真核生物基因结构预测分析

1、关于真核生物基因结构的预测分析第一张，PPT共三十七页，创作于2022年6月基因组序列cDNA序列编码区预测Codon biasGC Content限制性酶切位点基因结构分析选择性剪切转录调控因子序列比对功能注释KEGGGO系统发育树蛋白质序列翻译蛋白质理化性质二级结构预测结构域分析重要信号位点分析三级结构预测基因组功能分析第二张，PPT共三十七页，创作于2022年6月2真核生物基因的主要结构第三张，PPT共三十七页，创作于2022年6月3基因结构分析开放读码框GENSCANCpG岛CpGPlot转录终止信号POLYAH启动子/转录起始位点PromoterScan密码子偏好分析CodonWmR

2、NA剪切位点NETGENE2Spidey选择性剪切ASTD基因结构分析常用软件第四张，PPT共三十七页，创作于2022年6月4开放读码框的识别开放读码框（open reading frame, ORF) 是一段起始密码子和终止密码子之间的碱基序列ORF 是潜在的蛋白质编码区第五张，PPT共三十七页，创作于2022年6月5基因开放阅读框/基因结构分析识别工具ORF Finder /gorf/gorf.html NCBI通用BestORF/berry.phtml?topic=bestorf&group=programs&subgroup=gfindSoftberry真核GENSCAN/GENSCA

3、N.htmlMIT脊椎、拟南芥、玉米Gene Finder/tools/genefinder/Zhang lab人、小鼠、拟南芥、酵母FGENESH/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfindSoftberry真核(基因结构)GeneMark/GeneMark/eukhmm.cgiGIT原核GLIMMER/genomes/MICROBES/glimmer_3.cgi/software/glimmer Maryland原核Fgenes/berry.phtml?topic=fgenes&group=programs&subgrou

4、p=gfindSoftberry人（基因结构）FgeneSV/berry.phtml?topic=virus&group=programs&subgroup=gfindvSoftberry病毒Generation /generation/ORNL原核FGENESB/berry.phtml?topic=fgenesb&group=programs&subgroup=gfindbSoftberry细菌（基因结构）GenomeScan /genomescan.html MIT脊椎、拟南芥、玉米GeneWise2http:/www.ebi.ac.uk/Wise2/EBI人GRAIL/grailexp/

5、ORNL人、小鼠、拟南芥、果蝇第六张，PPT共三十七页，创作于2022年6月6ORF识别：GENSCAN/GENSCAN.html结果返回到邮箱（可选）提交序列提交序列文件运行GENSCAN显示氨基酸或CDS序列序列名称（可选）是否显示非最优外显子选择物种类型第七张，PPT共三十七页，创作于2022年6月78第八张，PPT共三十七页，创作于2022年6月9GENSCAN输出结果：文本中间外显子起始外显子终止外显子加尾信号启动子中间外显子权重第九张，PPT共三十七页，创作于2022年6月910第十张，PPT共三十七页，创作于2022年6月转录调控序列分析 CpG岛、启动子区域和转录终止信号的预测

6、第十一张，PPT共三十七页，创作于2022年6月11CpG岛的预测CpG岛常位于真核生物基因转录起始位点，GC含50% ，长度200bp的一段DNA序列。第十二张，PPT共三十七页，创作于2022年6月12CpG Island 分析常用软件CpG Island /cpgislands2/cpg.aspxWebCpGPlothttp:/www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.htmlWebCpG finder/berry.phtml?topic=cpgfinder&group=programs&subgroup=promoterWebCpGi130/CpG130.d

7、owebCpGproDhttp:/pbil.univ-lyon1.fr/software/cpgprod_query.htmlweb第十三张，PPT共三十七页，创作于2022年6月13提交序列文件提交序列参数选项CpG岛的预测：CpGPlothttp:/www.ebi.ac.uk/Tools/emboss/cpgplot/预测单元窗口步移观测值与期望值打分最小GC含量CpG岛的长度反向链和互补链是否预测第十四张，PPT共三十七页，创作于2022年6月15第十五张，PPT共三十七页，创作于2022年6月GENESCAN 预测结果起始为532bp 终止于51783bp观测值与期望值的比值GC含量的

8、比值预测得到的CpG预测得到的CpG第十六张，PPT共三十七页，创作于2022年6月16转录终止信号上游作用元件：AAUAAA下游作用元件：GC rich二重对称区、UUUUUUC-GC-GG-CG-CU-AG-CG-CC-GG-CUUUUUUUUURNA53AAUAAACAAAAAAAAAAAAA成熟mRNA53AAUAAACAGUmRNA前体53第十七张，PPT共三十七页，创作于2022年6月17转录终止信号预测：POLYAH/berry.phtml?topic=polyah&group=programs&subgroup=promoter 提交序列文件提交序列第十八张，PPT共三十七页，

