NTI使用手册中文版

1、第一章 安装和执行程序 第一章安装和执行程序 Vector NTI 目前为网络版本，需要连到主机确认用户权力后才能运作。厂商并没 有针对授权时间进行限制， 因此只要设定好 License Server 的相关设定即可使用， 不 需要额外进行申请。但用户 IP 位置必须位于海洋大学校内，方可与授权服务器联机。 请下载下面这个档案进行安装 http:/vecto.tw/Vector NTI Advance 10.exe 以下将说明如何设定的过程，变更为自服务器取得授权的方式： 1.选取开始程序集InvitrogenVector NTI Advance 10License Manager(图 1.1

2、)。图 1.1 授权设定 2.在 Applications 页面中(图 1.2)，点选下面的 Dynamic 按钮，上面四个字段请填 上使用者的姓名，系所单位，电话和电子邮件位置，最下面一栏 URL of DLS 请入以 下字符串： http:/vecto.tw:8080/vntidls.cgi。 DLS Server requires authentication 目前不需要勾选。 .tw/CMBB_REFIX/main/nti 1 Vector NTI 教育训练手册 图 1.2 授权设定窗体 3.在 Internet Settings(图 1.3)里面建议选取 Direct Connect

3、ion，这样当 IE 设定 Proxy 之后，才不会导致 Vector NTI 因为 IP 不在校内而不能联机。图 1.3 Vector NTI 授权网络设定 4.设定之后可以点选 Test Connection，程序会自动联机测试，如果在右边的联机结 果显示 Connection OK(图 1.4)，就表示设定成功；如果显示 Connection error，则 表示联机不成功，如果有开启防火墙/防病毒软件，请关闭或调整设定后再试一次。图 1.4 Vector NTI 授权网络设定，成功右下角会显示 Connect OK .tw/CMBB_REFIX/main/nti 2 第一章 安装和执行

4、程序 5.设定成功后，在 Dynamic license 的页面记得按下 Apply，最后在 Applications (图 1.5)把所有项目的 Demo mode 改成 Dynamic license。图 1.5 授权设定，将所有的 Demo mode 改为 Dynamic license 6.依上述流程开启 Vector NTI 应该都可以正常用户许可证运作， 如果发生联机问题请 与本中心的人员联络。 联机设定完成后就可以开始执行程序来操作了， 首先 NTI 的文件夹有许多项目可 供选择：其中一个为主程序(Vector NTI)，而其他的功能项目是附加在主程序底下，可 以各别开启操作，也

5、可以在主程序下面执行(图 1.6)。图 1.6 Vector NTI 主程序及附属程序 各别开启 主程序开启 .tw/CMBB_REFIX/main/nti 3 Vector NTI 教育训练手册 首次进入主程序后系统将提示是否允许将新数据填入Vector NTI数据库中，点选 OK。这样DNA molecules， proteins， enzymes， oligos，and gel markers 将组成NTI 的 数据库，并出现下列三个窗口(图1.7)。图 1.7 左边为文字窗口，右边为图谱窗口，下方为序列窗口 图谱窗口 文字窗口 序列窗口 这三个窗口为文字窗口、图谱窗口和序列窗口。文字窗

6、口会将分析结果，作简 单的文字叙述，并且可以自动做注记；图谱窗口会将序列以一个卡通图形进行说明， 同时具有绘图的功能；序列窗口会将分析结果，标定在序列上面，以序列呈现出来。 接下来就是将序列加载程序中，我们可以将实验或是搜寻所获得的序列数据放 进程序，本文将以一个针对斑马鱼基因筛选实验所得到的序列作为范例。加载序列最 直接的方式是从程序的左上角点选FileOpen将序列档案开启，但是注意档案必须为 GenBank/GenPept， EMBL/SWISS-PROT 或FASTA、ASCII等格式，要在符合格式的 情况下才能顺利开启序列。另一种方式是用剪贴的方式将序列贴入程序中，将在第二 章介绍。

7、 .tw/CMBB_REFIX/main/nti 4 第二章 数据库建立和储存序列 第二章数据库建立和储存序列 在了解主程序的样子之后，接下来必须要先了解 NTI 的数据是如何储存和读取， 并且建立自己的序列数据库。 NTI 的程序中会有一个内建好的数据库， 在 同时把 存盘的路径预先设定在数据库的位置之中。我们自身主机的数据库叫做 Local Database，同时 NTI 提供了数据库分享的功能，可以透过网络和其他主机交换或 分享序列数据。 如何建立自己的数据库？首先在主程序下点选 数据库， 图示(图 2.1)：图 2.1 使用 Local Database 开启数据库 （Local Da

8、tabase）开启 为分享和交换数据库的指令。Local Database 开启后会看到下面 进入数据库后会先看到右手边的窗口有一大堆数据， 那是程序事先内建好的 序列数据，可以直接点选开启。数据库会因为序列的性质不同而有不同的归类， 想要看不同的类别可以在左上角选择。 .tw/CMBB_REFIX/main/nti 5 Vector NTI 教育及训练手册 图 2.2 建立数据库 接下来要建立属于自己的数据库了，以斑马鱼的基因序列为例，第一步在 后会在 Invitrogen vectors 下方出现 ，会跳 DNA/RNA Molecules (图 2.2)的项目下点选 一个 Group1

