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\o"点击文章标题可访问原文章链接"《肿瘤突变负荷检测及临床应用中国专家共识(2020年版)》要点
以免疫检查点抑制剂(ICIs)为主的免疫治疗显著提高了晚期恶性肿瘤患者的客观缓解率(ORR)和总生存期(OS),然而整体单药有效率不足20%,且费用普遍较高,也常伴随不同程度的免疫相关不良反应。因此,亟需寻找准确可靠的生物标志物筛选免疫治疗的潜在获益患者。以肿瘤基因变异数目为特征的肿瘤突变负荷(TMB)显示出与ICIs疗效的相关性,但在临床研究和实践过程中TMB评估尚缺乏统一标准。1
TMB的定义TMB一般指特定基因组区域内每兆碱基对(Mb)体细胞非同义突变的个数,可以间接反映肿瘤产生新抗原的能力和程度,已被证实可预测多种肿瘤的免疫治疗疗效。【专家共识】:
TMB一般是指特定区域内体细胞非同义突变的个数,通常用每兆碱基有多少个突变表示(XX个突变/Mb)。TMB评估受样本质量和数量、检测基因组大小、生信分析方法等多种因素影响,临床应用前应了解TMB的适用范围。不同检测方法获得的TMB应进行系统评估,判断是否具有可比性。TMB数值可反映肿瘤内产生肿瘤新抗原的潜力,与DNA修复缺陷密切相关,在多种肿瘤中dMMR和MSI-H患者具有较高的TMB。2
TMB的临床意义2.1
组织TMB可作为免疫治疗独立的疗效预测生物标志物【专家共识】:
tTMB是一个新兴的独立ICIs治疗疗效预测标志物,与多种肿瘤类型ICIs单药或两种ICIs联合治疗的疗效相关,已证实可作为泛癌种免疫治疗疗效的预测标志物。推荐既往标准治疗后疾病进展且没有更好替代疗法的实体瘤患者,尤其是高TMB的患者进行TMB检测,有助于扩大免疫治疗获益人群。中国人群TMB的独立预测价值仍需更多前瞻性研究验证。2.2
血液TMB与tTMB具有显著相关性【专家共识】:
目前研究证据显示在NSCLC中bTMB与tTMB具有显著相关性,但bTMB检测无统一标准。多项回顾性研究发现高bTMB与NSCLC患者接受单药ICIs治疗获益显著相关,但尚未获得高级别前瞻性临床研究证实。3
TMB检测的标准化3.1
样本收集、处理原则3.1.1
tTMB检测标本类型和推荐要求3.1.2
核酸提取与质控【专家共识】:
推荐使用近期石蜡包埋肿瘤组织样本进行tTMB检测,待检测组织应首先完成病理质控并确保恶性肿瘤细胞数能够满足检测要求。为过滤胚系突变对后续tTMB评估的影响,应采集患者外周血、唾液或正常组织作为对照样本。建议优先采用NMPA批准上市的核酸提取试剂盒进行基因组DNA提取,tTMB检测实验室应根据实际需求建立合适的DNA样品质控标准和操作流程,对待测DNA样品纯度、浓度及片段化程度进行严格质控。肿瘤原发灶与远处转移灶组织均可用于tTMB评估。3.2
TMB检测的Panel设计和平台选择3.2.1
TMB检测的Panel选择3.2.2
TMB检测的Panel大小3.2.3
测序覆盖深度【专家共识】:
采用靶向测序Panel进行TMB评估时,建议与WES评估的TMB进行一致性评价。靶向测序Panel覆盖范围原则上不应<1.0Mb,最低有效测序深度应≥500×。建议进行TMB检测的靶向测序Panel尽可能涵盖患者更多的其他分子遗传信息,包括可指导靶向治疗的驱动基因突变、与基因变异产生相关的免疫治疗正向预测因子以及可能的免疫治疗负向预测因子。目前已有多款NGS测序仪获国家NMPA批准用于临床基因检测,不同实验室可依据样本量、时效要求选择不同测序平台。3.3
TMB算法的标准化要求3.3.1
测序数据质控3.3.2
TMB算法与突变分析3.3.3
TMB算法准确性评估【专家共识】:
基于靶向测序Panel的TMB检测应以WES检测为金标准,纳入影响蛋白质编码的体细胞突变,应保证检出突变频率≥5%的体细胞突变,以保证TMB检测值的准确性和稳定性;应依托ICIs疗效随访数据库对基因组比对和突变检出算法开展标准化研究;Panel检测区域可影响TMB值,应通过至少1000例WES数据予以校正。同时建议使用对照样本过滤胚系变异。3.4
TMB阈值的探索与临床应用3.4.1
TMB3.4.2
TMB阈值的确定策略3.4.3
TMB阈值的临床效能验证【专家共识】:
TMB值在不同癌种中存在显著差异,应依据ICIs临床疗效确定阈值,才能最大可能筛选出ICIs治疗的潜在获益人群。值得注意的是,不同靶向测序Panel的TMB检测体系之间TMB阈值不能通用。3.5
TMB报告模板的初步建议3.5.1
TMB报告应包含的内容3.5.2
TMB报告临床解读建议【专家共识】:
TMB报告内容除重点描述TMB计算原则和数值外,还应针对癌种的免疫治疗意义进行解读;同时还需系统评估Panel检测的各种驱动基因突变情况,以全面解患者的肿瘤生物学特征,建议应用分子肿瘤诊治专家组模式(MTB)进行临床辅助决策。4
TMB联合应用展望4.1
TMB与PD-L1PD-L1是最早发现可以预测ICIs疗效的生物标志物,但肿瘤内PD-L1具有异质性和表达不稳定性,且仍有约20%的PD-L1阴性患者可从PD-1/PD-L1抗体治疗中获益,因此PD-L1作为ICIs疗效预测生物标志物应用相对有限。4.2
TMB与MSI作为基因组不稳定性的重要标志物,MSI-H/dMMR通常也伴随TMB-H。MSI-H肿瘤样本中有超过80%表现为TMB-H,且有97%的样本TMB≥10个突变/Mb,存在DNA损伤修复基因突变的患者也较无突变患者获得更好的免疫治疗应答。然而,dMMR/MSI-H阳性比例在不同癌种间存在显著差异,此外虽绝大多数dMMR/MSI-H患者具有较高的TMB,但仍有部分TMB-H患者表现为MSS,因此单独检测dMMR/MSI-H可能使部分TMB-H患者失去治疗机会。4.3
TMB与总新抗原负荷总新抗原负荷(TNB)与TMB类似。不同之处在于只有少数TMB中的突变会产生多肽,经过修饰加工并加载到MHC复合体上,且更少的突变能够被T细胞识别。通常情况下,肿瘤TMB越高,
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