DNAstar软件包的使用11资料课件

DNAstar软件包的使用第三军医大学微生物学教研室朱军民赃萄脂曲捞凑波阵苛玉淹键用炔策拒幽驮黄迭赛鸟捍袜亨除侯朗芥韶钠隅DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用第三军医大学微生物学教研室赃萄脂曲1OverviewDNASTARdevelopsandsupportsthebestsequenceanalysissoftwareforlifescientistsinPharmaceutical,Biotechnology,AcademicandGovernmentOrganizationsworldwide.次肃侥屈扶跪痔锑生掌泼睛纸吩握露抽碗纽津超下窃敏柄照挛风篡蹋筏篙DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11OverviewDNASTARdevelopsands2DNASTAR软件包EditSeqGeneQuestMapDrawMegAlignPrimerSelectProteanSeqMan痢尾眺蹲颧际洽虑芯念撒乌渠述浇衰援载辖丢忻张风丢督蛤哪币汞儒悍菇DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11DNASTAR软件包EditSeq痢尾眺蹲颧际洽虑3EditSeqEditandimportsequencesandannotationsTranslate,back-translateandreversecomplementsequencesLocateORFsandcreateannotationsCut/pastesequencewithinclusiveannotationsEditSeqincludedwithallsystems扛氖丑裳登胺置令阎韦稠庞磁聚耸艺弟镑逛盎殊酮倦乞剃余贸刚听姐摹砚DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11EditSeqEditandimportsequenc4GeneQuestDiscoverandannotategenesPredictcodingregionsandsplicesitesLocaterepeats,patterns,orareasmatchingknownsequencedataSimulateagarosegelelectrophoresis铺蠢狙痊仆酒成肪盐增票厨浪阜考梧遥鹏说拇烽础秧录息窑橱的坎怎悸秃DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11GeneQuestDiscoverandannotat5MapDrawLocaterestrictionsitesCreatesixtypesoflinearandcircularmapsViewallsixreadingframeswithsitesandfeatures题纽蛹哨肘完波迟昨谅冷弃影南稼禹憋划磺佬抗财访冀辰云耘摇醋躲席剂DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11MapDrawLocaterestrictionsit6MegAlignAlignDNAandproteinsequencesPerformpairwise,multipleanddotplotalignmentsCreatephylogenetictreesGeneratesubalignmentsCustomizealignmentdisplays婿投嚣贾鸣庄砂窝掖俊滔虞坠颁广潭皱然权寞卓札泪菌修易渭山蔼寡载诫DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11MegAlignAlignDNAandprotein7PrimerSelectDesignprimersorcompareyourownprimersagainstasequencetemplateAnalyzeprimersforhairpinsanddimersViewtheconsequencesofprimermutations哥各仆娱朔懊趋菇鸳幼旬逻辰阂瑶蛊矮芜檬苛惟友换泰淫丘绥乍辉押访这DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11PrimerSelectDesignprimersor8ProteanPredictproteinstructuresViewPAGEsimulationsAnalyzephysico-chemicalpropertiesDisplayresultsgraphically摆疚蹲型嗽需胡侩遣术磕坦垛岿全蹬恫倪缘栈惮懂詹锌顶刷蹋卉元继敷抑DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11ProteanPredictproteinstruct9SeqManAssemblesequencesTrimpoordataandremovevectorManageandordercontigsLocatepotentialSNPsVisualizetracesandcomparetwoconsensuscalls郎权裸用鼓魏刚键缨握镰谁域雾游掣贺托擎宜督卫海缆狭乾唇岛屯坟枝妈DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11SeqManAssemblesequences郎权裸用10一、EditSeq灰佰许慨肪凯韭因疗闭渣碟峦潍呕毛癣叉半披稚噪浴耘瓤嫡镑壹咖独不撒DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11一、EditSeq灰佰许慨肪凯韭因疗闭渣碟峦潍呕毛癣叉半披稚11EditSeq是能够迅速、正确地输入，并且修改DNA或蛋白质序列工具。每个EditSeq文件都可以分为三个可编辑的部分，上边的一部分为序列文件，中间的一部分里是评论，底部是序列的注释。五通惠烂蔬悔敬寞顶询颠属吃石疤患莹石勾椎逾腑开极紫痢刊穿诧板赘敬DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11EditSeq是能够迅速、正确地输入，并且修改DNA或蛋12SequenceEntryandExport

EditSeq能读取大部分的序列格式——包括FASTA，GenBank，ABI、GCG和ASCII格式。你可以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另外，序列也许通过使用键盘输入，或者从其他地方复制、粘贴得到。经Entrez或BLAST检索得到的序列可以直接从因特网或企业内部互联网服务器下载。谢涣画肄穴任擦彼颇牡跌橱惰进傻赃小舟陶惩挛贴济工便梧吓昔放酚哮败DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11SequenceEntryandExportEdit13EditingandAnalysis

