使用教程_个人总结

1、Oligo 7 使用本人根据自己的使用情况进行了一下总结，由于该是新近使用，故不对的地方还望各位谅解并进行补充，只希望能对大家有一点帮助。另附Oligo7的地址：http/soft/2356.html首先，同 Oligo 6一样，File 菜单下，选择 New sequence ,打开窗口将目的序列粘贴进来，或是选择Open 定位到目的cDNA 序列（在primer 中，该序列已经被保存为Seq 文件），这是最初打开时的界面：然后就是进行引物的设计了。Search 菜单下，选择 forprimes&probes,即出现引物搜寻窗口:根据自己的实际情况选择Parameters或Ranges 设置

2、引物的相关参数和范围。然后选择Search 即开始进行引物的搜索，之后会出现所列出的依据得分（Score）高低排列设计的引物。双击每一行所列出的引物会弹出该对引物的具体信息，以及对该对引物的相关评价。双击之后在最初的Sequence 窗口中就会出现下面的窗口:点击绿色方形图标前面的i 标志可了解对应的具体信息。之后便是对该引物的具体分析了，这部分的分析同Oligo6基本上是一样的。 选择yze 菜单，如下图：（1）yze 中，第一项为Key info，点击Selectedprimers，会给出两条引物的概括性信息，其中包括引物的Tm 值，此值Oligo 是采用nearest neighbor

3、method 计算，会比Primer5 中引物的Tm 值略高，此窗口中还给出引物的Delta G 和 3端的Delta G.3端的Delta G 过高，会在错配位点形成双链结构并引起DNA 聚合反应，因此此项绝对值应该小一些，最好不要超过 9。（2）yze 中第二项为Duplex Formation，即二聚体形成分析，可以选择上游引物或下游引物，分析上游引物间二聚体形成情况和下游引物间的二聚体情况，还可以选择Upper/Lower ，即上下游引物之间的二聚体形成情况。引物二聚体是影响PCR 反应异常的重要，因此应该避免设计的引物存在二聚体，至少也要使设计的引物形成的二聚体是不稳定的，即其Del

4、ta G 值应该偏低，一般不要使其超过4.5kcal/mol，结合碱基对不要超过 3 个。Oligo 此项的分析窗口中分别给出了 3端和整个引物的二聚体图示和 Delta G值。（3）yze 中第三项为Hairpin Formation，即发夹结构分析。可以选择上游或者下游引物，同样，Delta G 值不要超过 4.5kcal/mol，碱基对不要超过 3 个。（4）yze 中第四项为Comition and Tm，会给出上游引物、下游引物和产物的各个碱基的组成比例和Tm值。上下游引物的GC需要控制在 4060，而且上下游引物之间的GC 不要相差太大。Tm 值共有 3 个，分别采用三种方法计算出

5、来，包括nearest neighbor method、GC method 和 2(AT)4(GC)method，最后一种应该是Primer5 所采用的方法，Tm 值可以控制在 5070 度之间。（5）第五项为 False Priming Sites，即错误位点，在Primer5 中虽然也有False priming 分析，但不如oligo详细，并且oligo 会给我正确效率和错误效率，一般的原则要使误效率在 100 以下，当然有时候正确位点的效率很高的话，比如达到 400500，错误效率超过 100 幅度若不大的话，也可以接受。（6）yze 中，有参考价值的最后一项是“PCR”，在此窗口中，是基于此对引物的PCR 反应Summary，并且给出了此反应的最佳退火温度，另外，提供了对于此对引物的简短评价。若该引物有不利于PCR 反应的二级结构存在，并且Delta G 值偏大的话，Oligo 在最后的评价中会注明，若没有注明此项，表明二级结构能值较小，基本可以接受。(7)