化学化工软件origin2.等多个文件-第七次

（1）菜单栏菜单栏共有11个下拉菜单，每一个下拉菜单中都包括相应

令。其中如果相应

令前有√，则该条命令已经被执行；若命令后有角表示该指示条有子菜单；指示条灰色表示该命令未激活。ChemDraw的菜单栏“File”菜单命令文件命令的下拉菜单包含三大模块1.ChemDraw模块——化学结构绘图是世界上最受欢迎的化学结构绘图，是国际上

期刊指定的格式。2.Chem3D模块——分子构型与仿真分析具有完整的界面及功能，提供工作站级的3D分子轮廓图及分子轨道特性分析，并和数种量子化学结合在一起。3.ChemFinder模块——化学信息搜寻整合系统智能型的快速化学搜索引擎。可以建立化学数据库、

及搜索，也可以使用现成的化学数据库。2.2

ChemDraw的使用2.2.1

概述2.2.2

化学结构绘图2.2.3

ChemNMR-核磁谱的计算2.2.4

ChemProp-分子物理化学性质计算和标准命名2.2.5

原子轨道和分子轨道图的制作ChemDraw可在Win9X/Win2000/WinXP下运行。双击相似，依提供，程序打开后，窗口主界面与一般Windows次为菜单栏、

和文档区以及状态栏，了很多常用的化学分子及化学键。使用时只用鼠标点一下

中所需工具，移动鼠标到编辑区后，鼠标指针变为“+”，再在文档区的合适位置点击鼠标，则分子结构式就会出现，使用十分方便支持Windows剪贴板，所有结构式可以方便地剪贴到Word文档中，而当要修改时，只需在Word文档中双击结构式，即可打开ChemDraw进行修改。ChemDraw是ChemOffice中使用最为频繁的组件2.2.1

概述ChemDraw奉行的理念是：化学家能懂的，

ChemDraw也应该能懂结构主格式栏绘图区模板菜单栏状态栏主界面套索实键

双键

虚键

切割键切割楔键黑体键黑体楔键空心楔键波浪键表格长链环丙烷环环戊烷环环庚烷环

环己烷椅式环戊二烯环蓬罩橡皮文本笔箭头轨道绘图元素基元化学符号弧形原子反应模板环丁烷环环己烷环

环辛烷环

环己烷椅式苯环H2NCH

CCH2OHONNHOHHOOHHHOHOHHHOHOHOOHHHOHOHHHHOH绘制与编辑典型化学物质结构式（1）键工具：主工具图标板上提供了九个键操作令，其中双键命令板中的子菜单中还包括12个键命令。利用键工具进行结构绘制操作的基本操作：首先在命令面板中选取键命令，绘制的基本操作是“点位”、“拖动”和

“点击”。绘制分子结构的基本操作①键的产生：点位后，向某个方向拖动可以产生。直接单击，产生所选择类型的化学键，连续点击两键相连默认角度为120度。点位位于一键的起点（显示小蓝块），沿键拖动会产生重键。点位为于键中间，单击同样可以产生重键（三键点击后变单键）。官能团或元素符号的输入②元素符号的输入：③键及元素文本属性的设置：目标设置窗口（2）环工具：主工具面板中提供了10种环工具命令，其中在模板命令中还有芳香化合物模板和双环模板可以绘制环状化合物。环的绘制面板中选取相应的环命令后，直接在绘制区点击可产生相应的环。点住鼠标左键不放，拖动鼠标可以对环的大小，放置的角度进行改变。环己烷的椅式构型直接点击为水平放置，按Shift键点击可由水平变为垂直。在面板中任选一环命令，按Ctrl键点击，可以在环中产生不定域共轭圈。环的连接选择键命令或环命令，直接在环的任何一个节点处点击或拖动可以实现键的连接或环与环的点连接。选择环的一个节点，按住鼠标左键，从一个节点拖至另一个节点，可以实现环与环的双点连接。元素符号的输入与目标参数的设置与键操作类似，同样在“Structure”菜单中可以对选择的键的属性进行设定。（3）链工具①链的绘制选取长链工具，在需要进行的连接原子或环上点击或拖动可产生链；同时弹出链长

框，可以选择增长链的长度。链长框②链属性的设置（4）化合物结构绘制示例CH3H3CCH3CH3CH3H3CCH33H

CCH3CH3胡萝卜素结构连接点及单键的产生图4-14长链的生成结构的及旋转两个结构的连接连接前的胡萝卜素结构绘制化学反应方程式1反应物结构式的绘制普通分子结构的绘制离子结构的绘制结构的绘制结构的绘制方程式的建立2箭头的选择利用绘图工具选择合适的阴影框罩住方程式（3）化学反应方程式绘制举例乙酰水杨酸又称为阿司匹林，为常用的退热镇痛药物。最常用的方法是将水杨酸与乙酐作用，生成乙酰水杨酸。乙酰水杨酸OHOOCCH3COOH(CH3CO)270°C80°C

