检索课课件-陈外文数据库pubmed

1、外文数据库 pubmed PubMed由美国国立医学图书馆（NLM）的国家生物技术信息中心（NCBI）开发的Entrez检索系统 中最常用数据库，主要用于检索MedLine。 网址： ；也可由Google搜索引擎链接进入（搜索词为PubMed)。正如其名字PubMed=Public+Medicine所暗示，从1997年起完全免费。 PubMed是检索外文医药文献最主要的题录数据库。一、PubMed概述Pubmed主页1.PubMed的由来 1879年 ,Index Medicus(IM) 1964年 ,MEDLARS(Medical Literature Analysis and Retrie

2、val System，医学文献分析与检索系统) 一、PubMed概述20世纪80年代 ,MEDLINE CD-ROM 20世纪90年代，PubMed2.文献收录范围及更新 收录从1947年以来80多个国家39种语言的约4800种期刊，文献总量达到2100多万篇。约92%是英文刊物，约82%有英文摘要。部分可直接获取全文(来自PMC及OA期刊）。 每周5天更新数据。由于近年来许多出版商通过电子期刊平台发布预出版的论文（记录标记为Epub 或Epub ahead of print），因此PubMed中的文献甚至要早于最新出版的纸本期刊。 一、PubMed概述原文是汉语3.学科范围 主要收录生物医学

3、学科方面的论文，涉及基础医学、临床医学、护理学、口腔医学、兽医学、营养卫生、药理和药剂学、预防医学、卫生管理、医疗保健和情报科学等领域. 一、PubMed概述4. 数据来源 PubMed中的数据来源于以下四个部分： （1）Medline PubMed的主体部分，记录末尾标有PubMed-indexed for MedLine。 （2）PreMedline 临时性的医学数据库，收录最新出版的文献，缩短文献报道时差。PreMedline中的记录每天有进有出，新进的记录标有PubMed-in process，标引好主题词和文献类型等字段的记录转入Medline。一、PubMed概述4. 数据来源（3

4、）Publisher Supplied Citations 是出版商直接向PubMed递送的电子文献，记录标记：PubMed-as supplied by publisher。（4）OldMEDLINE 目前含有1951-1965年的150多万条题录，不含有摘要，保持旧版MeSH词表的标引。记录标记：PubMed-OLDMEDLINE。 注意:以上4种数据来源中，只有第(1)和第(4) 来源的记录标引了MeSH词，因此当用主题词检索时可检索出来，而第(2)和第(3)来源的记录则未做MeSH词标引（是最新和最近发表的文献），因此用主题词检索时不能检索到。一、PubMed概述5. PMID号 Pu

5、bMed中的每条记录都有一个唯一的识别号，即PMID(PubMed Unique Identifier)号,用PMID号可快速检索到该ID号对应的文献。1.检索区 位于主页上方，通过点击数据库栏列表中PubMed旁边的下拉菜单，根据实际检索需要可以更改数据库（主要用来检索的数据库有：all database、PubMed、Protein、Nucleotide、GSS、EST、Structure、Genome等），高级检索（Advanced ），点击Help可查看检索帮助，在检索式输入框中输入检索式，点击“Search”按钮，可执行检索操作。 二、PubMed主页简介二、PubMed主页简介1）

6、Using PubMed 主要介绍如何使用PubMed，分为PubMed Quick Start Guide、Full Text Articles、PubMed FAQs、PubMed Tutorials和New and Noteworthy共5个部分。其中： PubMed Quick Start Guide: 介绍如何快速掌握使用PubMed。 Full Text Articles： 介绍如何获得电子版全文； PubMed FAQs： 介绍在使用PubMed时的一些常见问题。 PubMed Tutorials： 详细介绍PubMed使用指南。 New and Noteworthy： PubM

7、ed未来更新告示。2）PubMed Tools 包括PubMed Mobile、Single Citation Matcher、Batch Citation Matcher、Clinical Queries和Topic-Specific Queries五个部分，其中:PubMed Mobile: 是PubMed手机版。Single Citation Matcher和Batch Citation Matcher: 为单一/批量引文匹配检索工具，是用不完整的文献信息为线索来查特定文献的工具。Clinical Queries: 可实现将检索范围限定为与临床相关的诊断、治疗、病因和预后四个方面。Top

8、ic-Specific Queries: 是指按某一特殊主题来检索文献。3）More Resources 包括MeSH Database、Journals in NCBI Databases、Clinical Trials、E-Utilities和LinkOut五个部分。其中： MeSH Database： 是具有检索功能的MeSH词表。可实现主题词检索方式，即通过主题词组配副主题词来检索文献。 Journals in NCBI Databases： 供查询PubMed和Entrez其他数据库收录期刊的信息。 Clinical Trials： 可浏览定期更新的有关政府和私人资助的临床研究项目信

