如何查找质粒图谱

1、如何查找质粒图谱经常在坛子里看到一些人求助质粒图谱，很多时候我发现其实有些质粒图谱还是很容易找到了，刚开始帮忙查找了下，还公布了一些查找质粒图谱比较好的网站，后来看得多了，很多时候，这样的帖子直接跳过了。今天又看到几个求质粒图谱的帖子，突发奇想，就查找质粒图谱的方法，写个总结帖子吧，希望对虫子们有些帮助。这些方法，大部分是自己学习的过程中偶尔发现，也许总结得还不够全面，望其他虫友指正。方法一：安装软件VectorNT做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，invitrogen公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音，功能强大、界面美观，使用起来很人性化。后面的很多

2、方法都是基于在这款软件的使用之上，因此个人觉得要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。而且，一旦安装了这款软件，你就发现这款软件的软件包里面会包括invitrogen公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱（如下图，不是有虫子求pRS系列质粒吗？如下图，数据库中本身就有很多）。这里就不一一细说，各位虫子可以自己体验下。（这框软件的下载和使用说明书站内很多）pRS426572&CircularBasicNCBIEntrezNCBIEntrezjLlpRS4256849CircularBasicNCBIEntrezNCBIEntrez國PRS424561&CircularB

3、asicNCBIEntrezNCBIEntrezlaJpRS4235797CircularBasicNCBIEntrezNCBIEntrezEpRS4134970LinearBaseUNKNOWNUNKNOWNHpRS31648B7CircularBasicNCBIEntrezNCBIEntrezU|pRS3156016CircularBasicNCBIEntrezNCBIEntrezilpRS3144783CircularBasdNCBIEntrezNCBIEntrezipRS3134967CircularBasicNCBIEntrezNCBIEntrezSpRS3064373LinearB

4、asicUNKNOWNUNKNOWN|lpRS2004791CircularBasicNCBIEntrezNCBIEntrez方法二：查找质粒图谱的网站：这个之前有人求助质粒图谱时，我在回应求助帖里面公布过几个我经常用的网址，估计不是专题，很多人没看到，现在在此重新总结下。1.VectorDatabase地址： HYPERLINK /g?a=vdb /g?a=vdb这个网站很页面很人性化，直入主题，也是我经常用到一个网站，比如这个帖子 HYPERLINK /bbs/viewthread.php?tid=3103223&fpage=_1 /bbs/viewthread.php?tid=31032

5、23&fpage=1,这个虫友求pRS类质粒图谱（注意，是一类质粒图谱，没关系，照样能找到），直接在搜索框输入pRS,可以看到，之类质粒一共有三十多个。OaddgeneVectorDatabaseVectorDatabaseisalistofplasmidbackbonesfrompublicationsandseveralcompanies,includingcloning,mammalianexpression,bacterialexpressionandlentiviralandretroviralplasmidsThedatabaseiscompiledbyAddgene.andhos

6、tedonLabLife.LabLifedoesnotsellordistributanyoftheplasmidslistedinthiscatalog.PRSSearchVectorDatabaseResetSearchBrowsealphabetically44itemsmatchinapRS.(Clear)146ABCDEFGHIJKLMNPRSTUvyahPrev|1I2|3|NextNameT/peSourceDRS413ATCCYeastTWo-HvbridORS408YeastexpressionAddgenePlasmidRepositoryScreenState-of-th

7、e-ArtTechnologiesPremiumDRS420YeastexpressionAddgenePlasmidRepositoryORS410YeastexpressionAddgenePlasmidRepositoryServiceQualityInteractors0RS414Stratageneteinlinks.8mORS418YeastexpressionAddgenePlasmidRepositoryPCRProductsORS428YeastexpressionAddgenePlasmidRepositoryTopquality,lesscost2XHotStartPCR