9、的文件夹，可以自己改名。在新的文件夹项目下再点选 出一个窗口(图 2.3)：图 2.3 新建数据库 旁边的字段可以输入名称，接着点选 DNA/RNA Molecule(图 2.4)： .tw/CMBB_REFIX/main/nti 6 第二章 数据库建立和储存序列 图 2.4 新的 DNA/RNA 模块 在此项目下可以选择序列的特性， 这些项目的选择会影响到主程序的分析和 图谱形状，可以依照序列的特性设定。 接着再点选 Sequences and Maps: 图 2.5 编辑斑马鱼海大基因的序列 在此窗口(图 2.5)下， 我们就将要加载的序列先全选后再按复制， 之后在这窗 口下点选 Past

10、e 后就可以贴入序列。 .tw/CMBB_REFIX/main/nti 7 Vector NTI 教育及训练手册 图 2.6 贴上斑马鱼海大基因序列 接着按 OK 后再按确定(图 2.6)，如此便建立好我们的序列数据了。之后要开 启此数据时，只要进入 Local Database 后，在自己建立的文件夹下连续点两下该 文件名就可以直接开启。 NOTE：上一章提到剪贴方式加载序列的方法和上面相同，只是要从主程序中左 上角的 FileCreate New SequenceUsing Sequence Editor (DNA/RNA) or Using Sequence Editor (Protei

11、n)。从这条路径一样可以建立序列资料，但是存盘时会存在 内建好的 Database 中。 存档：我们把序列加载主程序后要如何储存？NTI 已经默认档案储存路径是指向 Local Database，只要按下 就可以存盘。除此之外，当我们把程序关闭时，程 序也会自动帮我们进行自动储存的动作，可以避免我们忘记储存的疏忽。一般来 说档案存在 Local Database 的文件夹内是很安全，但是为了以防万一，在此强烈 建议再存一个备份文件：在 File 项目下选择 Save as 后就可以选择我们想要储存 的文件夹位置。欲开启储存的档案只要连续点两下就可以直接打开。 .tw/CMBB_REFIX/ma

12、in/nti 8 第三章 接口基本操作 第三章接口基本操作本章介绍序列窗口和文字窗口的基本操作指令。 现在我们已经将斑马鱼的基 因序列加载主程序中，接下来要如何处理文字和序列的编辑呢？ 汇入序列后将出现如图 3.1 画面：图 3.1 一般接口操作指令 注意在红色框线的那一排是窗口的一般操作指令，随着光标所在位置的不 这三个指令，分别代表着三 同，窗口所出现的指令也会不同。先看 个不同的窗口，依序是文字、图谱和序列窗口。若要在不同的窗口下进行检视或 编辑，可以按这三个按钮或是直接将鼠标点击该窗口。在这三个指令后面的按钮 则是该窗口可执行的功能，此图则是位于检视图谱窗口。 文字窗口会把我们所执行的

13、分析指令作一个简单的描述整理， 以文件夹的型 态显示，可以打开文件夹看个别的描述；其他叙述和说明则是在我们上一章所提 到，剪贴序列时操作窗口中可以设定的部分。我们在加载序列的时候会看到图谱 被程序标上限制酶的切位，若不需此信息可以在文字窗口下按 序列窗口的编辑点：点选 去除。 或者是将鼠标点击序列窗口，所出现的指令有 ，其中 .tw/CMBB_REFIX/main/nti 9 Vector NTI 教育训练手册 是和 office 系统一样的文字 编辑指令，我们只要将欲编辑的序列用鼠标反白后，点选这些指令就可以修改字 型、大小和颜色等文字编辑的功能，以下是将序列背景颜色和文字颜色进行编辑 过后

14、的样子(图 3.2)，我们可以依个人喜好来掌握文字的编辑。图 3.2 修改序列背景、字号和颜色 图 3.2 是将其中一段的文字背景改成紫色，另一段的文字颜色改成红色。学 会了文字编辑后，接下来我们发现序列的排列似乎不是很美观，想要改变序列的 排列方式可以在序列窗口状态下点鼠标右键进入 Display setup，或是点 这时会出现下面指令(图 3.3)：图 3.3 检视工具 按钮 点选 Sequence setup 项目后会出现： .tw/CMBB_REFIX/main/nti10 第三章 接口基本操作 图 3.4 序列检视工具 我们可以在这个序列检视工具 (图 3.4)之下设定各种的排列方式

15、，底下的序 列窗口为一个预览窗口，会依我们的设定而变动，将设定调整好后按 OK 就可以 了，如此一来就可以有一个整齐美观的序列呈现在我们面前。这些序列排列的设 定可以在 Display setup 的窗口内点选 Save settings as 储存，之后只要开启主程序 就会依照我们的设定来排列(图 3.5)。图 3.5 编排斑马鱼海大基因序列，让画面更加清晰 指令： 的指令可以用来显示序列的互补股，主程序会 自动帮我们执行此功能，如果不想让序列显示互补股，只要单击该按钮就可以将 此功能解除，序列就只会显示单股序列。 指令：这个指令可以直接将基因序列转译成胺基酸序列，转译出的胺基 .tw/CM

