




版权说明:本文档由用户提供并上传,收益归属内容提供方,若内容存在侵权,请进行举报或认领
文档简介
精 微生物组大数据派森诺生 代码
:4009-202-: 市徐汇区银都路2182(Microbiome无处不在(Blaseretal.,2016,2017-12-
派森诺生 微生 组研究进2017-12-
派森诺生 微生物组时2017-12-
(WhiteIIIetal.,2016,Nature派森诺生 微生物组研微生物组研究如火如派森诺生2017-12-6 微生物组研究如火如2017-12-
派森诺生 2016:微生物组研究再掀热(Young,2017,2017-12-
派森诺生 微生物组功能众口 土呼吸 水
消化 极皮2017-12-
发派森诺生 (Human(Marsland&Gollwitzer,2014,NatureReviews (Thaissetal.,2016,2017-12-
派森诺生 口腔微生物(Sampaio-Maiaetal.,2016,AdvancesinApplied (Welchetal.,2016,2017-12-
派森诺生 肠道菌(Gut>1千克微生 组所编 (Qinetal.,2010,Nature;Young,2017,2017-12-
派森诺生 肠道菌群 紧密联系、相互作2017-12-
派森诺生
肠道微生态影 健康的已知机2017-12-
(Wang&Jia,2016,NatureReviews派森诺生 真菌群落 2017-12-
(Iliev&Leonardi,2017,NatureReviews派森诺生 自身微生物组超级生物2017-12-
派森诺生 环境微生物2017-12-
(Moran,2015,Science;Bulgarellietal.,2013,AnnualReviewofPlant派森诺生 海洋微生物组和生物化学循2017-12-
(Hutchins&Fu,2017,Nature派森诺生 海洋微生物的物种和功能多样2017-12-
(Moran,2015,派森诺生 海洋微生物组研究进2017-12-
(Sunagawaetal.,2015,派森诺生 海洋微生物组研究进2017-12-
(Sunagawaetal.,2015,派森诺生 植物-土壤生态系统中的微生物2017-12-
(Serna-Chavezetal.,2013,GlobalEcology&Biogeography;Fierer,2017,NatureReviews派森诺生 植物-土壤生态系统中的微生物2017-12-
(Mulleretal.,2016,AnnualReviewof派森诺生 植物-土壤生态系统中的微生物2017-12-
(Hacquardetal.,2015,CellHost&Microbe;Fierer,2017,NatureReviews派森诺生 植物-土壤生态系统中的微生物2017-12-
(Fierer,2017,NatureReviewsMicrobiology;Mulleretal.,2016,AnnualReviewof派森诺生 植物-土壤生态系统中的微生物2017-12-
(Philippotetal.,2013,NatureReviews派森诺生 植物-土壤生态系统的调2017-12-
(Philippotetal.,2013,NatureReviews派森诺生 水体-底泥生物膜:微生物“皮肤2017-12-
派森诺生
(Fig.23.6&23.11,BrockBiologyofMicroorganisms,13thBattinetal.,2016,NatureReviews共生微生物组vs.环境微生物2017-12-
派森诺生
(Hacquardetal.,2015,CellHost&共生微生物组vs.环境微生物2017-12-
派森诺生
(Hacquardetal.,2015,CellHost& 2017-12-
派森诺生 (Whiteside,2015,NatureReviews2017-12-
派森诺生
2017-12-
派森诺生 总体组成:不精实验和分析简单性价比高
活性表达的功能+精细组成:高分辨率提取RNA,去除rRNA,反转录项目 总体功能+精细组成:高分辨实验较复杂项目周2017-12-
派森诺生 2017-12-
(Konopka,2009,TheISMEJournal;Franzosaetal.,2014,派森诺生 实验设计:生物学重复&不 WMS:Whole-metagenomeshotgun2017-12-
(Franzosaetal.,2015,NatureReviews派森诺生 菌群研 关联因果链(Zhao,2013,NatureReviewsMicrobiology;Spanogiannopoulosetal.,2016,NatureReviewsMicrobiology;Sunagawaetal.,2015, 2017-12-