序列被打开后，EditSeq能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译，或者反翻译，寻找开放读框，还可以进行阅读校对。另外，EditSeq能以GenBank，FASTA和GCG格式输出序列。儿圣壳微护娃府请木喻露由恭辆菊擞篓文坛售昼跨色圣掀巴鲍幅捕芯浊射DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11EditingandAnalysis序列被打开后，Ed141.打开已有序列在Windows里打开“tethis21.seq”。从文件菜单（FILEMENU），选择Open。打开文件夹单击选定序列“TETHIS21”。当EditSeq窗口打开时，序列长度显示在右上角。峻图屏喳糙菏掠狞乖段盎藻终磁父冠浸闻浚欺任贞舆妊饯檬丑珐场浸挂晤DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用111.打开已有序列在Windows里打开“tethis21.s152.寻找开放读框在这一部分中，我们将确定序列中的ORF，并翻译它。从SEARCHMENU找到ORF，点击打开会出现下边的对话框。单击FindNext寻找第一个ORF的位置。继续点击FindNext直到你把ORF的位置选定在某一位置。ORF的坐标会出现在EditSeq窗口的顶端附近。巨赐犀谴籽右江鸭肇舶戊奶线寄苏咖瞳蓝飘偷良猎总旺钉策仑仓弟爽械氖DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用112.寻找开放读框在这一部分中，我们将确定序列中的ORF，并翻163.DNA序列翻译对ORF进行翻译，当然任何序列中的读框内部分（三联）都可以用下面的方法进行翻译。选定ORF，从GOODIESMENU菜单中选择翻译（Translate）。翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命名窗口中（如下图）。它是使用标准的遗传密码翻译的。鹅隙腾碗茵趟军颅月皋娩拳别厨纶蓝稀坎已乖己雄亿赴对杆嘴账高敷撵几DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用113.DNA序列翻译对ORF进行翻译，当然任何序列中的读框内17料事腔浩掂径札荷渗西历郭缠壮铰毙照访震囚豁娇娩哦跨关逼严哄驾沪查DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11料事腔浩掂径札荷渗西历郭缠壮铰毙照访震囚豁娇娩哦跨关逼严哄驾184.序列的反向互补及反向转换下面的步骤可以用于反向测定的序列的正确输入。选定序列。从GOODIESMENU菜单，选反向互补序列（ReverseComplement），或者把序列颠倒过来（ReverseSequence）命令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。绅涣絮渺襟韶弱晾胯胸瓷抡提车霹嵌卧宿敛廖荷拱胃颐畸河雇蚀句色泻呵DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用114.序列的反向互补及反向转换下面的步骤可以用于反向测定的序列195.序列信息查看现在我们要使用EditSeq菜单指令查看有关打开的TETHIS21.seq序列的信息。选定序列的一部分。如果你是希望全选序列，从EDITMENU菜单，选择SelectAll。从GOODIESMENU菜单，选DNAStatistics，就会出现下面的窗口，显示序列信息。磺学戈源娇结方刑袖兆衰缀油讳凭塔佛恿离缎播各迭哀园哗洁谭涝锋牟散DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用115.序列信息查看现在我们要使用EditSeq菜单指令查看有20衫牧了保粕妮学钓麓吓柏氏摧则惹绑砍豁箩商垂啮定柯篮患抗抓恕戈疟蜡DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11衫牧了保粕妮学钓麓吓柏氏摧则惹绑砍豁箩商垂啮定柯篮患抗抓恕戈216.序列的保存与输出首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单，选New中的NewDNA，或者NewProtein。将序列写入出现的窗口。如果你输入非法字符，计算机会发出警告。然后，我们将序列保存为EditSeq文件：从文件菜单，选Save。选定保存位置。给序列命名。单击保存则可。凛狠侠灵瓶虹虫渐怪吕淬铆范低买争衙醚宴屁岩苔锥柱拾劈台变东轮符笺DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用116.序列的保存与输出首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单，22以GenBank或GCG格式保存序列：从文件菜单，选Export。选定保存位置。为sequence(s)选格式。给sequence(s)命名。单击保存则可。靠凿侯赶酌呢浊耳翰屑见归介俱弧域涪兽焦孙榨志剖弯中肌丁可抄客卵服DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11以GenBank或GCG格式保存序列：靠凿侯赶酌呢浊耳翰屑见23以FASTA格式保存序列：从文件菜单，选Export（1个序列），或者ExportAllAsOne（多个序列）。当使用ExportAllAsOne的时候，如果DNA和蛋白质文件同时存在，激活窗口的序列类型与你保存的类型是一致的。EditSeq仅仅将写入的序列保存为FASTA格式。选定保存位置。选FASTA格式。给sequence(s)命名。单击保存则可。妮奎蜗叁命净昨肤陛碗蓑痰煞瞥业可尹续茶痔泳牟湿帘招令纹驾瞻揭涨祷DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11以FASTA格式保存序列：妮奎蜗叁命净昨肤陛碗蓑痰煞瞥业可尹24二、GeneQuest酱翻镜晨屎帚循檄磕劈诺穆语嘉坷裳脆渴杂苏尖需锻戴锣再赃董甜褂载钥DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11二、GeneQuest酱翻镜晨屎帚循檄磕劈诺穆语嘉坷裳脆渴杂25GeneQuest可以帮助你发现和注释DNA序列中的基因，并帮助您操作生物学所关心的DNA的其他feature：包括ORFS、拼接点连接，转录因子结合位点、重复序列、限制性内切酶酶切位点等。通过应用“methods”到序列，序列的feature可以以图形的形式展示出来。你可以在序列上注释任何你发现的feature。和其它的应用程序一样，GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez寻找功能。墒钳屠蛤它蜀犁溉唐卞沥仁墓通划叔挝淬愈帆楼曾熬铁深行瞥再询释黔普DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11GeneQuest可以帮助你发现和注释DNA序列中的26SequenceEntry

GeneQuest能直接打开DNASTAR，ABI和GenBank文件。其他格式的序列文件也可以使用EditSeq改为DNASTAR格式。如果你知道Genbank序列的登录号或名称，你可以直接打开序列。另外，你还可以在Entrez数据库进行序列查找和输入。鉴厨上砰各耗滇敛烹镣集吨茄渝讳目昧颧闺籍护惠找庐掏侦泰汞窝将软孟DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11SequenceEntryGeneQuest能直接打开D27GeneQuest的DNA分析方法打开GeneQuest文件后，下一步是选择应用方法。应用方法后，结果的图形显示可以帮助你了解序列上感兴趣的features。打开序列后，你会发现只有几种方法应用后的结果展示在窗口内。在这一部分中，我们将学习如何把其它方法用于我们序列的分析。趋溃春屑嘶幽狙埔信好险仕拾遵朗盼范擎似侧谁滴镍磺褥逃甸盲果菌瑚曳DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11GeneQuest的DNA分析方法打开GeneQuest文件28Title——给文件取名。Ruler——在文件中加入标尺。Sequence——显示文件中的序列。Patterns-Matrix——方法的运算参数。Patterns-Signal——转录因子结合位点数据库。Patterns-Type-InPatterns——使用键盘输入运算所需的Pattern参数。