，χ(k)是对各壳层χj(k)的求和。它不仅是k的函数，也是Rj的函数，不同Rj处的配位层对EXAFS振荡的贡献不同。可以想象，将各Rj配位层对EXAFS的贡献求出，即从公式中分解出各个壳层单独的信息ρ（Rj）（即确定Rj对k积分），作ρ（R）－R图，则各配位壳层对应的Rj位置上必然有所表示，而其它R处只有本底。这种ρ（R）－R图表征的函数称为径向结构函数.快速Fourier变换以Cu的χ(k)和χ(R)函数来阐明之间的对应关系快速Fourier变换傅立叶变换法具有频谱分析的功能，可以很好地将χ(k)从频域变换到空间域，单独研究各壳层。按照傅立叶变换的定义，这个操作应当在-∞到∞的范围内进行，但实验数据不可能达到这个要求，低k部分的截取除去了XANES部分，使得所有慢变成分全都消失，高k部分的有限长度限制了变换结果的分辨率。如果将χ(k)两端强行设置为0，会给傅立叶变换带来边瓣，因此要在变换中加入一个窗函数ω（k），使其两端缓慢变为0，减少干扰。加窗这一操作在许多科学计算中都有使用，因为窗函数可以去除部分噪音，选取需要的分立数据，等等优点。在EXAFS的傅立叶与反傅立叶变换中都需要用到。

快速Fourier变换快速Fourier变换Kmin取离y=0最近的一个点，但值最好大于3Kmax取离y=0最近的一个点，且其值要使振荡为一完整周期，周期越多越好，但要避免噪音较大的情况图19:在Fourier变换中加窗的χ(k)不同窗函数之间的比较汉宁(hanning)凯泽--贝塞尔窗(Kaiser-bessel)韦尔奇(welch)正弦(Sine)汉宁(hanning)汉宁(hanning)dk=1dk=3快速Fourier变换图20:Fourier变换后的Cufoil的χ(R)快速Fourier变换图21:显示了实部、虚部以及包络线的χ(R)

考虑相位校正快速Fourier变换在Fourier变换中，选择不同窗口的比较正弦汉宁快速Fourier变换.

Fourier变换的解释Fourier变换复数形式为Fourier变换的模很像“径向分布函数”。但它完全不是、也不能把它俗称为“径向分布函数”。Fourier变换的模是非线性的。Fourier变换的模中，两峰之间低到零时，不一定两峰会分得很开，很可能是有干涉存在。Fourier变换函数的峰位与配位距离有关;峰高与配位数、无序参量2、k权重、k空间窗口选取等有关。对于中等和大无序系统,无序会导致峰位位移。不同温度下Sb样品的Sb的χ(k)和χ(R)快速Fourier变换快速Fourier变换图22:具有不同k范围的Fefoil的χ(R)Fourier滤波图23:Fourier滤波的参数选择Fourier滤波图24:Cufoil的x(R)的Fourier滤波如何选择变换范围？数据的输出图25:在athena中的数据输出图26:在能量空间中作图的面板在ATHENA中作图在ATHENA中作图K空间R空间q空间图27:在R空间利用stack面板平移Au氯化物的x(R).在ATHENA中作图

图28:利用Ind面板在k空间标示出需要对比的特殊点在ATHENA中作图

图29:利用PF面板读出某一特定点的坐标在ATHENA中作图EXAFS数据预处理

图3