16、BB_REFIX/main/nti11 Vector NTI 教育训练手册 酸序列会显示在基因序列上方(图 3.6)； 指令可以将胺基酸的序列反转录回基 因序列（序列必须为氨基酸） ，我们想要看基因转译的氨基酸序列时，只要用鼠 标选取欲分析的片段后再按下 击 析：图 3.6 蓝色区块上方为斑马鱼海大基因序列进行转译后的结果 就可以了，若要消除转译分析的结果，可以单 按钮就可以消除，下面的例子是选取一段斑马鱼的基因序列进行转录分 在序列编辑好以后， 如何将编辑好的序列输出呢？我们只要点选 或是开 启鼠标右键点选 Camera 后会出现一个窗口(图 3.7)： .tw/CMBB_REFIX/mai

17、n/nti12 第三章 接口基本操作 图 3.7 用 Camera，来储存序列 我们可以选择复制完整或部分的序列片段，若点选 file 可以直接将序列转存 为文本文件；若是点选 Clipboard 我们就可以复制序列到其他的档案下面，例如 Word、Power Point 等文件，选择好格式后点选 Copy，之后，在其他的程序中按 贴上就可以输出序列了，以下是输出至 Word 档的例子(图 3.8)：图 3.8 将序列复制到 Word 中 NOTE：由于 NTI 的序列文字格式和 Word 的默认字形格式不同，所以贴到 Word 后会有序列不整齐的现象。这时候可以将 Word 的字型和格式进行

18、修改就可以修 正。 .tw/CMBB_REFIX/main/nti13 Vector NTI 教育训练手册 指令：点选 可以搜寻我们想要寻找序列中的特定片段(图 3.9)：图 3.9 Find sequence 用来搜寻特定序列片段 在 Find what 的字段中输入欲搜寻的片段，按下 Find Next 就可以进行搜寻。 在 Options 可以调整我们想要搜寻的条件。 除此之外，我们可以在鼠标右键出现的指令中点选 Reverse selection 可以将 我们选取的序列转变成为此序列的互补股(图 3.10)：图 3.10 点选 Reverse Selection 产生序列的互补股 Ve

19、ctor NTI 还有在原有的序列中删除或是插入另一段序列的功能，想要在原 来的序列中插入另一段序列时，先将光标移动到想要插入的位置后，在上方 Edit 项目中选择 NewInsert Sequence at * bp，*表示插入的位置，图 3.11 中是以第 14 个 bp 的位置进行说明： .tw/CMBB_REFIX/main/nti14 第三章 接口基本操作 图 3.11 在序列中删除或插入片段序列 此时我们就可以插入新的序列， 并可以用手动输入或是复制贴上的方式进行 序列编辑(图 3.12)：图 3.12 编辑插入的新序列 按下 OK 就可以把序列插入(图 3.13)： .tw/CM

20、BB_REFIX/main/nti15 Vector NTI 教育训练手册 图 3.13 插入新序列的结果 若要删去序列中某一区段可以用相同的方法，选取该区段后按下图 3.14 选取所要删除的序列片段部份 按钮： 按下确定就可以将该区段删除(图 3.14)。在主程序 Edit 项目下 Cut 和 Delete 这两个指令也可以执行删除序列，操作方法同上。 NOTE：利用 或是 Cut 指令可以把删去的序列贴回原处或是序列的其他位置， 但是 Delete 指令不行。 要把删去的序列贴回只要再把光标移动到默认的位置上方 按下 ， 或是 EditPaste Sequence at * bp 就可以贴

21、回序列。 旁边的按钮 可以将我们选取的序列直接复制（和 EditCopy Sequence 一样）无论是 Cut 或是 Copy 的部分， 都可以贴到序列的其他位置或是其他档案（Word、记事本）中 。 .tw/CMBB_REFIX/main/nti16 第三章 接口基本操作 若要改变主程序中三个窗口位置，可以进入上方 View 选项(图 3.15)：图 3.15 使用 View 选项，改变主程序中窗口的位置 最下面的三个指令( Change panes layout, Maximize Pane, Switch to standard layout )(图 3.16)可依个人喜好更改窗口的位

22、置和排列方式。图 3.16 重新排列后的窗口位置 .tw/CMBB_REFIX/main/nti17 第四章 图谱的编辑与输出 第四章图谱的编辑与输出 Vector NTI 主程序中的图谱窗口有内建作图和图形编辑功能，我们可以依照 自身的需求进行绘图，图形可以进行输出成为个人的美术作品。 将光标点击图谱窗口之后可以见到下列指令： 这些指令中有一些和 上一章序列窗口有类似的功能，在此便不加以重述。 视图谱大小和形状： 可以检 能够改变图形的形状，把序列变成圆形或是直线， 圆形的图形适用于表现质体序列的形状；直线适用于表现单一股序列形状。图谱 大小用 来放大缩小图片，可以依照个人喜好调整。 图谱被