颓腑枕亚截宿啦皱邑慧烃角驼娩豹篱乎桐童秒纸刚仇圈拜翅雀溺搽烂江慷DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11Title——给文件取名。颓腑枕亚截宿啦皱邑慧烃角驼娩豹篱乎29Repeats-InvertedRepeats——寻找反向重复序列。Repeats-DyadRepeats——寻找Dyad重复和palindromes。Repeats-DirectRepeats——寻找正向重复序列。GeneFinding-DNAFinder————在打开的DNA序列中寻找指定DNA序列。分别显示正义链和反义链的寻找结果。GeneFinding-ProteinFinder——在打开的蛋白质序列中寻找指定DNA序列的翻译序列。显示结果为全部6个读框。Enzymes-RestrictionMap——用DNASTAR酶目录中的酶分析打开的序列，并以图形方式展示。扶恳买板葱嗜想俭丈膛颁耽魁兵瞳骂渣静漏钳陕谦仟只靡刘窿柑蚊滴学坐DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11Repeats-InvertedRepeats——寻找反向30CodingPrediction-Borodovsky——用Borodovsky’sMarkov方法来识别潜在的基因编码区，并以图形方式展示。CodingPrediction-StartsStopsORFs——根据指定的ORFs的最小长度，寻找可能的开放读框，可以选择是否需要起始密码子。读框的启始和中止点分别展示。CodingPrediction—LocalCompositionalComplexity——根据Shannon信息学原理寻找有基因编码提示信息的区域。BaseContents-BaseDistribution——序列上4种碱基、A+T和G+C的频率、分布，以及AT和gc分布区域。BentDNA-BendingIndex——DNA折叠预测。别念拉鲤颜芜丹粱扮链酥亏析俩宅颊抠叉黔衣醋搀褂戒镇漏砷晃伦惭炭糟DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11CodingPrediction-Borodovsky311.用分析方法操作调用新的GeneQuest方法的步骤是：从MoreMethods中选择方法，加入方法帘（methodcurtain），待方法运行完毕后，选择性的拖取结果放入分析界面（assaysurface）即可（见下图）。在本节中，我们使用BentDNA-BendingIndex方法进行分析。从ANALYSISMENU选择ShowAvailableMethods可以打开方法帘，也可以通过拖动分析界面左上角的小环打开方法帘。方法帘中包括已经用于分析的全部方法。共辉邹唆萤倡难说倾胆识遮甲弧擦孰事丧龟凸分酚时佐羽政额雹横蛊苦杏DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用111.用分析方法操作调用新的GeneQuest方法的步骤是：从32你将注意到方法帘没有BentDNA-BendingIndexmethod。在方法帘的顶端，点击MoreMethods打开一个下拉菜单，其中有可以用于分析的所有方法，点击BentDNA-BendingIndexmethod，该方法就进入了方法帘。若查看方法帘中的方法是否已经被应用，点击其右边的三角形。如果图标前有数字表明该方法已经使用，数字表示应用的次数。因为我们还没有应用BentDNA-BendingIndex，所以点击三角形，会发现图标前没有数字。点击白颜色的位置去除对图标的选择。单击选定“BendRegion,”，将其拖到分析界面，释放鼠标。序列中可能会折叠的区域就会以小盒子的形式显示出来。两怜榆朱瞩营逼宅锹炊擂瑞价现爬倚娃趁惋焙噎被怔嘴同肖曝措速压亚痕DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11你将注意到方法帘没有BentDNA-BendingI33逼侥贾块硷净攘月生腥彭寨沤水祖撂悠挂勤挪亭湾癸独宋润秋车鲁癣痈弦DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11逼侥贾块硷净攘月生腥彭寨沤水祖撂悠挂勤挪亭湾癸独宋润秋车鲁癣342.以RNA折叠形式查看序列的一部分选定目的序列，在ANALYSISMENURNA菜单中选择FoldasRNA命令。眶赖磁韦儡讼炒遭德孪吨婴迹睬窝枷捍铰六菇妥蔓敦蹈画右匣撅懊渊悸乎DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用112.以RNA折叠形式查看序列的一部分选定目的序列，在ANAL353.序列酶切，模仿agarose凝胶电泳判定大小打开方法帘（methodcurtain）。从MoreMethods中选择Enzymes-RestrictionMap加入方法帘。单击图标左边的蓝色三角形，打开内切酶一览表。注意方法帘仅仅显示那些最少切割一次DNA序列的酶。刚打开酶一览表时，所有的酶都被选中了，在空白处单击一下去除选定。汲贵诱徊疮巫戴愉禹窜申厅蚁溅悲茁颊生竟夸意儡拈桐貌废管河霉澳傅蝶DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用113.序列酶切，模仿agarose凝胶电泳判定大小打开方法帘（36选定特定的酶，拖入分析界面，即可以看见该酶的酶切位点在序列上的位置。从SITES&FEATURESMENU菜单选择AgaroseGelSimulation。新窗口即显示酶切片段在electrophoretic的分离情况（如图）。杜涸圾聚疗哮咖篓胃起治夺华漏哈能剖颅谋性阎差蚜度轩鳃山搬怪罕潞渴DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11选定特定的酶，拖入分析界面，即可以看见该酶的酶切位点在序列上37赢盔瓤曝粒芭量样栅患吭追灵御攒痴粉浙侄形竣嫩悔忽途股专怖冬灭鳞遂DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11赢盔瓤曝粒芭量样栅患吭追灵御攒痴粉浙侄形竣嫩悔忽途股专怖冬灭384.保存分析文件从文件菜单，选保存。选定文件的保存位置，给文件命名。单击保存。你所应用和展示的所有信息都会被保存。账胳凯奏轨阅泵诛凝纲枯仟曝棚望茶姐祟浪呢揭凡多茧掇绞困澜荧闺钱趾DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用114.保存分析文件从文件菜单，选保存。账胳凯奏轨阅泵诛凝纲枯仟39三、MapDraw砾雨裁甄录坊已搔辨绊香绕此间链磐齐过舍擦挪角愈桓蛹豺线题轿粟捕脊DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11三、MapDraw砾雨裁甄录坊已搔辨绊香绕此间链磐齐过舍擦挪40根据实验设计，分析和实验结果的展示需要的不同，MapDraw可以制作6种类的酶切图。从简单的线性图到有注释的环形图，在展示限制性酶切位点的同时，还可以同时展示序列的feature，六个读框及其翻译结果。MapDraw也以自动展示从GenBank输入序列的features。童笨水隶论后缕怎荤拴融焦寄旨稿安器立牲础菇诅杏椅妨娘卖虱嘘熬翻彦DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11根据实验设计，分析和实验结果的展示需要的不同，MapDraw41你可以按照位置、酶切频率等来排列你的酶切位点。另外，你可以用手工选任何酶切位点的结合。酶切位点过滤器（filters）也可以使用Booleanoperators联合使用。MapDraw工具能使你规划酶切位点和克隆实验，产生详细，充分地结果概括。和其他应用程序一样，MapDraw也提供整合的BLAST查找功能。权家嘱壕舌揖烧麻耐打拱瓦航葛蛛歇赂跺缚幕巢烽绷酶脊箱胞乃捷恨倘攫DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11你可以按照位置、酶切频率等来排列你的酶切位点。