8、ATCCMasterMixsave25%ORS404Stratagene找到自己需要的质粒名称，点击进入，就可以看到质粒图谱了。addgeneVectorDatabaseVectorDatabaseisalistotplasmidbacEtbonesfrompublications臼nds已v已r日Icompani已sincludingcloning,marexpressiorvandl&ntiviralandretroviralplasmids.ThedatabaseiscompiledbyAddaeneandhostedonLabLifeanyoftheplasmidslistedinth

9、iscatalog.拿第一个质粒pRS413举例，如上图，质粒图谱是不是很难看，对，我也觉得很难看，没关系，看见viewsequence了吗？点击进入，我们就得到该质粒图谱的序列了，VectorD詆abmseaaVictorSequenceSequenceMapandFeaturesBLASTAlignDiqestTranslateSequenceCurrentsequence:4970basepairs.Vi嘶口FAWTA盘阴a蔺尺巳v已冴已ComiJl已rn已门tFindSequence:JNextTtcgcgcgtttggrtgaaaacctctgacacatgcagct匚:uog*Cf

10、icktoHighlight51ga.qacqgtusigtaagcgqatqccgqgagcaqacaagcccg101tcagqgcgcgtcagcgcgtgttggcgggtgtcqqqgctqquttaactatgpGEX3p.5仁四匸fml.exitsBefore2If匚el.rutsgfQg庁9E151cggcatcagagcagattgtaetgagagtgeaccataaattcccgttttaa201gagettggtgagcgctagqagtcactgccaqqtategtttqaacacqgca251ttEiqtcagggacagt匚:ut11cccgcaattti.；s

11、c：L：:utsReform212HIS350电冷讯ORFfrmm.50斗.11E3Esi：ciitE曲w30111actctt.gg匚:utcctctaqtacactctatst11111tatgcctcqqt&SL351tgatttteatcccct旳匚:旳aitgactot11HhmL口-itstefoiEEmtl.exitsDEfomBell,cutsbefore1053如何得到比较好看的质粒图谱呢，看到GeneBank了吗？对，熟悉vector的筒子们肯定知道该如何做了，对，点击进入，如下图，复制所有的代码部分，新建txt文件，粘贴上代码后，将文件扩展名由txt更改为gb格式，导入v

12、ector，你就可以在vector里面看到质粒图谱了。LOCUSpRS413DEFINITIONr.RS413ACCESSTONKEYWORDSSOURCEORGANISMotherFEATURESsource4970bpDNA；SYN20-Apr-2011sequences；artificialsequences;vectors-.?.Location/Qualifiers1.49:70Morganism=；miscfeaturegeneCDS./mo1_type=therDNAcomplement(：9.51：).Zlabel=pGEX_3_primer504.1160zlabel=fHI

13、SSfgene=HIS3504.11&洸”/Iabei=HIS3;-gene=HIS3r?note=QRFframe冬*.Ztran5：lation=MTEOKALVKRITNETKIQIAISLKGGPLAIEHSIFPEKEAEAVAEQATQSQVINVHTGIGFj；DHMIHALAKHSGUSLIVEQIGDLHIDDHHTTEDQGIALGQAFKEALI.ARGVKRFGSGFAPLDEALSRAVVDLSNRPYAVVELGLQREKVGDLSCEMIFHFLESFAEASRITLHVDCLRGKNDHHRSESAFKALAVAIREATSFNGTNDVPSTKGVLM*rep

14、_口工igincomplement(1555.1361)丄abe1=fl_origintilisc_featurecornplement(1894.2037)/Qabel=,la.cZatilisc_feature2008.2030-/1abe1=Ml3pUCfwdprimermiscfeatui?巳2023.2039一-/label=M1.3_forward20_primer因为这个网站我经常用，并且和NCBI网站的运用方式一样，以及和Vector软件的配合使用，因此讲解比较啰嗦。2.VectorDB网址： HYPERLINK /vectordb/vector.html /vectordb/