23、程序标上限制酶的切位必须要移除。在上方 AnalysisRestriction AnalysisRestriction sites 中点选 Remove ALL 再按 OK 就可以了。接着就可开始 编辑图形了。我们要在序列标示特定标记时，先将光标移至图谱窗口，接着按下 指令会出现图 4.1：图 4.1 编辑图形设定 .tw/CMBB_REFIX/main/nti19 Vector NTI 教育训练手册 在窗口中左边是程序已经内建好的图形， 每一个图形代表着序列种种不同的 生物功能；右边我们可以编辑图形的范围和命名，设定好以后按 OK 就可以了。图 4.2 选择所要编辑的图形 接着编辑的图形就会

24、出现在图谱窗口：图 4.3 选择斑马鱼海大基因，所出现的图形画面 .tw/CMBB_REFIX/main/nti20 第四章 图谱的编辑与输出 若要修改内建的图形显示方式，可以点选 按钮(图 4.4)，针对个人喜好 进行设定：图 4.4 Graphics Display Setup，为修改图形显示的工具 按下 OK 就可已更改为欲设定的图形(图 4.5)：图 4.5 修改后的结果 .tw/CMBB_REFIX/main/nti21 Vector NTI 教育训练手册 关于图形的大小和文字的更变，我们可以按住 Ctrl 后按下图 4.6 调整图形的大小及文字的变更 按钮，接着就 可以调整图形和文

25、字(图 4.6)： 我们还可以更进一步进行完整的编辑， 按下 按钮可以点选图谱窗口中任 何的图形或文字进行编辑(图 4.7)：图 4.7 更进一步的对图形进行编辑 点选图形或文本块后可以进行上下拖移和改变形状的功能； 按下鼠标右键可 以更改格式，点选 Properties 后可选择许多不同表示方法(图 4.8)： .tw/CMBB_REFIX/main/nti22 第四章 图谱的编辑与输出 图 4.8 点选 Properties 进行格式的编辑 按下确定就可以完成编辑(图 4.9)。图 4.9 利用 Properties 进行编辑后的结果 如果是在文本块下按鼠标右键， 并点选 Properti

26、es 可以进行对文字的编辑(图 4.10)：图 4.10 利用 Properties 进行文字的编辑 .tw/CMBB_REFIX/main/nti23 Vector NTI 教育训练手册 按下确定就可以完成编辑(图 4.11)。图 4.11 Properties 文字编辑的结果 在最旁边有个回形针的按钮(图 4.12)，点选之后可以输入相关的文字作为批 注。所输入的文字也可以进行相关的调整： 图 4.12 为图形增加文字批注 .tw/CMBB_REFIX/main/nti24 第四章 图谱的编辑与输出 按下 OK 就会显示在图谱窗口上(图 4.13)， 所输入的文字批注也会在文字窗口 中出现

27、。图 4.13 图形的批注结果 NOTE：想要删除图形或是文字的话可以点选欲删除的区块，按下鼠标右键或是 进入 Edit 内选择 Delete Feature Form FMap，再按确定就可以了。 图形的输出：在画好图片后，要如何从 Vector NTI 中输出呢？我们只要执行 指令(图 4.14)就可以将图形复制，操作方式同上一章所述。 图 4.14 将编辑好的图形输出 .tw/CMBB_REFIX/main/nti25 Vector NTI 教育训练手册 图形输出后可以进行再编辑，以复制到 PowerPoint 为例子(图 4.15)，输出的图 4.15 输出到 PowerPoint 的

28、图形结果 图形为群组图案，我们只要取消群组图案后就可以编辑图形和文字了。 如此一来我们就有一张漂亮的序列图形，可以应用在报告或论文写作上了。 .tw/CMBB_REFIX/main/nti26 第五章 序列转译 第五章序列转译 用户可以将 DNA 序列藉由 Vector NTI 软件转译成为胺基酸序列，第一个方 按钮(图 5.1)： 式如前一章所介绍的在主程序下直接用 图 5.1 将 DNA 序列转成胺基酸 如果想要取消这项功能，只要按下 就可以了(图 5.2)。 图 5.2 取消 DNA 序列转成胺基酸 .tw/CMBB_REFIX/main/nti27 Vector NTI 教育训练手册

29、序列输出时需留意 Vector NTI 的字型和格式与 Office 有所不同，输出后必须 要再调整字型跟格式。 另一种作法是将欲转译的序列选取后， 进入上方 AnalysesTranslation(图 5.3) 功能进行转译：图 5.3 利用 AnalysesTranslation，将 DNA 序列转成胺基酸 在进行转译之前，使用者可以针对特定的物种设定转译的密码，主程序的密 码设定为一般标准的密码，我可以进入 Set Genetic Code(图 5.4)来更改密码：图 5.4 利用 Genetic code 更改转译密码 .tw/CMBB_REFIX/main/nti28 第五章 序列转

30、译 此窗口的上方可以选取特定物种，用户若要进行密码编辑时(图 5.5)，可以按下 NEW 这个按钮进行编辑：图 5.5 选取海大斑马鱼密码进行编辑 决定好密码后，用户即可使用 AnalysesTranslationInto New Protein 来进行图 5.6 利用 Direct Strand 来进行序列正股转译 序列转译的功能： .tw/CMBB_REFIX/main/nti29 Vector NTI 教育训练手册 其中 Direct Strand(图 5.6)是将 DNA 序列进行正股转译；Complementary Strand 是将序列的互补股进行转译；而 6 Frame Tran