15min水浴COOH修改得到的乙酰水杨酸结构式乙酰水杨酸反应方程式模

板箭头、轨道、绘图元素、括弧、化学符号、询问工具模板氨基酸模板芳香族、双环、生物艺术模板玻璃仪器模板构象异构体模板环戊二烯、环烷模板DNA、RNA模板官能团模板己糖模板苯环模板多面体模板立构中心模板超分子模板垂直 上的【模板】按钮包含了常用的和重要的模板如多种较复杂的分子种类和玻璃仪器模板绘图实例绘制阿司匹林结构式OOHOOaspirin

利用模板按左图绘制出简式；单击选取框按钮，选中画好的阿司匹林结构式；执行【Structure】/【Clean

UpStructure】菜单命令，整理图形到最佳状态。图形存盘ChemDraw文件的扩展名为“cdx”，执行【File】/【Save

As】菜单命令，即可保存。图形的旋转与缩放检查结构错误和整理结构式根据化合物名称得到结构式根据结构得出化合物命名核磁

化分子结构估计性质元素周期表符号、字体和颜色快捷菜单和快捷键绘制化学反应式绘制实验装置移执行【Structure】/CheckStructure】功能自动执行执行【Structure】/【Convert

Name

to

Structure】菜单命令如aspirin、EDTA、morphine、2-acetoxybenzoic

acid等2.2.2

结构绘制功能1.简单的无机反应式和有机分子式有所增ChemDraw中可以 输入反应式文本，在应用“Formula”进行优化，其Formula格式化的智能程度较其他强。2.

（

）投影式3.Haworth（

）投影式4.

（纽曼）投影式5.

化学1.（）投影式文本工具单键工具下图为葡萄糖分子的投影式首先使用单键绘制工具建立主碳

，重点是要确保下一个单键紧接在上一个单键的下面（鼠标会提示）。完成后仍然使用单键绘制工具建立其他C—H和C—OH键，也要保证每个键之间的 点，最后使用文本输入工具输入文字，View菜单的

ysisWindow功能可以提供一些当前结构的简单信息这根直线其实是五个单键连起来的2.Haworth（

）投影式下图为α-D-葡萄糖的Haworth投影式绘制这个图形使用单键、文本、楔键等工具和对象的旋转、缩放等操作首先建立一个六元环（环己烷），选中六元环并旋转90度（用鼠标或Object菜单的Rotate命令），用文本输入工具把六元环中的一个碳原子变为氧原子，然后使用单键

建立其他化学键。关键在于第五个碳原子的向下方向的键，为了避免与其他键交叉需要按住Alt键再绘制。接着选中整个图形，按住Shift键进行缩放（不对称缩放），把高度缩小至

50%，用文本输入工具输入相应的基团，再用楔键工具修改即可使用单键工具按住Alt键绘制，适当减少长度以免与下面的键接触3.

（纽曼）投影式投影式绘制相对比较简单。关键在于化学键的叠放顺序（图层相互覆盖的问题），方法是选中一部分对象，按鼠标右键选择Send

to

Back和Bring

to

Front以改变其层次关系。4.化学下图中的四个结构式是同一种物质第二个图形是使用Object菜单的ShowStereochemistry命令建立的第三个图形是第二个图形水 转的结构第四个图形是第三个图形垂直旋转180度的结果为了出现Rotate180Vertical，这个菜单项需要同时按住Alt键2.2.3

ChemNMR-核磁谱的计算ChemDraw提供了核磁位移的估计计算，可以在选定分子后在Estimate菜单选择1H

NMR

Shift或1CNMRShift，相应给出分子各个H或C的位移。列表给出详细资料：心血管药物心得安（propranolol）执行【Structure】/【Predict1H-NMR-Shift】菜单命令执行【Structure】/【Predict13C-NMR-Shift】菜单命令分别执行【View】/【Show ysis

Window】和【View】/【Show

Chemical

Properties

Window】菜单命令执行【View】/【ShowPeriod

Table

Window】菜单命令，并可以得到该元素的物理性质利用实验仪器模板工具1和实验仪器模板工具2进行实验装置的绘制，在模板中选择所需的实验仪器，单击产生相应的玻璃仪器。玻璃仪器连接处为阴影。通过旋转选择框改变角度和大小进行玻璃仪器的连接。示范图例见下图4-24。绘制实验装置图执行【View】/【Other

Toolbars】/【Clipware，Part1或Part2】菜单命令可以用磨口玻璃仪器接插件迅速搭建化学反应装置2.2.4

ChemProp——分子物理化学性质计算和标准命名命名示例图示表ChemDraw绘制轨道的方法是使用轨道绘制工具箱，这个工具箱能够绘制s轨道、σ轨道、单瓣轨道、p轨道、杂化轨道、d轨道和dz2轨道。每种轨道都包括有三种填充类

型：背景色、阴影和纯色，具体的颜色则可以自己设置。下图是一个例子：原子轨道图与分子轨道图的制作2.

