ms模拟两分子碰撞流程

1、MS模拟两颗粒碰撞操作流程1步骤一：打开软件Materials Studio，新建一个文件图12在New Project的对话框中选择自己新建文件的工作路径和文件名称，点击OK，注意路径中不得含中文字符，一旦有中文字符会创建出错，如图2所示。假设将其命名为“example”，在左侧的工作栏内就会出现example，如图3。图2图33步骤二：创建颗粒模型2.1.导入分子结构（Al2O3）点击，会出现图4所示的对话框，双击Structure，在metal-oxides文件夹内选择Al2O3,双击Al2O3，或者选中后点击打开。结果如图5所示。图4图542.2.创建半径为20 球形的Al2O3颗粒模

2、型在菜单栏处，选择Build-Build nanostructure-Nanocluster,出现如图6所示的对话框，Shap处选Sphere，Radius处填20，其余项保持默认，点击Build，结果如图7所示。注意：要创建Al2O3颗粒，需要在Al2O3分子结构界面激活的状况下创建。图6图752.3采用步骤2.1和2.2的方法创建半径为5 的Pt颗粒。结果如图8所示。（1.2.Build-Build nanostructure-Nanocluster Shape：Sphere ；Radius：5）图86视图显示的一些操作：1.鼠标右键display style选择颗粒的显示类型，同时左下角

3、有显示颗粒内原子的个数；2.可以使用鼠标滚轮缩放图形；3.按住鼠标中键可拖动颗粒模型；4.按住鼠标右键可实现颗粒的旋转；5.点击 可以回到原始视图；6.点击 可以将颗粒视图还原到适合屏幕显示的大小。72.4 创建两颗粒模型，即在Al2O3颗粒旁边放一个Pt。2.4.1固定Al2O3颗粒。在Al2O3颗粒视图界面，Modify-Constraints，会出现如图9所示对话框，勾选Fix Cartesian position，关闭对话框。图982.4.2 在Pt颗粒界面，双击选中所有颗粒（或使用鼠标左键），点击 copy按钮，或者使用鼠标右键copy,或者键盘Ctrl+C来复制Pt颗粒。打开Al2

4、O3颗粒界面，Ctrl+V粘贴Pt至Al2O3颗粒界面，通过 将Pt移动到需要的适当的位置，结果如图10所示。图109步骤三.使用discover模块进行计算3.1 参数设定 为discover工具栏，点其右侧的下拉菜单 setup出现如图11所示的对话框，可在Job Control选择运算需要的核数。3.2 计算运行点击discover下拉菜单的dynamics，设置动力学计算参数，如图12所示，点击Run。图11图1210运行界面图1311计算完成后弹的界面如图14所示，点击OK。图1412步骤四.原子坐标导出MS运行的包含原子运动轨迹的文件是后缀为xtd的文件，通过读取prel语言编程的

5、文件导出xtd文件内每一帧的每个原子的坐标，并将坐标写入txt文档。操作如下：4.1 将转换文件拷入xtd文件所在目录的文件夹，针对此例，即将xtd2txt.pl拷入G:lhjmsexample FilesDocumentsNanocluster Disco Dynamics如图15所示。13右图16为显示文件后缀的操作，工具-文件夹选项-查看-隐藏已知文件类型的扩展名不打勾。图15图16144.2将pl文件拷入后从ms上读.pl文件,会跳出Import document的对话框，在下面文件类型处选择.pl文件，打开xtd2txt.pl 文件。界面如图17所示。图17154.3针对模拟现状修改

6、.pl文件（1）第31行my $doc = Documents./Nanocluster.xtd;Nanocluster.xtd改为自己要转换的.xtd文件的文件名。（2）第41行my $xmolNew(“SiO2trj 40A-10A 87373K.txt”);红色为将原子坐标写入的txt的文档的名称，可根据需要修改。16（3） 第49行my $framebegin=1;第51行 #my $frameend=2;如果要读取部分帧数，例如从第n帧到第m帧，就将49行的1改为n，51行中的2改为m，同时将51行的#去掉，即变为第49行my $framebegin=n;第51行 my $frameend=m;这里语句前#表示不执行此语句。相当于C语言中的%。174.4 运行脚本文件进行转化保持此脚本文件窗口处于激活状态，选tools-scripting-debu