教程blast-mpiblast编译运行

1、BLAST 编译，运行1.编译tar blast-2.2.13-ia32-linux.tar.gz1.运行数据库ftp:/ftp.ncbi.nlm.nih./blast/executables/blast/db/FASTA/nr.gz说明：nr.gz 为非冗余数据库；nt.gz 为核酸数据库；mou本次使用 nr.gz 的数据库产生索引a.gz 为每月更新的数据库，2./opt/programs/shnky/blast-2.2.13/bin/formatdb -i nr -p F -o T-i input file 参数用于指定需要格式的数据库-p type of file 用于指定文件类型，

2、T 为蛋白质，F 为核酸，默认为 T-o parse options 用于指定是否为 F。序列比对序列 ID 并创建索引，T 为创建，F 为不创建，默认3./opt/programs/shnky/blast-2.2.13/bin/blastall -p blastx -d nr -i test.txt -o out.txt-p program name 为需要使用的程序名 blastn 为 核酸序列对比搜索 blastp 为 蛋白质序列对比搜索blastx 为用被翻译的核酸序列在蛋白质数据库中搜索tblastn 为 用蛋白质序列在 核酸序列翻译后数据库 *1中搜索 tblastx 为用翻译后的

3、核酸序列 在 核酸序列翻译后数据库中搜索-d database name 指定所使用的数据库名称-i input file 待搜索的序列文件-o output file 指定保存结果的文件MPIBLAST 编译，运行编译1、到本地目录ncbi 套件使用包内自带的即可，无需重新，无需重新打补丁。2、解压缩压缩包tar zxvf mpiBLAST-1.5.0-pio.tgz3、进入解开的压缩包 cd mpiblast-1.5.0-pio4、在当前的目录执行如下命令三次./ncbi/make/makedis.csh第一次会碰到如下提示：make: * No rule to make ncbimain

4、.o, needed by libncbi.a.Stop.Fatal error building NCBI core libraries.Please be suret you have X11 and Motif libraries installed.The NCBI toolkit FAQ at ftp:/ftp.ncbi.nih./toolbox/FAQ.html may be helpful.第二次会碰到如下提示：make: * No rule to make ncbimain.o, needed by libncbi.a.Stop.Fatal error building NCB

5、I core libraries.Please be suret you have X11 and Motif libraries installed.The NCBI toolkit FAQ at ftp:/ftp.ncbi.nih./toolbox/FAQ.html may be helpful.第三次正常情况下会显示成功的信息：*The new binaries are located in ./ncbi/build/ directory*5、配置 mpiblast-with-ncbi=/home/inspur/mpiblast/mpiblast-1.5.0-pio/ncbi -enab

6、le-MPI_Alloc_mem6 编译Make7、安装 make install运行先设置环境变量export BLASTMAT=/opt/programs/sh export MPIBLAST_SHARED=/opt /sharednky/mpiblast-1.5.0-pio/ncbi/data/【如果很多例子都用一个 reference（FORMATDB 的输入文件相同），那么可以设置一个共享目录，这个共享目录下存放公用的 database，即相同 reference 产生的结果文件目录】export MPIBLAST_LOCAL=/opt/mpiBLAST_local_db（主要针对个

7、性化的 reference,每次formatdb 后的输出文件的路径；）建立索引/usr/bime -o fdb16-time ./mpiblast/bpiformatdb -N 8 -i nr -o T &8 将数据库分割的个数，一般分割为运行核数的数目序列比对mpdboot/usr/bime -o 16-np8-time mpiexec-np8./mpiblast/bpiblast -p blastx -d nr-i ./test/blast/16.txt -o 16-np8.out &/usr/bime -o 16-np16-m24-time mpiexec -ppn 8 -np16./

8、mpiblast/bpiblast -p./configure-prefix=/home/inspur/appbin-with-mpi=/opt/el/impiPut the date st to the file ./VERblastx -d nr -i ./test/blast/16.txt -o 16-np16-mls24.out &附：在 RHEL6.0 以上会出现以下错误：/usr/lib/gcc/x86_64-redhpng_load_file:inux/4.4.6/././././lib64/libXm.a(Png.o):Infunction(.text+0 x597): undefined reference to png_destroy_read_structcollect2: ld returned 1 exit sus make: * Psequin Error 1FAILURE primary make sus = 0, demo = 0, threaded_demo = 0, net = 2# # # # # #修改进入：/mpiblast-1.6.0/nclatform 修改linux.ncbi.mk 文件，修改第 26 行：“NCBI_DISTVIBLIBS = -L/usr/X11R6/lib -lXmu -Wl,-Bs Xt -lSM -lI