3

Chem3D的使用Chem3D是与ChemDraw配合使用的

，主要是为了打开三维结构，再使用各种量子化学

计算和

该结构的各种性质。构Chem3D中α-D-葡萄糖的显示效果图垂直模型窗口旋转柄旋转柄旋转柄线状模型

棒状模型

球棍模型

圆柱键模型比例模型建立3D模型的方法利用键工具建立利用文本工具建立使用子结构建立使用模板建立利用子结构建立3D模型子结构模型库使用模板建立3D模型利用模板建立富勒烯3D模型中改变元素序号:首先选中模型。执行“Edit”菜单中的“Select

All”命令或ctrl+A快捷键；然后整理结构，执行“Tools”菜单中的“CleanUpStructure”菜单命令。使用垂直

的工具，双击需要改变序号的出输入框，输入原子序号，按回车键完成原子序号的更改。改变元素:双击需要改变元素符号的

出输入框，输入元素符号，按回车键完成原子序号的更改。若原子的三维结构中显示孤对电子，执行关闭“Tools”菜单中的“Show

H’s

ans

Lp’s”命令，可不显示氢原子和孤对电子。改变元素序号与替换元素ChemDraw结构式与3D模型间的转换

ChemDraw结构式转换为3D模型选中结构式，

到3D窗口中，自动转变成3D模型。

直接打开ChemDraw文件在3D窗口中执行【File】/【Open】菜单命令，在【文件类）”类型，单击型】窗口中选中“ChemDraw（*.cdx,*“打开”按钮打开文件。

3D模型转换为平面结构式选中3D模型，执行【Edit】/【Copy

As】/【chemDrawStructure】菜单命令，

该模型粘贴到ChemDraw窗口中。以乙烯为例，首先使用文本输入工具输入分子式CH

2CH

2，则会自动生成3D的乙烯分子，然后使用

yze菜单的Extended

Huckel

Surfaces功能，再使用View菜单的MolecularOrbitals（显示各种分子轨道），出现 框后可以选择显示HOMO还是LUMO，根据参数的不同产生的轨道形状不同，还可以选择不同的表面显示效果。整理结构与简单优化执行【Edit】/【Select

All】菜单命令，将模型全部选中；执行【Tools】/【Clean

UpStructure】菜单命令，整理结构执行【MM2】/【Minimize】菜

单命令，弹出【Minimize

Energy】框。单击RUN按钮开始对模型进行优化，最终给出能量最低状态。显示3D模型信息将鼠标移动至3D模型的原子上，会弹出一个窗口显示该原子的相关信息；将鼠标移动至3D模型的化学键上，会弹出一个窗口显示该化学键的相关信息，包括键长、键级等。

按住【Shift】键不动，用鼠标顺序选中连续的3个原子，然后将鼠标停留在任一个原子上，即可显示这3个原子形成的键角；要显示更详细的信息，可执行【

yze】/【Show

Measurements】/【ShowBond

Lengths】菜单命令下图是选择LUMO（N=7）的显示效果2.4

ChemFinder的使用概述ChemFinder是一个智能型的快速化学搜寻引擎，所提供的ChemInfo是目前世界上最丰富的数据库之一，他可以从本机或网上搜寻分子结构文件。根据结构式检索根据分子式检索根据化学名称检索根据相对分子量检索使用化学反应数据库查找免费网络资源2.4.2

根据结构式检索ChemFinder自带多个数据库，其扩展名为“sfw”

启动ChemFinder打开

框，其中包括3个选项卡，单击【Existing】选项卡单击选中“CS_DEMO”数据库，单击“打开”按钮根据分子式检索输入分子式输入C5-6N2，按回车键与输入分子式相关的结构选7项，可单击

按钮逐项查看单击【Switch

to

Table】钮，显示窗口变成列表根据化学名称检索输入*nico*，按回车键单击 按钮逐项查看，可显示大名鼎鼎的尼古丁分子，其貌不扬但危害巨大。输入“160-170”，按回车键共找到14项相关信息，尼古丁和邻苯二甲酸都在其中。使用化学反应数据库执行【File】/【Open】菜单命令，弹出【Open】

框查找到“ISICCsm”数据库，单击选中之，单击“打开”按钮出现主界面打开化学反应数据库“ISICCRSm”检索化学反应查找免费网络资源如果注意观察，会发现ChemFinder菜单栏上有一个【Online】菜单，可以

查找化学信息；该