9、创作于2022年6月18polyA位置GENESCAN预测结果PolyA位点52490bpPOLYAH输出结果对预测起佐证的作用权重吻合第十九张，PPT共三十七页，创作于2022年6月19启动子区结构启动子（Promoter） 位于结构基因5端上游，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA结合并具有转录起始的特异性。转录起始位点(Transcription start site, TSS)PYCAPY（嘧啶）核心启动子元件(Core promoter element)TATA box，Pribnow box （TATAA)上游启动子元件(Upstream promoter element，UPE)

10、CAAT box，GC box，SP1，Otc增强子(Enhancer)第二十张，PPT共三十七页，创作于2022年6月20原核和真核生物基因转录起始位点上游区结构原核生物真核生物TTGACATATAATAmRNA11035PyAPyTATAATGC区 CAAT区mRNA14025110增强子上游启动子元件，UPE核心启动子元件转录起始位点第二十一张，PPT共三十七页，创作于2022年6月21PromoterScan:80/molbio/proscan/WebPromoser/zlab/PromoSer/WebNeural Network Promoter Prediction/seq_too

11、ls/promoter.htmlWebSoftberry: BPROM, TSSP, TSSG, TSSW/berry.phtml?topic=index&group=programs&subgroup=promoterWebMatInspectorhttp:/www.gene-regulation.de/WebRSAThttp:/rsat.ulb.ac.be/rsat/WebCister/mfrith/cister.shtmlWeb 启动子结合位点分析常用软件第二十二张，PPT共三十七页，创作于2022年6月22启动子预测：PromoterScan/molbio/proscan/ 提交序列去

12、掉该选项第二十三张，PPT共三十七页，创作于2022年6月23PromoterScan输出结果找到的TATA box和转录起始位点预测可能的转录因子转录因子在提交序列中的位置第二十四张，PPT共三十七页，创作于2022年6月24基因密码子偏好性1.研究蛋白质结构功能中的作用2.在表达外源基因方面的作用3.在生物信息学研究中的作用第二十五张，PPT共三十七页，创作于2022年6月25基因密码子偏好性: CodonW粘帖目的序列密码子表的选择http:/mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?form=codonw#forms:codonw是否计算所有参数，一般选择

13、物种选择，与表达物种有关，可以自行输入。第二十六张，PPT共三十七页，创作于2022年6月26CAI (Codon Adaptation Index)密码子适应指数目标基因与高表达基因的密码子偏好性的相似程度。（1完全相同，0完全不相同，本例为0.173）CBI (Condon Bias Index)密码子偏好指标目标基因与随机序列的最优密码子的差异程度（1完全偏好，0随机情况，可能为负值，本例为-0.049）Fop (Frequency of optimal codon)最优密码子频率目标基因的最优密码子数与全部同义密码子数的比值（1完全偏好，0完全无偏好，本例为0.380）多个密码子编码同

14、一个氨基酸，同义密码子。有些物种偏好某些（12种）同义密码子，这12种同义密码子即为高表达密码子。该现象叫密码子偏好性。第二十七张，PPT共三十七页，创作于2022年6月27各项指数输出结果密码子使用频率CodonW结果界面有效密码子数GC含量同义密码子总数有效密码子总数外源表达蛋白的物理性质（亲疏水性）外源表达蛋白芳香性第二十八张，PPT共三十七页，创作于2022年6月28内含子/外显子剪切位点识别如何分析核酸序列中的外显子组成？通过对特征序列(GT-AG)的分析进行直接的预测基因预测软件（NetGene2）与相应的基因组序列比对，分析比对片段的分布位置（Spidey）第二十九张，PPT共三

15、十七页，创作于2022年6月29第三十张，PPT共三十七页，创作于2022年6月30剪切位点识别：NetGene2http:/www.cbs.dtu.dk/services/NetGene2/提交序列选择物种点击第三十一张，PPT共三十七页，创作于2022年6月31NetGene2输出结果供体位点受体位点可信度 相位第三十二张，PPT共三十七页，创作于2022年6月32mRNA剪切位点识别：SpideyNCBI开发的在线预测程序用于mRNA序列同基因组序列比对分析 /spidey第三十三张，PPT共三十七页，创作于2022年6月33Spidey同源序列的获得:序列比对通过BLAST进行序列比对，找到可能同源的相似性好的一系列mRNA序列。BLAST比对到的三条mRNA序列第三十四张，PPT共三十七页，创作于2022年6月34输入基因组序列或序列数据库号输入相似性序列判断用于分析的序列间的差异，并调整比对参数不受默认内含子长度限制，