HLA基因的杂合性缺失是肿瘤免疫逃逸的重要机制

1、Allele-Specific HLA Loss and Immune Escape inLungCancer EvolutionCell概述肿瘤新抗原的识别是产生免疫应答的关键，而HLA的表达及结构的完整 性是新抗原递呈的基础；作者开发了一种研究 HLA LOH( loss of heterozygosity in human leukocyte antigen)的分析方法，并通过独立的两种方式进行了验证；利用该方法在肺癌数据集中分析发现， 40%的 NSCLCs 样品中均存在 HLA LOH 现象；结果证实：HLA LOH是导致肿瘤免疫逃逸的主因之一。LOHHLA 算法及验证LOHHLA

2、算法A LOHHLAmalhodMMcriK Algimnil昭辱ITimorNAs rir -A LOHHLAmalhodMMcriK Algimnil昭辱ITimorNAs rir -fLmr；明SW iVKbLA曲Ji泄 P的FKAAyR-12-UlfcAA：淞亦 1 a聪jMifiMIG rwrai-flnwyrriiHLA 呻*平H毗吨口 列 3*F算法概述：1、提取比对到HLA基因上的reads，进行HLA分型；2、将目标 reads 重新比对到分型参考序列上；3、根据比对结果提取多态性位点信息；4、统计每个多态性位点对应logR及BAF；5、通过肿瘤纯度信息，估算各等位基因座对应

3、的 CNV。 LOHHLA 分析结果验证ASCAT versus LOHHLA (P1丽尸口ASCAT versus LOHHLA (P1丽尸口7酬/与相似软件相比，LOHHLA具有更高的敏感性;/经实验验证，LOHHLA分析结果具有可信性。HLA LOH在肺癌样品中的分布特点HLA LOH在肺癌中的发生率高HLA基因上点突变的发生率相对较低，LOH是更常见的变异类型;/肺癌中，HLA LOH的总体发生率接近40%，且在鳞癌上的发生率比腺癌高;高;/相比于主克隆，HLA LOH更倾向于发生在亚克隆分支上MO LOHLOH io NSCLC pmiary and brain m1astaisLO

4、H m rBCLC畔rlFLOH in bram metSElBsiB oniyNSCLC Primary tumorLOHBrain metalasisn-TiITOLdHJTn=305LDH43%MO LOHLOH io NSCLC pmiary and brain m1astaisLOH m rBCLC畔rlFLOH in bram metSElBsiB oniyNSCLC Primary tumorLOHBrain metalasisn-TiITOLdHJTn=305LDH43%nclQH 57% 217)/相对于原发灶,HLA LOH在转移灶中更常见CRUKOO62lufig sqi

5、fWDQUS cel cmrmcrn町CRUKW03 glung iiderxHiwEFiDn- iCTUKO031lung 逸日endear亡inoma.HLA-Sfli 工呷L0$ 审Si il1 如 S%JC25 and 10%)JC310)Tumor Yell stainingTCO(1 and 5and1 如 S%JC25 and 10%)JC310)Tumor Yell stainingTCO(1 and 5andQintU(K15) measuresRflOneyOOlS) messjpesq 0.5 q Q.Q qevade killing by avoding CD8 Tcall recognition. AhernaiivBr cher subclone&