31、slation 是将正股和互补股各从起使 第一、第二和第三的位置进行转译，所以会有六个胺基酸序列数据产生(图 5.7)：图 5.7 进行 DNA 序列正股转译后的结果 执行这三个指令后程序会产生一个新的窗口(若采用 6 Frame Translation 功能 则会产生六个)，在程序执行转译功能前会跳出一个建立序列的窗口(图 5.8)，用 户可以在此窗口命名和进行相关的批注，也可以将此序列档案存放在 Local Database 的特定位置：图 5.8 序列转译之前的命名及批注编辑 .tw/CMBB_REFIX/main/nti30 第五章 序列转译 完成之后按确定就会出现序列转译后的结果(图

32、 5.9)：图 5.9 序列转译后的结果 进行转译功能后所产生的窗口，其界面的操作方式跟原本的窗口完全相同， 我们可以进行序列编辑、绘图以及数据输出，在文字窗口的 Analysis 项目可以看 到本程序对转译出蛋白质序列的相关批注。 Feature(图 5.10)：这个选项的功能和上述功能很接近，差别只是在于用户可 以利用此功能直接转译序列中的某特定区段， 只要把光标点选欲分析的区块就可 以执行此功能：图 5.10 利用 Feature 工具，可以直接转译序列中所选取的部分 .tw/CMBB_REFIX/main/nti31 Vector NTI 教育训练手册 CDS with Splicin

33、g：这个项目将在日后进行 Intron、Exon 分析时再进行更进 一步的说明。 AnalysesTranslationIn Sequence Pane：这个项目其实就等于 按钮，其 内建的功能跟 Into New Protein 是一样的， 差别只是在于转译的结果直接显示在原 本的序列上方。除此之外最下面多了一个 ORFs 的功能，这个功能可以帮助我们 分析序列的 Open reading frame： 首先使用者需先将分析 Open reading frame(图 5.11) 的功能打开。先将鼠标指向序列窗口，按下鼠标右键点选 Display Setup：图 5.11 利用 ORF 工具，

34、进行序列分析 我们只要把 ORFs 的项目打勾，若需要进行调整则按下 ， 此功能用户可以自行设定 Open reading frame 的判定标准，完成之后按下 OK，用 户将会在此窗口见到程序所注记的 Open reading frame 片段(图 5.12)：图 5.12 利用 ORF 得到由 ORF 分析的结果 .tw/CMBB_REFIX/main/nti32 第五章 序列转译 若要重新设定 Open reading frame 的分析只要执行 AnalysesTranslationIn Sequence PaneORFs，就可以重新进行条件设定(此项目等同于 )。 Back Tran

35、slation：此功能能够帮助用户把胺基酸序列反转译成为 DNA 序列， 使用者只要选取欲分析之片段，接着执行 AnalysesBack Translation 即可，执行 反转译功能后会出现一个新窗口(图 5.13)：图 5.13 利用 Back Translation 将胺基酸序列反转译为 DNA 序列 窗口上方的序列是原本的胺基酸序列，下方是进行反转译后所产生之 DNA 序列，我们可以根据物种的不同来进行条件的设定，Translation Table 可以下拉选 择物种。而 degenerate 的选项则可以调整退化程度，越往右边拉则序列退化度会 越大，反转译出所产生的 DNA 序列也就

36、越趋于复杂。窗口上方的 Table 指令可 以调整转译功能的相关参数设定，Camera 指令可以输出反转译的序列。 .tw/CMBB_REFIX/main/nti33 Vector NTI 教育训练手册 .tw/CMBB_REFIX/main/nti34 第六章 限制酶切位分析 第六章限制酶切位分析在 NTI 主程序中， 用户可以针对序列的限制酶切位和切割后的片段进行分析 (图 6.1)。在主程序中，开启上方 Analysis 选项进入 Restriction Analysis：图 6.1 限制酶切位和切割后的片段分析 在 Restriction Sites 的选项中用户可以设定欲分析的限制酶

37、：图 6.2 利用 Restriction Sites 选项设定欲分析的限制酶 .tw/CMBB_REFIX/main/nti35 Vector NTI 教育训练手册 在窗口的左边是程序默认的限制酶(图 6.2)，欲进行调整可以点选 Remove 或 是 Remove All 移除。若要新增限制酶可以点选 Add 增加：图 6.3 选取数据库中所要的限制酶 选取欲分析的限制酶后按 OK(图 6.3)， Restriction Sites 窗口下再按一次 OK 在图 6.4 选取的限制酶，分析产生的结果 就可以进行分析了： 使用者可以看到图谱和序列窗口都会显示用户加入的限制酶， 并且都注明了 剪