9、息。 E-Utilities： 可实现自动化大批量的从Entrez数据库下载数据。并且提供了几种常用的程序语言以供选择，像Perl, Python, Java, 和 C+等。 LinkOut： 是指外部资源链接。3.辅助功能区 包括Getting Started、Resources、Popular、Featured和NCBI Information五个部分。其中：Getting Started包括了NCBI的帮助指南、NCBI工具书和NCBI的检索练习及检索指南。Resources列出了除PubMed之外的NCBI其他类数据库。Popular列出了比较常用的一些数据库。Featured列出NC

10、BI的特色数据库。NCBI Information包含了NCBI的相关信息及资源1、词汇自动转换功能。 2、强制检索功能。 3、截词检索功能。 4、链接功能。 三 、PubMed 系统的主要功能 在PubMed主页的检索提问框中键入检索词，系统将按顺序使用如下4种索引，对检索词进行转换后再检索。 （1）MeSH转换表（MeSH Translation Table），包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词，就会自动将其转换为相应的MeSH词和Text word词（题名词和文摘词）进行检索。例如：键入“Vitamin h，系统将其转换成Biotin MeSH

11、Terms OR Vitamin h Text word后进行检索。词汇自动转换功能（2）刊名转换表（Journal Tanslation Table），包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写和ISSN号。该转换表能把键入的刊名全称转换为MEDLINE缩写后进行检索。如：在检索提问框中键入：“new england journal of medicine, PubMed将其转换为N Engl J Med后进行检索。 （3）短语表（Phrase list）。该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文词汇书写形式的统一医学语言系统和补充概念（物质）名称表。如果PubMed 系统在MeSH和刊名

12、转换表中未发现与检索词相匹配的词，就会查找短语表。 词汇自动转换功能（4）著者索引（Author Index）。如果键入的词语未在上述各表中找到相匹配的词，或者键入的词是一个后面跟有12个字母的短语，PubMed即查著者索引。 如果仍然找不到匹配词，PubMed就会把该词断开后再重复上述转换过程，直到找到为止。若仍然没有匹配词，单个词会被用AND连在一起，在全部字段中检索。如：single cell，系统就会自动将其分成两个词：“single“和“cell”检索，其检索表达式为：“single AND cell”。要查验检索词的转换情况，可点击“Details”键。词汇自动转换功能1、PubM

13、ed允许使用双引号（“ ”）来强制系统进行短语检索。例如，在PubMed主页的检索提问框中键入“Single cell”，并用双引号引起来，然后点击“Go”，系统会将其作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。2、使用双引号检索，会自动关闭词汇转换功能。 强制检索功能 1、PubMed 允许使用“*”号作为通配符进行截词检索。如：键入“bacter*”，系统会找到那些前一部分是bacter的单词（如Cia, bacterium, bacteriophage等），并对其分别进行检索。 2、截词功能只限于单词，对词组无效。如：“infection*”包括“infections”，但不包括

14、“infection control”等 3、使用截词功能时，PubMed系统会自动关闭词汇转换功能 截词检索功能 链接相关文献。PubMed系统中的每条文献记录均有一个相关文献链接，在检索结果的显示状态下，每条记录的右边均有“Related Articles”超链接。点击该链接，系统按文献的相关度从高到低显示相关文献。链接功能1、词语（主题）检索 2、著者检索 2、刊名检索 3、布尔逻辑检索 4、日期或日期范围检索5、检索带文摘的记录 四 PubMed 检索方法1、选择MESH数据库主题词检索2、选择合适的主题词主题词检索3、先点击“Add”,在点击“Search”完成检索。主题词检索1、在

15、提问框中键入著者姓氏全称和名字的首字母缩写，格式为：著者姓 名字首字母缩写，例如smith ja，2、如果在著者姓名前后使用双引号，并用著者字段标识au加以限定，如“smith ja”au，那么系统只检索著者字段 著者检索 1、在提问框中键入刊名全称或MEDLINE简称、ISSN号，例如：molecular biology of the cell, 或mol biol cell, 或1059-1524， 2、如果刊名与MeSH词表中的词相同，例如：Gene Therapy、Science或Cell等，PubMed将把这些词作为MeSH词检索。这时需要用刊名字段标识ta加以限定，如“gene therapy” ta 3、单个词的刊名也需要用ta限定，如：Scanningta。否则系统将在全部字段中检索。 4、若刊名有括号，录入时应将括号省