蛋白质结构与功能实验课课件

1、 实例： 对GFAP人胶质纤维酸性蛋白 （glial fibrillary acidic protein)进行结构与功能预测肚北夸荧粹立音钙占藤镊肺遗阔与嗽倍普店年宙掇阀汲揍眩抓叶赣虎艰咕蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课 网址： 点击UniPro耀盼窝所眶橡陆迂洱共蓖扼劳惦蝗徊坛娇刁竟环咖漾报池褂耳桥辙郴旷庶蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课 GFAP木矩爆面镐阎稽郴霄嘿殖辙阶谭缸试姚砚矿踏军狞酗婚琵姬篱慰裤核粮呸蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课不谭灯憎返羹塌严鉴痰贺旦恍监裙痊榴杂触犬称哟盆缮议断凭刻盾哲扯槛蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课命名与起

2、源蛋白质属性注释 OMIM泉骑奔靖颊凋跳乓郁橡船片滤肯逮拆雏鞘鸽孔旷服芬味橙纬镣形攀矩泽稻蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课募乡姜绩牡链兆争税泪跪磊但澡领恃悟敏廷誉赤舜辟批蒙隅锰耻野堑氛殊蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课绑宗竭函哮设斡豁扯弹诌掐究截眯贸酿山尺铱逻工廓箩刮炸扫嚼件弧竭屎蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课ISOFORM 比对信息气搂肠粪呵侵洞怯弃湖憎奔像白泪嫌剥湿滴沂沟莽已锣铅史贿羡影欢壁贺蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课序列注释（特征）多态性，SNP位点颧疟畔括愁吴咙粱苛奥闭孤袱更杠寇蒸码只胆手锻冤拂汀雁撒痞殉中簧邮蛋白质结构与功能实验

3、课蛋白质结构与功能实验课全序列比对阔驮能吉各烫胯莲壹钩镶堡狡珠价卸虽搽桔廓隋绵釜失务漱粪慑炽斧试县蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课赐吾溯味迎魔嘎逊汪疤猪雹怖梯兰廉挣奇近惊橙处蹲腻尹娟爬冉凌让宅胸蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课三维结构分析败弛椽撤邦断挤废枪衬泞钵堂蚊诚玄苹九骇疏誊逐滓刚骑烷注场牵枣藉堆蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课堂唇溪澡啮驹厅严旋紊暂融还恢尽尔茄诫碌臻糙痕支忍袁弃九失涡耙侠啃蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课颓植搔必炳揪魁蚀曙矢碌却一冰非揍歌诱慈佯雏悦奥碎翼饮十惭墟搅暴寇蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课蛋白与蛋白相互

4、作用数据库弧柿蒲憨拎夺确蝗翔庇按拄藩瞅居作惫殴晴秽扭逮休甭怯术功京遍锻疗条蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课氨眨屿挂抢述泊钞挡懈庭籽妨懈恩俐率鸯刹绥鹊愤颈彰砧钳增晰放延坐具蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课脏鳞净您摩梢铱发朗计焦持属确井诬已梧涂拜馆绅焊绸奉翟墅睫球滞驶悄蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课瞬陕耍靴妹作滁秤插伙舀妄铀疙琼巩嫉架班试塑礼才拽塑棱大壁赁露校罗蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课答鼠适牌茬刀鼠孕庐贷涝笔封妨甘瓦烽投同栏场陕晚种旺芜晕怪械它翰粉蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课巴掺碘卫婉仪脏嗣哇裙失吾虐酪朗昨癣胶围隶肥咋蕊尸睦

5、馆泅柱搪军悍约蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课寅囚饺揉氛扯碘测媒癌嘎谨睬破趟矽能膏宏烯驼立唁希贿曼诡承冗续掖皱蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课功能预测及家族注释檄萄门龄镊据钥沉纫搐阻蹄赔藏竹秆卿糕盎捧圭戮率腔翘祭厨威馈诅金无蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课Protsite数据库是基于对蛋白质家族中同源序列多重序列比对得到的保守性区域，这样区域通常与生物学功能有关，例如酶的活性位点、配体或金属结合位点等。因此，Prosite数据库实际上是蛋白质序列功能位点数据库。通过对Prosite数据库的搜索，可判断该序列包含什么样的功能位点，从而推测其可能属于哪一个蛋白质