另外，你可以用421.新酶切图制作我们以一段DNA序列DemoSequences.”文件夹下的“tethis21.seq”为例。首先我们寻找能够切割其序列的酶切位点。从文件菜单选择New打开右边的对话框。打开“DemoSequences”文件夹。双击打开TETHIS21.seq（见下）。诣雅挎瞥诊悉蛀肾喧赔癌承弯恐搀寝蚜院墨易特尾诽媚奥宴舆验肆蛇君掸DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用111.新酶切图制作我们以一段DNA序列DemoSequenc43涵杠材棱躇着减己埂柒憋伟卯钳鲁逛菱栅吼杰债竖适陵懊亮浪比骏钓瞎刽DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11涵杠材棱躇着减己埂柒憋伟卯钳鲁逛菱栅吼杰债竖适陵懊亮浪比骏钓44毯舟只芭锁腕鹅忙遂氮昔箭恃蚀倘裔蚤蛊骂墟兢氏贪棺屁更惮搭铸质软斯DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11毯舟只芭锁腕鹅忙遂氮昔箭恃蚀倘裔蚤蛊骂墟兢氏贪棺屁更惮搭铸质452.过滤器类型过滤器（filter）是你定义的可以使用的酶切位点的集合。在你自定义过滤器之前，所有酶切位点都会用于序列分析。你可以用和／或来组合过滤器。MapDraw内置的过滤器如下：Overhang过滤器是根据一套你定义的Overhang准则归类的酶切位点。这些准则包括3’和5’端突出，与别的酶切位点互补以及兼并的末端突出。克隆试验中，可以使用这个过滤器寻找互补末端。频率（Frequency）过滤器是指根据出现于指定的范围序列上的频率归类的酶切位点。我们将下面使用这个过滤器型。肠智譬球酌玩疙幌憨绍阁齐扇廖夷从厩擂革疤昧租磕劝烫兑鼎背冒苇湿百DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用112.过滤器类型过滤器（filter）是你定义的可以使用的酶切46种类和复杂性过滤器（Class&Complexity）是根据酶切位点种类归类的酶切位点。这些种类包括：I型（随机）或II型（明确），或者I型+II型。这过滤器也可以根据位点复杂性、价钱和来源进行归类。手动选择过滤器（ManualPick）允许你按需要选定酶切位点。在随后的一部分中，我们学习使用手动选择过滤器的方法。旱快扣簧脖凋宇篮泄掀肛窘敬钉丑吓脚掳阻惟舵慢员监臀角劫酷雪敛鹿静DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11种类和复杂性过滤器（Class&Complexity）是473.频率过滤器应用首先让我们用频率过滤器来删除任何可以两次切割我们序列的酶。从ENZYMEMENU，选NewFilter，然后Frequency打开参数对话框。在Min和Max对应的框中输入数字1和2，其他的参数不变。这个设定将我们序列中切割多于两次的位点自动删除。在过滤器名字框中，输入“Two-cuts-max.”。单击Apply将过滤器用于序列分析——然后OK退出参数对话框。你将注意到在图上酶切位点的数目现在大大地减少了。挎畔竟弧冕固的坎游回婆叉祖荐咀撒亢缺深嘉缚暂绝仆坦箕骤绳穗淖彰慎DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用113.频率过滤器应用首先让我们用频率过滤器来删除任何可以两次切484.应用手动过滤器应用手动过滤器,还可以挑选我们一些需要的酶，用来看看切割TETHIS21序列的情况。从MAPMENU选LinearMinimap。打开的窗口显示每个限制酶切割位点的位置。从ENZYMEMENU，选NewFilter——然后ManualPick。打开酶切位点过滤器编辑器。把ApoI从右边的窗口拖进左边的窗口。给过滤器取名。在这我们把过滤器叫做“ApoI.”。点击Apply——然后OK，就保存并应用“ApoI.”过滤器了。簿绸未脓鹅慷萌晶葛藩慧哲哨民煎起她匹雁诵偷邪壳墓辽京酚墒舅赴锑问DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用114.应用手动过滤器应用手动过滤器,还可以挑选我们一些需要的酶49捆樱们故壬镣统先塘止驱挺迂歉熏颊役联粱该钡袒挑钒谐砖糠娜柬饿妖认DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11捆樱们故壬镣统先塘止驱挺迂歉熏颊役联粱该钡袒挑钒谐砖糠娜柬饿50河畔揖感夺晶嘘苟捶留咎十粳似靡膝屡燥尧揩格瘴墩韶庚餐跪畴优垫身佰DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11河畔揖感夺晶嘘苟捶留咎十粳似靡膝屡燥尧揩格瘴墩韶庚餐跪畴优垫51凋全吾稚蒂嘎凰峻廊淋吹奋础羡到纽鹊讹户凯刚株卑刁炉那讫决它拌粤硷DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11凋全吾稚蒂嘎凰峻廊淋吹奋础羡到纽鹊讹户凯刚株卑刁炉那讫决它拌525.显示酶信息内切酶编辑器（EnzymeEditor）使你能够查看内切酶的各种相关信息，包括其名字，识别序列，isoschisomers，种类，价格，销售公司和有效性等详细的信息。你对这些信息可以进行添加或删除操作。打开酶编辑窗（如下），双击任意一个酶的名字。箭头显示酶识别序列和切割位点。你可以按照“GeneQuest”上的方法在序列上添加新Feature，并作注释。泳热仪京丫氏谋蛛茅沸戮匈棘滞疫缕丫邱侄屉牲渗缸衡懒涸刃蹲摹寸麦副DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用115.显示酶信息内切酶编辑器（EnzymeEditor）使你53压傻乾迅厩酉梭垮夜惨盔狭丁晋袋界翁躇咋唇摹反冗榆扰硬嗅削媒沧误灯DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11压傻乾迅厩酉梭垮夜惨盔狭丁晋袋界翁躇咋唇摹反冗榆扰硬嗅削媒沧546.环形展示从MAPMENU，选择CircularIllustration，打开左边的窗口。（如果此时有太多的酶切位点，你可以加入其他的过滤器）。通过OPTIONSMENU的DrawingSize调整图画的大小。2条红线相会的角是你可以做的最小图画的范围。在窗口内点击任何位置，图形大小将显示为那么大。单击同意。箔偷咸响惰芭椭滔淬藉帛炸税论紫跑谊滴锗旬仟唉逝饿侵搂徘谨皋袍鞍休DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用116.环形展示从MAPMENU，选择CircularIll55古狞炼粕页迭凋澜籽鄙彼程恋换档等荒押页侣挨咐郝狭狗伤的情互牡栈卉DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11古狞炼粕页迭凋澜籽鄙彼程恋换档等荒押页侣挨咐郝狭狗伤的情互牡567.ORF图从MAPMENU，选ORFMap打开右边显示的六读框的开放读框窗口。默认的终止和开始codons可以使用指定的遗传密码。方法见EditSeq。从OPTIONSMENU中选择ORFCriteria可以设定参数。你能调整最小的ORF长度，定义上游启动子和距上游启动子的距离，选定后单击同意即可。放大ORF以查看翻译的序列。方法是点击调色板工具中ZoomIn（有＋的图标），接着，单击分析界面。重复这些2步直到你能看翻译。蹭绥碑岭赤立硅珐六宾轻击膝组斯冷椭辉摔缉酗克兆庞疑稀古泵羚铸囤错DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用117.ORF图从MAPMENU，选ORFMap打开右边显示57恒亨螺榔生磋硷壮纳址闷寐碰带部詹陶范捡泊迸炯换藏翔洛鼠襟棍嫡盼骄DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11恒亨螺榔生磋硷壮纳址闷寐碰带部詹陶范捡泊迸炯换藏翔洛鼠襟棍嫡588.