38、切的位置；在文字窗口(图 6.5) 打开文件夹，可整理每种限制酶的切位位置： .tw/CMBB_REFIX/main/nti36 第六章 限制酶切位分析 图 6.5 文字窗口所显示的各种限制酶切位位置 Restriction Fragments(图 6.6)：点选此项目可以分析剪切出来的片段大小：图 6.6 选择欲分析的片段进行分析 选择想要分析的限制酶按 OK： .tw/CMBB_REFIX/main/nti37 Vector NTI 教育训练手册 图 6.7 于文字窗口可以看到所分析的结果 在文字窗口(图 6.7)就可以看到分析的结果。 RFLP：这个项目可以比较分析同一限制酶对不同序列切

39、出来的片段数目(图 6.8)：图 6.8 利用 RELP 比较分析同一限制酶对不同序列切出来的片段数目 .tw/CMBB_REFIX/main/nti38 第六章 限制酶切位分析 左边的项目为其他的序列（可复选） ，这些序列数据是已经内建或是储存在 Local Database 中， 用户可以在 Subset 项目中转换数据。 右边的字段可以选择限制 酶（可复选） 。选择好之后按下 Calculate 程序就会显示分析后的结果(图 6.9)：图 6.9 利用 RELP 显示出所选取的分析结果 窗口中 Create Gel 的项目往后会再进一步介绍。 Find Common Non-Cuttin

40、g Enzymes(图 6.10)：这个项目可以帮用户分析哪些限制酶 不会对序列进行切割：图 6.10 使用 Find Common Non-Cutting Enzymes 左边的窗口可以选择序列（可复选） ，右边可以选择限制酶（可复选） 。点选 完毕之后再按下 Start： .tw/CMBB_REFIX/main/nti39 Vector NTI 教育训练手册 图 6.11 利用 Find Common Non-Cutting Enzymes 分析的结果 分析的结果会以一个窗口显示(图 6.11)，用户可以按 Print 打印结果，或是按 Save 储存。 （也可用 Camera 指令复制到

41、别的档案） Restriction Report(图 6.12)：这个选项可以把所有限制酶对序列剪切的结果进 行统计，这份表格同样可以进行打印、储存和复制：图 6.12 将所有限制酶对序列剪切的结果进行统计 .tw/CMBB_REFIX/main/nti40 第六章 限制酶切位分析 假设海大顶尖中心研发出一个限制酶 TsjI，其辨认剪切的序列是目前市上所 没有的，若要放入 Vector NTI 软件进行分析，用户需先进入到 Local Database 里 面点选左上角的 Enzymes 选项(图 6.13)：图 6.13 选取 Enzymes 选项，将新的限制酶加入数据库 接下和建立序列资料

42、的作法一样，使用者可以制作一个新的限制酶的档案 (图 6.14)：图 6.14 制作新的限制酶档案 .tw/CMBB_REFIX/main/nti41 Vector NTI 教育训练手册 用户在 Enzyme/Methylase 项目中设定限制酶的辨认序列和切点(图 6.15)：图 6.15 设定限制酶的辨认序列和切点 按下确定就可建立好限制酶的数据(图 6.16)，用户可以针对此限制酶进行分析：图 6.16 建好的限制酶资料结果 NOTE：限制酶的辨认序列除了 A、T、C、G 之外还有其他字母，这些字母分别 代表： R = A or G Y = T or C W = A or T S = G

43、 or C M = A or C K = G or T H = A or T or C B = C or T or G V = A or C or G D = A or G or T N = A or C or G or T .tw/CMBB_REFIX/main/nti42 第七章 电泳胶片分析 第七章电泳胶片分析 Vector NTI 可以将使用者的基因序列放在一个模拟的胶片中，并且模拟电泳 选项后会出现下列窗口(图 7.1)：图 7.1 模拟电泳图分析设定 图分析的结果。点选 此窗口中用户可以设定电泳的条件，例如电泳片的大小、种类、电压、缓冲 液等；在左下角的 View Paramete

44、rs 选项可以设定电泳运作的时间。设定好之后按 OK 就可以进入以下画面： .tw/CMBB_REFIX/main/nti43 Vector NTI 教育训练手册 图 7.2 设定完电泳条件，会得到左边窗口的样子 选 右边的窗口是用户的电泳胶片，左边的窗口会有详细的文字叙述。使用者点 选项就可以选择 Marker(图 7.3)：图 7.3 选择所要制作的胶片 .tw/CMBB_REFIX/main/nti44 第七章 电泳胶片分析 按下 OK 后 marker 就可以加入右边的胶片中(图 7.4)：图 7.4 加入胶片之后的结果，呈现在右边窗口 接着加入使用者的样品，只要点选 选项即可： 图

45、7.5 加入使用者样品 此设定窗口(图 7.5)和上一章所提到的 RFLP 设定完全相同，用户只要选取数 据库中的基因序列及限制酶后，再按下 Add to Gel 就可以加入胶片中了： .tw/CMBB_REFIX/main/nti45 Vector NTI 教育训练手册 图 7.6 加入斑马鱼海大基因胶片 此窗口(图 7.6)样品和限制酶一样可以复选， 使用者可以针对不同的需求进行 调整，要放入胶中的分析物只要按下 Add to Gel，选取完所有的样品后关闭此窗 口就可以进行电泳分析，把光标移至电泳片上方：图 7.7 加入样品后的结果，电泳分析的结果 使用者可以见到上方有一个时间轴的按钮