15、vector.html这个网站我也用得比较多，总结和分类都比较完整。基本包括了所有表达系统的质粒信息。Victors:forDgsghii口VFCtoFSfbrC,呂居丹并佔VigctorEfbrY亡且吐上下mv&ctorsusedm斑口匾ulablolcrgy.VectorshlcharealsoinG辭havedirect/inkstathatdatabaseviVectorDBisunsupported.Usethissiteasis.Phag皂VECtotsPlasmidVECtoHPh且gemiclVeiztors0Fh爼呂miliphRMEtnidvectorpRS30E-comp

16、lete.CSRccbRromyuesZE.cotipiiRMetnidvectorpRS30行-uompteti.C.SRcchiaraHiYCEsZE.colipliRgFtnidvectorpRS313-comidet亡.点击我们需要的质粒进入下以页面，以质粒pRS303为例，如下图。有用信息除了对该质粒进行的一些描述性语言外，最重要的要算是红色标记部分了，sequencelink进入是该质粒的序列。NCBIlink，点击直接进入了NCBI,如何在NCBI中得到质粒图谱，下面将进行详细解释。pRS303FuoctioQs:(cloning)Selection:0CopyNumber:Ho

17、sts:(E.coEHB10l)(SaccharomycescereSnppliers:(ATCC)Misc.Commeats:pRSS56:constructedbyENdelandAatllsitesbetweenblaandfloriginofintegratingvectors(ATCC77138-77141)dififeriiforinvitroRNAsynthesis,primingsitesusefialfbt-pMB1ori-bla.Restrictiondi呂已吐softhecloneXote:thereisexpenmeotalmdence(restriiversionof

18、HISSZ75110.uottheauuotatedvGenbaukenttyispraperhTupdated.Parents:()Siblings:(pRS304XpKS305(pRS306)Descendents:QR亡turnto巳匚turHom印包g亡3NCBI网址： HYPERLINK / /真不好意思，这么重要的网站，留到这时候才介绍，NCBI功能很广泛，其他功能我就不介绍了，重点介绍如何用NCBI查找质粒图谱信息。如下图，search下拉框中选中Nucleotide，搜索栏输入质粒名称，拿pRS303举例：得到搜索结果，如下图，点击邮编的sendto，选中file，geneba

19、nk等选项，点击CreateFile选项，得到一个gb格式的文件，导入vector软件中，就得到了我们需要的质粒图谱了。4其他查找质粒图谱的网站寒梅砺剑阁（不是很全） HYPERLINK /5757561.html /5757561.htmlbioask HYPERLINK /html/857.html /html/857.html这两个网站其实也很不错的，使用方法都是大同小异，就不特别介绍了，希望就放收藏夹就可以了。方法三：一些重要试剂公司网页其实也是一些网站，因为这些网站除了得到质粒图谱等信息，还可以得到关于质粒使用方面的信息，因此单独拿出来做一个分类。做分子的虫子都知道，现在很多质粒，特

20、别是应用比较广泛的质粒都一些公司商业化的质粒，基本是由一个质粒你就会联想到另外一个公司的名字。比如简单的，克隆载体pMD18-T,TaKaRa,有木有；pGM-T，天根，有木有；一些表达载体，使用最广泛的，pET系列，Novagen公司（默克）的；有双MCS的Duet系列载体，Novagen的；毕赤酵母表达质粒pPIC3.5k,pPIC9k,pPICZA,pPICZaA等等，都是invitrogen的；另外一些pYES酿酒酵母表达系统，也是invitrogen的，因此知道常见的质粒是哪个公司的，去他们公司网站上肯定可以找到该质粒的相关信息。比如：这个虫子求pGM-T载体序列，见帖子 HYPER