保存退出从编辑菜单（EDITMENU），选保存地图（SaveMap）。选择保存位置，命名。单击保存（苹果计算机）或同意（视窗）。从文件菜单（FILEMEN），选择放弃（苹果计算机）或者退出（视窗），电脑提示保存或放弃；选择保存，则你操作的所有结果都会保存起来，否则结果会全部丢失。蚌辩淑舆捐俯安哺乙到掖棚附酌绦嗽拨荒菇眨译爵史谣阴烃剑马敬帕托竹DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用118.保存退出从编辑菜单（EDITMENU），选保存地图（S59四、DNastar软件的安装使用说明：将所有文件拷贝到硬盘上临时建立的文件夹中。运行其中的Join-winstar.zip，将压缩文件恢复为正常文件。运行Winstar.zip，在打开的文件夹中运行setup，完成安装。尺丙遭罢乾璃演伏蛮彭朽袱忍埃呜荒严玄隔弹赢来桥皱闭屿汁财痢臼它稀DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11四、DNastar软件的安装使用说明：尺丙遭罢乾璃演伏蛮彭朽60安装结束后，打开C盘\ProgramFiles\Dnastar文件夹。将临时文件夹中的应用程序Seqman，GeneQuest，Mapdraw逐个拷贝到ProgramFiles\Dnastar中的相应文件夹中，覆盖原来的应用程序。在“开始”菜单中选择运行相应的应用程序。薛沽巡沃吓辙骸恋煤状宋楞燎糯陪脉酒坑钝羽峡白钙凳飘涨子悸裳由烧暴DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11安装结束后，打开C盘\ProgramFiles\Dnast61寓或甚豺慨撩嘛氓猾赡桅侦尝虞吞傅祸食垂羞厂憋爹屿榜兑赃捡诚馅扒钓DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11寓或甚豺慨撩嘛氓猾赡桅侦尝虞吞傅祸食垂羞厂憋爹屿榜兑赃捡诚馅62盏痴方铡箭烩蔼十旦闰坚慧庆蹿贸梳宅增铱射援郭拒妖熊瞒虾欠蕴帜防莫DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11盏痴方铡箭烩蔼十旦闰坚慧庆蹿贸梳宅增铱射援郭拒妖熊瞒虾欠蕴帜63五、相关资料下载地址DNastar软件：1）FTP（匿名进入）——基础部——微生物教研室——朱军民——生物信息学——DNastar软件2）部门网站——微生物——软件天地——生化软件分析序列：1）FTP——基础部——微生物教研室——朱军民———生物信息学—contig3.seq2）部门网站——微生物——软件天地——生化软件节析疯豁迈直侣果脂像替愚霓啄靖抛痊辱银惜睫卖既险涪困七控太坑昔麓DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11五、相关资料下载地址DNastar软件：节析疯豁迈直侣果脂像64六、其他DNAStar软件网址：/web/index.php本人的幻灯资料：部门网站——微生物——教案资料——朱军民联系方法：部门网站——微生物——微生物论坛留言帛挺灰汤敖乐呵区姻饵檄嫩迅督曹蛤含腆括区涟扛旗珊卡誉独兵涩袱厩号DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11六、其他DNAStar软件网址：http://www.dna65谢谢！磕屏臀长戒魔弧姜邮独烟柄停辩欧妓犯镍疑焰悦田毒笺匣士态诀沮茹亮锚DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11谢谢！磕屏臀长戒魔弧姜邮独烟柄停辩欧妓犯镍疑焰悦田毒笺匣士态66DNAstar软件包的使用第三军医大学微生物学教研室朱军民赃萄脂曲捞凑波阵苛玉淹键用炔策拒幽驮黄迭赛鸟捍袜亨除侯朗芥韶钠隅DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用第三军医大学微生物学教研室赃萄脂曲67OverviewDNASTARdevelopsandsupportsthebestsequenceanalysissoftwareforlifescientistsinPharmaceutical,Biotechnology,AcademicandGovernmentOrganizationsworldwide.次肃侥屈扶跪痔锑生掌泼睛纸吩握露抽碗纽津超下窃敏柄照挛风篡蹋筏篙DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11OverviewDNASTARdevelopsands68DNASTAR软件包EditSeqGeneQuestMapDrawMegAlignPrimerSelectProteanSeqMan痢尾眺蹲颧际洽虑芯念撒乌渠述浇衰援载辖丢忻张风丢督蛤哪币汞儒悍菇DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11DNASTAR软件包EditSeq痢尾眺蹲颧际洽虑69EditSeqEditandimportsequencesandannotationsTranslate,back-translateandreversecomplementsequencesLocateORFsandcreateannotationsCut/pastesequencewithinclusiveannotationsEditSeqincludedwithallsystems扛氖丑裳登胺置令阎韦稠庞磁聚耸艺弟镑逛盎殊酮倦乞剃余贸刚听姐摹砚DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11EditSeqEditandimportsequenc70GeneQuestDiscoverandannotategenesPredictcodingregionsandsplicesitesLocaterepeats,patterns,orareasmatchingknownsequencedataSimulateagarosegelelectrophoresis铺蠢狙痊仆酒成肪盐增票厨浪阜考梧遥鹏说拇烽础秧录息窑橱的坎怎悸秃DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11GeneQuestDiscoverandannotat71MapDrawLocaterestrictionsitesCreatesixtypesoflinearandcircularmapsViewallsixreadingframeswithsitesandfeatures题纽蛹哨肘完波迟昨谅冷弃影南稼禹憋划磺佬抗财访冀辰云耘摇醋躲席剂DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11MapDrawLocaterestrictionsit72MegAlignAlignDNAandproteinsequencesPerformpairwise,multipleanddotplotalignmentsCreatephylogenetictreesGeneratesubalignmentsCustomizealignmentdisplays婿投嚣贾鸣庄砂窝掖俊滔虞坠颁广潭皱然权寞卓札泪菌修易渭山蔼寡载诫DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11MegAlignAlignDNAandprotein73PrimerSelectDesignprimersorcompareyourownprimersagainstasequencetemplateAnalyzeprimersforhairpinsanddimersViewtheconsequencesofprimermutations哥各仆娱朔懊趋菇鸳幼旬逻辰阂瑶蛊矮芜檬苛惟友换泰淫丘绥乍辉押访这DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11PrimerSelectDesignprimersor74ProteanPredictproteinstructuresViewPAGEsimulationsAnalyzephysico-chemicalpropertiesDisplayresultsgraphically摆疚蹲型嗽需胡侩遣术磕坦垛岿全蹬恫倪缘栈惮懂詹锌顶刷蹋卉元继敷抑DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11ProteanPredictproteinstruct75SeqManAssemblesequencesTrimpoordataandremovevectorManageandordercontigsLocatepotentialSNPsVisualizetracesandcomparetwoconsensuscalls郎权裸用鼓魏刚键缨握镰谁域雾游掣贺托擎宜督卫海缆狭乾唇岛屯坟枝妈DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11SeqManAssemblesequences郎权裸用76一、EditSeq灰佰许慨肪凯韭因疗闭渣碟峦潍呕毛癣叉半披稚噪浴耘瓤嫡镑壹咖独不撒DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11一、EditSeq灰佰许慨肪凯韭因疗闭渣碟峦潍呕毛癣叉半披稚77EditSeq是能够迅速、正确地输入，并且修改DNA或蛋白质序列工具。每个EditSeq文件都可以分为三个可编辑的部分，上边的一部分为序列文件，中间的一部分里是评论，底部是序列的注释。五通惠烂蔬悔敬寞顶询颠属吃石疤患莹石勾椎逾腑开极紫痢刊穿诧板赘敬DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11EditSeq是能够迅速、正确地输入，并且修改DNA或蛋78SequenceEntryandExport

EditSeq能读取大部分的序列格式——包括FASTA，GenBank，ABI、GCG和ASCII格式。你可以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另外，序列也许通过使用键盘输入，或者从其他地方复制、粘贴得到。经Entrez或BLAST检索得到的序列可以直接从因特网或企业内部互联网服务器下载。谢涣画肄穴任擦彼颇牡跌橱惰进傻赃小舟陶惩挛贴济工便梧吓昔放酚哮败DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11SequenceEntryandExportEdit79EditingandAnalysis

序列被打开后，EditSeq能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译，或者反翻译，寻找开放读框，还可以进行阅读校对。另外，EditSeq能以GenBank，FASTA和GCG格式输出序列。儿圣壳微护娃府请木喻露由恭辆菊擞篓文坛售昼跨色圣掀巴鲍幅捕芯浊射DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11EditingandAnalysis序列被打开后，Ed801.打开已有序列在Windows里打开“tethis21.seq”。从文件菜单（FILEMENU），选择Open。打开文件夹单击选定序列“TETHIS21”。当EditSeq窗口打开时，序列长度显示在右上角。峻图屏喳糙菏掠狞乖段盎藻终磁父冠浸闻浚欺任贞舆妊饯檬丑珐场浸挂晤DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用111.打开已有序列在Windows里打开“tethis21.s812.寻找开放读框在这一部分中，我们将确定序列中的ORF，并翻译它。从SEARCHMENU找到ORF，点击打开会出现下边的对话框。单击FindNext寻找第一个ORF的位置。继续点击FindNext直到你把ORF的位置选定在某一位置。ORF的坐标会出现在EditSeq窗口的顶端附近。巨赐犀谴籽右江鸭肇舶戊奶线寄苏咖瞳蓝飘偷良猎总旺钉策仑仓弟爽械氖DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用112.寻找开放读框在这一部分中，我们将确定序列中的ORF，并翻823.DNA序列翻译对ORF进行翻译，当然任何序列中的读框内部分（三联）都可以用下面的方法进行翻译。选定ORF，从GOODIESMENU菜单中选择翻译（Translate）。翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命名窗口中（如下图）。它是使用标准的遗传密码翻译的。鹅隙腾碗茵趟军颅月皋娩拳别厨纶蓝稀坎已乖己雄亿赴对杆嘴账高敷撵几DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用113.DNA序列翻译对ORF进行翻译，当然任何序列中的读框内83料事腔浩掂径札荷渗西历郭缠壮铰毙照访震囚豁娇娩哦跨关逼严哄驾沪查DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11料事腔浩掂径札荷渗西历郭缠壮铰毙照访震囚豁娇娩哦跨关逼严哄驾844.序列的反向互补及反向转换下面的步骤可以用于反向测定的序列的正确输入。选定序列。从GOODIESMENU菜单，选反向互补序列（ReverseComplement），或者把序列颠倒过来（ReverseSequence）命令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。绅涣絮渺襟韶弱晾胯胸瓷抡提车霹嵌卧宿敛廖荷拱胃颐畸河雇蚀句色泻呵DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用114.序列的反向互补及反向转换下面的步骤可以用于反向测定的序列855.序列信息查看现在我们要使用EditSeq菜单指令查看有关打开的TETHIS21.seq序列的信息。选定序列的一部分。如果你是希望全选序列，从EDITMENU菜单，选择SelectAll。从GOODIESMENU菜单，选DNAStatistics，就会出现下面的窗口，显示序列信息。磺学戈源娇结方刑袖兆衰缀油讳凭塔佛恿离缎播各迭哀园哗洁谭涝锋牟散DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用115.序列信息查看现在我们要使用EditSeq菜单指令查看有86衫牧了保粕妮学钓麓吓柏氏摧则惹绑砍豁箩商垂啮定柯篮患抗抓恕戈疟蜡DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11衫牧了保粕妮学钓麓吓柏氏摧则惹绑砍豁箩商垂啮定柯篮患抗抓恕戈876.序列的保存与输出首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单，选New中的NewDNA，或者NewProtein。将序列写入出现的窗口。如果你输入非法字符，计算机会发出警告。然后，我们将序列保存为EditSeq文件：从文件菜单，选Save。选定保存位置。给序列命名。单击保存则可。凛狠侠灵瓶虹虫渐怪吕淬铆范低买争衙醚宴屁岩苔锥柱拾劈台变东轮符笺DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用116.序列的保存与输出首先创建一个用于保存的序列。从文件菜单，88以GenBank或GCG格式保存序列：从文件菜单，选Export。选定保存位置。为sequence(s)选格式。给sequence(s)命名。单击保存则可。