派森诺生 微生物组学大数据挖掘的基本思Alpha Beta2017-12-
Machinelearning&classicalstatistics(Lozuponeetal.,2012,派森诺生
单变量vs.多变量统计分单变量统计对单个类群的微生物逐一比统计算法简
多变量统计分对菌群整体组成的综合考统计模型复(Cummingetal.,2007,TheJournalofCell (Ramette,2007,FEMSMicrobiology2017-12-
派森诺生 常用单变量假设检验统计分析方参数检验(Parametrict检验(2组独立样本ANOVA ysisOfVAriance)方差分(多组独立样本非参数检验(Non-parametric灵敏灵敏度、精确度较Mann-Whitney-WilcoxonUrank-sumtest(MWW秩和检验,2组独立样本Kruskal-WallisHtestKW多组独立样本2017-12-
派森诺生 Linear ysis(LDA)effectKruskal-WallisHtestMann-Whitney-WilcoxonUrank-sumLinear ysis2017-12-
派森诺生 一切始于高通 Weare人 组计(Strattonetal.,2009,2017-12-
派森诺生 下一 :高通量,低成(Nextgenerationsequencing,第3代高通量第3代高通量第2代高通量(体外PCR扩增 (体内克隆扩增 ReadlengthSinglepasserrorNo.readsperTimeperCostperSangerABI0.5–3454(Roche)GS1×23IlluminaHiSeq2500(High2×8×1097–60IlluminaHiSeq2500(Rapid2×1.2×1091–6Ion8.2×2–4SOLiD2×8×6PacBioRSII:P6-Avg.10–153.5–7.5×0.5–4OxfordNanoporeAvg.2–51.1–4.7×50(Shendure&Ji,2008,NatureBiotechnology;Metzker,2010,NatureReviewsGenetics;Rhoads&Au,2015,GenomicsProteomics2017-12-
派森诺生 第2 :微生物组研究的催化2017-12-
派森诺生 3无需PCR扩增放大信读长CCS模式提高无碱碱 无系统偏实时直接识别碱基修
参 RS 平均读 ~20 8~12 150 1Reads数/SMRT ~55 ~350通量/SMRT 0.5~1 3.5~7SMRTcell 1~2017-12-
派森诺生 第3 :深入分析种水平的精细组CCS模式,显著提 全 2017-12-
(Singeretal.,2016,TheISME
派森诺生
深度下,第3 技术大大提高属、属、种等水平分类鉴定的准确性 从此告相1代+2代+3代,完善 平ABI IlluminaHiSeqX-Illumina
Illumina
PacBioRS2017-12-
PacBio (WhiteIIIetal.,2016,Nature派森诺生 WHO群落中有谁2017-12-
派森诺生 64扩增 (Amplicon细菌/古菌16S 可变真菌18S 真菌ITSInternaltranscribed(Tringe&Rubin,2005,NatureReviews2017-12-
派森诺生 细菌/古菌16S1.6(Yarzaetal.,2014,NatureReviews (Kuczynskietal.,2012,NatureReviews2017-12-
派森诺生 真菌18S 可变区/ITS内转录间隔2017-12-
派森诺生 特定功通过类群特异性引物检测菌群中特定种类/反映菌群中特定类群微生物的组成结构,发现其分布特征,阐明样本间多样性和组成差异进而揭示该类群微生物中与差异相关联的关键成员2017-12-
(Fig.24.2,24.7&24.8,BrockBiologyofMicroorganisms,13th 派森诺生 特定功42550042550011491088450252亚硝酸盐还原酶(反硝化作用425亚硝酸盐还原酶(反硝化作用32619002017-12-
派森诺生 分析流程多样性+组成+结构+2017-12-
派森诺生
2017-12-
(Bokulichetal.,2013,Nature
派森诺生 典型分析内菌群组成分布柱
热图分
物种互作关联网物种丰度组间差异小提2017-12-
RDA通往 组学研究:菌群代谢功能预PhylogeneticInvestigationofCommunitiesbyReconstructionofUnobserved(Langilleetal.,2013,NatureCurtisAssociateProf.ofComputationalBiology&DepartmentofSchoolofPublicHealth,Harvard