46、，只要点最 .tw/CMBB_REFIX/main/nti46 第七章 电泳胶片分析 右边的按钮就可以进行分析，时间旁边的两个按钮可以手动控制电泳分析的时 间：图 7.8 控制电泳分析时间，分析不同的时间点 若要停止电泳分析只要在胶片上面在点一下鼠标左键就可以了。 电泳分析的 结果的储存方式和主程序的储存方式相同。使用者打开左边的文件夹后，会见到 电泳分析的结果；右手边胶片数字编号的部分，按下鼠标右键后也可以见到电泳 分析的结果(图 7.9)：图 7.9 打开左窗口的档案，于右窗口得到电泳分析结果 .tw/CMBB_REFIX/main/nti47 Vector NTI 教育训练手册 使用者还

47、可以计算被限制酶剪切的片段在胶片上分离的时间， 只要用鼠标选 就可以了(图 7.10)： 取欲分析之片段，再按下 图 7.10 剪切限制酶的片段，进行片段的电泳分析 电泳图的颜色和线条可以进行编辑，用户只要在左边窗口(图 7.11、7.12)中 选项进行编辑： 的文件夹按下鼠标右键或是点选 图 7.11 在文件夹按鼠标右键，以编辑电泳图的颜色或线条 图 7.12 设定电泳图的线条 .tw/CMBB_REFIX/main/nti48 第七章 电泳胶片分析 若内建数据库中没有用户欲分析的 Marker，使用者可以在 Local Database 里 面设定使用者自己的 Marker(图 7.13)

48、：图 7.13 选取自己数据库的 Marker 用户在 Local Database 的窗口(图 7.14)中点选 Gel Markers 选项，就可以自行 加入新的 Marker 档案，用户将 Marker 的数据设定好之后按下确定即可。图 7.14 加入新的 Marker 档案 如此一来就可以在电泳分析的功能中加入用户自己的 Marker。除此之外， 选项之 使用者还可以利用内建的序列和限制酶建立属于自己的 Marker。 点选 .tw/CMBB_REFIX/main/nti49 Vector NTI 教育训练手册 后如图 7.15 所示：图 7.15 使用内建的序列和限制酶，建立属于自己

49、的 Marker 选择序列数据和限制酶之后点选 Save as Gel Marker 即可储存在 Local Database 中。 Add to Gel Sample List：这一项功能可以将用户欲分析的电泳片段存取在一 个程序内建的数据窗口，用户可以利用此窗口进行快速存取，接口十分友善。 用户可以利用鼠标选取欲分析之序列后，点选 按下 ，结果如图 7.16：图 7.16 使用 Add to Gel Sample List，来进行快速存取 选项，接着在电泳的操作窗口 .tw/CMBB_REFIX/main/nti50 第七章 电泳胶片分析 选取使用者欲加入电泳片的 sample， 再点选

50、选项就可以加入胶片中 （画 面(图 7.17)上胶片为选取第 7 个样品） ：图 7.17 选择观看电泳片中的某些样品 用户可以善用 Add to Gel Sample List 指令收集欲分析的 sample 后，再将数 就可以删除；如果 据汇入电泳片进行分析，如果不要此笔数据，按下 想要把此数据当作 Marker 的话只要按下 就会把该笔数据设定成为 Marker(图 7.18)。 （和自己建立 Marker 的作法相同） ：图 7.18 将选取的数据当作 Marker .tw/CMBB_REFIX/main/nti51 Vector NTI 教育训练手册 RFLP：上一章提到 RFLP

51、时，有个 Create Gel 的指令(图 7.19)，点选后就会 变成胶片电泳分析的操作画面：图 7.19 使用 Create Gel，进行胶片电泳分析 藉由此操作模式，可以直接观看电泳分析的结果，对于要经常分析 RFLP 的使用者来说，是非常实用的功能。 .tw/CMBB_REFIX/main/nti52 第八章 核酸引子设计 第八章 核酸引子设计 Vector NTI 有引子设计的功能，用户可以根据实验的需求，设计使用者所需 之特定核酸引子。首先在主程序中用户将 PCR 反应的区段序列用光标选取，接 着进入 AnalysesPrimer Design(图 8.1)：图 8.1 选取 PC

52、R 反应的区段，设计特定核酸引子 此项目可以提供用户根据不同的实验需求进行引子设计。 可以将设计好的引 子进行存取和分析，也可以将设计好的引子资料传送 Invitrogen 进行引子合成。 Find PCR Primers：进入这个项目后用户会先看到一个窗口(图 8.2)：图 8.2 Find PCR Primers 窗口，要进阶设定，点选 More .tw/CMBB_REFIX/main/nti53 Vector NTI 教育训练手册 使用者可以根据实验的需求来设定相关的条件：上方 Region of Analysis 可以 填入欲分析的序列范围；Product Length 可以设定使用者