21、LINK /bbs/viewthread.php?tid=3081308 /bbs/viewthread.php?tid=3081308，如下图，他们公司主页有吧。(Ctiangen天根生比科技(北京)有限公司TiANGENBIOTECH(BEIJINGCO.LTD.产品搜索产品分类目录号观格愉格VT202-0120ul3加元pGM-T连接iiC剖意f含鞋体，连接酶)产品简介P3-T连壇试剂盒适用于PC民产物的克隆可将PC尺产规涉骤，芮了提高连接敷率)本试抑盒提供了两种连接日口恼最佳连接数果誓2LigationBufferIT.为快速连接Buffer,:天:樓酸提取与纯化nPCR相关产品首页关

22、于我们信息资讯产品展示技术支寸$RT-PCR保存条件:感受态细胞要严格的在存，sou培粽黄/zh/home.htmltrogemcom/sitea荧光定1PCR另外:invitrogen公司；业2逊如dNovagen公司：-httpM/www.merckbiO/g.asp?f=NVG/pETtable.html在他们公司主页搜索栏直接搜索质粒名称，序列，图谱什么的都不成问题，而且可以下到表达系统操作手册，原核表达看完pET表达系统操作手册，真核系统看完毕赤酵母表达系统，一些表达方面的的知识你就是半个专家了，扯远了。方法四:如何查找经过改造过的质粒的质粒图谱有些质粒是经过改造的，所以通过上述方法

23、不能查询到相应信息。这时，可以在googlescholar中输入质粒名称，可以直观地看哪些学者在何文章中使用了该质粒，从而可了解到质粒的来源；或者籍此向作者咨询或索取。另外介绍下如何通过文献查找经过改造的质粒的图谱信息，Kuhlman,T.E.andE.C.Cox(2010).Site-specificchromosomalintegrationoflargesyntheticconstructs.”NucleicAcidsRes38(6):e92.这篇文献，介绍了一个大肠杆菌染色体整合的方法，文中介绍了三个质粒，是由作者自己改造了，如何查找到这三个质粒图谱了，首先在PubMed中搜索到该文献

24、，如下图。Pubgjed.gouSearch:PubMedLimitsAdvancedsearchHelpSearchClearU.S.NationalLibraryofMedicineNstionalInstitutesofHealthSendto:DisDlaySetting:0AbstractNucleicAcidsRes.2010Apr;38(6):e92.Epub2010Jan4.Site-specificchromosomalintegrationoflargesyntheticconstructs.KuhlmanTE,CoxEC.DepartmentofMolecularBiol

25、ogy.PrincetonUniversity,WashingtonRoad,Princeton,NJ08544-1014USA. HYPERLINK mailto:tkuhlman tkuhlmanRelatedcitationsGeneticsystemforreversibleintegraticconstructsandlacZgenefusiorPlasrAbstractWehavedevelopedaneffective,easy-to-usetwo-stepsystemforthesite-directedinsertionoflargegeneticconstructsinto

26、arbitrarypositionsintheEscherichiacolichromosome.Thesystemuseslambda-Redmediatedrecombineeringaccompaniedbytheintroductionofdouble-strandDNAbreaksinthechromosomeandadonorplasmidbearingthedesiredinsertionfragmentOurmethod,incontrasttoexistingrecombineeringorphage-derivedinsertionmethods,allowsforthei

27、nsertionofverylargefragmentsintoanydesiredlocationandinanyorientation.Wedemonstratethismethodbyinsertinga7-kbfragmentconsistingofavenus-taggedlacrepressorgenealongwithatargetlacZreporterintosixuniquesitesdistributedsymmetricallyaboutthechromosome.Wealsodemonstratetheuniversalityandrepeatabilityofthe

28、methodbyseparatelyinsertingthelacrepressorgeneandthelacZtargetintothechromosomeatseparatelocationsaroundthechromosomeviarepeatedapplicationoftheprotocol.Abacterialmodelsystemforchromositargeting.NucleicAddsFDual-ln/Outstrategyforgenesintegratibacterialchromosome:；BMCBiotech怛:vwuRecombineering:geneticenginbacteriausinghoiCurrProtocMolE问wRecombineeringanditsappl(YiChuanXueESeeImagesfromthispu