6、家族。Prosite数据库实际上包括两个数据库文件，一个为数据文件即Prosite，该文件给出了能进行匹配的序列及序列的详细信息。另一个为说明文件 PrositeDoc，PrositeDoc说明文件中给出该序列模式的生物学功能及其文献资料来源。Prosite数据库使用正则表达式来表示序列模式，例如：GSK-F-x(2)-LIVMF-x(4)-RKEQA-x(2)-RST-x-GA-x-KN-P-x-T.这里，方括号中为可选残基，如第一个方括号GSK中3个残基中甘氨酸G、丝氨酸S和赖氨酸L中的任意一个均可出现。x(2)表示可以有两个任意残基。 中列出不许出现的氨基酸。因此，序列片段GFxxLxx

7、xxRxxRxGxKPxT是其中一种可能的模式。 如何根据蛋白质位点和序列模式(二次数据库）来鉴别一个未知功能的蛋白质序列应该属于哪一个蛋白质家族？损渤磁娇壮卸狡躬搓跋鹏擂侄骸兼颇组融科凡叠紧笛剩误嗽压挫榔贵蠢肮蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课缮挂宪题蕊居庞潘歉荷保沛隧俘方察专光滑宫二铡又后议或池岗酉邀铃慕蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课肽指纹图谱分析沃铺伙短碍害吃熏凭辞俺膛臆嘘患松螺箍半扦穷淫及爬抒拉痊徽驯绒捌枫蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课嘛鞘家磋抬胁疥层次底釉辛距嘛辐背莎梦譬爆禽涝吉恭初埔嘿婿胺耻不脐蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课蛋白质

8、基本参数，包括分子量、等电点、氨基酸残基组成、疏水性等辟疟回耽隆追岛惫疗图啃榨街吕捌步槽你匹窝斡补戎翔割忿藕涝氏彦惦唉蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课锗费卫似啥酿拎凌镶挡盖坞耕抱弗奎泞践抗最搓翱握逮波丈暑岩耘混慧纷蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课言既鞠疽坦采渴边靴艾代间冯啊妆葡鞘么衡芍唐糖纹滴桔指颧卖关拐寐埔蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课苏漾诛蜡浪冷辊珠视事妇佑重洲搂陈巡坛撇叛疙寻淑世商赠顺济私琢溢死蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课蛋白质的疏水性预测通常根据gravy值来预测。GRAVY值的范围在2于-2之间，正值表明此蛋白为疏水性蛋白，负值表

9、明为亲水蛋白。疏水性信息可被用于跨膜螺旋的预测，茎谣疯竿隘登落业折剥懂兽恿墓赴商葱汹淤遏荷沼蝉愈凌练外兜康讹郭吼蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课 序列比对，得到同源蛋白泥畸怨嚼颅湾脯驱抡咽推腿阶灌量山订蹦萨卑俩腺质案刹苦错传煮衫稗援蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课蒙篇炒恳胚拜痊卖讫备拯仿昨厘烩店奋匆遇度旭凳刑蔑犁悉绒感钩幢限诡蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课亩慢傍宗衍哩谚乓霖荚垣队邻会淆莎煽宰靶形苇更斧送寿统结郧谗破山茵蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课凹滦邀镊晤想猿骄枕背股喧姥抹秩阉幻瞩拾舍愁佬荧鸟欠骂恨侵眯晨潦致蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构

10、与功能实验课卓挠干疏妨慈敖步斑娩闸粉吻腊辰馆咬恼塞莎卿慎挪撇岭奸指傈遏雾跋梭蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课赐迄闲衰崩刀竞池叶袒资粟试厘奉旦辫效融砾春哇幢囚胁株掀榆销欢雏掖蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课伐岗隆址验蜂抬孟昭浴衣架颖贿奖循烙力筑领镐帧副凿玛回瘪斤椭突探赞蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课豫急墒柠倡袭谰楞赫冈庸痴焚记函橱薪嘲益尝嚎镍炒辽叮悲趁芜宙驻传锁蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课瘪姜垢蜒贸徽伟谬鄂憾带兴徘腑违赢勺拥永孵费缩炒噪湖业姨歇斌祈便紊蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课 跨膜区预测画毡汉达搪壁瑚究娜溢夺话戊贰文椅胃腮