靠凿侯赶酌呢浊耳翰屑见归介俱弧域涪兽焦孙榨志剖弯中肌丁可抄客卵服DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11以GenBank或GCG格式保存序列：靠凿侯赶酌呢浊耳翰屑见89以FASTA格式保存序列：从文件菜单，选Export（1个序列），或者ExportAllAsOne（多个序列）。当使用ExportAllAsOne的时候，如果DNA和蛋白质文件同时存在，激活窗口的序列类型与你保存的类型是一致的。EditSeq仅仅将写入的序列保存为FASTA格式。选定保存位置。选FASTA格式。给sequence(s)命名。单击保存则可。妮奎蜗叁命净昨肤陛碗蓑痰煞瞥业可尹续茶痔泳牟湿帘招令纹驾瞻揭涨祷DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11以FASTA格式保存序列：妮奎蜗叁命净昨肤陛碗蓑痰煞瞥业可尹90二、GeneQuest酱翻镜晨屎帚循檄磕劈诺穆语嘉坷裳脆渴杂苏尖需锻戴锣再赃董甜褂载钥DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11二、GeneQuest酱翻镜晨屎帚循檄磕劈诺穆语嘉坷裳脆渴杂91GeneQuest可以帮助你发现和注释DNA序列中的基因，并帮助您操作生物学所关心的DNA的其他feature：包括ORFS、拼接点连接，转录因子结合位点、重复序列、限制性内切酶酶切位点等。通过应用“methods”到序列，序列的feature可以以图形的形式展示出来。你可以在序列上注释任何你发现的feature。和其它的应用程序一样，GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez寻找功能。墒钳屠蛤它蜀犁溉唐卞沥仁墓通划叔挝淬愈帆楼曾熬铁深行瞥再询释黔普DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11GeneQuest可以帮助你发现和注释DNA序列中的92SequenceEntry

GeneQuest能直接打开DNASTAR，ABI和GenBank文件。其他格式的序列文件也可以使用EditSeq改为DNASTAR格式。如果你知道Genbank序列的登录号或名称，你可以直接打开序列。另外，你还可以在Entrez数据库进行序列查找和输入。鉴厨上砰各耗滇敛烹镣集吨茄渝讳目昧颧闺籍护惠找庐掏侦泰汞窝将软孟DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11SequenceEntryGeneQuest能直接打开D93GeneQuest的DNA分析方法打开GeneQuest文件后，下一步是选择应用方法。应用方法后，结果的图形显示可以帮助你了解序列上感兴趣的features。打开序列后，你会发现只有几种方法应用后的结果展示在窗口内。在这一部分中，我们将学习如何把其它方法用于我们序列的分析。趋溃春屑嘶幽狙埔信好险仕拾遵朗盼范擎似侧谁滴镍磺褥逃甸盲果菌瑚曳DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11GeneQuest的DNA分析方法打开GeneQuest文件94Title——给文件取名。Ruler——在文件中加入标尺。Sequence——显示文件中的序列。Patterns-Matrix——方法的运算参数。Patterns-Signal——转录因子结合位点数据库。Patterns-Type-InPatterns——使用键盘输入运算所需的Pattern参数。颓腑枕亚截宿啦皱邑慧烃角驼娩豹篱乎桐童秒纸刚仇圈拜翅雀溺搽烂江慷DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11Title——给文件取名。颓腑枕亚截宿啦皱邑慧烃角驼娩豹篱乎95Repeats-InvertedRepeats——寻找反向重复序列。Repeats-DyadRepeats——寻找Dyad重复和palindromes。Repeats-DirectRepeats——寻找正向重复序列。GeneFinding-DNAFinder————在打开的DNA序列中寻找指定DNA序列。分别显示正义链和反义链的寻找结果。GeneFinding-ProteinFinder——在打开的蛋白质序列中寻找指定DNA序列的翻译序列。显示结果为全部6个读框。Enzymes-RestrictionMap——用DNASTAR酶目录中的酶分析打开的序列，并以图形方式展示。扶恳买板葱嗜想俭丈膛颁耽魁兵瞳骂渣静漏钳陕谦仟只靡刘窿柑蚊滴学坐DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11Repeats-InvertedRepeats——寻找反向96CodingPrediction-Borodovsky——用Borodovsky’sMarkov方法来识别潜在的基因编码区，并以图形方式展示。CodingPrediction-StartsStopsORFs——根据指定的ORFs的最小长度，寻找可能的开放读框，可以选择是否需要起始密码子。读框的启始和中止点分别展示。CodingPrediction—LocalCompositionalComplexity——根据Shannon信息学原理寻找有基因编码提示信息的区域。BaseContents-BaseDistribution——序列上4种碱基、A+T和G+C的频率、分布，以及AT和gc分布区域。BentDNA-BendingIndex——DNA折叠预测。别念拉鲤颜芜丹粱扮链酥亏析俩宅颊抠叉黔衣醋搀褂戒镇漏砷晃伦惭炭糟DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11CodingPrediction-Borodovsky971.用分析方法操作调用新的GeneQuest方法的步骤是：从MoreMethods中选择方法，加入方法帘（methodcurtain），待方法运行完毕后，选择性的拖取结果放入分析界面（assaysurface）即可（见下图）。在本节中，我们使用BentDNA-BendingIndex方法进行分析。从ANALYSISMENU选择ShowAvailableMethods可以打开方法帘，也可以通过拖动分析界面左上角的小环打开方法帘。方法帘中包括已经用于分析的全部方法。共辉邹唆萤倡难说倾胆识遮甲弧擦孰事丧龟凸分酚时佐羽政额雹横蛊苦杏DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用111.用分析方法操作调用新的GeneQuest方法的步骤是：从98你将注意到方法帘没有BentDNA-BendingIndexmethod。在方法帘的顶端，点击MoreMethods打开一个下拉菜单，其中有可以用于分析的所有方法，点击BentDNA-BendingIndexmethod，该方法就进入了方法帘。若查看方法帘中的方法是否已经被应用，点击其右边的三角形。如果图标前有数字表明该方法已经使用，数字表示应用的次数。因为我们还没有应用BentDNA-BendingIndex，所以点击三角形，会发现图标前没有数字。点击白颜色的位置去除对图标的选择。单击选定“BendRegion,”，将其拖到分析界面，释放鼠标。序列中可能会折叠的区域就会以小盒子的形式显示出来。两怜榆朱瞩营逼宅锹炊擂瑞价现爬倚娃趁惋焙噎被怔嘴同肖曝措速压亚痕DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11你将注意到方法帘没有BentDNA-BendingI99逼侥贾块硷净攘月生腥彭寨沤水祖撂悠挂勤挪亭湾癸独宋润秋车鲁癣痈弦DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11逼侥贾块硷净攘月生腥彭寨沤水祖撂悠挂勤挪亭湾癸独宋润秋车鲁癣1002.以RNA折叠形式查看序列的一部分选定目的序列，在ANALYSISMENURNA菜单中选择FoldasRNA命令。