53、 PCR 所夹的序列长度。 中间 Maximum Number of Output Options 可以设定引子组数， 下面的参数是可以设 计引子的特性，如 Tm 值及引子长度等等。若要在引子两端加入限制酶剪切序列 可以点选 ：图 8.3 Find PCR Primers 进阶设定，在引子两端可加入限制酶剪切序列 使用者可以在下方 Attach to 5terminus(图 8.3)点选 加入欲设定的限制酶 即可；上方 User-Defined Primers 的项目可以把在 Local Database 中现有的引子资 料直接使用。以海大斑马鱼基因为例子，设计一个两端带有 EcoRI 和 N

54、deI 的限 制酶片段、Tm 值介于 55 到 60、GC 含量介于 50 到 60、长度介于 20 到 40、欲夹 的序列全长及引子数目，设定好相关条件后按下确定(图 8.4)： .tw/CMBB_REFIX/main/nti54 第八章 核酸引子设计 图 8.4 Find PCR Primers 设定完后按下”确定” 这时用户在文字窗口(图 8.5)的下方字段可以看到多出一个 PCR Analysis 的文图 8.5 文字窗口，增加了 PCR Analysis 的数据 件夹，上面会显示用户设计的引子数据： .tw/CMBB_REFIX/main/nti55 Vector NTI 教育训练手

55、册 在这个字段中使用者首先看到序列会被一个空格切成两部分(图 8.6 蓝色部 分)，左边的序列为使用者加入限制酶的序列；右边的序列为设计的引子序列。 在每组的正向和反向引子下方会显示序列的相关数据， 用户想要储存结果只要选 取引子，接着按下鼠标右键：图 8.6 选取序列字段后右键单击，对引子进行储存动作 使用者可以点选 Save To Database(图 8.7)：图 8.7 储存引子到数据库 存取方式和前一章所介绍的作法是完全相同的，存盘的默认路径指向 Local Database 中的 Oligos 文件夹里 （如同前一章所介绍的方式， 使用者也可以在 Local Database 中建

56、立属于自己的引子档案夹） 如果想要输出序列， 。 可以点选 Copy Item Data 进行输出(图 8.8)： .tw/CMBB_REFIX/main/nti56 第八章 核酸引子设计 图 8.8 将引子输出至记事本 若是直接订购引子，使用者可以点选 Order 的项目，这样子引子的数据就会 送到 Invrogen 公司进行引子合成服务。Add to Oligo List 功能和 Add to Gel Sample List 功能类似，一样会把引子数据暂存在窗口中，以便于进一步的分析。要开启 Oligo List 时，使用者只要点选 即可(图 8.9)： 图 8.9 开启 Oligo Li

57、st，对引子进行编辑和分析 .tw/CMBB_REFIX/main/nti57 Vector NTI 教育训练手册 在 Oligo List 项目下用户可以编辑和分析引子资料(图 8.10)。 使用者如果要进一步分析引子的特性可以点选 Analyze 功能：图 8.10 编辑与分析引子数据 如图 8.11 所示，左手边可以先设定分析的条件，接着按下 Analyze 右边的字图 8.11 左边字段为设定分析的条件，右边字段显示分析的结果 段就会显示分析的结果： 最右边的窗口会显示该引子回纹以及重复片段位置， 其分析的条件在左手边 字段中的 Palindroms 以及 Nucl. Repeats

58、这两个选项；使用者还可以点选 .tw/CMBB_REFIX/main/nti58 第八章 核酸引子设计 来分析引子形成 dimer 跟 hairpin Loop 的状况(图 8.12)：图 8.12 分析 Dimers & Hairpin Loops 的状况 在这个窗口中， 实线数目的相关设定是在 Oligo Analysis 左边字段下方的 Stem Length 项目（此数值关乎 dimer 跟 hairpin Loop 分析的严谨度，建议数值调高跟调 低的结果都进行分析） 。 NOTE： 在做引子设计的时候尽量减少 dimer 和 hairpin Loop 的产生， 因为 dimer 和

59、 hairpin Loop 会降低使用者 PCR 的效率。 用户可以在分析的窗口窗口(图 8.13)进行手动编辑，只要打入序列就可以分 析使用者编辑的序列，但是请注意不可以有空格存在：图 8.13 在右边字段直接输入序列，分析输入的序列 .tw/CMBB_REFIX/main/nti59 Vector NTI 教育训练手册 使用者也可以把现有的引子序列， 利用鼠标复制贴上的功能将序列贴进来分 析。分析的结果可以点选 Save Results 储存，在此建议引子设计完成后，可以在 分析的窗口进行引子序列的修饰， 让使用者的引子更接近所需要的条件以及降低 dimer 跟 hairpin Loop

60、形成的可能性。 使用者也可以在一开始分析时，就把引子的设定条件做更细部的修订，在一 开始设定的字段中后面还有很多选项(图 8.14)：图 8.14 在一开始的分析时，做细部的字段 使用者可以根据自身的需求去设定这些项目，在引子条件设定完成后，可以 按左下方的 储存，之后若要在相同条件下设计引子时，只要按下 就可以叫出预设的条件。 Amplify Selection：此功能和 Find PCR Primers 几乎一样，差别只是在于引子 的设计位置会落在用户所选择序列范围端点跟端点的前后片段：图 8.15 Amplify Selection 的设定 这个窗口(图 8.15)下使用者想要夹 400