生物信息学示例

1、GW-analysis: an introductionYong-Xiang Lin1GW 基本流程1. 获得相同基因家族的序列2. 获得保守domain3. 建库并使用已获得的保守domain进行同源 性搜索4. 根据搜索结果提取相应序列5. 使用pfam和smart进行验证并剔除不保守序 列6. 剔除重复序列7. 相似性比对构建进化树2OsIBCD003925 MMGSGMPHMYFASSSHGTGAHYQSPGGAPITMAVPDMGFLVAGIGMAPSSFVMPEGALAASYSAMATVPVGVVVPQQQSSRFGGNNGNPGSFKGAWTRQEDEVLKQMVILHGDRKW

2、ATIAKSLPGRIGKQCRERWTNHLRPDIKKDVWTEEDDRMLIEAHKTYGNRWSVIARCLPGRSENAVKNHWNATKRSLKSKRRMKKKSVQVVNSPPGQLSPLEEYIRSQYPSAVETTPLPPAVPAPPSDVIVHGAGSVSAGPTVATQEPTGTNPSEMGIYLGLGNPAGPTTQQLAAMNLNMSLAPDLNAYNDQREGYYLPFVPQGNLHYGMHVPAPPVQQQQQQGISVDQGLHSSCLSLYHPFPGTHPVSLDFGCQSSNHANAGGYYSEAGPSSGSGSGDPDDVD VIQMASRQFLMPSEA

3、EVTLDLTRFK 如何获得相同基因家族的序列？查文献，例如找做水稻或拟南芥相同家族 的文献，使用文献中列出的序列2. 查网站，例如某网站已列出水稻或拟南芥相应家族的序列，便可下载使用3如何获得保守domain序列？查pfam（）4复制保守domain序列保守domain名称搜索结果5如何构建数据库？dnatools 软件的应用 6构建蛋白数据库构建核酸数据库7粘贴pfam得到的保守domain序列，并且格式化格式化如何进行同源性比对搜索？8参数设置9获得比对结果保存比对结果3. 如果所有得到的基 因数目数目是80且都 有保守domain，则要 删除这80个基因重新 建库，再次搜索以穷尽 所

4、有可能基因2. 抽提相应的基因 序列，进一步验证 是否含有保守domain10如何根据得到的gene名获得相应的序列？UltraEdit 软件的使用使用UltraEdit 打开库文件11使用搜索功能并复制基因名12将得到的每个序列分别存入文本文档13如何验证搜到的基因是否具有保守domain？Search pfam database （ ）2. Search smart database （）14如何将候选基因进行基因组定位？染色体起始位置结束位置15定位作图软件MapInspect的使用1617文件格式染色体长度（Mb）基因在染色体上的位置（Mb）几号染色体18如何剔除重复序列？ 重复序列定位在基因组中相同的位置，并且序列同源性很高 看这些基因的起始和结束位置可一样（相差一百bp以内），使用同源性比对软件（Mega、ClusterX等）对所有序列进行比对，保留较长的并且domain保守的序列，剔除较短的序列。19如何构建进化树？Mega 4.0 软件的使用首先进行序列比对20ClusterW 同源性比对21NJ法构建进化树22如果同源性差不能用Mega软件构建进化树