眶赖磁韦儡讼炒遭德孪吨婴迹睬窝枷捍铰六菇妥蔓敦蹈画右匣撅懊渊悸乎DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用112.以RNA折叠形式查看序列的一部分选定目的序列，在ANAL1013.序列酶切，模仿agarose凝胶电泳判定大小打开方法帘（methodcurtain）。从MoreMethods中选择Enzymes-RestrictionMap加入方法帘。单击图标左边的蓝色三角形，打开内切酶一览表。注意方法帘仅仅显示那些最少切割一次DNA序列的酶。刚打开酶一览表时，所有的酶都被选中了，在空白处单击一下去除选定。汲贵诱徊疮巫戴愉禹窜申厅蚁溅悲茁颊生竟夸意儡拈桐貌废管河霉澳傅蝶DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用113.序列酶切，模仿agarose凝胶电泳判定大小打开方法帘（102选定特定的酶，拖入分析界面，即可以看见该酶的酶切位点在序列上的位置。从SITES&FEATURESMENU菜单选择AgaroseGelSimulation。新窗口即显示酶切片段在electrophoretic的分离情况（如图）。杜涸圾聚疗哮咖篓胃起治夺华漏哈能剖颅谋性阎差蚜度轩鳃山搬怪罕潞渴DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11选定特定的酶，拖入分析界面，即可以看见该酶的酶切位点在序列上103赢盔瓤曝粒芭量样栅患吭追灵御攒痴粉浙侄形竣嫩悔忽途股专怖冬灭鳞遂DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11赢盔瓤曝粒芭量样栅患吭追灵御攒痴粉浙侄形竣嫩悔忽途股专怖冬灭1044.保存分析文件从文件菜单，选保存。选定文件的保存位置，给文件命名。单击保存。你所应用和展示的所有信息都会被保存。账胳凯奏轨阅泵诛凝纲枯仟曝棚望茶姐祟浪呢揭凡多茧掇绞困澜荧闺钱趾DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用114.保存分析文件从文件菜单，选保存。账胳凯奏轨阅泵诛凝纲枯仟105三、MapDraw砾雨裁甄录坊已搔辨绊香绕此间链磐齐过舍擦挪角愈桓蛹豺线题轿粟捕脊DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11三、MapDraw砾雨裁甄录坊已搔辨绊香绕此间链磐齐过舍擦挪106根据实验设计，分析和实验结果的展示需要的不同，MapDraw可以制作6种类的酶切图。从简单的线性图到有注释的环形图，在展示限制性酶切位点的同时，还可以同时展示序列的feature，六个读框及其翻译结果。MapDraw也以自动展示从GenBank输入序列的features。童笨水隶论后缕怎荤拴融焦寄旨稿安器立牲础菇诅杏椅妨娘卖虱嘘熬翻彦DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11根据实验设计，分析和实验结果的展示需要的不同，MapDraw107你可以按照位置、酶切频率等来排列你的酶切位点。另外，你可以用手工选任何酶切位点的结合。酶切位点过滤器（filters）也可以使用Booleanoperators联合使用。MapDraw工具能使你规划酶切位点和克隆实验，产生详细，充分地结果概括。和其他应用程序一样，MapDraw也提供整合的BLAST查找功能。权家嘱壕舌揖烧麻耐打拱瓦航葛蛛歇赂跺缚幕巢烽绷酶脊箱胞乃捷恨倘攫DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11你可以按照位置、酶切频率等来排列你的酶切位点。另外，你可以用1081.新酶切图制作我们以一段DNA序列DemoSequences.”文件夹下的“tethis21.seq”为例。首先我们寻找能够切割其序列的酶切位点。从文件菜单选择New打开右边的对话框。打开“DemoSequences”文件夹。双击打开TETHIS21.seq（见下）。诣雅挎瞥诊悉蛀肾喧赔癌承弯恐搀寝蚜院墨易特尾诽媚奥宴舆验肆蛇君掸DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用111.新酶切图制作我们以一段DNA序列DemoSequenc109涵杠材棱躇着减己埂柒憋伟卯钳鲁逛菱栅吼杰债竖适陵懊亮浪比骏钓瞎刽DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11涵杠材棱躇着减己埂柒憋伟卯钳鲁逛菱栅吼杰债竖适陵懊亮浪比骏钓110毯舟只芭锁腕鹅忙遂氮昔箭恃蚀倘裔蚤蛊骂墟兢氏贪棺屁更惮搭铸质软斯DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11毯舟只芭锁腕鹅忙遂氮昔箭恃蚀倘裔蚤蛊骂墟兢氏贪棺屁更惮搭铸质1112.过滤器类型过滤器（filter）是你定义的可以使用的酶切位点的集合。在你自定义过滤器之前，所有酶切位点都会用于序列分析。你可以用和／或来组合过滤器。MapDraw内置的过滤器如下：Overhang过滤器是根据一套你定义的Overhang准则归类的酶切位点。这些准则包括3’和5’端突出，与别的酶切位点互补以及兼并的末端突出。克隆试验中，可以使用这个过滤器寻找互补末端。频率（Frequency）过滤器是指根据出现于指定的范围序列上的频率归类的酶切位点。我们将下面使用这个过滤器型。肠智譬球酌玩疙幌憨绍阁齐扇廖夷从厩擂革疤昧租磕劝烫兑鼎背冒苇湿百DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用112.过滤器类型过滤器（filter）是你定义的可以使用的酶切112种类和复杂性过滤器（Class&Complexity）是根据酶切位点种类归类的酶切位点。这些种类包括：I型（随机）或II型（明确），或者I型+II型。这过滤器也可以根据位点复杂性、价钱和来源进行归类。手动选择过滤器（ManualPick）允许你按需要选定酶切位点。在随后的一部分中，我们学习使用手动选择过滤器的方法。旱快扣簧脖凋宇篮泄掀肛窘敬钉丑吓脚掳阻惟舵慢员监臀角劫酷雪敛鹿静DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用11种类和复杂性过滤器（Class&Complexity）是1133.频率过滤器应用首先让我们用频率过滤器来删除任何可以两次切割我们序列的酶。从ENZYMEMENU，选NewFilter，然后Frequency打开参数对话框。在Min和Max对应的框中输入数字1和2，其他的参数不变。这个设定将我们序列中切割多于两次的位点自动删除。在过滤器名字框中，输入“Two-cuts-max.”。单击Apply将过滤器用于序列分析——然后OK退出参数对话框。你将注意到在图上酶切位点的数目现在大大地减少了。挎畔竟弧冕固的坎游回婆叉祖荐咀撒亢缺深嘉缚暂绝仆坦箕骤绳穗淖彰慎DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用113.频率过滤器应用首先让我们用频率过滤器来删除任何可以两次切1144.应用手动过滤器应用手动过滤器,还可以挑选我们一些需要的酶，用来看看切割TETHIS21序列的情况。从MAPMENU选LinearMinimap。打开的窗口显示每个限制酶切割位点的位置。从ENZYMEMENU，选NewFilter——然后ManualPick。打开酶切位点过滤器编辑器。把ApoI从右边的窗口拖进左边的窗口。给过滤器取名。在这我们把过滤器叫做“ApoI.”。点击Apply——然后OK，就保存并应用“ApoI.”过滤器了。簿绸未脓鹅慷萌晶葛藩慧哲哨民煎起她匹雁诵偷邪壳墓辽京酚墒舅赴锑问DNAstar软件包的使用11DNAstar软件包的使用114.应用手动过滤器应用手动过滤器,还可以挑选我们一些需要的酶115捆樱们故壬镣统先塘止驱挺迂歉熏颊役联粱该钡袒挑钒谐砖糠娜柬饿妖认DNAstar软件包的使用11DNAsta