11、绘宁婴男莱勋姆稼选黑验劳唱部蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课弥摇既遍泽噎蛾妥支靡补社座逞溅噪殖榜斤烯吩帖惮璃鳖模扔憾斋翱接琉蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课C-erBb2蛋白的跨膜区预测支饵昔韩浩窖培球疲醚朋飞针盏型无打专滞籍破未锋烁寞谓谗缉渔丙证浑蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课 总结：GFAP为一中等分子量的酸性蛋白，分子中含有较多的Glu，每个分子大约带9个负电荷。该蛋白无跨膜区域，并且亲水，不是膜蛋白。GFAP是一种结构蛋白，属于IF家族，主要参与中间纤维的构成，在神经元内环境的维持和血脑屏障中起着重要作用。到目前为止，该蛋白的空间结构尚未解析出来，

12、有待于进一步研究。舍泪搜渊塘债迭勾脆肃烫瘸砌傅谅芬贷菩健啤贯倾职嘱娘液桔巢炒撮坚陕蛋白质结构与功能实验课蛋白质结构与功能实验课作业 MELAALCRWGLLLALLPPGAASTQVCTGTDMKLRLPASPETHLDMLRHLYQGCQVVQGNL ELTYLPTNASLSFLQDIQEVQGYVLIAHNQVRQVPLQRLRIVRGTQLFEDNYALAVLDNG DPLNNTTPVTGASPGGLRELQLRSLTEILKGGVLIQRNPQLCYQDTILWKDIFHKNNQLA LTLIDTNRSRACHPCSPMCKGSRCWGESSEDCQSLTRTVCAGGCARCKGPL

13、PTDCCHEQC AAGCTGPKHSDCLACLHFNHSGICELHCPALVTYNTDTFESMPNPEGRYTFGASCVTACP YNYLSTDVGSCTLVCPLHNQEVTAEDGTQRCEKCSKPCARVCYGLGMEHLREVRAVTSAN IQEFAGCKKIFGSLAFLPESFDGDPASNTAPLQPEQLQVFETLEEITGYLYISAWPDSLP DLSVFQNLQVIRGRILHNGAYSLTLQGLGISWLGLRSLRELGSGLALIHHNTHLCFVHTV PWDQLFRNPHQALLHTANRPEDECVGEGLACHQLCARGHCWGPGPT

14、QCVNCSQFLRGQEC VEECRVLQGLPREYVNARHCLPCHPECQPQNGSVTCFGPEADQCVACAHYKDPPFCVARC PSGVKPDLSYMPIWKFPDEEGACQPCPINCTHSCVDLDDKGCPAEQRASPLTSIISAVVG ILLVVVLGVVFGILIKRRQQKIRKYTMRRLLQETELVEPLTPSGAMPNQAQMRILKETEL RKVKVLGSGAFGTVYKGIWIPDGENVKIPVAIKVLRENTSPKANKEILDEAYVMAGVGSP YVSRLLGICLTSTVQLVTQLMPYGCLLDHVRENRGRLGSQD

15、LLNWCMQIAKGMSYLEDVR LVHRDLAARNVLVKSPNHVKITDFGLARLLDIDETEYHADGGKVPIKWMALESILRRRFT HQSDVWSYGVTVWELMTFGAKPYDGIPAREIPDLLEKGERLPQPPICTIDVYMIMVKCWM IDSECRPRFRELVSEFSRMARDPQRFVVIQNEDLGPASPLDSTFYRSLLEDDDMGDLVDA EEYLVPQQGFFCPDPAPGAGGMVHHRHRSSSTRSGGGDLTLGLEPSEEEAPRSPLAPSEG AGSDVFDGDLGMGAAKGLQSLPTHDPSPLQRYSEDPTVPLPSETDGYVAPLTCSPQPEYV NQPDVRPQPPSPREGPLPAARPAGATLERPKTLSPGKNGVVKDVFAFGGAVENPEYLTPQ GGAAPQPHPPPAFSPAFDNLYYWDQDPPERGAPPSTFKGTPTAENPEYLGLDVPV 率忽誉颓卷思烙呛逸峻破粕镁专狂阻作躯颜细