runner?toolid=PICRUSt
单个 预测精确度0.5~古菌0.94±n=细菌0.95±n=2017-12-
派森诺生 PICRUSt的用经费、资经费、资源有限的情况下,不失为一种选组研究,但可以看作它的“近似对于人源微生物组,预测效果
派森诺生 其它代谢功能预测方 Tax4Fun(原核 FAPROTAX原核(FunctionalAnnotationofProkaryotic FUNGuild真核通通过组成数据,解读菌群潜在的功指导后续Denovo鸟枪
派森诺生 WHAT&HOW活性代谢功能谱研2017-12-
派森诺生 78多管齐下
MEGAHITIDBA-(Wang&Jia,2016,NatureReviews2017-12-
派森诺生 功能物种双管齐2017-12-
派森诺生 典型分析内表达量差异分析MA
表达量差异分析火山
差 热图分种水平精细组成 EggNOG差异分析 KEGG代谢通路地2017-12-
派森诺生 宏转录组vs. (Franzosaetal.,2015,NatureReviews(Sorek&Cossart,2010,NatureReviews2017-12-
派森诺生 组/宏转录组的研究目关注涉及(活性表达的关注抗生素抗 毒性因子/致病菌(特定功能数据库注释)2017-12-
派森诺生 多组学整合研究(Integrated2017-12-
(Whiteside,2015,NatureReviewsUrology;Franzosaetal.,2015,NatureReviews派森诺生 关键生物标记物的互作关2017-12-
(Ju&Zhang,2015,TheISMEJournal;Pedersenetal.,2016,派森诺生
回((异质性(组成 ((一致性(代谢关键生物标记物&调控机2017-12-
派森诺生
研究思路荟 vs健康组(横向疾病发生发展进程中的群体变化规律(纵向药物或饮食干预的群体试验效果(横向/纵向同一群体、不同部位生境的差异和联系(横向同一群体、不同生长发育时期的动 (纵向秉承“秉承“全微生物组 理我们不堆砌数据,而是用数 “讲故事”
派森诺生
研究思路荟萃(横向/纵向同一地区、不同连作时间的土壤微生物组(关注真菌致病菌不同植物、或不同地区同种植物根际/土壤微生物组的比较(主要研究内生菌水体样品(多为海水 “讲故事
温馨提示
- 1. 本站所有资源如无特殊说明,都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
- 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等,如果需要附件,请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
- 3. 本站RAR压缩包中若带图纸,网页内容里面会有图纸预览,若没有图纸预览就没有图纸。
- 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
- 5. 人人文库网仅提供信息存储空间,仅对用户上传内容的表现方式做保护处理,对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑,并不能对任何下载内容负责。
- 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容,请与我们联系,我们立即纠正。
- 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。
最新文档
- 安全文化建设实践策略计划
- 提升仓库品牌形象的工作思路计划
- 团队建设的实施计划
- 学期教学活动日历规划计划
- 劳保用品安全教育
- 广告互换合同(2025年版)
- 2025年小班美术标准教案太阳系列
- 太仓将来的发展方向
- 和幼儿园合作协议
- 九年级物理上册 13.4探究串、并联电路中的电流教学实录 (新版)粤教沪版
- 2024年河南省公务员录用考试《行测》试题及答案解析
- 水利基础理论知识单选题100道及答案解析
- 2024年江苏常州机电职业技术学院招聘44人历年高频难、易错点500题模拟试题附带答案详解
- 2024-2030年中国干黄花菜市场营销策略与未来发展方向建议研究报告版
- NGS与感染性疾病医学课件
- 数据资产化实践指南2024年
- 部编版语文六年级下册第五单元教材解读大单元集体备课
- DB32T 4787-2024城镇户外广告和店招标牌设施设置技术标准
- 钢结构安全交底
- 2024年社区工作者考试必背1000题题库含必背答案
- 2024年建筑业10项新技术
评论
0/150
提交评论